View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15423_low_4 (Length: 980)

Name: NF15423_low_4
Description: NF15423
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15423_low_4
NF15423_low_4
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (222-972)||(5390629-5391382)
chr1 (278-891)||(5399404-5400017)
chr1 (275-924)||(5394220-5394869)
chr1 (11-155)||(5390413-5390557)
chr1 (90-151)||(5394056-5394118)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (414-833)||(3818681-3819103)
chr3 (414-833)||(47338774-47339196)
chr3 (465-844)||(47347233-47347615)
chr3 (580-674)||(47349942-47350036)
chr3 (757-833)||(47349783-47349859)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 688; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 688; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 222 - 972
Target Start/End: Original strand, 5390629 - 5391382
Alignment:
Q  222 ttgttcttcccaccccaccaggcgaactttatttcaaacaatccagagctcagatcatcatggcacaatcttgtagactttagtcttgtcaatcgaacta 321  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  5390629 ttgttcttcccaccccaccaggggaactttatttcaaacaatccagagctcagatcatcatggcacaatcttgtacactttagttttgtcaatccaacta 5390728  T
Q  322 atgaaagaattcttagaattcctaaatcccaagaatccatgttccttagccttgttcatactatccaacacaccctccactctcaacataaaatctgcaa 421  Q
    |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5390729 atgaacacattcttagaattcctaaatcccaagaatccatgttccttagacttgttcatactatccaacacaccctccactctaaacataaaatctgcaa 5390828  T
Q  422 accaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataa 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390829 accaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataa 5390928  T
Q  522 cctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctg 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390929 cctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctg 5391028  T
Q  622 cagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatg 721  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5391029 cagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatg 5391128  T
Q  722 cagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtga 821  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5391129 caccttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtga 5391228  T
Q  822 aaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttacccacctgaataaaaatatagttcatctaattatataa---tagt 918  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  5391229 aaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttacccacctgaataaaaatatagttcatctaattatataatagtagt 5391328  T
Q  919 gtatgttgtgacgtattttattgacaataatttgtttgtttagtataatctacc 972  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  5391329 gtatgttgtgacgtattttattgacaataatttgtttgtttagtttaatttacc 5391382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 566; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 278 - 891
Target Start/End: Original strand, 5399404 - 5400017
Alignment:
Q  278 atcatggcacaatcttgtagactttagtcttgtcaatcgaactaatgaaagaattcttagaattcctaaatcccaagaatccatgttccttagccttgtt 377  Q
    |||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  5399404 atcatggcacaatcttgtaagcttttgtcttatcaatccaactaatgaacgaattcttagaattcctaaatcctaagaatccatgttccttagacttgtt 5399503  T
Q  378 catactatccaacacaccctccactctcaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcaca 477  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5399504 catactatccaacacaccctccactctaaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctcaca 5399603  T
Q  478 atctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgcta 577  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399604 atctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgcta 5399703  T
Q  578 acaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttc 677  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399704 acaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttc 5399803  T
Q  678 ggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcg 777  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5399804 ggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcg 5399903  T
Q  778 taaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttcttac 877  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5399904 taaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcgttccttttttcttac 5400003  T
Q  878 ccacctgaataaaa 891  Q
    ||||||||||||||    
T  5400004 ccacctgaataaaa 5400017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 275 - 924
Target Start/End: Original strand, 5394220 - 5394869
Alignment:
Q  275 atcatcatggcacaatcttgtagactttagtcttgtcaatcgaactaatgaaagaattcttagaattcctaaatcccaagaatccatgttccttagcctt 374  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||    
T  5394220 atcatcatggcacaatcttgtaagcttttgtcttgtcaatccaactaatgaatgaattcttagaattcctaaatcctatgaatccatgttccttagcttt 5394319  T
Q  375 gttcatactatccaacacaccctccactctcaacataaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctc 474  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5394320 gttcatagaatccaacacaccctccagtctcaaactaaaatctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtacaacaattcattctccctc 5394419  T
Q  475 acaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctg 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5394420 acaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaactccgacccctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctg 5394519  T
Q  575 ctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttg 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5394520 ctaacaccttccacaaatgtttccacttgaaaacatcaccattactgcaattgaatgcttcattctttgcgttaggatccgctgcaccccaaatatgttg 5394619  T
Q  675 ttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgca 774  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  5394620 ttcggctattaaattagcatctgaagcagtagaataacactcccatgcaccttttgagccaggaaaccttaaaggaagaccctcatgcttgcaaattgcg 5394719  T
Q  775 gcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtcgattaatgaaccatgtcattccttttttct 874  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5394720 gcgtaaacacaaagcgtgccaatgacgttcatcatgctataaggtgaaaatccaaagatggggtgtggtcgattaatgaaccatgtcgttccttttttct 5394819  T
Q  875 tacccacctgaataaaaatatagttcatctaattatataatagtgtatgt 924  Q
    |||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  5394820 tacccacctgaacaaatatattgttcatttaattatataataatgtatgt 5394869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 11 - 155
Target Start/End: Original strand, 5390413 - 5390557
Alignment:
