View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1540_low_1_N (Length: 957)
Name: NF1540_low_1_N
Description: NF1540
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1540_low_1_N |
 | |
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| [»] scaffold0229 (3 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0229 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0229
Description:
Target: scaffold0229; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 563 - 934
Target Start/End: Original strand, 16548 - 16928
Alignment:
| Q |
563 |
ctcagcattccgttcatctttgtttatgtttcacaattgtggtgtccgaggattgttaagagtttccccaaaataccaccaagagttataaccaatttgc |
662 |
Q |
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|
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| T |
16548 |
ctcagcattccgttcatctttgtttatgtttcacaattgtgatgtttgaggattgttaagagtttccccaaaataccaccaagagttataaccaatttgc |
16647 |
T |
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| Q |
663 |
attcaataattttctagtttttaccatgctttacatgcttaatgttgtgtaatttttgctacataatagtgcaattatagctaaagagggtctcatcact |
762 |
Q |
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| T |
16648 |
attcaataattttctagtttttaccatgctttacatgcttaatgttgtgtaatttttgctacataatagtgcaattatagctaaagagggtctcatcact |
16747 |
T |
|
| Q |
763 |
cttcgagtacaatttatatatgaactgacttggatggaggactctgaggttttttgtttctac---------attgataatatttggttaattttgtatt |
853 |
Q |
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| T |
16748 |
cttcgagtacaatttatatatgaactgacttggatggaggactctgaggttttttgtttctacattgataatattgataatatttggttaattttgtatt |
16847 |
T |
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| Q |
854 |
ggctttataggtatgcatttgtttgaaaagcttctatgcaatgtgatatgaatttagttgcagattattaactcatccatc |
934 |
Q |
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| T |
16848 |
ggctttataggtatgcatttgtttgaaaagtttctatgcaatgtgatatgaatttagttgcagattattaactcatccatc |
16928 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0229; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 31 - 473
Target Start/End: Original strand, 16050 - 16504
Alignment:
| Q |
31 |
tatgtgcacggatatgaggatttttcataaacacatgtatggagatggacactatagtac------------tgcccattgtcatccctacatggggata |
118 |
Q |
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| T |
16050 |
tatgtgcacggatatgaggatttttcataaacgtatgtatggagatggacactatagtacctacccaaatggtacccattgtcatccctacatggggata |
16149 |
T |
|
| Q |
119 |
aattgtcatatcacttagaagcaatttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataatgtaaaaatatttaagaatgtcttacttagacacaaaatatt |
218 |
Q |
| |
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| T |
16150 |
aattgtcatatcacttagaagcaatttccttctttctctctctttctttcttcaataatgtaaaaatatttaagaatgtcttacttagacacaaaatatt |
16249 |
T |
|
| Q |
219 |
gggcaacaattcgaatgtgtgtgatgtcagaatcgaagaaagagaaaaattactataaagctcaaaaatcatatataaatatgatgttgataccaaattt |
318 |
Q |
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| T |
16250 |
ggacaataattcgaatgtgtgtgatgtcagaatcgaagaaagagaaaaattactataaagctcaaaaatcatatataaatatgatgttgatatcaaattt |
16349 |
T |
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| Q |
319 |
tgtgtccaataataatttcaatctttaagaactcagattatacaaaattgcctcaaaattatggagtgctaccttggatagttgcctcaaaaaataacaa |
418 |
Q |
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| T |
16350 |
tgtgtccaataataatttcaatctttaagaactcagattatacaaaattgcctcaaaattatggagtgctgccttggatagttgcctcaaaaaataacaa |
16449 |
T |
|
| Q |
419 |
tggccaggtctgatgaaaagcatgcctctcatctgaatatgataatggaaaaatt |
473 |
Q |
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| T |
16450 |
tggttaggtctgatgaaaagcatgcctctcatctgaatatgataatggaaaaatt |
16504 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0229; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 176 - 403
Target Start/End: Original strand, 17536 - 17765
Alignment:
| Q |
176 |
atgtaaaaatatttaagaatgtcttacttagacacaaaata-ttgggcaacaattcgaatgtgtgtgatgtcagaatcgaagaaagagaaaaattactat |
274 |
Q |
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|
|
| T |
17536 |
atgtaaaaatatttaagaatgtgttacatagacacaaaaaagttggacaacaattcaaatgcgtgtggtgtcagaatcgaaga--gagaaaaatcaacat |
17633 |
T |
|
| Q |
275 |
aaagctcaaaaatcatatataaatatgatgttgataccaaattttgtgtccaataataatttc-aatctttaagaactca--gattatacaaaattgcct |
371 |
Q |
| |
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|
|
| T |
17634 |
aaaactcagaaatcgtgtatacacatggtgttgatatcaaactttgtgttcgataatattttccaatctttaagaactcattgattccacaaaattgcct |
17733 |
T |
|
| Q |
372 |
caaaattatggagtgctaccttggatagttgc |
403 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
17734 |
caaaattatggagtcctgccttggatagttgc |
