View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15434_high_1 (Length: 934)

Name: NF15434_high_1
Description: NF15434
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15434_high_1
NF15434_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-916)||(38359719-38360626)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 892; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 892; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 916
Target Start/End: Original strand, 38359719 - 38360626
Alignment:
Q  9 aggagcagagagggtgcagcacaatgaaagcttaaagagctcttccaacacttctccattgtcttttgtgatcaattcagggtccacaatgctgacaagc 108  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38359719 aggatcagagagggtgcagcacaatgaaagcttaaagagctcttccaacacttctccattgtcttttgtgatcaattcagggtccacaatgctgacaagc 38359818  T
Q  109 tgttccgttccatttgcaacggcttttgccactacatcatgtaaacttgttgattctgagagccctgttggccttctttttgttagaaattccattacta 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38359819 tgttccgttccatttgcaacggcttttgccactacatcacgcaaacttgttgattctgagagccctgttggccttctttttgttagaaattccattacta 38359918  T
Q  209 tgatgccaaagctgaacacatccactttcgtcgttactttcctcatgtaggcaaattctggaaattacattgaaaaatattgttcaaaatgttgaaatta 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38359919 tgatgccaaagctgaacacatccactttcgtcgttactttcctcatgtaggcaaattctggaaattacattgaaaaatattgttcaaaatgttgaaatta 38360018  T
Q  309 taaattgggataaaaacagattacacataattcaatgatcataaaagattagaaaaggcttatacctggtgccaaatagccaattgtgccttgcaaagct 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38360019 taaattgggataaaaacagattacacataattcaatgatcataaaagattagaaaaggcttatacctggtgccaaatagccaattgtgccttgcaaagct 38360118  T
Q  409 gctgttgaggaaagggcactgccatcctgcaaatgaagaccaagtattcgagctgtcccaaaatcactgacatgtgcttcaaaatctctatctaaaagga 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38360119 gctgttgaggaaagggcactgccatcttgcaaatgaagaccaagtattcgagctgtcccaaaatcactgacatgtgcttcaaaatctctatctaaaagga 38360218  T
Q  509 tgttggaaggctttagatcacaatgcacaatgggaaaatcataaccagagtgcaagtaatccaatccactagcaatagaaatgaaaactcggagtctttc 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38360219 tgttggaaggctttagatcacaatgcacaatgggaaaatcataaccagagtgcaagtaatccaatccactagcaatagaaatgaaaactcggagtctttc 38360318  T
Q  609 agataatgtccacctcgactgatcaacttctctgtcatgtatgatgctatccaaattcccattctccatgtactctagaactaaagcctttattttctga 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38360319 agataatgtccacctcgactgatcaacttctctgtcatgtatgatgctatccaaattcccattctccatgtactctagaactaaagcctttattttctga 38360418  T
Q  709 ctttcccaagcatatccatgtatcttaactaaattcctatgtctcagctggcacaaggtgctggcttctctcttgaatatcttgtcggtattagctgaga 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38360419 ctttcccaagcatatccatgtatcttaactaaattcctatgtctcagctggcacaaggtgctggcttctctcttgaatatcttgtcggtattagctgaga 38360518  T
Q  809 attggtgcaaattcaacctttttatggctacaatctgaccatcttcaaattgacccttgtaaacggtgctcaaactgctagaaccaatgatgtagtctga 908  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38360519 attggtgcaaattcaacctttttatggctacaatctgaccatcttcaaattgacccttgtaaacggtgctcaaactgctagaaccaatgatgtagtctga 38360618  T
Q  909 gctgaaac 916  Q
    ||||||||    
T  38360619 gctgaaac 38360626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University