View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15420_low_1 (Length: 968)

Name: NF15420_low_1
Description: NF15420
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15420_low_1
NF15420_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-938)||(45790480-45791414)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 861; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 861; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 45791414 - 45790480
Alignment:
Q  12 tagattattctgattcacaaatacaggtattaatagtgggggaaatttaatcctcaagacgcactgtgttttgattatgtgtgtaaataaatcctttgga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45791414 tagattattctgattcacaaatacaggtattaatagtgggggaaatttaatcctcaagacgcactgtgttttgattatgtgtgtaaataaatcctttgga 45791315  T
Q  112 atcttaaataaattaaaaatagatgcaaccttgacagtagaaagaacaagattggcatgtttttcctgccactcagttaaatcctgcctaatattagaaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45791314 atcttaaataaattaaaaatagatgcaaccttgacagtagaaagaacaagattggcatgtttttcctgccactcagttaaatcctgcctaatattagaaa 45791215  T
Q  212 ctgcgggaacatcaaacagttctgtatcatctgcaaatggtaaccaaaattgatataagcttcaggtataaaataataaagggaagcaacaactgataat 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45791214 ctgcgggaacatcaaacagttctgtatcatctgcaaatggtaaccaaaattgatataagcttcaggtataaaataataaagggaagcaacaactgataat 45791115  T
Q  312 acaaacttcaaacttcatagcaatatagcatttatactaaagtacaagcatttgcttgattgagtaaatggaaagtaggataatggaaattttggactta 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45791114 acaaacttcaaacttcatagcaatatagcatttatactaaagtacaagcatttgcttgattgagtaaatggaaagtaggataatggaaattttggactta 45791015  T
Q  412 aacaaaggtagaaaatgtaatgcattggctgtaacttctagagtatatcagtt-------acaatgtaatgcattcaaaaccaagtttgtttgattgtgt 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45791014 aacaaaggtagaaaatgtaatgcattggctgtaacttctagagtatatcagttacaacttacaatgtaatgcattcaaaaccaagtttgtttgattgtgt 45790915  T
Q  505 taaatataatgctttggaaatcaagttgaagtttccaactttttaggaattttcaccagcatgttaatttcaaagtaaaattgatttcttgaccgaaaag 604  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45790914 taaatataatgcattggaaatcaagttgaagtttccaactttttaggaattttcaccagcatgttaatttcaaagtaaaattgatttcttgaccgaaaag 45790815  T
Q  605 taaactgacttttgcatcaaaacaaagaactactattccattaaatgtgtacacacaaaaatactctcatcatttgatgcttcattattacttcaacaat 704  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45790814 taaactaacttttgcatcaaaacaaagaactactattccattaaatgtgtacagacaaaaatactctcatcatttgatgcttcattattacttcaacaat 45790715  T
Q  705 atctacgcacccatatcagtaatcacacatctaatagtaagccatttttattaatattatgcaaatgacatttattgtgtcaaaagtcaaaatcaatttc 804  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45790714 atctacacactcatatcagtaatcacacatctaatagtaagccatttttattaatactatgcaaatgacatttattgtgtcaaaaatcaaaatcaatttc 45790615  T
Q  805 acatctataattgacaaccagtttcagctaaaggcaattttacaaactctaatccaaacacaaacac-agtgtgttcaccccatcgtccaatttccctca 903  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45790614 acatctataattgacaaccagtttcagctaaaggcaattttacaaactctaatccaaacacaaacacaagtgtgttcaccccatcgtccaatttccctca 45790515  T
Q  904 agaaaaaccaagaactactctttaacacactcttt 938  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  45790514 agaaaaactaagaactactcttttacacagtcttt 45790480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University