View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1540_low_13 (Length: 368)

Name: NF1540_low_13
Description: NF1540
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1540_low_13
NF1540_low_13
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (102-367)||(44547926-44548185)
chr8 (166-367)||(44547722-44547923)
chr8 (103-366)||(44547483-44547740)
chr8 (103-325)||(44547722-44547944)
chr8 (150-368)||(44547601-44547813)
chr8 (124-368)||(44547643-44547881)
chr8 (201-366)||(44547405-44547564)
chr8 (201-367)||(44547560-44547726)
chr8 (150-368)||(44548045-44548251)
chr8 (160-367)||(44548004-44548205)
chr8 (164-240)||(44547405-44547481)
chr8 (136-368)||(44547847-44548067)
chr8 (103-198)||(44547405-44547500)
chr8 (224-325)||(44548166-44548261)
chr8 (308-367)||(44548202-44548261)
chr8 (182-241)||(44548202-44548261)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 102 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 44548185 - 44547926
Alignment:
Q  102 tacccttcctagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44548185 tacccttcctagcttttgagtctgagaaccagtcaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggt 44548086  T
Q  202 tgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactag 301  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||| ||||||||||      ||||||| ||    
T  44548085 tgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagctcttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttcctatctcttgagcc------tgaggaccag 44547992  T
Q  302 caaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 367  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  44547991 ccaccacccttcctagcttttgaggttgggtctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgag 44547926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 166 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 44547923 - 44547722
Alignment:
Q  166 tgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccacca 265  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547923 tgagaaccagccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccacca 44547824  T
Q  266 ctctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttg 365  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44547823 ctctttctagctcttgagcctgagcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttg 44547724  T
Q  366 ag 367  Q
    ||    
T  44547723 ag 44547722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 103 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 44547740 - 44547483
Alignment:
Q  103 acccttcctagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggtt 202  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  44547740 acccttcctagctcttgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggct 44547641  T
Q  203 gagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagc 302  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| | ||||  ||| |||||||||||||       ||||||| |||    
T  44547640 gagcatgtggagcagccatcacccttcctagcttttgaggttgatcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagc------atgaggaccagc 44547547  T
Q  303 aaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttga 366  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||    
T  44547546 taccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttcctagctcttga 44547483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 103 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 44547944 - 44547722
Alignment:
Q  103 acccttcctagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggtt 202  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44547944 acccttcttagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggtt 44547845  T
Q  203 gagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagc 302  Q
    |||| ||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||  ||||| || |||  | | ||||| ||| |||||| |||||  ||||| || |||  | |    
T  44547844 gagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaac 44547745  T
Q  303 aaccacccttcctagcttttgag 325  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  44547744 aaccacccttcctagctcttgag 44547722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 150 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 44547813 - 44547601
Alignment:
Q  150 ctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagca 249  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||      
T  44547813 ctcttgagcctgagcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttgagtctgag-- 44547716  T
Q  250 tgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaacca 349  Q
        || || |||||||  || ||||||||||||  |||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||    
T  44547715 ----gaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagcagccatca 44547620  T
Q  350 cccttcctagctcttgagg 368  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  44547619 cccttcctagcttttgagg 44547601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 124 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 44547881 - 44547643
Alignment:
Q  124 tgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaacca 223  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| || ||| || ||||||| ||| |||||| |||||  ||||| || |||  ||||||||    
T  44547881 tgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagcttgaggactagcaacca 44547782  T
Q  224 cccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttg 323  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||| ||| ||||||||      ||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||| |||    
T  44547781 cccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctct------tgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttg 44547688  T
Q  324 aggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgagg 368  Q
    ||||||||| || ||| | || |||||||||||||||| ||||||    
T  44547687 aggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgagg 44547643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 201 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 44547564 - 44547405
Alignment:
Q  201 ttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggacta 300  Q
    |||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||| ||||||||||| |      |||||||| |    
T  44547564 ttgagcatgaggaccagctaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttcctagctcttgatc------ttgaggacca 44547471  T
Q  301 gcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttga 366  Q
    || ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  44547470 gctaccaccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttga 44547405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 201 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 44547726 - 44547560
Alignment:
Q  201 ttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggacta 300  Q
    ||||| ||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||| |  ||||||| ||| |||||| ||||| |||||  || |||  |    
T  44547726 ttgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagca 44547627  T
Q  301 gcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 367  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44547626 gccatcacccttcctagcttttgaggttgatcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgag 44547560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 150 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 44548251 - 44548045
Alignment:
Q  150 ctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagca 249  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||       ||||||||| ||| |||| || ||||||||||||| |||||  |||       
T  44548251 ctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagct------cttgagcctgaggaccagccactacccttcctagcttttgagtctga--- 44548161  T
Q  250 tgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaacca 349  Q
       | | ||  ||||||  || ||| |||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44548160 ---gaaccagtcaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaacca 44548064  T
Q  350 cccttcctagctcttgagg 368  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  44548063 cccttcccagctcttgagg 44548045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 160 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 44548205 - 44548004
Alignment:
Q  160 tgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaa 259  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||      |||| ||| | | |||  |||||| |||||| ||||||||| ||||| || ||| ||     
T  44548205 tgagcctgaggaccagccactacccttcctagcttt------tgagtctgagaaccagtcaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccag 44548112  T
Q  260 ccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctag 359  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||  ||||  || ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||     
T  44548111 ccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagctcttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttcctat 44548012  T
Q  360 ctcttgag 367  Q
    ||||||||    
T  44548011 ctcttgag 44548004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 164 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 44547481 - 44547405
Alignment:
Q  164 cttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttga 240  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  44547481 cttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttga 44547405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 136 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 44548067 - 44547847
Alignment:
Q  136 accaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagct 235  Q
    |||||| |||| | ||||||||| ||||| || |||  ||||||||||||||||| || |||||      |||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  44548067 accacccttcccagctcttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttcctatctcttgag------cctgaggaccagccaccacccttcctagct 44547974  T
Q  236 cttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctg 335  Q
     ||||||||| |  ||||||||| | ||||| |||  ||||| ||||| |||||       || ||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| ||    
T  44547973 tttgaggttgggtctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgagtctgaga------accagccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttg 44547880  T
Q  336 tggagcagcaaccacccttcctagctcttgagg 368  Q
     ||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  44547879 aggaccagccaccacccttcctagctcttgagg 44547847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 103 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 44547500 - 44547405
Alignment:
Q  103 acccttcctagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttga 198  Q
    ||||||||||||| ||||   |||| |||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44547500 acccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttga 44547405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 224 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 44548261 - 44548166
Alignment:
Q  224 cccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttg 323  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||      ||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  44548261 cccttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgagcc------tgaggaccagccactacccttcctagcttttg 44548168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 308 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 44548261 - 44548202
Alignment:
Q  308 cccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 367  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  44548261 cccttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgag 44548202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 182 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 44548261 - 44548202
Alignment:
Q  182 cccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 241  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  44548261 cccttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgag 44548202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University