View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15450_high_1_N (Length: 446)

Name: NF15450_high_1_N
Description: NF15450
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15450_high_1_N
NF15450_high_1_N
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (29-427)||(14748931-14749329)
chr7 (34-427)||(14763980-14764373)
chr7 (211-321)||(14804625-14804735)
chr7 (211-321)||(15251619-15251729)
chr7 (204-312)||(14812054-14812162)
chr7 (204-312)||(15259049-15259157)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (34-427)||(17564226-17564619)
chr5 (106-427)||(17621038-17621359)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (34-423)||(15194424-15194813)
chr1 (34-423)||(15205109-15205498)
chr1 (34-423)||(15214842-15215231)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (46-427)||(24394400-24394781)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 14749329 - 14748931
Alignment:
Q  29 ccatccttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatt 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14749329 ccatccttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatt 14749230  T
Q  129 tcagtcttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaa 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14749229 tcagtcttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaa 14749130  T
Q  229 catgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattc 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14749129 catgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattc 14749030  T
Q  329 cagcttcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatg 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14749029 cagcttcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatg 14748931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 34 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 14764373 - 14763980
Alignment:
Q  34 cttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatttcagt 133  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||| |||||||| ||    
T  14764373 cttactgtgcaggttctgacaacagggtcttggccagctcaatctagtgtgacatgtaaccttccgacagaaatgtcagcactttgtgagaaatttcggt 14764274  T
Q  134 cttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaacatga 233  Q
    | ||||||||| |||  || |||||||||| |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  14764273 catattacctcagcacccataatggcaggaaattgacgtggcaaactaatatgggcacagcagacttaaaagctacttttgggagtggtcagaaacatga 14764174  T
Q  234 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 333  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14764173 gttaaatgtctccacctatcaaatgtgtatactcatgctgtttaataatgctgatagactaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 14764074  T
Q  334 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatg 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  14764073 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgggtaaagatgttagcgaggatg 14763980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 211 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 14804735 - 14804625
Alignment:
Q  211 tttgggaatggtcagaaacatgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattg 310  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||  | ||| |||||||| ||| ||||   |||||||||| ||||||||    
T  14804735 tttgggaatggtcataaacatgagttacatgtctccacctatcaaatgtgtgtcttgatgttgtttaatgatgttgatcaactaagctacaaggaaattg 14804636  T
Q  311 agcaagcaacc 321  Q
    || ||||||||    
T  14804635 agaaagcaacc 14804625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 211 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 15251729 - 15251619
Alignment:
Q  211 tttgggaatggtcagaaacatgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattg 310  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||  | ||| |||||||| ||| ||||   |||||||||| ||||||||    
T  15251729 tttgggaatggtcataaacatgagttacatgtctccacctatcaaatgtgtgtcttgatgttgtttaatgatgttgatcaactaagctacaaggaaattg 15251630  T
Q  311 agcaagcaacc 321  Q
    || ||||||||    
T  15251629 agaaagcaacc 15251619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 204 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 14812162 - 14812054
Alignment:
Q  204 agcaacttttgggaatggtcagaaacatgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagg 303  Q
    |||||| ||||| |||||||  || || |||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||| |||||||| ||  ||||   |||||||||| |    
T  14812162 agcaacatttggaaatggtcgtaagcacgagttacatgtctctacttatcaaatgtgtgtcctgatgttgtttaatgatattgatcaactaagctacaag 14812063  T
Q  304 gaaattgag 312  Q
    || ||||||    
T  14812062 gacattgag 14812054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 204 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 15259157 - 15259049
Alignment:
Q  204 agcaacttttgggaatggtcagaaacatgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagg 303  Q
    |||||| ||||| |||||||  || || |||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||| |||||||| ||  ||||   |||||||||| |    
T  15259157 agcaacatttggaaatggtcgtaagcacgagttacatgtctctacttatcaaatgtgtgtcctgatgttgtttaatgatattgatcaactaagctacaag 15259058  T
Q  304 gaaattgag 312  Q
    || ||||||    
T  15259057 gacattgag 15259049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 34 - 427
Target Start/End: Original strand, 17564226 - 17564619
Alignment:
Q  34 cttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatttcagt 133  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||| |||||||| ||    
T  17564226 cttactgtgcaggttctgacaacagggtcttggccagctcaatctagtgtgacatgtaaccttccgacagaaatgtcagcactttgtgagaaatttcggt 17564325  T
Q  134 cttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaacatga 233  Q
    | ||||||||| |||  || |||||||||| |||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  17564326 catattacctcagcacccataatggcaggaaattgacgtggcaaactaatatgggcacagcagacttaaaagctacttttgggagtggtcagaaacatga 17564425  T
Q  234 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 333  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17564426 gttaaatgtctccacctatcaaatgtgtatactcatgctgtttaataatgctgatagactaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 17564525  T
Q  334 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatg 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  17564526 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgggtaaagatgttagcgaggatg 17564619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 106 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 17621359 - 17621038
