View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15423_low_25 (Length: 464)
Name: NF15423_low_25
Description: NF15423
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15423_low_25 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 5867511 - 5867076
Alignment:
| Q |
18 |
cactgataattccctccatattgtttacagctaaattcaacacaaccaaatttgataactggtaaatgcttctttccaatgacccgtttagtcgattaat |
117 |
Q |
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| T |
5867511 |
cactgataattccctccatattgtttacagctaaattcaacacaaccaaatttgataactggtaaatgcttctttccaatgacccgtttagttgattaat |
5867412 |
T |
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| Q |
118 |
agaaagacgcaattctttcaaactattttggccatgatcttgtcccaatgttgaaggtattgagccactgagcatattatatgatagatcaagtgctaca |
217 |
Q |
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| T |
5867411 |
agaaagacgcaattctttcaaactattttggccatgatcttgtcccaatgttgaaggtattgagccactgagcatattatatgatagatcaagtgctaca |
5867312 |
T |
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| Q |
218 |
agattcactagcttgtcaaagaaatttggtattaaaccattgagactattttttgacagatcaagtattgcaagagttgtcaccctctcaattgaatatg |
317 |
Q |
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| T |
5867311 |
agattcactagcttgtcaaagaaatttggtattaaaccattgagactattttttgacagatcaagtattgcaagagttgtcaccctctcaattgaatatg |
5867212 |
T |
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| Q |
318 |
aaatttgaccttgtaaattattatttgagagattaaggttttgaaggtgatgacaattttcaaacaaccaatcagggatagtcatattgaaattattgcc |
417 |
Q |
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| T |
5867211 |
aaatttgaccttgtaaattattatttgagagattaaggttttgaaggtgatgacaattttcaaacaaccaatcagggatagtcatattgaaattattgcc |
5867112 |
T |
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| Q |
418 |
agacagatcaagggttacaagagaatcaaaattcat |
453 |
Q |
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| T |
5867111 |
agacagatcaagggttacaagagaatcaaaattcat |
5867076 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 453
Target Start/End: Original strand, 36977560 - 36977995
Alignment:
| Q |
18 |
cactgataattccctccatattgtttacagctaaattcaacacaaccaaatttgataactggtaaatgcttctttccaatgacccgtttagtcgattaat |
117 |
Q |
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| T |
36977560 |
cactgataattccctccatatcgtttccagctaagtccaacacaaccaaatttgataactggtgaatgcttctttccaatgatccgtttagttgattaat |
36977659 |
T |
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| Q |
118 |
agaaagacgcaattctttcaaactattttggccatgatcttgtcccaatgttgaaggtattgagccactgagcatattatatgatagatcaagtgctaca |
217 |
Q |
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| T |
36977660 |
agaaagacgcaattctttcaaactatttaggccatgatcttgtcccaatgtggaaggtattgagccactgagcatattatatgatagatcaagtgctaca |
36977759 |
T |
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| Q |
218 |
agattcactagcttgtcaaagaaatttggtattaaaccattgagactattttttgacagatcaagtattgcaagagttgtcaccctctcaattgaatatg |
317 |
Q |
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| T |
36977760 |
agattcactagccagtcaaagaaatttggtattgaaccattgagactattttttgacagatcaagtgttgcaagagttgtcaccctctcaattgaatatg |
36977859 |
T |
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| Q |
318 |
aaatttgaccttgtaaattattatttgagagattaaggttttgaaggtgatgacaattttcaaacaaccaatcagggatagtcatattgaaattattgcc |
417 |
Q |
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| T |
36977860 |
gaatttgaccttgtaaattattatttgagagattaaggttttgaaggtgatgacaattttcaaacaaccaatcagggatagtcatattgaaattattgcc |
36977959 |
T |
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| Q |
418 |
agacagatcaagggttacaagagaatcaaaattcat |
453 |
Q |
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| T |
36977960 |
agacagatcaagggttacaagagaatcaaaattcat |
36977995 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 18 - 452
Target Start/End: Original strand, 36965821 - 36966252
Alignment:
| Q |
18 |
cactgataattccctccatattgtttacagctaaattcaacacaaccaaatttgataactggtaaatgcttctttccaatgacccgtttagtcgattaat |
117 |
Q |
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| T |
36965821 |
cactgataattccctccatattgtttacagctaagttcaacacaaccaaacttgataactggtgaatgcttctttccaatgatccgtttagttgattaat |
36965920 |
T |
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| Q |
118 |
agaaagacgcaattctttcaaactattttggccatgatcttgtcccaatgttgaaggtattgagccactgagcatattatatgatagatcaagtgctaca |
217 |
Q |
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| T |
36965921 |
agaaagatgcaattctttcaaattatttaggccatgatcttgtcccaatgtggaaggtattgagccactgagcatattatatgatagatcaagtgctaca |
36966020 |
T |
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| Q |
218 |
agattcactagcttgtcaaagaaatttggtattaaaccattgagactattttttgacagatcaagtattgcaagagttgtcaccctctcaattgaatatg |
317 |
Q |
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| T |
36966021 |
agattcactagccagtcaaagaaatttggtattgaaccaatgagactattttttgacagatcaagtatttcaagagttgttaatctcacaattgaatatg |
36966120 |
T |
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| Q |
318 |
aaatttgaccttgtaaattattatttgagagattaaggttttgaaggtgatgacaattttcaaacaaccaatcagggatagtcatattgaaattattgcc |
417 |
Q |
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| T |
36966121 |
gtataagaccttgtaaattattcaatgagagattaagattttgaaggtgatgacacttttcaaacaaccaatcaggg---gtactattgaaataattgat |
36966217 |
T |
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| Q |
418 |
agacagatcaagggttacaagagaatcaaaattca |
452 |
Q |
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| T |
36966218 |
agacagatcaagagttacaagagaatcaaaattca |
36966252 |
T |
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