View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15439_high_1 (Length: 1066)

Name: NF15439_high_1
Description: NF15439
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15439_high_1
NF15439_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-1052)||(43482906-43483930)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 865; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 865; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1052
Target Start/End: Complemental strand, 43483930 - 43482906
Alignment:
Q  13 agcaaaggagaacaaaaatcacttgtagaatgcgtttgttttgtgaagcaaccatcttaaaagttaaaagcaatttagacttgtgtagtatatgatttgc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483930 agcaaaggagaacaaaaatcacttgtagaatgcgtttgttttgtgaagcaaccatcttaaaagttaaaagcaatttagacttgtgtagtatatgatttgc 43483831  T
Q  113 tctttttctgaatataccatatggatatgttaatttaggtcctatatatagacacattttggcagtttctagctacctaagttaactgtcatgaattatt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483830 tctttttctgaatataccatatggatatgttaatttaggtcctatatatagacacattttggcagtttctagctacctaagttaactgtcatgaattatt 43483731  T
Q  213 gggtccgtatattaatagatcatggtggtaaattgtatatgaccctaatggtccatgcagggtcaacatcatttttgtctggtttgaaatcgattgccat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483730 gggtccgtatattaatagatcatggtggtaaattgtatatgaccctaatggtccatgcagggtcaacatcatttttgtctggtttgaaatcgattgccat 43483631  T
Q  313 ttatatttttctgaaatgataatnnnnnnnttatatgatcgctatatatgaattaatgtcaacctataatgtatatatacgtgtatttgagccatcttag 412  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483630 ttatatttttctgaaatgataataaaaaaattatatgatcgctatatatgaattaatgtcaacctataatgtatatatacgtgtatttgagccatcttag 43483531  T
Q  413 ttttcctatcatcattatctgcttcctattaatctaatatattgatataatattgttccctaactgtttcatgcatattagttagtgataatgtttgtct 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483530 ttttcctatcatcattatctgcttcctattaatctaatatattgatataatattgttccctaactgttccatgcatattagttagtgataatgtttgtct 43483431  T
Q  513 ctaaattcaccaaagactaaggattttgtcttctcaaacctgtacggtcacttgagagaaactcctgtttaggacactgttggttttgtcattctattaa 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || || | ||||||||||    
T  43483430 ctaaattcaccaaagactaaggattttgtcttctcaaacctgttcggtcacttgacagaaactcctgtttaggactctgtttgtcttatgattctattaa 43483331  T
Q  613 atgnnnnnnnnntaaagccaggattgagatttcaagccacgcttatttttggaaatcagataatacatatcaactgtgcttataatctatggatgatatt 712  Q
     ||         | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483330 ttgaaaaaataattaagccatgattgagatttcaagccatgcttatttttggaaatcagataatacatatcaactgtgcttataatctatggatgatatt 43483231  T
Q  713 cctctcaaaaaataatcaggatcataggttaaaaattagttattggatcaaaatctttggtctgacaaactcatttattttctttaaacttaattgtatg 812  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43483230 cctctcaaaaaataatctggatcataggttaaaaattagttattggatcaaaatctttggtctgacaaactcatttattttctttaaacttaactgtatg 43483131  T
Q  813 attggattgactctaaactcgtcagaatcacagccagccacatgattttagtaaaaactacattttagatcgaacttcaacaaattcacagcatcaccgt 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43483130 attggattgactctaaactcgtcagaatcacagccagccacatgattttagcaaaaactacatttta----aaacttcaacaaattcacagcatccccgt 43483035  T
Q  913 aattttatcgaatacattattcatcaaacacacactaaatccatgcaactttcaataactaaaaccgggtgaaaatgtcacgtaccttctggcacaagat 1012  Q
    |||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483034 aattttatcgaatacattattcatc-----------aaatccatgcaactttcaataactaaaaccgggtgaaaatgtcacgtaccttctggcacaagat 43482946  T
Q  1013 aatgacatccacgattcatgtctgatgtattgccaaaact 1052  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43482945 aatgacatccacgattcatgtctgatgtatttccaaaact 43482906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University