View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1540_low_14 (Length: 368)

Name: NF1540_low_14
Description: NF1540
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1540_low_14
NF1540_low_14
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (102-367)||(44547926-44548185)
chr8 (166-367)||(44547722-44547923)
chr8 (103-366)||(44547483-44547740)
chr8 (103-325)||(44547722-44547944)
chr8 (150-368)||(44547601-44547813)
chr8 (160-367)||(44547806-44548007)
chr8 (124-368)||(44547643-44547881)
chr8 (150-368)||(44548045-44548251)
chr8 (201-367)||(44547560-44547726)
chr8 (201-366)||(44547405-44547564)
chr8 (164-289)||(44547362-44547481)
chr8 (136-368)||(44547847-44548067)
chr8 (103-198)||(44547405-44547500)
chr8 (224-325)||(44548166-44548261)
chr8 (182-368)||(44548087-44548261)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 102 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 44548185 - 44547926
Alignment:
Q  102 tacccttcctagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggt 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44548185 tacccttcctagcttttgagtctgagaaccagtcaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggt 44548086  T
Q  202 tgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggctgagcatgtggagcagccaccaccctttctagctcttgagcctgagtttgaggactag 301  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||      ||||||| ||    
T  44548085 tgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagctcttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttcctatctcttgagcc------tgaggaccag 44547992  T
Q  302 caaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 367  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  44547991 ccaccacccttcctagcttttgaggttgggtctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgag 44547926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 166 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 44547923 - 44547722
Alignment:
Q  166 tgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggctgagcatgtggagcagccacca 265  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  44547923 tgagaaccagccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccacca 44547824  T
Q  266 ccctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttg 365  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44547823 ctctttctagctcttgagcctgagcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttg 44547724  T
Q  366 ag 367  Q
    ||    
T  44547723 ag 44547722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 103 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 44547740 - 44547483
Alignment:
Q  103 acccttcctagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggtt 202  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  44547740 acccttcctagctcttgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggct 44547641  T
Q  203 gagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggctgagcatgtggagcagccaccaccctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagc 302  Q
    |||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||       ||||||| |||    
T  44547640 gagcatgtggagcagccatcacccttcctagcttttgaggttgatcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagc------atgaggaccagc 44547547  T
Q  303 aaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttga 366  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||    
T  44547546 taccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttcctagctcttga 44547483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 103 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 44547944 - 44547722
Alignment:
Q  103 acccttcctagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggtt 202  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44547944 acccttcttagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggtt 44547845  T
Q  203 gagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggctgagcatgtggagcagccaccaccctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagc 302  Q
    |||| ||||||||| | ||||| ||| |||||||||||| |||||| || |||  ||| ||||||||| |||||| |||||  ||||| || |||  | |    
T  44547844 gagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaac 44547745  T
Q  303 aaccacccttcctagcttttgag 325  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  44547744 aaccacccttcctagctcttgag 44547722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 150 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 44547813 - 44547601
Alignment:
Q  150 ctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggctgagca 249  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||       
T  44547813 ctcttgagcctgagcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttgagtctga--- 44547717  T
Q  250 tgtggagcagccaccaccctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaacca 349  Q
       ||| ||||||||||| || ||||||||||||  |||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||    
T  44547716 ---ggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagcagccatca 44547620  T
Q  350 cccttcctagctcttgagg 368  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  44547619 cccttcctagcttttgagg 44547601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 160 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 44548007 - 44547806
Alignment:
Q  160 tgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggctgagcatgtggagcag 259  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||      | | |||    
T  44548007 tgagcctgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgggtctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgagtctga------gaaccag 44547914  T
Q  260 ccaccaccctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctag 359  Q
    |||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| ||||    
T  44547913 ccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctag 44547814  T
Q  360 ctcttgag 367  Q
    ||||||||    
T  44547813 ctcttgag 44547806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 124 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 44547881 - 44547643
Alignment:
Q  124 tgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaacca 223  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| || ||| || ||||||| ||| |||||| |||||  ||||| || |||  ||||||||    
T  44547881 tgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagcttgaggactagcaacca 44547782  T
