View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15448_low_2 (Length: 710)

Name: NF15448_low_2
Description: NF15448
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15448_low_2
NF15448_low_2
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (320-698)||(32627687-32628065)
chr8 (17-263)||(32627385-32627631)
chr8 (319-698)||(32703910-32704293)
chr8 (323-698)||(7297849-7298224)
chr8 (319-647)||(32709624-32709952)
chr8 (47-253)||(32708996-32709202)
chr8 (321-547)||(7293373-7293599)
chr8 (80-239)||(7292554-7292713)
chr8 (70-236)||(7297579-7297745)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (319-655)||(5811331-5811667)
chr4 (17-230)||(5811010-5811223)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (319-670)||(27736650-27737001)
chr3 (17-245)||(27736283-27736511)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (319-644)||(20115800-20116125)
chr6 (315-644)||(21943542-21943859)
chr6 (43-240)||(21943144-21943341)
chr6 (53-257)||(20116527-20116731)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 320 - 698
Target Start/End: Original strand, 32627687 - 32628065
Alignment:
Q  320 caaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgaga 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32627687 caaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgaagaggaaaaattctaccatgaaaggaaccaggaactcctgaga 32627786  T
Q  420 agaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatc 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627787 agaagcatggacccatttcagtccccatttcatcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacgtaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatc 32627886  T
Q  520 gttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgat 619  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627887 gttcaaatatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgat 32627986  T
Q  620 ccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttgttgtacatgctggttatggcttcatctc 698  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627987 ccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttgttgtacatgctggttatggcttcatctc 32628065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 17 - 263
Target Start/End: Original strand, 32627385 - 32627631
Alignment:
Q  17 caaatgtaacaacactccttgcttgttggattgtcgctttttcttcctacaaatgttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacact 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627385 caaatgtaacaacactccttgcttgttggattgtcgctttttcttcctacaaatgttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacact 32627484  T
Q  117 tgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgacattcaaggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627485 tgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgacattcaaggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtc 32627584  T
Q  217 tgcaccctcaggaacctaattaataaccaatcaacaaaaaatatcta 263  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32627585 tgcaccctcaggaacctaattaatcaccaatcaacaaaaaatatcta 32627631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 319 - 698
Target Start/End: Original strand, 32703910 - 32704293
Alignment:
Q  319 acaaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgag 418  Q
    ||||||||||||||   | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||  ||    
T  32703910 acaaaccttagatagaaacttaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaacttttattaggaaaaatcctgccatagaaggaaccgggaaccccaaag 32704009  T
Q  419 aagaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagat 518  Q
    ||| |||| ||  ||||||| ||  |||||||  |  |||| |||||||||||  |||| |||||| ||||||   |||||||||| || || |||||||    
T  32704010 aagtagcaaggtaccatttcggtttccatttcagcctgtagattttctttgaacgtgtcgagggacctaaatacattgttgaagtcgttccctggtagat 32704109  T
Q  519 cgttcaaaaatatc----atatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgt 614  Q
    |||||||||| | |    |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  32704110 cgttcaaaaagaccttatatatattcaggagatttatgattaagctctcgacaaatcttttccacaaccttgatagtatctgagatcgccaacaaagtgt 32704209  T
Q  615 ttgatccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttgttgtacatgctggttatggcttcatctc 698  Q
    ||| |||| |||||||||| || |||||||||| ||||||| ||| |||||| || ||||||||| | ||||||||||| ||||    
T  32704210 ttggtccataagagcaacccaaatctgcaattgccaagcttatggggagtgttttattgtacatgtttgttatggcttcttctc 32704293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 323 - 698
Target Start/End: Original strand, 7297849 - 7298224
Alignment:
Q  323 accttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgagaaga 422  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| | |||||||||||  ||||| |||||| ||  |||||||| ||||| ||| || ||||||||||| ||  | |||     
