View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15454_low_5 (Length: 728)

Name: NF15454_low_5
Description: NF15454
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15454_low_5
NF15454_low_5
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (162-541)||(1812532-1812911)
chr2 (590-728)||(1812345-1812483)
chr2 (1-90)||(1812910-1812999)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (8-478)||(103300-103777)
chr8 (311-417)||(41967839-41967945)
chr8 (454-531)||(41967992-41968069)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (11-530)||(30458853-30459374)
chr1 (311-436)||(17573583-17573708)
chr1 (311-404)||(23753752-23753845)
chr1 (245-376)||(5545603-5545737)
chr1 (320-383)||(4522074-4522137)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (66-439)||(33501912-33502288)
chr5 (66-436)||(9232608-9232974)
chr5 (5-436)||(5687370-5687806)
chr5 (66-531)||(19820918-19821370)
chr5 (311-439)||(22393080-22393208)
chr5 (331-445)||(681018-681133)
chr5 (331-445)||(2539512-2539626)
chr5 (469-526)||(5687270-5687327)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (209-445)||(54226455-54226694)
chr3 (311-530)||(54227117-54227338)
chr3 (311-531)||(44561116-44561346)
chr3 (337-530)||(32108360-32108552)
chr3 (319-474)||(31257433-31257588)
chr3 (5-191)||(54226745-54226932)
chr3 (311-441)||(33910923-33911053)
chr3 (458-531)||(24084246-24084319)
chr3 (362-426)||(24084423-24084483)
chr3 (472-527)||(31257603-31257658)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (317-530)||(7938470-7938681)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (315-404)||(38184555-38184644)
chr4 (458-530)||(38184454-38184526)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (316-433)||(6744478-6744597)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 162 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 1812911 - 1812532
Alignment:
Q  162 ccatcagatattgcatgtgaaccattttgtattcaagagnnnnnnnn-gtaacctaccaattaatttggagatattcccaaaaaccactcaccttctctt 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1812911 ccatcagatattgcatgtgaaccattttgtattcaagagttttgttttgtaacttaccaattaatttggagatattcccaaaaaccactcaccttctctt 1812812  T
Q  261 cctttacggccaacacatacacaatctgtttctctacactctacagtctatatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgt 360  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1812811 cctttacggccaacacatacacaatctgtttctctacactctacagtcgatatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttacttacttttgt 1812712  T
Q  361 ttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaagtattttgaagtttatacatgaaattttaaatcatannnnnnnngttcatg 460  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||    
T  1812711 ttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaagtattttgaagtttatacatgaaattttaaatcata-tttttttgttcatg 1812613  T
Q  461 tatcttacgatacacgattcataaaagtggccaaacaatacacgatacgtttcccgatttgactaccatgaatcagattac 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1812612 tatcttacgatacacgattcataaaagtggtcaaacaatacacgatacgtttcccgatttgactaccatgaatcagattac 1812532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 590 - 728
Target Start/End: Complemental strand, 1812483 - 1812345
Alignment:
Q  590 ttataagcttcccaagccaatttgtggattaaatagattgaactacaaactgaccaacttatagcaagaaatttcacaatagtatgcaatcaaattctta 689  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1812483 ttataagcttcccaagccaatttgtggattaaatagattgaactacaaacttaccaacttatagcaagaaatttcacaatagtatgcaatcaaattctta 1812384  T
Q  690 tgtggcaccaagctaatattgcattttaatatatgatga 728  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1812383 tgtggcaccaagctaatattgcattttaatatatgatga 1812345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 1812999 - 1812910
Alignment:
Q  1 ttgtgtttcagttgcagaaactaggtcgggttgcgcgacccggcaaaagttattaaaaatatcgattttttatggatcagtcctggaacc 90  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1812999 ttgtgtttcagttgcagaaactaggtcgggttgcgcgacccggcaaaagttattaaaaaaatcgattttttatggatcagtcctggaacc 1812910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 8 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 103777 - 103300
Alignment:
Q  8 tcagttgcagaaactaggtcgggttgcgcgacccggcaaaagtt----attaaaaatatcgattttttatggatcagtcctggaaccgggtcgggatttg 103  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||    |  ||||||  || ||||||||| |||||| ||||| ||||||| || ||||    
T  103777 tcagttgcaaaaaccaggt-gggttgcacgacccggcaaaaattccaaaaaaaaaattccgtttttttatgtatcagttctggagccgggtcaggttttg 103679  T
Q  104 catgcccttccagaaaaccccaaatttacccggttagcttgggtcgggtttatgtgacccatcagatattgcatgtgaaccattttgtattcaagagnnn 203  Q
    |||| ||   |||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       
