View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15426_low_2 (Length: 852)

Name: NF15426_low_2
Description: NF15426
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15426_low_2
NF15426_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-847)||(5957666-5958499)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 785; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 785; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 5958499 - 5957666
Alignment:
Q  14 agattcactctagagattcatattgagttcatatttataaagtccaactcagcccaacaaaatcggtttgtacagtgcggaatgtctcccacttacgaac 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5958499 agatacactctagagattcatattgagttcatatttataaagtccaactcagcccaacaaaatcggtttgtacagtgcggaatgtctcccacttacgaac 5958400  T
Q  114 acattttaagaccatatctcatctaatgtgaaactcctatcaaaccccatcacaaagaagataggacatttggagcgtgacctgagtggccgatacctca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5958399 acattttaagaccatatctcatctaatgtgaaactcctatcaaaccccatcacaaagaagatagcacatttggagcgtgacctgagtggccgatacctca 5958300  T
Q  214 atgaatctagaatagactctaatacaatcttaaaatttgggttgtacctaacttaacccaacaaaactgtcttctagaacaagggatgtctcgcgcttat 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5958299 atgaatctagaatagactctaatacaatcttaaattttgggttgtacctaacttaacccaacaaaactgtcttctagaacaagggatgtctcgcgcttat 5958200  T
Q  314 aaacacattttcatatcacatcttacctagtattaataactatgtttttgagtnnnnnnntaagcaaatataagtgtcaaaaatagtaacaattaacaat 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5958199 aaacacattttcatatcacatcttacctaatattaataactatgtttttgagtaaaaaaataagcaaatataagtgtcaaaaatagtaacaattaacaat 5958100  T
Q  414 gcaagtaatttaaagctaaaaaacaaaacctctttcaaaacagcaagattcaattcatcactcctaagagaatcctcagcacattccttaacaatctcca 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5958099 gcaagtaatttaaagctaaaaaacaaaacctctttcaaaacagcaagattcaattcatcactcctaagagaatcctcagcacattccttaacaatctcca 5958000  T
Q  514 tccccatcttcccatcatcatcaaacttcaccttcatataactacacccagtccgaaaccccgaatcaaacttcacccctctagtctgcaccttctcctt 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5957999 tccccatcttcccatcatcatcaaacttcaccttcatataactacacccagtccgaaaccccgaatcaaacttcacccctctagtctgcaccttctcctt 5957900  T
Q  614 attcatccccaaaacaatctcctccccaaactcatcctccccaactttccccaacaaagccgcccgtccgccaagcctgacatgggccaccgccacattc 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5957899 attcatccccaaaacaatctcctccccaaactcatcctccccaactttccccaacaaagccgcccgtccgccaagcctgacatgggccaccgccacattc 5957800  T
Q  714 gacggtggcccaccaggtgctcgcgcaaactccggcggcttccattgtaacatcttccattcggtgtatatatctgggtccattggaaactcgtgcacac 813  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5957799 gacggcggcccaccaggtgctcgcgcaaactccggcggcttccattgtaacatcttccattctgtgtatatatctgggtccattggaaactcctgcacac 5957700  T
Q  814 gcaccgtaggtagaaactccctctgtgctgctcc 847  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5957699 gcaccgtaggtagaaactccctctgtgctgctcc 5957666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University