View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15440_low_1 (Length: 635)

Name: NF15440_low_1
Description: NF15440
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15440_low_1
NF15440_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-619)||(5418387-5419004)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 555; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 555; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 5419004 - 5418387
Alignment:
Q  1 aaactatgattattttccctaaaaaacatctcaccctcaaaccaaccatccaaaatttaaaatgagtagagtataataaagtaataactattaatagagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5419004 aaactatgattattttccctaaaaaacatctcaccctcaaaccaaccatcaaaaatttaaaatgagtagagtataataaaggaataactattaatagagt 5418905  T
Q  101 aatataactcccaattgagcttataacataccagtgccagcaatggacatttcgaacataaatgagctaaggataagacacacaagtaacatagctgcaa 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418904 aatata-ctcccaattgagcttataacataccagtgccagcaatggacatttcgaacataaatgagctaaggataagacacacaagtaacatagctgcaa 5418806  T
Q  201 atgctggcttcatcttgctgtcaaagtgtagaatattgagaaaatatttagatgaactatatgaaagttaactaaagtggcactcactagagcagaggaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418805 atgctggcttcatcttgctgtcaaagtgtagaatattgagaaaagatttagatgaactatatgaaagttaactaaagtggcactcactagagcagaggaa 5418706  T
Q  301 gggaaactcactaaggaagtttgaggcttatgtggttgaattgtgtgagtgacattatttatagtacaaaatgggtaggtgaaaagatgggaaggtataa 400  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418705 ggaaaactcactaaggaagtttgaggcttatgtggttgaattgtgtgagtgagattatttatagtagaaaatgggtaggtgaaaagatgggaaggtataa 5418606  T
Q  401 ctaaagggaattggatcatgctcatctttaattttaaggattctgcgcattcacgtactctagaactttagtggtgatttgattaagattggacgattca 500  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5418605 ctaaagggaattggatcatgctcacctttaattttaaggattccgcgtattcacgtactctagaattttagtggttatttgattaagattggacgattca 5418506  T
Q  501 gattcaaactctataattttaaattacattaaaatcaaacggtcacttgtgtctcgactacgtgaatgcggattctagaaaacagttaaaccaaattcaa 600  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5418505 cattcaaactctatatttttaaattacattaaaatcaaacggtcacttgtgtctcgactaagtgaatgcggattctagaaaacagttaaaccaaattcaa 5418406  T
Q  601 ggttattgagtcaatttat 619  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5418405 ggttattgagtcaatttat 5418387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University