Alignment:
Q  106 atgtcggcactttgtgtgaaatttcagtcttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaag 205  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||| | ||||||| | ||| |||||| | | |||||||||| | ||||||||||||| |||||| |    
T  17621359 atgtcggcacttagtgagaaatttcggtcgtattaccgcagcaatcatactggaaggagactatattggcaaactaatatgggcacagcagtcttaaatg 17621260  T
Q  206 caacttttgggaatggtcagaaacatgagttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacaggga 305  Q
    | ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  17621259 ctacttttgggaaaggtcagagacatgtgttaaatgtctccacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgatagactaagctacaagga 17621160  T
Q  306 aattgagcaagcaaccgagattccagcttcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatg 405  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  17621159 aattgagcaagcaactgaaattccagcttcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtcctgaggaaggagcctacg 17621060  T
Q  406 agtaaagatgttagtgaggatg 427  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  17621059 agtaaagatgttagcgaggatg 17621038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 34 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 15194813 - 15194424
Alignment:
Q  34 cttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatttcagt 133  Q
    |||||| |||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||   | |||||| | |||||||| ||    
T  15194813 cttactgtgcaggtcctgacaacagggtcttggccaactcaatctagtgtaacatgtaacattccgactgaaatggtagtactttgcgagaaatttctgt 15194714  T
Q  134 cttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaacatga 233  Q
      ||||||||| |||| || |  | ||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  15194713 tatattacctcagcaaccataccgacaggaaattgtcgtggcaaactaatatgggcacagcagacttaaaagcaactttcgagaatggtcagaaacatga 15194614  T
Q  234 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15194613 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctatttaataatgctgatagattaagctacaaggaaattgagcaagcaactgagattccagct 15194514  T
Q  334 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgag 423  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  15194513 tcagatttgaagatgtgcctgcaatctttggctttggttaagggtaaaaatgtcctaaggaaggagcctatgaataattatgttagtgag 15194424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 34 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 15205498 - 15205109
Alignment:
Q  34 cttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatttcagt 133  Q
    |||||| |||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||   | |||||| | |||||||| ||    
T  15205498 cttactgtgcaggtcctgacaacagggtcttggccaactcaatctagtgtaacatgtaacattccgactgaaatggtagtactttgcgagaaatttctgt 15205399  T
Q  134 cttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaacatga 233  Q
      ||||||||| |||| || |  | ||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  15205398 tatattacctcagcaaccataccgacaggaaattgtcgtggcaaactaatatgggcacagcagacttaaaagcaactttcgagaatggtcagaaacatga 15205299  T
Q  234 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15205298 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctatttaataatgctgatagattaagctacaaggaaattgagcaagcaactgagattccagct 15205199  T
Q  334 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgag 423  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  15205198 tcagatttgaagatgtgcctgcaatctttggctttggttaagggtaaagatgtcctacggaaggagcctatgaataattatgttagtgag 15205109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 34 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 15215231 - 15214842
Alignment:
Q  34 cttactatgcaagttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatttcagt 133  Q
    |||||| |||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||   | |||||| | |||||||| ||    
T  15215231 cttactgtgcaggtcctgacaacagggtcttggccaactcaatctagtgtaacatgtaacattccgactgaaatggtagtactttgcgagaaatttctgt 15215132  T
Q  134 cttattacctcggcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaacatga 233  Q
      ||||||||| |||| || |  | ||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  15215131 tatattacctcagcaaccataccgacaggaaattgtcgtggcaaactaatatgggcacagcagacttaaaagcaactttcgagaatggtcagaaacatga 15215032  T
Q  234 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagct 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15215031 gttaaatgtttctacctatcaaatgtgtgtactcatgctatttaataatgctgatagattaagctacaaggaaattgagcaagcaactgagattccagct 15214932  T
Q  334 tcagatttgaagaggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgag 423  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  15214931 tcagatttgaagatgtgcctgcaatctttggctttggttaagggtaaatatgtcctatggaaggagcctatgaataattatgttagtgag 15214842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 46 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 24394781 - 24394400
Alignment:
Q  46 gttctaacaacagggttttggccaactcaatctagtgtgacatgtaacctaccggctgaaatgtcggcactttgtgtgaaatttcagtcttattacctcg 145  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||| | || || ||||| ||||  ||||| || |||||||| | ||| |||| ||| |||||||| |    
T  24394781 gttcttacaacagggtcttggccaactcagtctagtattacgtgcaacctgccggtggaaatatctgcactttgcgagaagtttcggtcgtattaccttg 24394682  T
Q  146 gcaatcaaaatggcaggagattgtcttggcaaactgagatgggcacagcagacttaaaagcaacttttgggaatggtcagaaacatgagttaaatgtttc 245  Q
    |||  || | ||||||||||||||| ||||||||  | ||||||   ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||    
T  24394681 gcacacatactggcaggagattgtcatggcaaaccaacatgggctttgcagacttaaaagcaacctttgggaagggtcagaagcatgagttaaatgtctc 24394582  T
Q  246 tacctatcaaatgtgtgtactcatgctgtttaataatgctgataggctaagctacagggaaattgagcaagcaaccgagattccagcttcagatttgaag 345  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||| || |||||||||||||  || ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||  | ||| | |||    
T  24394581 tacctaccaaatgtgtgtccttatgcttttcaataatgctgataaacttagctacaaggagattgagcaagcaactgagattcctgccccggatcttaag 24394482  T
Q  346 aggtgcctgcaatctttggctttggttaagggaagaaatgtccttaggaaggagcctatgagtaaagatgttagtgaggatg 427  Q
    || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  24394481 agatgtctgcaatcattggctttagttaagggaagaaatgtccttagaaaggagccgatgagtaaagatgttggtgaggatg 24394400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University