View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15423_low_7 (Length: 776)
Name: NF15423_low_7
Description: NF15423
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15423_low_7 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 662; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 662; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 6227309 - 6226562
Alignment:
| Q |
18 |
tatttatcttttgacagtggtaaatttttaagccagcaatgctcaggtctttgcagaagatacggtaatcttctggctagcagaatttaaaattcttcta |
117 |
Q |
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| T |
6227309 |
tatttatcttttgacagtggtaaattt--aagccagcaatgctcaggtctttgcagaagatacggtaatcttctggctagcagaatttaaaattcttcta |
6227212 |
T |
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| Q |
118 |
ataagaatcttcaaatatccagactttactgcaatctgcaaaatgttttgaaagatcgtgaaaataggcggattataggctaatcaataagcaacatgct |
217 |
Q |
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| T |
6227211 |
ataagaatcttcaaatatccagactttaatgcaatctgcaaaatgttttgaaagatcgtgaaaataggcggattataggctaatcaacaagcaacatgct |
6227112 |
T |
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| Q |
218 |
agatgaataattccaagtctttaggggtaaaacaatgaatggtaactttatataaattgtaatgcacagaaaagcataggataatatttagctcattctt |
317 |
Q |
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| T |
6227111 |
agatgaataattccaagtctttaggggtaaaacaatgaatggtaactttatataaattgtaatgcacagaaaagcataggattatatttagcacattctt |
6227012 |
T |
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| Q |
318 |
gtcgtttattattatcatcgctgtaaatattgcagtatagcaccgggaactgacctgtttatcatggctcatgtgtgcatgtgatgatccagtgtgtagg |
417 |
Q |
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| T |
6227011 |
gtcgtttattattatcatcgctgtaaatattgcagtatagcaccgggaactgacctgtttatcatggctcatgtgtgcatgtgatgatccagtgtgtagg |
6226912 |
T |
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| Q |
418 |
catgactatcagaaggacttgtaccaggtctaacaacaaatgccaatacaaaacctnnnnnnntgagcaagaacataagtctaggtagcgaagtaccaga |
517 |
Q |
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| T |
6226911 |
catgactatcagaaggacttgtaccaggtctaacaacaaatgccaatacaaaacctaacaaaatgagcaagaacataagtctaggtagcgaagtaccaga |
6226812 |
T |
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| Q |
518 |
aatattcatcgaaactactaaaaactatctttgggagtcaaatagcatttctaaatacatgattatactcacaagataacacattgattttatcattctg |
617 |
Q |
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| T |
6226811 |
aatattcatcgaaactactaaaaactatctttgggagtcaaatagcatttctaaatacatgattatactcacaagataacacattgattttatcattctg |
6226712 |
T |
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| Q |
618 |
catttgtgaaaaagttgtgaaagctgctagcccaaacacgccaaaacggtannnnnnnncccaactaacttatatagtatgcgcattttgctaacattta |
717 |
Q |
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| T |
6226711 |
catttgtgaaaaagttgtgaaagctgctagcccaaacacaccaaaacagtatttttttgcctaactaacttatatagtatgcgcattttgctaacattta |
6226612 |
T |
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| Q |
718 |
taccaggacaaattagctctcaaacagtcatgactcgagaataatctacc |
767 |
Q |
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| T |
6226611 |
taccaggacaaattagctctcaaacagtcatgactcgagaataagctacc |
6226562 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 1694013 - 1693717
Alignment:
| Q |
18 |
tatttatcttttgacagtggtaaatttttaagccagcaatgctcaggtctttgcagaagatacggtaatcttctggctagcagaatttaaaattcttcta |
117 |
Q |
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| T |
1694013 |
tatttatattttgacagtggtaaattg--aagccagcaatgctcaggtctttgcagaagatacagtaatcttctggctagcagaatttaaaattcctcta |
1693916 |
T |
|
| Q |
118 |
ataagaatcttcaaatatccagactttactgcaatctgcaaaatgttttgaaagatcgtgaaaataggcggattataggctaatcaataagcaacatgct |
217 |
Q |
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| T |
1693915 |
ataagaatcttcaaatatctagactttactgcaatctgcaaaatgtcttaaaagattgtgaaaataagcggattataggccaatcaataagcaacatgcc |
1693816 |
T |
|
| Q |
218 |
agatgaataattccaagtctttaggggtaaaacaatgaatggtaactttatataaattgtaatgcacagaaaagcataggataatatttagctcattctt |
317 |
Q |
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| T |