T  7297849 acctttgatagccactgaaggctgtgagaggaatgaatgaaatgtaaacttcgattaggaaaaactctactatagaaagaaccaggaaccccaaaaaagt 7297948  T
Q  423 agcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatcgtt 522  Q
    |||| | || ||||| |||    ||||| ||  | ||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |  | ||| ||    
T  7297949 agcaagaactcattttagttttgatttcatcttgcagtttctctttaaagttgtcaagtgacttaaatatgttgttgaagtcatttccagaaacatcatt 7298048  T
Q  523 caaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgatcca 622  Q
     ||||||||| | || |||||||||  ||| || | || | | |||||||| ||||||||  ||||||||||| | | ||| ||||||||||||| ||||    
T  7298049 aaaaaatatcttgtactcgggagatgaatggttcaattgttggcaaagcttctccacaaccatgataatatctgataccacaaacaaagtgtttggtcca 7298148  T
Q  623 gaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttgttgtacatgctggttatggcttcatctc 698  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||  | ||||||| | ||||| |||  ||| | ||| ||||||||||||||||    
T  7298149 gaagaacaacctaaatctgcaattgcaaggcttttgaaaagtgttttggagtagaggcttgttatggcttcatctc 7298224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 319 - 647
Target Start/End: Original strand, 32709624 - 32709952
Alignment:
Q  319 acaaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgag 418  Q
    |||||||||||||| |||   |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||     
T  32709624 acaaaccttagatagccacataaggctgtaagaggaatggacaaaatgcaaactttgattaggaaaaatcctgccatagaaagaaccaggaactccagat 32709723  T
Q  419 aagaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagat 518  Q
    |   | ||  || ||||||||||  |  ||||  |  | ||| | | ||||||  | ||||| ||  |||| ||| | |||||||| || ||||| | ||    
T  32709724 atataacactgatccatttcagtttctgtttcaccgtgcagtctctttttgaagttatcaagagatctaaagatgttattgaagtcgttacccggcaaat 32709823  T
Q  519 cgttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttga 618  Q
    ||||||| || | | | ||||||||||||| |||||| |  | |||||||||||||||||| || |||||||  ||| | | |||||||||||||||||     
T  32709824 cgttcaagaagaccttgtattcgggagattcatgattcaactctcgacaaagcttttccacgaccttgataaattctgataccaccaacaaagtgtttgg 32709923  T
Q  619 tccagaagagcaacctaagtctgcaattg 647  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||    
T  32709924 cccagaagagcaacccaagtctgcaattg 32709952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 47 - 253
Target Start/End: Original strand, 32708996 - 32709202
Alignment:
Q  47 ttgtcgctttttcttcctacaaatgttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaatt 146  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||    
T  32708996 ttgtcactttttcttcctaaaaatgttagaatcatgcgaccaccttcaactacttcctttgcacgacacttgagaaaaagagaaaaatcactttgaaatt 32709095  T
Q  147 gcttgtagtaagccttgacgacattcaaggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaattaataaccaa 246  Q
    | |||||||| ||  | |  |||||  |||||||||| |  |  || |||||||||||||| |||||||   ||  ||| ||||||||| |||| |||||    
T  32709096 ggttgtagtacgcagtaagtacatttgaggggcttgtacgagccatgtaaatgttgcccttattgttgttcacattctccggaacctaaataatcaccaa 32709195  T
Q  247 tcaacaa 253  Q
    |||||||    
T  32709196 tcaacaa 32709202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 321 - 547
Target Start/End: Original strand, 7293373 - 7293599
Alignment:
Q  321 aaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgagaa 420  Q
    ||||||| |||| ||| ||||| || |||||| | || || ||||||| |||| ||  |||||||| |||| |||| || ||||||||||| ||  ||||    
T  7293373 aaacctttgatagccagtgaagactgtaagagcagtggacgaaatgcagacttcgatcaggaaaaactctatcatagaaagaaccaggaacaccaaagaa 7293472  T
Q  421 gaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatcg 520  Q
    | |||| || | |||||||||    ||||| ||||||||||| | ||| ||  | ||||| |||||||| ||| ||||||||||||| || |  ||||||    
T  7293473 gtagcaagggctcatttcagttttgatttcatcaagtagtttatgtttaaagctatcaagtgacttaaaaatgttgttgaagtcattccctgaaagatcg 7293572  T
Q  521 ttcaaaaatatcatatattcgggagat 547  Q
    || ||||| ||| | ||||||||||||    
T  7293573 ttaaaaaagatcttgtattcgggagat 7293599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 80 - 239
Target Start/End: Original strand, 7292554 - 7292713
Alignment:
Q  80 atgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgacattcaaggggc 179  Q
    |||| |||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||  || || ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |    
T  7292554 atgcgacccccttcaaccaattcctttgcgcgacacttgagaaaaatcgacaagtctctttgaaattgctcgtagtaagccttgacgacatttgagggac 7292653  T
Q  180 ttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaattaa 239  Q
    |||||  |   || |||||||| ||||| ||||| |||  ||| || |||||||||||||    
T  7292654 ttgtgtcgctgatgtaaatgttacccttattgttatctataccttcgggaacctaattaa 7292713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 70 - 236