T  103678 catgacccatcagaaaaccccaaatttacctggttttcttggatcgggtttatgtgacccatcagatattgcaagtgaaccattttgtattcaagagttt 103579  T
Q  204 nnnnn-gtaacctaccaattaatttggagatattcccaaaaaccactcaccttctcttcctttacggc---caacacatacacaatctgtttctctacac 299  Q
          ||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  103578 tgttttgtagcctaccaattaatttggagctattccccaaagccactcaccttctcttcctttacggcttccaacacatatacacgctgtttctctacac 103479  T
Q  300 tctacagtctatatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatat 399  Q
    |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  103478 tacacactctatatgtttgattttgattgaattaaggatgttttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttatatat 103379  T
Q  400 gatatctgaagtattttgaagtttatacatgaaattttaaatcatannnnnnnngttcatgtatcttacgatacacgat 478  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| |||| | ||||| |||||        ||||||||| |||||||||||||||    
T  103378 gatatttgaagtattttggagtttatatatgatactttaagtcatattttttttgttcatgtaacttacgatacacgat 103300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 311 - 417
Target Start/End: Original strand, 41967839 - 41967945
Alignment:
Q  311 tatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaag 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  41967839 tatgtttgattttgattgaattaaggatgccttatgttatttatctttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttatatatgatatttgaag 41967938  T
Q  411 tattttg 417  Q
    |||||||    
T  41967939 tattttg 41967945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 454 - 531
Target Start/End: Original strand, 41967992 - 41968069
Alignment:
Q  454 gttcatgtatcttacgatacacgattcataaaagtggccaaacaatacacgatacgtttcccgatttgactaccatga 531  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||  | | | |||| |||||||||||||||    
T  41967992 gttcatgtatcttacgatacacgattcaaaaaattggtcaaacgatacacattgcatatcccaatttgactaccatga 41968069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 11 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 30459374 - 30458853
Alignment:
Q  11 gttgcagaaactaggtcgggttgcgcgacccggcaaaagttattaaaa--atatcgatttttt-atggatcagtcctggaaccgggtcgggatttgcatg 107  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||   ||||  | ||| ||||||| |||||||| ||||| || ||||||||| |||||||     
T  30459374 gttgcagaaaccaggtcgggttgcgcaacccagcaaaagttccaaaaataaaatccatttttttatggatcaatcctgaaatcgggtcgggctttgcatc 30459275  T
Q  108 cccttccagaaaaccccaaatttacccggttagcttgggtcgggtttatgtgacccatcagatattgcatgtgaaccattttgtattcaagagnnnnnnn 207  Q
     || |||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||           
T  30459274 accctccagaaaaccccaaacttacccggtttccttgggtcgggtttatgtgacccatcagaccttgtaggtgaaccattttgtattcaagagttttgtt 30459175  T
Q  208 n-gtaacctaccaattaatttggagatattcccaaaaaccactcaccttctcttcctttacggc---caacacatacacaatctgtttctctacactcta 303  Q
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||   ||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  30459174 ttgtaacctaccaattaatttggagctattcccaaaagccactcaccttctcttcctttatggcttccaacacatatacgatctgtttctctacactcta 30459075  T
Q  304 cagtctatatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagtt-------ttgaagtatcttgaagtttaca 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  30459074 cagtctatatgtttgattttgattgaactaaggatgctttatgttatttacttttgcttatgacttgagttttgacttttgaagtatcttgaagtttaca 30458975  T
Q  397 tatgatatctgaagtattttgaagtttatacatgaaattttaaatcatannnnnnnngttcatgtatcttacgatacacgattcataaaagtggccaaac 496  Q
     ||||||| |||||            |||| |||| ||||||| |||||        |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  30458974 catgatatttgaag------------tatatatgatattttaagtcatattttttgtgttcatatatcttacgatacacgattcaaaaaagtggtcaaac 30458887  T
Q  497 aatacacgatacgtttcccgatttgactaccatg 530  Q
     ||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  30458886 gatacacgatacgtatcccaatttgattaccatg 30458853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 311 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 17573708 - 17573583
Alignment:
Q  311 tatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaag 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  17573708 tatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttatttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttatatatgatatttgaag 17573609  T
Q  411 tattttgaagtttatacatgaaattt 436  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||    
T  17573608 tattttgaagtttataaatgatattt 17573583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 311 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 23753845 - 23753752
Alignment:
