View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15442_low_6 (Length: 515)
Name: NF15442_low_6
Description: NF15442
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15442_low_6 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 10754786 - 10754295
Alignment:
| Q |
1 |
atttataacaatgggtagtttctattattcttataaaccaacacagtttaagaacattaaaaaacatagtgagttaatatacacatcagttgtgtannnn |
100 |
Q |
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| T |
10754786 |
atttataacaatgagtagtttctatctttcttataaaccaacacagtttaagaacattaaaaaacatagtaa-ttaatatatacatcaattgtgtatttt |
10754688 |
T |
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| Q |
101 |
nnnnnaataatattaacacaaacgttgtttagaacttcatatgaactttgttcattttaattcattatctcaaaagttggatcatatgttattgcaaaaa |
200 |
Q |
| |
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| T |
10754687 |
ttt--aataatattaacacaaacgttatttggaacttcatatgaactttgttcattttaattcattatctcaaaagttggatcatatgttattgcaaaaa |
10754590 |
T |
|
| Q |
201 |
tatatgaatattttgtttgaacattaatgatgatgcaaattagaatttgttgttgtgcaactatgaatttcaaccaaaaggatgtccaatattgtttgtt |
300 |
Q |
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| T |
10754589 |
tatatgaatattttgtttgaacattaatcatgatgcaaattagaatttgttgttgtgcaactatgaatttcaaccaaaagc----ccagtactgtttgtt |
10754494 |
T |
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| Q |
301 |
aataaaactcattacaaccttcttggaaacaattttggtgcaatgaagtattagaatttaggagccaatcattaatgcattgcttagcttaatgttattg |
400 |
Q |
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| T |
10754493 |
aataaaactcattacaaccttcttgaaaacaattttggtgcaatgaagtattagaatttaggagtcaatcattaatgcattgcttagcttaatgttattg |
10754394 |
T |
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| Q |
401 |
ttgtgtcnnnnnnnaaaattcttttatcatattttgattttctactttcgaggaattattgttagatatatttcttagtttaagaacaaataaacaatt |
499 |
Q |
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| T |
10754393 |
ttgtgtctttttttaaaattcttttatcatattttgattttctactttcgaggaattattgttagatatatttcttagtttaagaacaaatgaacaatt |
10754295 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 2 - 360
Target Start/End: Original strand, 10751536 - 10751895
Alignment:
| Q |
2 |
tttataacaatgggtagtttctattattcttataaaccaacacagtttaagaacattaaaaaacatagtgagttaatatacacatcagttgtgtannnnn |
101 |
Q |
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| T |
10751536 |
tttataacaatggatagcttctatctttcttataaaccaacacaatttaagaacattaaaaaacatagtgagtgagtatatacatcaactatgtattttt |
10751635 |
T |
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| Q |
102 |
nnnnaataatattaacacaaacgttgtttagaacttcatatgaactttgttcattttaattcattatctcaaaagttggatcatatgttattgcaaaaat |
201 |
Q |
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| T |
10751636 |
ttttaataatattaacacaaaagttgttcggaactatatatgaaatttgttcattttagttcattatctcaaaagttggatcatatgttattgcaaaaat |
10751735 |
T |
|
| Q |
202 |
atatgaatattttgtttgaacattaatgatgatgcaaattagaatttgttgttgtgcaactatgaatttcaaccaaaaggatgtccaatattgtttgtta |
301 |
Q |
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| T |
10751736 |
atatgaatattttgtttgaacattagccatgatttaaattagactttgttgttgtgcaactatgaatttcaaccaaaaagatgtccattactgtttgtta |
10751835 |
T |
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| Q |
302 |
at-aaaactcattacaaccttcttggaaacaattttggtgcaatgaagtattagaattta |
360 |
Q |
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| T |
10751836 |
ataaaaactcattccaacattcttgaaaacagttttggtggaacgaagaattagaattta |
10751895 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 133 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 10752159 - 10751933
Alignment:
| Q |
133 |
aacttcatatgaactttgttcattttaattcattatctcaaaagttggatcatatgttattgcaaaaatatatgaatattttgtttgaacattaatgatg |
232 |
Q |
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|
| T |
10752159 |
aacttcatatgaactttgttcattttaattcattatttcaaaagttggatcatatgttattgcaaaaatatatgaatattttgtttgaacattaatcatg |
10752060 |
T |
|
| Q |
233 |
atgcaaattagaatttgttgttgtgcaactatgaatttcaaccaaaaggatgtccaatattgtttgttaat--aaaactcattacaaccttcttggaaac |
330 |
Q |
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| T |
10752059 |
atgcaaattagaatttgttgttgtgcagctatgagtttcaacaaaaaagatgtctaacgttgtttgtaaataaaaaactcattacaatcttcttgaaaac |
10751960 |
T |
|
| Q |
331 |
aattttggtgcaatgaagtattagaat |
357 |
Q |
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| T |
10751959 |
aattttggtgcaatgaagtattagaat |
10751933 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 2 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 8835934 - 8835497
Alignment:
| Q |
2 |
tttataacaatgggtagtttctattattcttataaaccaacacagtttaagaacattaaaaaacatagtgagttaatatacacatcagttgtgtannnnn |
101 |
Q |
| |
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||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |
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| T |
8835934 |
tttataacaatggatagtttttatctttcttataaaccaacacgatttaagaacattaaaaaacatagtgagtgagtatatacatcagttgtgtattttt |
8835835 |
T |
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| Q |
102 |
nnnnaataatattaacacaaacgttgtttagaacttcatatgaactttgttcattttaattcattatctcaaaagttggatcatatgttattgcaaaaat |
201 |
Q |
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| T |
8835834 |
ttt-aataatattaacacaaaagttgttcgaaacttcatatgaaatttggtcattttaattcattatctcaaaagttggatcatatgttattgcaaaaat |
8835736 |
T |
|
| Q |
202 |
atatgaatattttgtttgaacattaatgatgatgcaaattagaatttgttgttgtgcaactatgaatttcaaccaaaaggatgtccaatattgtttgtta |
301 |
Q |
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| T |
8835735 |
atatgaatattttgtttgaacattaatcataatgcaaattagactttgttattgtgcaactacaaatttcaaccaaaaggatgccaattactgtttgtta |
8835636 |
T |
|
| Q |
302 |
at-aaaactcattacaaccttcttggaaacaattttggtgcaatgaagtattagaatttaggagccaatcattaatgcattgcttagcttaatgttattg |
400 |
Q |
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| T |
8835635 |
ataaaaactcattacaaccttcatgaaaaaaa--ttgatgcaacgaagtattagaatttagaagccaat-attaatgcactgcttagcttaatgttattg |
8835539 |
T |
|
| Q |
401 |
ttgtgtcnnnnnnnaaaattcttttatcatattttgattttc |
442 |
Q |
| |
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||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |
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| T |
8835538 |
ttgtgtcttttttaaaaattcttttatgatattttgattttc |
8835497 |
T |
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