View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15426_high_4 (Length: 735)

Name: NF15426_high_4
Description: NF15426
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15426_high_4
NF15426_high_4
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (14-735)||(5774304-5775018)
chr5 (119-735)||(5768137-5768738)
chr5 (444-735)||(5775102-5775393)
chr5 (176-297)||(465679-465800)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 735
Target Start/End: Original strand, 5774304 - 5775018
Alignment:
Q  14 acatcatcatggaaagaagaaaggtgaaaaatcagagatgaagcacatgtgcgtgtgcagaaatttttcaaatgcctaggtgaaatactattatatatat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  5774304 acatcatcatggaaagaagaaaggttaaaaatcagagatgaagcacatgtgtgtgtgcagaaatttttcaaatgcctaggtgaaatactattatata--- 5774400  T
Q  114 aactttactcattcgattagttacattctaaataacacaaaatttccacaannnnnnnn-ataactgacctgagtttctttaacagtgtatctctcaagt 212  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5774401 -actttactcattcgattagttacattctaaataacacaaaatttccacaattcctttttataactgacctgagtttctttaacagtgtatctctcaagt 5774499  T
Q  213 acggttttcttctcattgtcagtcagcagctgatgttctggcacaagcttgtgatatcttacattaaccagcaattcagcctcctgcaagcacgcacaca 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5774500 acggttttcttctcattgtcagtcagcagctgatgttctggcacaagcttgtgatatcttacattaaccagcaattcagcctcctgcaagcacgcataca 5774599  T
Q  313 ctaacaacagttacctcaaccataaacaaccaccacagaatttgattgatcgatcgatcgaatgatgaattacctgaaaaacttccaaatgatatttgga 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5774600 ctaacaacagttacctcaaccataaacaaccaccacagaatttgattgattgatcgat----tgatgaattacctgaaaaacttccaaatgaaatttgga 5774695  T
Q  413 gtcgaactgagagatactgttccatgccatgttagtaaggctggtctggcaaacgatgatggccctgtagacattctccgagttcatgcgtttggtgtaa 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5774696 gtcgaactgagagatactgttccatgccatgttagtaaggctggtctggcaaacgatgatggccctgtagacattctccgagttcatgcgtttggtgtaa 5774795  T
Q  513 gtcctgaaggtgtggacgccaaccttctcatcctccgggaagaagacataaatctggtcagagggattgtcctttttcgccttgttgatgacaaggtctt 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5774796 gtcctgaaggtgtggacgccaaccttctcatcctccgggaagaagacataaatctggtcagagggattgtcctttttcgccttgttgatgacaaggtctt 5774895  T
Q  613 ctctcttcatgtgctccccatatttctccttgaactcttctttcgacatgttaacctcaaaatctcctacgaggtaattcctatccctaagcatctccat 712  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5774896 ctctattcatgtgctccccatatttctccttgaactcttctttcgacatgttaacctcaaaatctcctacgaggtaattcctatccctaagcatctccat 5774995  T
Q  713 caccgtcttccggatcctataca 735  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  5774996 caccgtcttccggatcctataca 5775018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 119 - 735
Target Start/End: Original strand, 5768137 - 5768738
Alignment:
Q  119 tactcattcgattagttacattctaaataacacaaaatttccacaannnnnnnnataactgacctgagtttctttaacagtgtatctctcaagtacggtt 218  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||        |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  5768137 tactcattcgattagtcacattctaaataacacaa--tttcatcaattttatttataactgacctgagtttctttaacggtgtatctctcgagtaaggtt 5768234  T
Q  219 ttcttctcattgtcagtcagcagctgatgttctggcacaagcttgtgatatcttacattaaccagcaattcagcctcctgcaagcacgcacacactaaca 318  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  5768235 ttcttctcattgtcggtcagcacctgatgttctggcacaagctcgtgatatcttacgttaaccagcaattcagcctccttcaagaacgcatacactaaca 5768334  T
Q  319 acagttacctcaaccataaacaaccaccacagaatttgattgatcgatcgatcgaatgatgaattacctgaaaaacttccaaatgatatttggagtcgaa 418  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  5768335 acggttacctcaaccattaacaaccaccacaaaatttgattgattgatggat----tgatgaattacctgaaaaacttccaaatgaaatttggagtcgat 5768430  T
Q  419 ctgagagatactgttccatgccatgttagtaaggctggtctggcaaacgatgatggccctgtagacattctccgagttcatgcgtttggtgtaagtcctg 518  Q
     | |||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  5768431 ttcagagag---------tgccatgttagtaaggctggtctggcaaacgatgatggctctgtagacattctcggagttcatacgtttggtgcaagtcctg 5768521  T
Q  519 aaggtgtggacgccaaccttctcatcctccgggaagaagacataaatctggtcagagggattgtcctttttcgccttgttgatgacaaggtcttctctct 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5768522 aaggtgtggacgccaaccttctcatcctccgggaagaagacataaatctggtcagagggattgtcctttttcgccttgttgatgacaaggtcttctctat 5768621  T
Q  619 tcatgtgctccccatatttctccttgaactcttctttcgacatgttaacctcaaaatctcctacgaggtaattcctatccctaagcatctccatcaccgt 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5768622 tcatgtgctccccatatttctccttgaactcttctttcgacatgttaacctcaaaatctcctacgaggtaattcctatctctaagcatctccatcaccgt 5768721  T
Q  719 cttccggatcctataca 735  Q
    |||||||||||||||||    
T  5768722 cttccggatcctataca 5768738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 444 - 735
Target Start/End: Original strand, 5775102 - 5775393
Alignment:
Q  444 ttagtaaggctggtctggcaaacgatgatggccctgtagacattctccgagttcatgcgtttggtgtaagtcctgaaggtgtggacgccaaccttctcat 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||  ||| || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  5775102 ttagtaaggctggtctggcaaacgacgatggctctgtagacattgtcggaggacatacgattggtgtaagtccttaaggtgtggacgtcaaccttatcat 5775201  T
Q  544 cctccgggaagaagacataaatctggtcagagggattgtcctttttcgccttgttgatgacaaggtcttctctcttcatgtgctccccatatttctcctt 643  Q
     ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||    
T  5775202 tctcaggaaagaacacataaatctggtcagagggattgtcttttttggctttcttgatgacaaggtcttctctcttcaagttctcaccatatgtctcctt 5775301  T
Q  644 gaactcttctttcgacatgttaacctcaaaatctcctacgaggtaattcctatccctaagcatctccatcaccgtcttccggatcctataca 735  Q
    |||||||| ||| |||||   |||||| ||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5775302 gaactcttgttttgacatacaaacctcgaaatctcctacgaggtaattcctgtcgcgaagcatctccatcaccttcttccggatcctataca 5775393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 465800 - 465679
Alignment:
Q  176 actgacctgagtttctttaacagtgtatctctcaagtacggttttcttctcattgtcagtcagcagctgatgttctggcacaagcttgtgatatcttaca 275  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||||  ||||| | || | ||||||||| |||||||||   || | | ||| |    
T  465800 actgacctgagtttccttgacagtgtatctctcaagcaaggttttcttctcggtgtcattgagaatctgatgttcaggcacaagcacatgctcttttata 465701  T
Q  276 ttaaccagcaattcagcctcct 297  Q
    ||||||||||| || |||||||    
T  465700 ttaaccagcaactctgcctcct 465679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University