Q  311 tatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatat 404  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  23753845 tatgtttggttttgattgaattaaggatgttttatgttatttatttttgttcatgaattgatttttgaagtattttggagtttatatatgatat 23753752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 245 - 376
Target Start/End: Original strand, 5545603 - 5545737
Alignment:
Q  245 ccactcaccttctcttcctttacggc---caacacatacacaatctgtttctctacactctaca--gtctatatgttt-gattttgattgaattaaggat 338  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||   || ||||||||| ||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  5545603 ccactcaccttctcttcctatacagcttccagcacatacacgat--gtttctctacactctacacggtctatatgttttgattttgattgaactaaggat 5545700  T
Q  339 gctttatgttatttacttttgtttatgacttgagtttt 376  Q
    ||||||||||||||  |||| || ||||||||||||||    
T  5545701 gctttatgttattt-ttttttttcatgacttgagtttt 5545737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 320 - 383
Target Start/End: Original strand, 4522074 - 4522137
Alignment:
Q  320 ttttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtat 383  Q
    ||||||| |||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4522074 ttttgatagaattaaggatgtttcatgttatataattttgtttatgacttgagttttaaagtat 4522137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 66 - 439
Target Start/End: Original strand, 33501912 - 33502288
Alignment:
Q  66 ttttttatggatcagtcctggaaccgggtcgggatttgcatgcccttccagaaaaccccaaatttacccggttagcttgggtcgggtttatgtgacccat 165  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||| || ||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||  ||||||    
T  33501912 ttttttagggatcagtcatggaaccgggttgggttttgtatgaccctccaggagaccccaaatttacccggttttcttgggtcgggtttttgctacccat 33502011  T
Q  166 cagatattgcatgtgaaccattttgtattcaagagnnnnnnnn-gtaacctaccaattaatttggagatattcccaaaaaccactcaccttctcttcctt 264  Q
    ||||||||||| |||||  |||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  33502012 cagatattgcaggtgaaa-attttgtattcaagatctttgttttgtaacctaccaattaatttggagctattcccaaaagccactcatcttctcttcctt 33502110  T
Q  265 tacggc---caacacatacacaatctgtttctctacactctacagtctatatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtt 361  Q
    |||| |   ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  33502111 tacgacttccaacacacacacaatatgtttctctacactctatagtctatatgtttgattttgaatgaattaaggatgttttatgttatttacttttgct 33502210  T
Q  362 tatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaagtattttgaagtttatacatgaaattttaa 439  Q
    | |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| || ||| | |||| |||||||    
T  33502211 tgtgactttagttttgaggtatcttgaagtttatatatgatatttgaagtattttgtagattacatatgatattttaa 33502288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 66 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 9232974 - 9232608
Alignment:
Q  66 ttttttatggatcagtcctggaaccgggtcgggatttgcatgcccttccagaaaaccccaaatttacccggttagcttgggtcgggtttatgtgacccat 165  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||  | | || | |||| |||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||    
T  9232974 ttttttatgaatcagttctggaacagggtcgggttttgca--ctcgtcaa-aaaatcccaaatttacccggttttcttgggccgggtttatgtgacccat 9232878  T
Q  166 cagatattgcatgtgaaccattttgtattcaagagnnnnnnnn-gtaacctaccaattaatttggagatattcccaaaaaccactcaccttctcttcctt 264  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9232877 cagatattgcaggtgaaccattttgtattcaagagttttgttttgtaacctaccaattaatttggagctattcccaaaagccactcaccttctcttcctt 9232778  T
Q  265 tacggc---caacacatacacaatctgtttctctacactctacagtctatatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtt 361  Q
    || |||   ||||||||||||  |||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |    
T  9232777 tatggcttccaacacatacacgctctgtttctctacactcta-------tatgtttgattttgattgaattaagggtgctttatgttatttaattttgat 9232685  T
Q  362 tatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgata--tctgaagtattttgaagtttatacatgaaattt 436  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||  | |||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  9232684 tatgacttgagttttgaagtatttagaagtttatatatgatatttgtgaagtattttggagtttatatatgatattt 9232608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 5 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 5687806 - 5687370
Alignment:
Q  5 gtttcagttgcagaaactaggtcgggttgcgcgacccggcaaaagtt---attaaaaatatcgatt-ttttatggatcagtcctggaaccgggtcgggat 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||| ||   |  ||||||  || || |||||||||||||| ||||| | ||||| || |    
T  5687806 gtttcagttgcagaaaccaggtcgagttgcacgacccggaaaaaattcaaaaaaaaaatcccgtttattttatggatcagttctggagctgggtcaggtt 5687707  T