Q  11 acagaataatttagatagataaaaccaccaattcactttcatattacataaaactcttttgaaaatgagcagaggtgtaaagaagttaagagaattaaga 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390413 acagaataatttagatagataaaaccaccaattcactttcatattacataaaactcttttgaaaatgagcagaggtgtaaagaagttaagagaattaaga 5390512  T
Q  111 aatagtgaaagttagaaaattaccaacaagtgaacattattcttt 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5390513 aatagtgaaagttagaaaattaccaacaagtgaacattattcttt 5390557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 151
Target Start/End: Original strand, 5394056 - 5394118
Alignment:
Q  90 aagaagttaagagaattaagaaatagtgaaagttagaaaattacc-aacaagtgaacattatt 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  5394056 aagaagttaagagaattaagaaatagcgaaagtgtgaacattaccaaacaagtgaacattatt 5394118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 80; Significance: 5e-37; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 414 - 833
Target Start/End: Original strand, 3818681 - 3819103
Alignment:
Q  414 atctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaa 513  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||   |  |||  |||||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||     
T  3818681 atctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgttacctgcaacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaac 3818780  T
Q  514 tccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacat 610  Q
    |||| |||| |||| |   ||||  |||| || || ||||| || || ||| ||||  |||| || |  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  3818781 tccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacat 3818880  T
Q  611 cgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaata 710  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |  || ||||  ||||| |||||  |  | ||    
T  3818881 caccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcagcccaaatatgttgttcagcaatcaaatctgcatcagaagccatgtagta 3818980  T
Q  711 acattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatg 810  Q
    |   ||||| ||    || |  || ||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||||     
T  3818981 attctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcata 3819080  T
Q  811 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 833  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  3819081 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 3819103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 414 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 47339196 - 47338774
Alignment:
Q  414 atctgcaaaccaccaatctccaacttcttcaagcttggtgtgcaacaattcattctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaa 513  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||   |  |||  |||||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||     
T  47339196 atctgcaaaccaccactcagcaacttcttccagcttcgtcacctgcaacccattctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaac 47339097  T
Q  514 tccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatctcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacat 610  Q
    |||| |||| |||| |   ||||  |||| || || ||||| || || ||| ||||  |||| || |  ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  47339096 tccgttaacttcaaacgaggaccttcctcgtcgaacccatactcctcaatcccaaattgttccgcgataaccttccacaattgcttccacctaaaaacat 47338997  T
Q  611 cgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaata 710  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |  || |||| |||||| |||||  |  | ||    
T  47338996 caccattactacaattgaatgcttcattcttagcataaggatccactgcagcccaaatatgttgctcagcaatcaaatcagcatcagaagccatgtagta 47338897  T
Q  711 acattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatg 810  Q
    |   ||||| ||    || |  || ||||| || || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||  ||||||||     
T  47338896 attctcccaagctaacttagtccctggaaatctcaacggaacaccctcatgcttacaaattgcagcgtaaacacaaatagttccaatgatattcatcata 47338797  T
Q  811 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 833  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  47338796 ctgtaaggtgaaaatccaaagat 47338774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 465 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 47347615 - 47347233
Alignment:
Q  465 attctccctcacaatctcttcccacacaccacccttatccttcatcaaatccgataacctcaa-ctccgacc--cctcctcaaatccataatcatcgatc 561  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| |||  |||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |   ||||  |||| ||||| ||||| || || |||    
T  47347615 attctccttcacaatctcatcccaaacaggacccttatccttcatcaactccgacaacttcaaacgaggaccttcctcgtcaaacccatactcctcaatc 47347516  T
Q  562 tcaaaccgttctgctaacaccttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcac 661  Q
     ||||| |||| || || |||||||| |  |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| |||| ||||||||||||      
T  47347515 ccaaactgttccgccaaaaccttccatagttgtttccatctaaaaacatcaccattgctacagttaaaagcttcgttcttagcataaggatccactgcgg 47347416  T
Q  662 cccaaatatgttgttcggatattaaattagcatctgaagctgttgaataacattcccatgcagcttttgagccaggaaaccttaatggaagaccctcatg 761  Q
    ||||||||||||| || |  || ||||  ||||| |||||    |||||| | ||||| ||  | ||||  || |||||  | || |||| ||| || ||    
T  47347415 cccaaatatgttgctctgcaatcaaatccgcatcagaagccacagaataagactcccaagctccctttgtaccgggaaatttcaacggaacaccttcgtg 47347316  T
Q  762 cttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagataacttgtggtc 844  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||  || ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  47347315 cttgcaaattgcagcataaacacaaagtgtaccaacgagattcatcaaactataaggtgaaaatccaaatataacttgaggtc 47347233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 580 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 47350036 - 47349942
Alignment:
Q  580 accttccacaaatgtttccacctgaaaacatcgccattgctgcagttgaatgcttcattctttgcattaggatccactgcaccccaaatatgttg 674  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||| |||||    
T  47350036 accttccacaattgtttccacctaaaaacatcaccattgctacaattgaacgcttcattcttagcataagtatccactgcagcccaaatgtgttg 47349942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 757 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 47349859 - 47349783
Alignment:
Q  757 tcatgcttgcaaattgcagcgtaaacacaaagcgtgccaatgaggttcatcatgctgtaaggtgaaaatccaaagat 833  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |  |||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  47349859 tcatgcttgcaaattgcagcgtaaaggcaaagcgtgccaacaacattcatcaaactgtaaggtgagaatccaaagat 47349783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University