View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15426_low_3 (Length: 804)

Name: NF15426_low_3
Description: NF15426
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15426_low_3
NF15426_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-787)||(33886075-33886849)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 704; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 704; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 787
Target Start/End: Original strand, 33886075 - 33886849
Alignment:
Q  10 catcatcacttgggatcaagaggatattccaaattagcctaaagttgagaaaaaggtaaaattctattccatacataaataaataaagataattgaagct 109  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33886075 catcataacttgggatcaagaggatattccaaattagcctaaagttgagaaaaaggtaaaattctattccatacataaataaataaagataattgaagct 33886174  T
Q  110 gcggaaagccaaaaaggaaacgtgcactaaaaaggaagttacaacaaaagatacttttcatataaaattactactactactaaactagtaccaaatagca 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33886175 gcggaaagccaaaaaggaaacgtgcactaaaaaggaagttacaacaaaagatacttttcatataaaattactactactactaaactagtaccaaatagca 33886274  T
Q  210 attgaagttgtatcaatataagttccaatgataatgaataatgtaaatagatcagatcactctaacaaagaacctatctatattagatgattaattgcct 309  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||| |||    
T  33886275 attgaagttgtatcaatataatttccaatgataatgaataatgtaaatagatcagatcactctaacaaagaacctatcta-----gatgattaattccct 33886369  T
Q  310 tatta-ttgtacaggaaacaagcactgaaatagacacaatgccactgtaataattgattaacctgaagaaaataacaagattctaaacttgtacaattgt 408  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33886370 tattaattgtacaggaaacaagcactgaaatagacacaatgccactgtaataattgattaacctgaagaaaataacaagattctaaacttgtacaattgt 33886469  T
Q  409 atctatgagaaagctcagctgagatttgttgcagaaaaactagctttgttgtatccgacataa-agagaaattaagcagttatactatataattatatct 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33886470 atctatgagaaagctcagctgagatttgttgcaaaaaaactagctttgttgtatcccacataatagagaaattaagcagttatactatataattatatct 33886569  T
Q  508 gtacaaaatttttaaccatcaacagcatcaccatctctccatgttgcacggtcaatttcttttaaccttgtgtcaggttagtttacttatgcggtcacct 607  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33886570 gtacaaaaattttaaccgtcaacagcatcaccatctctccatgttgcacggtcaatttcttttaaccttgtgtcaggttagtttacttatgcggtcacct 33886669  T
Q  608 tgtctagtgggcaccactgctgctcactactctctacaacccttgagcaataaattaccgctttcacgcatttgaaacatcgataacacacattcaaaat 707  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33886670 tgtctagtgggcaccactactgctcactactctctacaacccttgagcaataaattaccgctttcacgcatttgaaacatcgataacacacattcaaaat 33886769  T
Q  708 gccgagtttgaatttaaatcgattatcgatgtcttgaatgcgtgaaaacctataatctctgctaagtaagtactaactct 787  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33886770 gctgagtttgaatttaaaacgattatcgatgtcttgaatgcgtgaaaacctataatctctgctaagtaagtactaactct 33886849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University