Target Start/End: Original strand, 7297579 - 7297745
Alignment:
Q  70 tgttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgaca 169  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||  ||||| ||| |||  ||||| |  ||||| || ||||| |||    
T  7297579 tgttagaaccatgcaacccccttcaactagttcctctgcacgacacttgagaaaaaccgagaagtctcttttaaattgatcatagtatgctttgacaaca 7297678  T
Q  170 ttcaaggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaat 236  Q
    ||  |||| ||||||  |   || |||||||||| ||| ||||| |||  |||||| ||||||||||    
T  7297679 tttgagggacttgtgtagttgatgtaaatgttgctcttattgttctctataccctccggaacctaat 7297745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 161; Significance: 2e-85; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 319 - 655
Target Start/End: Original strand, 5811331 - 5811667
Alignment:
Q  319 acaaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgag 418  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||| |   ||||| || |||| ||||||||| |||||||| || |||    
T  5811331 acaaaccttagataaccattgaagactgtaagaagaatgcacaaaatgcaaacttttatctggaaagatcctactataaaaggatccaggaacaccagag 5811430  T
Q  419 aagaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagat 518  Q
    ||| |||| ||||||||||||||  ||||||| | | ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |  |||||| ||||||||||||||||    
T  5811431 aagtagcaaggacccatttcagtttccatttcattacgtagtttttctttgaaggtgtcaagggacataaatacgtcgttgaaatcatttcccggtagat 5811530  T
Q  519 cgttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttga 618  Q
    |||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||||||||     
T  5811531 cgttcaaaaagactttatattcgggagatttatgattaagttctcgacaaagcttttcaacaaccttgataatttcagagatcaccaagaaagtgtttgg 5811630  T
Q  619 tccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagctt 655  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  5811631 tccaaaagagcaacccaagtctgcaattgccaagctt 5811667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 17 - 230
Target Start/End: Original strand, 5811010 - 5811223
Alignment:
Q  17 caaatgtaacaacactccttgcttgttggattgtcgctttttcttcctacaaatgttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacact 116  Q
    |||||||||| | |||||||||||| |||||    | |||||| ||||| |||||||| |||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  5811010 caaatgtaaccagactccttgcttgatggatcactgttttttcgtcctaaaaatgttagaatcatgtgaccaccttcaactagttcttcggcacgacact 5811109  T
Q  117 tgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgacattcaaggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtc 216  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||||||    
T  5811110 tgagaaaaaaagagaaatctgtttgaaattgcttgtagtaagccttgtggacatttgaggggcttgtgctcgtcaggtaaatgttgcccttgttgttgtc 5811209  T
Q  217 tgcaccctcaggaa 230  Q
    | || |||||||||    
T  5811210 tccaacctcaggaa 5811223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 140; Significance: 6e-73; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 6e-73
Query Start/End: Original strand, 319 - 670
Target Start/End: Original strand, 27736650 - 27737001
Alignment:
Q  319 acaaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgag 418  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |   ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||    
T  27736650 acaaaccttagatagccattgaagactatacgaggaatgaacaaaatgcaaactattatctggaaaaattctgccataaaatgaaccaggaactccatag 27736749  T
Q  419 aagaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagat 518  Q
    ||| |||| || || |||| |||  ||||||| ||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  27736750 aagtagcacgggcctattttagtttccatttcatcacgtagtttctctttgaaggtgtcaagggacttgaatacgttgttgaagtcatttcccggtagat 27736849  T
Q  519 cgttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttga 618  Q
    | ||||||||||   ||||||| ||||||||||||| | |   | ||||||| ||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||     
T  27736850 cattcaaaaatactttatattcaggagatttatgatgatgcacttgacaaagtttttccacacctttgataatttctgatatcaccaacatagtgtttgg 27736949  T
Q  619 tccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttg 670  Q
     ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||    
T  27736950 cccaaaagagcaacccaagtctgcaattgccaagcttctgggaagtgtgttg 27737001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 245
Target Start/End: Original strand, 27736283 - 27736511
Alignment:
Q  17 caaatgtaacaacactccttgcttgttggattgtcgctttttcttcctacaaatgttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacact 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| || ||||| ||||||   | | |||||||||| ||||| |||||||||      
T  27736283 caaatgtaacaacactccttgcttgatggattgtcgcatttccttcctaaaagtgttagaatcatttgagctccttcaactaattctttggcacgacatc 27736382  T