Q  101 ttgcatgcccttccagaaaaccccaaatttacccggttagcttgggtcgggtttatgtgacccatcagatattgcatgtgaaccattttgtattcaagag 200  Q
    || |||| ||  ||||||| | | ||||| ||||| ||  || |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  5687706 ttacatgacccgccagaaagctcaaaatt-acccgcttttctggggttgggtttatgtgacccaacagatattgcaggtgaacccttttgtattcaagag 5687608  T
Q  201 nnnnnnnn-gtaacctaccaattaatttggagatattcccaaaaaccactcaccttctcttcctttacggc---caacacatacacaatctgtttctcta 296  Q
             |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||    ||||||||| |    
T  5687607 ttttgttttgtaaactaccaattaatttggagctattcccaaaagccactcaccttctctttctttacggcttccaacacatacaagcgctgtttctcaa 5687508  T
Q  297 cactctacagtctatatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttaca 396  Q
    |||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  5687507 cactataca--ctatatgtttgattttgattgaattaaggatgttttatgttattcacttttgtttatgacatgagttttgaagtatcttgaagtttata 5687410  T
Q  397 tatgatatctgaagtattttgaagtttatacatgaaattt 436  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  5687409 tatgatatttgaagtattttggagtttatatatgatattt 5687370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 66 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 19821370 - 19820918
Alignment:
Q  66 ttttttatggatcagtcctggaaccgggtcgggatttgcatgcccttccagaaaaccccaaatttacccggttagcttgggtcgggtttatgtgacccat 165  Q
    ||||| ||| |||||| ||||| |||| || || |||||||| ||  ||||||||||||||||||||  ||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  19821370 tttttcatgtatcagttctggagccgg-tcaggttttgcatgacccgccagaaaaccccaaatttacttggttttcttgggtctggtttatgtgacccat 19821272  T
Q  166 cagatattgcatgtgaaccattttgtattcaagagnnnnnnnn-gtaacctaccaattaatttggagatattcccaaaaaccactcaccttctcttcctt 264  Q
    ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||         ||||||||||||||||||||||       |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  19821271 cagatattgcaagtaaaccattttatattcaagagttttgttttgtaacctaccaattaatttgga-------ccaaaagccacttaccttctcttcctt 19821179  T
Q  265 tacggc---caacacatacacaatctgtttctctacactctacagtctatatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtt 361  Q
    ||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19821178 tacggctttcaacacatacacgcgctgtttctctacactatacactttatatgtttgatttg----------aggatgctttatgttatttacttttgtt 19821089  T
Q  362 tatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaagtattttgaagtttatacatgaaattttaaatcata-nnnnnnnngttcatg 460  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||         |||||||    
T  19821088 tatgatttgagttgtgaattatcttgaagtttatatatgatatttgaagtattttggagtttatatatgatattttaagtcatatttttttttgttcatg 19820989  T
Q  461 tatcttacgatacacgattcataaaagtggccaaacaatacacgatacgtttcccgatttgactaccatga 531  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||| | ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  19820988 tatcttacgatacacgatccaaaaaagtggtcgaacgatacacaatacgtatcccgatttgactaccatga 19820918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 311 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 22393208 - 22393080
Alignment:
Q  311 tatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaag 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  22393208 tatgtttgattttgattgaattaaggatgttttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaaatatcttgaagtttatatatgatatttgaag 22393109  T
Q  411 tattttgaagtttatacatgaaattttaa 439  Q
    ||||||| | |||||| |||| |||||||    
T  22393108 tattttggaatttatatatgatattttaa 22393080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 331 - 445
Target Start/End: Original strand, 681018 - 681133
Alignment:
Q  331 ttaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttaca-tatgatatctgaagtattttgaagtttatacat 429  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||| |||||||| ||    
T  681018 ttaaggatgttttatgttatttatttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttttattatgatatttgaagtattttggagtttatatat 681117  T
Q  430 gaaattttaaatcata 445  Q
    || ||||||| |||||    
T  681118 gatattttaactcata 681133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 331 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 2539626 - 2539512
Alignment:
Q  331 ttaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaagtattttgaagtttatacatg 430  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  2539626 ttaaggatgctttatattatttctttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttaaagtttatatatgatatttgaagtattttggagtttatatatg 2539527  T
Q  431 aaattttaaatcata 445  Q
    | ||| ||| |||||    
T  2539526 atattgtaagtcata 2539512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 469 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 5687327 - 5687270
Alignment:
Q  469 gatacacgattcataaaagtggccaaacaatacacgatacgtttcccgatttgactac 526  Q
    |||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||||| || |||||| |||||    
T  5687327 gatacatgattcaaaaaagtggtcgaacaatacacgatacgtatctcgatttcactac 5687270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 170; Significance: 7e-91; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 7e-91
Query Start/End: Original strand, 209 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 54226694 - 54226455
Alignment:
Q  209 gtaacctaccaattaatttggagatattcccaaaaaccactcaccttctcttcctttacggc---caacacatacacaatctgtttctctacactctaca 305  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  54226694 gtaacctaccagttaatttggagctatttccaaaagccactcaccttctattcctttacggcttccaacacatacacgatctgtttctctacactctacg 54226595  T
Q  306 gtctatatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatc 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  54226594 gtctatatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttatatatgatatt 54226495  T
Q  406 tgaagtattttgaagtttatacatgaaattttaaatcata 445  Q
    |||||||||| | |||||||| |||| ||||||| |||||    
T  54226494 tgaagtatttcgtagtttatatatgatattttaagtcata 54226455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 311 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 54227338 - 54227117
Alignment:
Q  311 tatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaag 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  54227338 tatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttataacttcagttttgaagtatcttgaaatttatatatgatatttgaag 54227239  T
Q  411 tattttgaagtttatacatgaaattttaaatcata-nnnnnnnngttcatgtatcttacgatacacgattc-ataaaagtggccaaacaatacacgatac 508  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||          ||||||||| ||| |||| ||||||| | ||||| ||   ||| |||||||||||    
T  54227238 tattttggagtttatatatgatattttaagtcatatttttttttcttcatgtatattatgatatacgattcaaaaaaagcggttgaacgatacacgatac 54227139  T
Q  509 gtttcccgatttgactaccatg 530  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  54227138 gtatcccgatttgactaccatg 54227117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 311 - 531
Target Start/End: Original strand, 44561116 - 44561346
Alignment:
Q  311 tatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaag 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || | ||||||||| |||||    
T  44561116 tatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttcagttttgaagtatattgaaattcatatatgatatttgaag 44561215  T
Q  411 tattttgaagtttatacatgaaattttaaatcatannnnnnnngttcatgtatct----------tacgatacacgattcataaaagtggccaaacaata 500  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||||| |||||        || |||||||||          |||||||||||||||| |||||||| | ||| |||    
T  44561216 tattttggagtttatatatgatattttaagtcatattttttttgtccatgtatcttacgatatgctacgatacacgattcaaaaaagtggtcgaacgata 44561315  T
Q  501 cacgatacgtttcccgatttgactaccatga 531  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  44561316 cacgatacgtatcacgatttgattaccatga 44561346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 337 - 530
Target Start/End: Original strand, 32108360 - 32108552
Alignment:
Q  337 atgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaagtattttgaagtttatacatgaaattt 436  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| || |||| ||||    
T  32108360 atgcttta-gttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttggagtttatatatgatatttgaagtattttggagtttgtatatgatattt 32108458  T
Q  437 taaatcatannnnnnnngttcatgtatcttacgatacacgattcataaaagtggccaaacaatacacgatacgtttcccgatttgactaccatg 530  Q
    ||| | |||        ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||   ||| ||| || |||||| | ||||||||||| |||||    
T  32108459 taagttatattttttttgttcatgcatcttacgatacacgattcaaaaaagtggttgaacgatatacaatacgtattccgatttgactgccatg 32108552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 319 - 474
Target Start/End: Original strand, 31257433 - 31257588
Alignment:
Q  319 attttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaagtattttga 418  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||     
T  31257433 attttgattgaactaatgatgttttatgttattcatttttgtttatgacttgagtttggaagtatcttgaagtttatatatgatatttgaagtattttgg 31257532  T
Q  419 agtttatacatgaaattttaaatcatannnnnnnngttcatgtatcttacgataca 474  Q
    |||||| | |||| ||||||| |||||        ||| |||||||||||||||||    
T  31257533 agtttaaatatgatattttaattcataatttttttgttaatgtatcttacgataca 31257588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 54226932 - 54226745
Alignment:
