View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1540_low_21 (Length: 260)

Name: NF1540_low_21
Description: NF1540
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1540_low_21
NF1540_low_21
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (75-243)||(44547311-44547479)
chr8 (133-250)||(44547447-44547564)
chr8 (133-256)||(44547525-44547648)
chr8 (133-256)||(44547969-44548092)
chr8 (169-250)||(44547645-44547726)
chr8 (169-250)||(44547849-44547930)
chr8 (133-260)||(44547687-44547814)
chr8 (169-260)||(44547807-44547898)
chr8 (169-259)||(44548047-44548137)
chr8 (133-250)||(44547891-44548008)
chr8 (157-260)||(44547357-44547454)
chr8 (169-260)||(44547603-44547694)
chr8 (169-250)||(44548089-44548170)
chr8 (121-260)||(44547393-44547532)
chr8 (169-260)||(44547969-44548054)
chr8 (169-260)||(44547765-44547856)
chr8 (133-227)||(44548167-44548261)
chr8 (133-250)||(44548089-44548206)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 153; Significance: 4e-81; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 75 - 243
Target Start/End: Original strand, 44547311 - 44547479
Alignment:
Q  75 ataatactgtaacagatttcggtgaagctacaatgcaagtggaggttggtcctcaggttcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaaga 174  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547311 ataatactataacagatttcggtgaagctacaatgcaagtggagattggtcctcaggttcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaaga 44547410  T
Q  175 gctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctca 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  44547411 gctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctagaaagggtggtagctggtcctca 44547479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 133 - 250
Target Start/End: Original strand, 44547447 - 44547564
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44547447 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtgattgctcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggta 44547546  T
Q  233 gctggtcctcaggctcaa 250  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  44547547 gctggtcctcatgctcaa 44547564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 133 - 256
Target Start/End: Original strand, 44547525 - 44547648
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |||| ||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||    
T  44547525 tcaagagctaggaagggtggtagctggtcctcatgctcaagagctaggaaggatggttgctgctccacaggatcaacctcaaaagctaggaagggtgatg 44547624  T
Q  233 gctggtcctcaggctcaacctcaa 256  Q
    |||| ||| || ||||| ||||||    
T  44547625 gctgctccacatgctcagcctcaa 44547648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 133 - 256
Target Start/End: Original strand, 44547969 - 44548092
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||     
T  44547969 tcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaagagataggaagggtggtggcttctccacatgctcaacctcaagagctgggaagggtggtt 44548068  T
Q  233 gctggtcctcaggctcaacctcaa 256  Q
    |||  ||| |||||||||||||||    
T  44548069 gctactccacaggctcaacctcaa 44548092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 169 - 250
Target Start/End: Original strand, 44547645 - 44547726
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaa 250  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  44547645 tcaaaagctaggaagggtggtggcgggtcctcaagctcaacctcaagagctaggaatggtggtggctggtcctcagactcaa 44547726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 169 - 250
Target Start/End: Original strand, 44547849 - 44547930
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaa 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  44547849 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaa 44547930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 133 - 260
Target Start/End: Original strand, 44547687 - 44547814
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    ||||||||||| || |||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||| | || ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||     
T  44547687 tcaagagctaggaatggtggtggctggtcctcagactcaagagctaggaagggtggttgttgctccacagactcaacctcaaaagctaggaagggtggtt 44547786  T
Q  233 gctggtcctcaggctcaacctcaagagc 260  Q
    ||| ||||||| |||||  |||||||||    
T  44547787 gctagtcctcaagctcaggctcaagagc 44547814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 169 - 260
Target Start/End: Original strand, 44547807 - 44547898
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagc 260  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  44547807 tcaagagctagaaagagtggtggttgctccacatgctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagc 44547898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 169 - 259
Target Start/End: Original strand, 44548047 - 44548137
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagag 259  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  44548047 tcaagagctgggaagggtggttgctactccacaggctcaacctcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagag 44548137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 133 - 250
Target Start/End: Original strand, 44547891 - 44548008
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtg 232  Q
    ||||||||||| || |||||| |||||| ||||   |||| ||||| |||||||||| |||| ||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||    
T  44547891 tcaagagctaggaatggtggtggctggttctcagactcaaaagctaagaagggtggttgctgctccacagacccaacctcaaaagctaggaagggtggtg 44547990  T
Q  233 gctggtcctcaggctcaa 250  Q
    ||||||||||||||||||    
T  44547991 gctggtcctcaggctcaa 44548008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 157 - 260
Target Start/End: Original strand, 44547357 - 44547454
Alignment:
Q  157 tggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaa 256  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547357 tggtcctcaggttcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaa------gagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaa 44547450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 169 - 260
Target Start/End: Original strand, 44547603 - 44547694
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagc 260  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| ||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  44547603 tcaaaagctaggaagggtgatggctgctccacatgctcagcctcaaaagctaggaagggtggtggcgggtcctcaagctcaacctcaagagc 44547694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 250
Target Start/End: Original strand, 44548089 - 44548170
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaa 250  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||| |||||    
T  44548089 tcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtgactggttctcagactcaa 44548170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 121 - 260
Target Start/End: Original strand, 44547393 - 44547532
Alignment:
Q  121 tggtcctcaggttcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaa------gagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaa 214  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||      ||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||          
T  44547393 tggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaa------ 44547486  T
Q  215 gagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagc 260  Q
    ||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  44547487 gagctaggaagggtggtgattgctcctcaggctcaacctcaagagc 44547532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 169 - 260
Target Start/End: Original strand, 44547969 - 44548054
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagc 260  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||| |||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||    
T  44547969 tcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaa------gagataggaagggtggtggcttctccacatgctcaacctcaagagc 44548054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 169 - 260
Target Start/End: Original strand, 44547765 - 44547856
Alignment:
Q  169 tcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagc 260  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||  |||||||||||| ||| ||||||| || ||| || ||||||||||||||||    
T  44547765 tcaaaagctaggaagggtggttgctagtcctcaagctcaggctcaagagctagaaagagtggtggttgctccacatgctcaacctcaagagc 44547856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 227
Target Start/End: Original strand, 44548167 - 44548261
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatcaagagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaaggg 227  Q
    |||| |||||| |||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||  |||| ||||||||||| |||||||    
T  44548167 tcaaaagctaggaagggtagtggctggtcctcaggctcaagagctaggaaggatggtggctgctccacaaactcagcctcaagagcttggaaggg 44548261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 133 - 250
Target Start/End: Original strand, 44548089 - 44548206
Alignment:
Q  133 tcaagagctagaaagggtggtagctggtcctcaagatca------agagctaggaagggtggtggctggtcctcaggctcaacctcaagagctaggaagg 226  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||      |||| |||||| ||||||| ||||| ||||| |||||       |||||||||||    
T  44548089 tcaaaagctaggaagggtggtggctggtcctcaagctcagcctcaagagttaggaatggtggtgactggttctcagactcaaa------agctaggaagg 44548182  T
Q  227 gtggtggctggtcctcaggctcaa 250  Q
    || |||||||||||||||||||||    
T  44548183 gtagtggctggtcctcaggctcaa 44548206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University