17765 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 563 - 934
Target Start/End: Complemental strand, 1401810 - 1401430
Alignment:
| Q |
563 |
ctcagcattccgttcatctttgtttatgtttcacaattgtggtgtccgaggattgttaagagtttccccaaaataccaccaagagttataaccaatttgc |
662 |
Q |
| |
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|
| T |
1401810 |
ctcagcattccgttcatctttgtttatgtttcacaattgtgatgtttgaggattgttaagagtttccccaaaataccaccaagagttataaccaatttgc |
1401711 |
T |
|
| Q |
663 |
attcaataattttctagtttttaccatgctttacatgcttaatgttgtgtaatttttgctacataatagtgcaattatagctaaagagggtctcatcact |
762 |
Q |
| |
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|
|
| T |
1401710 |
attcaataattttctagtttttaccatgctttacatgcttaatgttgtgtaatttttgctacataatagtgcaattatagctaaagagggtctcatcact |
1401611 |
T |
|
| Q |
763 |
cttcgagtacaatttatatatgaactgacttggatggaggactctgaggttttttgtttctacattgataa---------tatttggttaattttgtatt |
853 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1401610 |
cttcgagtacaatttatatatgaactgacttggatggaggactctgaggttttttgtttctacattgataatattgataatatttggttaattttgtatt |
1401511 |
T |
|
| Q |
854 |
ggctttataggtatgcatttgtttgaaaagcttctatgcaatgtgatatgaatttagttgcagattattaactcatccatc |
934 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1401510 |
ggctttataggtatgcatttgtttgaaaagtttctatgcaatgtgatatgaatttagttgcagattattaactcatccatc |
1401430 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 31 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 1402308 - 1401854
Alignment:
| Q |
31 |
tatgtgcacggatatgaggatttttcataaacacatgtatggagatggacactatagtac------------tgcccattgtcatccctacatggggata |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1402308 |
tatgtgcacggatatgaggatttttcataaacgtatgtatggagatggacactatagtacctacccaaatggtacccattgtcatccctacatggggata |
1402209 |
T |
|
| Q |
119 |
aattgtcatatcacttagaagcaatttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataatgtaaaaatatttaagaatgtcttacttagacacaaaatatt |
218 |
Q |
| |
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|
|
| T |
1402208 |
aattgtcatatcacttagaagcaatttccttctttctctctctttctttcttcaataatgtaaaaatatttaagaatgtcttacttagacacaaaatatt |
1402109 |
T |
|
| Q |
219 |
gggcaacaattcgaatgtgtgtgatgtcagaatcgaagaaagagaaaaattactataaagctcaaaaatcatatataaatatgatgttgataccaaattt |
318 |
Q |
| |
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|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
1402108 |
ggacaataattcgaatgtgtgtgatgtcagaatcgaagaaagagaaaaattactataaagctcaaaaatcatatataaatatgatgttgatatcaaattt |
1402009 |
T |
|
| Q |
319 |
tgtgtccaataataatttcaatctttaagaactcagattatacaaaattgcctcaaaattatggagtgctaccttggatagttgcctcaaaaaataacaa |
418 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
1402008 |
tgtgtccaataataatttcaatctttaagaactcagattatacaaaattgcctcaaaattatggagtgctgccttggatagttgcctcaaaaaataacaa |
1401909 |
T |
|
| Q |
419 |
tggccaggtctgatgaaaagcatgcctctcatctgaatatgataatggaaaaatt |
473 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1401908 |
tggttaggtctgatgaaaagcatgcctctcatctgaatatgataatggaaaaatt |
1401854 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 176 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 1400822 - 1400593
Alignment:
| Q |
176 |
atgtaaaaatatttaagaatgtcttacttagacacaaaata-ttgggcaacaattcgaatgtgtgtgatgtcagaatcgaagaaagagaaaaattactat |
274 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| | || |
|
|
| T |
1400822 |
atgtaaaaatatttaagaatgtgttacatagacacaaaaaagttggacaacaattcaaatgcgtgtggtgtcagaatcgaaga--gagaaaaatcaacat |
1400725 |
T |
|
| Q |
275 |
aaagctcaaaaatcatatataaatatgatgttgataccaaattttgtgtccaataataatttc-aatctttaagaactca--gattatacaaaattgcct |
371 |
Q |
| |
|
||| |||| ||||| | |||| | ||| |||||||| |||| ||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |
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|
| T |
1400724 |
aaaactcagaaatcgtgtatacacatggtgttgatatcaaactttgtgttcgataatattttccaatctttaagaactcattgattccacaaaattgcct |
1400625 |
T |
|
| Q |
372 |
caaaattatggagtgctaccttggatagttgc |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
1400624 |
caaaattatggagtcctgccttggatagttgc |
1400593 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 831 - 918
Target Start/End: Complemental strand, 1376218 - 1376128
Alignment:
| Q |
831 |
taatatttggttaattttgtattggctttataggtatgcatttgtttgaaaag--cttctatgcaatgtgata-tgaatttagttgcagat |
918 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||| |||| |||| |||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |
|
|
| T |
1376218 |
taatatttggttaaatttgaattgactttgtaggaatgcacttctttgaaaagttattctatgcaatgtgatagggattttagttgcagat |
1376128 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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