View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1540_low_27 (Length: 227)

Name: NF1540_low_27
Description: NF1540
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1540_low_27
NF1540_low_27
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (19-226)||(44547722-44547929)
chr8 (9-226)||(44547926-44548137)
chr8 (1-227)||(44547601-44547821)
chr8 (5-225)||(44547483-44547697)
chr8 (60-225)||(44547405-44547564)
chr8 (60-226)||(44547560-44547726)
chr8 (135-227)||(44548045-44548137)
chr8 (37-227)||(44547643-44547827)
chr8 (5-184)||(44547722-44547901)
chr8 (79-226)||(44548004-44548151)
chr8 (60-227)||(44547847-44548008)
chr8 (24-99)||(44547405-44547480)
chr8 (37-227)||(44547967-44548151)
chr8 (83-184)||(44548166-44548261)
chr8 (167-226)||(44548202-44548261)
chr8 (41-100)||(44548202-44548261)
chr8 (1-57)||(44547405-44547461)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 44547929 - 44547722
Alignment:
Q  19 tgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaa 118  Q
    ||||| |||| || ||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547929 tgagtctgagaaccagccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaa 44547830  T
Q  119 ccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctag 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  44547829 ccaccactctttctagctcttgagcctgagcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctag 44547730  T
Q  219 ctcttgag 226  Q
    ||||||||    
T  44547729 ctcttgag 44547722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 9 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 44548137 - 44547926
Alignment:
Q  9 ctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagca 108  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44548137 ctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagctcttgaggttgagca 44548038  T
Q  109 tgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaacca 208  Q
    ||||||| | ||||||| ||| ||| ||||||||||      ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  44548037 tgtggagaagccaccacccttcctatctcttgagcc------tgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgggtctgtggagcagcaacca 44547944  T
Q  209 cccttcctagctcttgag 226  Q
    |||||| ||||| |||||    
T  44547943 cccttcttagcttttgag 44547926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 44547821 - 44547601
Alignment:
Q  1 ctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44547821 ctttctagctcttgagcctgagcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttgag 44547722  T
Q  101 gttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagc 200  Q
      |||      ||| || |||||||  || ||||||||||||  |||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  44547721 tctga------ggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagc 44547628  T
Q  201 agcaaccacccttcctagctcttgagg 227  Q
    ||| | |||||||||||||| ||||||    
T  44547627 agccatcacccttcctagcttttgagg 44547601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 44547697 - 44547483
Alignment:
Q  5 ctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttg 104  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  44547697 ctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagcagccatcacccttcctagcttttgaggttg 44547598  T
Q  105 agcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagca 204  Q
    | | ||||||||| | ||||  ||| |||||||||||||       ||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||       
T  44547597 atcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagc------atgaggaccagctaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatc 44547504  T
Q  205 accacccttcctagctcttga 225  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  44547503 accacccttcctagctcttga 44547483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 60 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 44547564 - 44547405
Alignment:
Q  60 ttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggacta 159  Q
    |||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||| ||||||||||| |      |||||||| |    
T  44547564 ttgagcatgaggaccagctaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttcctagctcttgatc------ttgaggacca 44547471  T
Q  160 gcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttga 225  Q
    || ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  44547470 gctaccaccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttga 44547405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 60 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 44547726 - 44547560
Alignment:
Q  60 ttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggacta 159  Q
    ||||| ||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||| |  ||||||| ||| |||||| ||||| |||||  || |||  |    
T  44547726 ttgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagca 44547627  T
Q  160 gcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 226  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44547626 gccatcacccttcctagcttttgaggttgatcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgag 44547560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 135 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 44548137 - 44548045
Alignment:
Q  135 ctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgagg 227  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  44548137 ctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagctcttgagg 44548045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 37 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 44547827 - 44547643
Alignment:
Q  37 accacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagct 136  Q
    ||||| ||| |||||| |||||  ||||| || |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  44547827 accactctttctagctcttgagcctgagcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagct 44547728  T
Q  137 cttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgagg 227  Q
    ||      ||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||| || ||| | || |||||||||||||||| ||||||    
T  44547727 ct------tgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgagg 44547643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 5 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 44547901 - 44547722
Alignment:
Q  5 ctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttg 104  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||  ||    
T  44547901 ctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctg 44547802  T
Q  105 agcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgag 184  Q
    ||| || |||  | | ||||| ||| |||||| |||||  ||||| || |||  | |||||||||||||||||| |||||    
T  44547801 agcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttgag 44547722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 79 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 44548151 - 44548004
Alignment:
Q  79 accacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagct 178  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||| || ||| || ||||||| ||| |||||| |||||  ||||  || ||| |||||||||||||||| ||||    
T  44548151 accaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagct 44548052  T
Q  179 tttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 226  Q
     |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  44548051 cttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttcctatctcttgag 44548004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 60 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 44548008 - 44547847
Alignment:
Q  60 ttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggacta 159  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||| | ||||| |||  ||||| ||||| |||||       || |    
T  44548008 ttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgggtctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgagtctgaga------acca 44547915  T
Q  160 gcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgagg 227  Q
    || |||||| ||||||||| |||||| ||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  44547914 gccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgagg 44547847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 24 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 44547480 - 44547405
Alignment:
Q  24 ttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttga 99  Q
    |||||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  44547480 ttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttga 44547405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 37 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 44548151 - 44547967
Alignment:
Q  37 accacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagct 136  Q
    |||||| |||||| || |||||| ||||| || ||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | | ||||| ||| | ||||    
T  44548151 accaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagct 44548052  T
Q  137 cttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgagg 227  Q
    ||||||  ||||  || |||  ||| ||||||||||||| ||       ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  44548051 cttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttcctatct------cttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagcttttgagg 44547967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 44548261 - 44548166
Alignment:
Q  83 cccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttg 182  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||      ||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  44548261 cccttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgagcc------tgaggaccagccactacccttcctagcttttg 44548168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 167 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 44548261 - 44548202
Alignment:
Q  167 cccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 226  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  44548261 cccttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgag 44548202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 41 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 44548261 - 44548202
Alignment:
Q  41 cccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagcagcaaccacccttcctagctcttgag 100  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  44548261 cccttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgag 44548202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 57
Target Start/End: Complemental strand, 44547461 - 44547405
Alignment:
Q  1 ctttctagctcttgagcctgagtttgaggactagcaaccacccttcctagcttttga 57  Q
    ||||||||||||||||  ||||  ||||||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  44547461 ctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttga 44547405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University