View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15444_low_5 (Length: 438)

Name: NF15444_low_5
Description: NF15444
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15444_low_5
NF15444_low_5
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (19-429)||(14748919-14749329)
chr7 (24-418)||(14763979-14764373)
chr7 (201-311)||(14804625-14804735)
chr7 (201-311)||(15251619-15251729)
chr7 (194-302)||(14812054-14812162)
chr7 (194-302)||(15259049-15259157)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (24-418)||(17564226-17564620)
chr5 (96-425)||(17621030-17621359)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (24-425)||(15194412-15194813)
chr1 (24-425)||(15205097-15205498)
chr1 (24-425)||(15214830-15215231)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (36-421)||(24394396-24394781)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 411; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 14749329 - 14748919
Alignment:
Q  19 ccatccttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14749329 ccatccttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatt 14749230  T
Q  119 tcagtcttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14749229 tcagtcttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaa 14749130  T
Q  219 catgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattc 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14749129 catgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattc 14749030  T
Q  319 cagcttcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatga 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14749029 cagcttcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatga 14748930  T
Q  419 tgcattcattg 429  Q
    |||||||||||    
T  14748929 tgcattcattg 14748919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 24 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 14764373 - 14763979
Alignment:
Q  24 cttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatttcagt 123  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||| |||||||| ||    
T  14764373 cttactgtgcaggttctgacaacagggtcttggccagctcaatctagtgtgacatgtaaccttccgacagaaatgtcagcactttgtgagaaatttcggt 14764274  T
Q  124 cttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaacatga 223  Q
    | ||||||||| |||  || |||||||||| |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  14764273 catattacctcagcacccataatggcaggaaattgacgtggcaaactaatatgggcacagcagacttaaaagctacttttgggagtggtcagaaacatga 14764174  T
Q  224 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 323  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14764173 gttaaatgtctccacctatcaaatgtgtatactcatgctgtttaataatgctgatagactaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 14764074  T
Q  324 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatga 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  14764073 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgggtaaagatgttagcgaggatga 14763979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 201 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 14804735 - 14804625
Alignment:
Q  201 tttgggaatggtcagaaacatgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattg 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||  | ||| |||||||| ||| ||||   |||||||||| ||||||||    
T  14804735 tttgggaatggtcataaacatgagttacatgtctccacctatcaaatgtgtgtcttgatgttgtttaatgatgttgatcaactaagctacaaggaaattg 14804636  T
Q  301 agcaagcaacc 311  Q
    || ||||||||    
T  14804635 agaaagcaacc 14804625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 201 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 15251729 - 15251619
Alignment:
Q  201 tttgggaatggtcagaaacatgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattg 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||  | ||| |||||||| ||| ||||   |||||||||| ||||||||    
T  15251729 tttgggaatggtcataaacatgagttacatgtctccacctatcaaatgtgtgtcttgatgttgtttaatgatgttgatcaactaagctacaaggaaattg 15251630  T
Q  301 agcaagcaacc 311  Q
    || ||||||||    
T  15251629 agaaagcaacc 15251619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 194 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 14812162 - 14812054
Alignment:
Q  194 agcaacttttgggaatggtcagaaacatgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagg 293  Q
    |||||| ||||| |||||||  || || |||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||| |||||||| ||  ||||   |||||||||| |    
T  14812162 agcaacatttggaaatggtcgtaagcacgagttacatgtctctacttatcaaatgtgtgtcctgatgttgtttaatgatattgatcaactaagctacaag 14812063  T
Q  294 gaaattgag 302  Q
    || ||||||    
T  14812062 gacattgag 14812054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 194 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 15259157 - 15259049
Alignment:
Q  194 agcaacttttgggaatggtcagaaacatgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagg 293  Q
    |||||| ||||| |||||||  || || |||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||| |||||||| ||  ||||   |||||||||| |    
T  15259157 agcaacatttggaaatggtcgtaagcacgagttacatgtctctacttatcaaatgtgtgtcctgatgttgtttaatgatattgatcaactaagctacaag 15259058  T
Q  294 gaaattgag 302  Q
    || ||||||    
T  15259057 gacattgag 15259049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 24 - 418
Target Start/End: Original strand, 17564226 - 17564620
Alignment:
Q  24 cttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatttcagt 123  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||| |||||||| ||    
T  17564226 cttactgtgcaggttctgacaacagggtcttggccagctcaatctagtgtgacatgtaaccttccgacagaaatgtcagcactttgtgagaaatttcggt 17564325  T
Q  124 cttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaacatga 223  Q
    | ||||||||| |||  || |||||||||| |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  17564326 catattacctcagcacccataatggcaggaaattgacgtggcaaactaatatgggcacagcagacttaaaagctacttttgggagtggtcagaaacatga 17564425  T
Q  224 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 323  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17564426 gttaaatgtctccacctatcaaatgtgtatactcatgctgtttaataatgctgatagactaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 17564525  T
Q  324 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatga 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  17564526 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgggtaaagatgttagcgaggatga 17564620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 96 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 17621359 - 17621030