1693815 |
agatgaataattcaaagtctttaggggt--aactatgaatggtaactttatatacattgtaatgcacagaaaagcatatgattatattgagctcattctt |
1693718 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 37060627 - 37060082
Alignment:
| Q |
20 |
tttatcttttgacagtggtaaatttttaagccagcaatgctcaggtctttgcagaagatacggtaatcttctggctagcagaatttaaaattcttctaat |
119 |
Q |
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| T |
37060627 |
tttatcttttgacagtggtaaattt--aagccagcaatgctcaggtctttgcagaagatacagtaatcttcaggctagcagaatttaaaattcttctaat |
37060530 |
T |
|
| Q |
120 |
aagaatcttcaaatatccagactttactgcaatctgcaaaatgttttgaaagatcgtgaaaataggcggattataggctaatcaataagcaacatgctag |
219 |
Q |
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|
| T |
37060529 |
aagaatcttcaaatatccagacttcactgcaatctgcaaaatgttttgaaagatcgtgataataggcatattataggccaaccaataagcaacatgctag |
37060430 |
T |
|
| Q |
220 |
atgaataattccaagtctttaggggtaaaacaatgaatggtaactttatataaattgtaatgcacagaaaagcataggataatatttagctcattcttgt |
319 |
Q |
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| T |
37060429 |
atgaattattccaggtctttgagggt--aacaatgaatggtaactttatatacattgtaatgcacagaaaagcatatgattatatttatctcattcttat |
37060332 |
T |
|
| Q |
320 |
cgtttattattatcatcgctgtaaatattgcagtatagcaccgggaactgacctgtttatcatggctcatgtgtgcatgtgatgatccagtgtgtaggca |
419 |
Q |
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| T |
37060331 |
cgtttattattatcatcgctataaatattgcagtatagcaccgggaactgacc---ttatcatggctcatgtgtgcatgtgatgatccagtgtgtaggca |
37060235 |
T |
|
| Q |
420 |
tgactatcagaaggacttgtaccaggtctaacaacaaatgccaatacaaaacctnnnnnnntgagcaagaacataagtctaggtagcgaagtaccagaaa |
519 |
Q |
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| T |
37060234 |
tgactatcagaaggacttgtacccggcctaacaacaaataccaatacaaaaccaaacaaaatgagtaagaacataagtctaggtagcaaagtatcagaaa |
37060135 |
T |
|
| Q |
520 |
tattcatcgaaactactaaaaactatctttgggagtcaaatagcatttctaaa |
572 |
Q |
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| T |
37060134 |
tattcatcgaagttactaaaaactgtttttgggagtcaaataccatttctaaa |
37060082 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 573 - 753
Target Start/End: Complemental strand, 37059281 - 37059095
Alignment:
| Q |
573 |
tacatgattatactcacaagataacacattgattttatcattctgcatttgtgaaaaagt--tgtgaaagctgctagcccaaacacgcc--aaaacggta |
668 |
Q |
| |
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| T |
37059281 |
tacaggattatgttcacaagataacacattgattttatcattctgcatttgtgaaaaaaaaatgtgaaagctgctagcccaaacacacataaaaacagta |
37059182 |
T |
|
| Q |
669 |
nnnnnnnn--cccaactaacttatatagtatgcgcattttgctaacatttataccaggacaaattagctctcaaacagtcatgactc |
753 |
Q |
| |
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|
| T |
37059181 |
ttttttttttcctaactaatttatatagtatgcacattttgctaacatttataccaggacaaattagatctcaaagagtcatgactc |
37059095 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 8773359 - 8773655
Alignment:
| Q |
18 |
tatttatcttttgacagtggtaaatttttaagccagcaatgctcaggtctttgcagaagatacggtaatcttctggctagcagaatttaaaattcttcta |
117 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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| T |
8773359 |
tatttatattttgacagtggtaaatta--aagccagcaatgctaaggtctttgcagaagatacagtaatcttctggctagcagaatttaaaattcctcta |
8773456 |
T |
|
| Q |
118 |
ataagaatcttcaaatatccagactttactgcaatctgcaaaatgttttgaaagatcgtgaaaataggcggattataggctaatcaataagcaacatgct |
217 |
Q |
| |
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|
| T |
8773457 |
ataagaatcttcaaatatcaagactttactgcaatctgcaaaatgtcttaaaagattgtgaaaataagcggattataggccaatcaataagcaacatgcc |
8773556 |
T |
|
| Q |
218 |
agatgaataattccaagtctttaggggtaaaacaatgaatggtaactttatataaattgtaatgcacagaaaagcataggataatatttagctcattctt |
317 |
Q |
| |
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||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |
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| T |
8773557 |
agatgaataattcaaagtctttaggggt--aactatgaatggtaactttatatacattgtaatgcacagaaaagcatatgattatattgagctcattctt |
8773654 |
T |
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