View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF15453_low_14 (Length: 372)
Name: NF15453_low_14
Description: NF15453
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15453_low_14 |
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| [»] scaffold0176 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 34164493 - 34164137
Alignment:
| Q |
1 |
attaataactttaaaaattggaagaacnnnnnnnnngaaagactattacatgaaaatcatagagatctgctgggtgatctaattgatgtatagaaccgtc |
100 |
Q |
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| T |
34164493 |
attaataactttaaaaattggaagaacaaaaaaaaagaaagactattacatgaaaatcatagagatctgctgggtgatctaattgatgtatagaaccgtc |
34164394 |
T |
|
| Q |
101 |
acaatttgagataatttgaatatcaggataatcatgttttatagcttcatagaactttaggtagtttcctattcaat-nnnnnnnnnntacaaattagta |
199 |
Q |
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|
| T |
34164393 |
acaatttgagataatttgaatatcaggataatcatgttttatagcttcatagaactttaggtagtttcctattcaataaaaaaaaaaatacaaattagta |
34164294 |
T |
|
| Q |
200 |
aactaaagtgtgttaattgctcaaccaactcacttatcaaatattttttgattaaatatacatnnnnnnnnnttcaatttgtcttccaaattaacttaaa |
299 |
Q |
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| T |
34164293 |
aactaaagtgtattaattgctcaaccacctcacttatcaaatattttttgattaaatatacataaaaaaaaattcaatttgtcttccaaattaacttaaa |
34164194 |
T |
|
| Q |
300 |
aaagttatacctagatagttatatttatgacagtcttcatttccaatggcaacaaat |
356 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
34164193 |
aaagttatacctagatagttatatttatgacagtcttcatttccaatggcaacaaat |
34164137 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 34214588 - 34214233
Alignment:
| Q |
1 |
attaataactttaaaaattggaagaacnnnnnnnnngaaagactattacatgaaaatcatagagatctgctgggtgatctaattgatgtatagaaccgtc |
100 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
34214588 |
attaataactttaaaaattggaagaacaaaaaaaaaaaaagactattacatgaaaatcatagagatctgctgggtgatctaattgatgtatagaaccgtc |
34214489 |
T |
|
| Q |
101 |
acaatttgagataatttgaatatcaggataatcatgttttatagcttcatagaactttaggtagtttcctattcaatnnnnnnnnnntacaaattagtaa |
200 |
Q |
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| T |
34214488 |
acaatttgagataatttgaatatcaggagaatcatgttttatagcttcatagaactttaggtagtttcctattcaataaaaaaaaaatacaaattagtaa |
34214389 |
T |
|
| Q |
201 |
actaaagtgtgttaattgctcaaccaactcacttatcaaatattttttgattaaatatacatnnnnnnnnnttcaatttgtcttccaaattaacttaaaa |
300 |
Q |
| |
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|
| T |
34214388 |
actaaagtgtattaattgctcaaccacctcacttatcaaatattttttgattaaatatacataaaaaaaaattcaatttgtcttccaaattaacttaaaa |
34214289 |
T |
|
| Q |
301 |
aagttatacctagatagttatatttatgacagtcttcatttccaatggcaacaaat |
356 |
Q |
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|
| T |
34214288 |
aagttatacctagatagttatatttatgacagtcttcatttccaatggcaacaaat |
34214233 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 34170990 - 34170634
Alignment:
| Q |
1 |
attaataactttaaaaattggaagaacnnnnnnnnngaaagactattacatgaaaatcatagagatctgctgggtgatctaattgatgtatagaaccgtc |
100 |
Q |
| |
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|
| T |
34170990 |
attaataactttaaaaattggaagaacaaaaaaaaagaaagactattacatnaaaatcatagagatctgctgggtgatctaattgatgtatagaaccgtc |
34170891 |
T |
|
| Q |
101 |
acaatttgagataatttgaatatcaggataatcatgttttatagcttcatagaactttaggtagtttcctattcaat-nnnnnnnnnntacaaattagta |
199 |
Q |
| |
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|
| T |
34170890 |
acaatttgagataatttgaatatcaggataatcatgttttatagcttcatagaactttaggtagtttcctattcaataaaaaaaaaaatacaaattagta |
34170791 |
T |
|
| Q |
200 |
aactaaagtgtgttaattgctcaaccaactcacttatcaaatattttttgattaaatatacatnnnnnnnnnttcaatttgtcttccaaattaacttaaa |
299 |
Q |
| |
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|
| T |
34170790 |
aactaaagtgtattaattgctcaaccacctcacttatcaaatattttttgattaaatatacataaaaaaaaattcaatttgtcttccaaattaacttaaa |
34170691 |
T |
|
| Q |
300 |
aaagttatacctagatagttatatttatgacagtcttcatttccaatggcaacaaat |
356 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34170690 |
aaagttatacctagatagttatatttatgacagtcttcatttccaatggcaacaaat |
34170634 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 34453385 - 34453316
Alignment:
| Q |
99 |
tcacaatttgagataatttgaatatcaggataatcatgttttatagcttcatagaactttaggtagtttc |
168 |
Q |
| |
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|
| T |
34453385 |
tcacaatttgagataatttggatatcatgataagcacgtcttattgcatcatagaatttcatgtagtttc |
34453316 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0176 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:
Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 31314 - 30958
Alignment:
| Q |
1 |
attaataactttaaaaattggaagaacnnnnnnnnngaaagactattacatgaaaatcatagagatctgctgggtgatctaattgatgtatagaaccgtc |
100 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31314 |
attaataactttaaaaattggaagaacaaaaaaaaagaaagactattacatnaaaatcatagagatctgctgggtgatctaattgatgtatagaaccgtc |
31215 |
T |
|
| Q |
101 |
acaatttgagataatttgaatatcaggataatcatgttttatagcttcatagaactttaggtagtttcctattcaat-nnnnnnnnnntacaaattagta |
199 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
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| T |
31214 |
acaatttgagataatttgaatatcaggataatcatgttttatagcttcatagaactttaggtagtttcctattcaataaaaaaaaaaatacaaattagta |
31115 |
T |
|
| Q |
200 |
aactaaagtgtgttaattgctcaaccaactcacttatcaaatattttttgattaaatatacatnnnnnnnnnttcaatttgtcttccaaattaacttaaa |
299 |
Q |
| |
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|
| T |
31114 |
aactaaagtgtattaattgctcaaccacctcacttatcaaatattttttgattaaatatacataaaaaaaaattcaatttgtcttccaaattaacttaaa |
31015 |
T |
|
| Q |
300 |
aaagttatacctagatagttatatttatgacagtcttcatttccaatggcaacaaat |
356 |
Q |
| |
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| T |
31014 |
aaagttatacctagatagttatatttatgacagtcttcatttccaatggcaacaaat |
30958 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000009; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 60 - 148
Target Start/End: Original strand, 38725591 - 38725679
Alignment:
| Q |
60 |
tagagatctgctgggtgatctaattgatgtatagaaccgtcacaatttgagataatttgaatatcaggataatcatgttttatagcttc |
148 |
Q |
| |
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| T |
38725591 |
tagatatctgctgggtgttttagtggatgttcagaaccgttgcagtttgagataatttgaatatcaggataagtacgttttatagcttc |
38725679 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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