Q  117 tgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgacattcaaggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtc 216  Q
      ||||||| |||||||||| || | |||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| |  |  |||||||| ||||||||||||||    
T  27736383 gaagaaaaaaagagaaatctgttcgaaattgcttgtagtaagccttgatgacgtttgaggggcttgtgctcgtcaggtaaatgtttcccttgttgttgtc 27736482  T
Q  217 tgcaccctcaggaacctaattaataacca 245  Q
     |||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  27736483 agcaccctctggaacctaatgaatcacca 27736511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 319 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 20116125 - 20115800
Alignment:
Q  319 acaaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| | |  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||    
T  20116125 acaaaccttagataaccaatgaatgctatatgaggaatgaactaaatgtaaactctcattagggaaaattctgccataaaaggaaccgggaacaccagag 20116026  T
Q  419 aagaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagat 518  Q
    ||| |||| |||||||||| | |  ||| ||| | |   || |||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| | |||||    
T  20116025 aagtagcaaggacccattttattttccaattcattagaaagcttttctttgaaggtgtcaagggacttaaatatgccgttgaagtcgtttccggatagat 20115926  T
Q  519 cgttcaaaaatatcat-atattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttg 617  Q
    |||||||| | | ||| |||||| ||||||| |||||| | || |  |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||    
T  20115925 cgttcaaagaga-catcatattcaggagattcatgattcaattctatacaaagcttttccacaaccttgataatttctgagatcaccaacaaggtgtttg 20115827  T
Q  618 atccagaagagcaacctaagtctgcaa 644  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||    
T  20115826 gtcctgaagagcaacctaagtctgcaa 20115800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 315 - 644
Target Start/End: Original strand, 21943542 - 21943859
Alignment:
Q  315 atatacaaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcc 414  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  21943542 atatacaaaccttagagagccaatgaagactgcaagaggcatgaataaaatgcaaactttggtaaggaaaaattctgccataaaaggaaccgggaacacc 21943641  T
Q  415 tgagaagaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggt 514  Q
      ||||| |||| ||||| |||||| | |          ||  ||||||||||||||  | ||||||||| |||||| | ||||||| || ||||| |||    
T  21943642 aaagaagtagcaaggaccaatttcattac----------aa--agtttttctttgaaggtctcaagggacctaaatacgttgttgaaatcgtttccgggt 21943729  T
Q  515 agatcgttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgt 614  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| |  | | ||||||||||||||||||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |    
T  21943730 agatcgttcaaaaataccttatattcgggagattcatgattcaactcttgacaaagcttttccacaacatttataatctccgagatcaccaacaaagtat 21943829  T
Q  615 ttgatccagaagagcaacctaagtctgcaa 644  Q
    ||  ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  21943830 ttagtccagaagaacaacccaagtctgcaa 21943859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 43 - 240
Target Start/End: Original strand, 21943144 - 21943341
Alignment:
Q  43 tggattgtcgctttttcttcctacaaatgttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttgg 142  Q
    ||||||||||| || |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||     
T  21943144 tggattgtcgcattctcttactaaaaatgttataaccatgcaacccccttcaactagttcttgggcacgacactttagaaaaagagataaatctctatga 21943243  T
Q  143 aattgcttgtagtaagccttgacgacattcaaggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaattaat 240  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||  ||||||||||| | |  |  |||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||| |||||    
T  21943244 aattgctcatagtaagccttgaagacatttgaggggcttgtggtcgccaagtaaatgttgcccttattgttgtctacacccttagggacctatttaat 21943341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 53 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 20116731 - 20116527
Alignment:
Q  53 ctttttcttcctacaaatgttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgt 152  Q
    |||| |||||||| |||||| | |||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| |  |    
T  20116731 ctttctcttcctataaatgtcagaatcatgcaacctccttcaaccaattctttggcacgacacttgagaaaaagagagaaatcaatacgaaattgttcat 20116632  T
Q  153 agtaagccttgacgacattcaaggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaattaataaccaatcaaca 252  Q
    | || ||||||| ||||||  | ||||||||| | | ||| ||||| ||||||||||||||||   |||| |  |||||||||||||| ||| ||| |||    
T  20116631 aatatgccttgaagacatttgatgggcttgtgttcgctatgtaaatattgcccttgttgttgttcacaccattgggaacctaattaatcaccgatcgaca 20116532  T
Q  253 aaaaa 257  Q
    |||||    
T  20116531 aaaaa 20116527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University