Alignment:
Q  96 atgtcggcactttgtgtgaaatttcagtcttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaag 195  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||| | ||||||| | ||| |||||| | | |||||||||| | ||||||||||||| |||||| |    
T  17621359 atgtcggcacttagtgagaaatttcggtcgtattaccgcagcaatcatactggaaggagactatattggcaaactaatatgggcacagcagtcttaaatg 17621260  T
Q  196 caacttttgggaatggtcagaaacatgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacaggga 295  Q
    | ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  17621259 ctacttttgggaaaggtcagagacatgtgttaaatgtctccacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgatagactaagctacaagga 17621160  T
Q  296 aattgagcaagcaaccgagattccagcttcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatg 395  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  17621159 aattgagcaagcaactgaaattccagcttcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtcctgaggaaggagcctacg 17621060  T
Q  396 agtaaagatgttagtgaggatgatgcattc 425  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  17621059 agtaaagatgttagcgaggatgacgcattc 17621030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 24 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 15194813 - 15194412
Alignment:
Q  24 cttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatttcagt 123  Q
    |||||| |||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||   | |||||| | |||||||| ||    
T  15194813 cttactgtgcaggtcctgacaacagggtcttggccaactcaatctagtgtaacatgtaacattccgactgaaatggtagtactttgcgagaaatttctgt 15194714  T
Q  124 cttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaacatga 223  Q
      ||||||||| |||| || |  | ||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  15194713 tatattacctcagcaaccataccgacaggaaattgtcgtggcaaactaatatgggcacagcagacttaaaagcaactttcgagaatggtcagaaacatga 15194614  T
Q  224 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15194613 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctatttaataatgctgatagattaagctacaaggaaattgagcaagcaactgagattccagct 15194514  T
Q  324 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatgatgcat 423  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||||||||  ||||||||    
T  15194513 tcagatttgaagatgtgcctgcaatctttggctttggttaagggtaaaaatgtcctaaggaaggagcctatgaataattatgttagtgagattgatgcat 15194414  T
Q  424 tc 425  Q
    ||    
T  15194413 tc 15194412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 24 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 15205498 - 15205097
Alignment:
Q  24 cttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatttcagt 123  Q
    |||||| |||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||   | |||||| | |||||||| ||    
T  15205498 cttactgtgcaggtcctgacaacagggtcttggccaactcaatctagtgtaacatgtaacattccgactgaaatggtagtactttgcgagaaatttctgt 15205399  T
Q  124 cttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaacatga 223  Q
      ||||||||| |||| || |  | ||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  15205398 tatattacctcagcaaccataccgacaggaaattgtcgtggcaaactaatatgggcacagcagacttaaaagcaactttcgagaatggtcagaaacatga 15205299  T
Q  224 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15205298 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctatttaataatgctgatagattaagctacaaggaaattgagcaagcaactgagattccagct 15205199  T
Q  324 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatgatgcat 423  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||| |||  |||||||||||  ||||||||    
T  15205198 tcagatttgaagatgtgcctgcaatctttggctttggttaagggtaaagatgtcctacggaaggagcctatgaataattatgttagtgagattgatgcat 15205099  T
Q  424 tc 425  Q
    ||    
T  15205098 tc 15205097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 24 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 15215231 - 15214830
Alignment:
Q  24 cttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatttcagt 123  Q
    |||||| |||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||   | |||||| | |||||||| ||    
T  15215231 cttactgtgcaggtcctgacaacagggtcttggccaactcaatctagtgtaacatgtaacattccgactgaaatggtagtactttgcgagaaatttctgt 15215132  T
Q  124 cttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaacatga 223  Q
      ||||||||| |||| || |  | ||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  15215131 tatattacctcagcaaccataccgacaggaaattgtcgtggcaaactaatatgggcacagcagacttaaaagcaactttcgagaatggtcagaaacatga 15215032  T
Q  224 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15215031 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctatttaataatgctgatagattaagctacaaggaaattgagcaagcaactgagattccagct 15214932  T
Q  324 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatgatgcat 423  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||| |||  |||||||||||  ||||||||    
T  15214931 tcagatttgaagatgtgcctgcaatctttggctttggttaagggtaaatatgtcctatggaaggagcctatgaataattatgttagtgagattgatgcat 15214832  T
Q  424 tc 425  Q
    ||    
T  15214831 tc 15214830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 158; Significance: 6e-84; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 36 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 24394781 - 24394396
Alignment:
Q  36 gttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatttcagtcttattacctcg 135  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||| | || || ||||| ||||  ||||| || |||||||| | ||| |||| ||| |||||||| |    
T  24394781 gttcttacaacagggtcttggccaactcagtctagtattacgtgcaacctgccggtggaaatatctgcactttgcgagaagtttcggtcgtattaccttg 24394682  T
Q  136 gcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaacatgagttaaatgtttc 235  Q
    |||  || | ||||||||||||||| ||||||||  | ||||||   ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||    
T  24394681 gcacacatactggcaggagattgtcatggcaaaccaacatgggctttgcagacttaaaagcaacctttgggaagggtcagaagcatgagttaaatgtctc 24394582  T
Q  236 tacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagcttcagatttgaag 335  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||  || ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||  | ||| | |||    
T  24394581 tacctaccaaatgtgtgtccttatgcttttcaataatgctgataaacttagctacaaggagattgagcaagcaactgagattcctgccccggatcttaag 24394482  T
Q  336 aggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatgatgc 421  Q
    || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24394481 agatgtctgcaatcattggctttagttaagggaagaaatgtccttagaaaggagccgatgagtaaagatgttggtgaggatgatgc 24394396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University