Q  224 cccttcctagctcttgaggctgagcatgtggagcagccaccaccctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttg 323  Q
    |||||||||||| |||||| ||||  ||||||||| | ||||||||| ||||||||      ||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||| |||    
T  44547781 cccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctct------tgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttg 44547688  T
Q  324 aggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgagg 368  Q
    ||||||||| || ||| | || |||||||||||||||| ||||||    
T  44547687 aggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgagg 44547643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 150 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 44548251 - 44548045
Alignment:
Q  150 ctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggctgagca 249  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||| |||||      |||| ||| |||| || ||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  44548251 ctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgag------cctgaggaccagccactacccttcctagcttttgagtctgagaa 44548158  T
Q  250 tgtggagcagccaccaccctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaacca 349  Q
           ||| ||||||| || ||| |||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44548157 c------cagtcaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaacca 44548064  T
Q  350 cccttcctagctcttgagg 368  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  44548063 cccttcccagctcttgagg 44548045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 201 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 44547726 - 44547560
Alignment:
Q  201 ttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggctgagcatgtggagcagccaccaccctttctagctcttgagcctgagtttgaggacta 300  Q
    ||||| ||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||| | |||||||||||| |||||| ||||| |||||  || |||  |    
T  44547726 ttgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagca 44547627  T
Q  301 gcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 367  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44547626 gccatcacccttcctagcttttgaggttgatcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgag 44547560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 201 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 44547564 - 44547405
Alignment:
Q  201 ttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggctgagcatgtggagcagccaccaccctttctagctcttgagcctgagtttgaggacta 300  Q
    |||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||  |||||||||| ||||||||||| |      |||||||| |    
T  44547564 ttgagcatgaggaccagctaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttcctagctcttgatc------ttgaggacca 44547471  T
Q  301 gcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttga 366  Q
    || ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  44547470 gctaccaccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttga 44547405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 164 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 44547481 - 44547362
Alignment:
Q  164 cttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggctgagcatgtggagcagccac 263  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||      ||| | || ||| |||| ||    
T  44547481 cttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctct------tgatcttgaggaccagctac 44547388  T
Q  264 caccctttctagctcttgagcctgag 289  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||    
T  44547387 caccctttctagctcttgaacctgag 44547362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 136 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 44548067 - 44547847
Alignment:
Q  136 accaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagct 235  Q
    |||||| |||| | ||||||||| ||||| || |||  ||||||||||||||||| || |||||      |||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  44548067 accacccttcccagctcttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttcctatctcttgag------cctgaggaccagccaccacccttcctagct 44547974  T
Q  236 cttgaggctgagcatgtggagcagccaccaccctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctg 335  Q
     |||||| || |  ||||||||||| |||||||||  ||||| ||||| |||||       || ||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| ||    
T  44547973 tttgaggttgggtctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgagtctgaga------accagccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttg 44547880  T
Q  336 tggagcagcaaccacccttcctagctcttgagg 368  Q
     ||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  44547879 aggaccagccaccacccttcctagctcttgagg 44547847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 103 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 44547500 - 44547405
Alignment:
Q  103 acccttcctagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttga 198  Q
    ||||||||||||| ||||   |||| |||||| |||||| || ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44547500 acccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttga 44547405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 224 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 44548261 - 44548166
Alignment:
Q  224 cccttcctagctcttgaggctgagcatgtggagcagccaccaccctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttg 323  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||      ||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  44548261 cccttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgagcc------tgaggaccagccactacccttcctagcttttg 44548168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 182 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 44548261 - 44548087
Alignment:
Q  182 cccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggctgagcatgtggagcagccaccaccctttctagctcttg 281  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||      ||| ||||||| |||||| |||||| |      
T  44548261 cccttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgagcctga------ggaccagccactacccttcctagcttt-- 44548170  T
Q  282 agcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgagg 368  Q
        ||||| |||| || ||  |||||| |||||| || |||||| ||||| || ||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  44548169 ----tgagtctgagaaccagtcaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgagg 44548087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University