View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15422_low_1 (Length: 693)

Name: NF15422_low_1
Description: NF15422
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15422_low_1
NF15422_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (12-679)||(42215562-42216229)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 656; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 656; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 42216229 - 42215562
Alignment:
Q  12 gagatgaatatggaaatcctaggtatggttattattcttatatcattaacccttaattgtttgttatatatattttttatttcttgataataagattaca 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42216229 gagatgaatatggaaatcctaggtatggttattattcttatatcattaacccttaattgtttgctatatatattttttatttcttgataataagattaca 42216130  T
Q  112 aaggtttgaggaaatgatgatggttacgatgcagtggttgtgattacgggactctagacaaggataaggtgatggggaggatagtgtattgtgccggggg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42216129 aaggtttgaggaaatgatgatggttatgatgcagtggttgtgattacgggactctagacaaggataaggtgatggggaggatagtgtattgtgccggggg 42216030  T
Q  212 tacaggcagccaggacttgaccattaaagagttaggaggagcaggaaccatagtaggacttgaagaagacgaagatgcttcctacgccacagttattcca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42216029 tacaggcagccaggacttgaccattaaagagttaggaggagcaggaaccatagtaggacttgaagaagacgaagatgcttcctacaccacagttattcca 42215930  T
Q  312 ggggcgtttgttgatatgtatactgtaggcaaaaacattgaaatctatattaattccacaaagtaagctctttttcactctccttttaaccataccccaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42215929 ggggcgtttgttgatatgtatactgtaggcaaaaacattgaaatctatattaattccacaaagtaagctctttttcactctccttttaaccataccccaa 42215830  T
Q  412 ttgggcaatgtgatgaatttttgaaaataaatgaactaacctgaagtaatctttgactggttttaaattcaggaatcctcaagctgttatttacaagtca 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42215829 ttgggcaatgtgatgaatttttgaaaataaatgaactaacctgaagtaatctttgactggttttaaattcaggaatcctcaagctgttatttacaagtca 42215730  T
Q  512 gcaagtacaagattccctgctccatatcttgcttctttttcatctagagggcctcaaaaaatcactcccaacatcctcaaggtgatcatcatttttctat 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42215729 gcaagtacaagattccctgctccatatcttgcttctttttcatctagagggcctcaaaaaatcactcccaacatcctcaaggtgatcatcatttttctat 42215630  T
Q  612 cttttatcccttgtgttgtgctctatctggtttgtcttctaaatgtcaacattttatgtgaagcctga 679  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42215629 cttttatcccttgtgttgtgctctatctggtttgtcttctaaatgtcaacattttatgtgaagcctga 42215562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University