Q  5 gtttcagttgcagaaactaggtcgggttgcgcgacccggcaaaagttattaaa--aatatcgattttttatggatcagtcctggaaccgggtcgggattt 102  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| || |||| || |||||| || | |||  | | || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  54226932 gtttcagttgcagaaaccaggtcgggatgtgcgaaccagcaaaaatt-tcaaattattttccattttttatggaacagtcctggaaccgggtcgggtttt 54226834  T
Q  103 gcatgcccttccagaaaaccccaaatttacccggttagcttgggtcgggtttatgtgacccatcagatattgcatgtgaaccattttgt 191  Q
    ||||| || |||||||||||||||||   | |||||  |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  54226833 gcatgaccctccagaaaaccccaaatacccacggttttcttgggtcaggtttatgtaacccatcagctattgcaggcgaaccattttgt 54226745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 311 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 33911053 - 33910923
Alignment:
Q  311 tatgtttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaag 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||| |||| ||| |||| |||| |||||| ||||||||   ||||||||| |||||    
T  33911053 tatgtttgattttgattgaattaagggtgatttatgttgtttattttcgtttttgagttgaatttttaagtatattgaagttagtatatgatatttgaag 33910954  T
Q  411 tattttgaagtttatacatgaaattttaaat 441  Q
    ||||||  ||||| || |||| |||||||||    
T  33910953 tattttagagtttgtatatgatattttaaat 33910923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 458 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 24084319 - 24084246
Alignment:
Q  458 atgtatcttacgatacacgattcataaaagtggccaaacaatacacgatacgtttcccgatttgactaccatga 531  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||  |||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  24084319 atgtatcttacggtacacgattcaaaaaagtggtcgaatgatacacaatacatatcccgatttgactaccatga 24084246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 362 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 24084483 - 24084423
Alignment:
Q  362 tatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaagtattttgaagtttata 426  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||    ||||||||| ||||||| |||| ||||||||    
T  24084483 tatgacttgagttttgaagcatcttgaagt----atatgatatttgaagtactttggagtttata 24084423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 472 - 527
Target Start/End: Original strand, 31257603 - 31257658
Alignment:
Q  472 acacgattcataaaagtggccaaacaatacacgatacgtttcccgatttgactacc 527  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  31257603 acacgattcaaaaaagcggtcaaacgatacacgatacgtctcccaatttgactacc 31257658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 90; Significance: 4e-43; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 317 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 7938681 - 7938470
Alignment:
Q  317 tgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatatctgaagtatttt 416  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||| ||||    
T  7938681 tgattttgactgaattaaggatgttatatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcctgaagtttgtatatgatatttgaagtgtttt 7938582  T
Q  417 gaagtttatacatgaaattttaaatcatannnnnnnngttcatgtatcttacgatacacgattcataaaagtggccaaacaatacacgatacgtttcccg 516  Q
    | |||||||| |||| ||||||| ||||         |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |   ||| ||||||||||| | ||| |    
T  7938581 ggagtttatatatgatattttaagtcat--gttttttgttcatgtatcttacgatacccgattcaaaaaagttgttgaacgatacacgatacatatccag 7938484  T
Q  517 atttgactaccatg 530  Q
    ||||||||| ||||    
T  7938483 atttgactatcatg 7938470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 315 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 38184644 - 38184555
Alignment:
Q  315 tttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtttacatatgatat 404  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||    
T  38184644 tttgatttttattgaattaaggatgctttctgttatttatttttgtttatgacttgagttttgcagtattttggagtttatatatgatat 38184555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 458 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 38184526 - 38184454
Alignment:
Q  458 atgtatcttacgatacacgattcataaaagtggccaaacaatacacgatacgtttcccgatttgactaccatg 530  Q
    ||||||||||| |||||||||| | | |||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38184526 atgtatcttacaatacacgattaaaagaagtgatcaaacgatacacgatacgtatcccgatttgactaccatg 38184454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 60; Significance: 3e-25; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 316 - 433
Target Start/End: Original strand, 6744478 - 6744597
Alignment:
Q  316 ttgattttgattgaattaaggatgctttatgttatttacttttgtttatgacttgagttttgaagtatcttgaagtt------tacatatgatatctgaa 409  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||||||| |||||      |||||||||||| ||||    
T  6744478 ttgattttgattgaattaaggacgctttatgttatttatttttgttta----ttgagttttgaagtatcttaaagtttatatgtacatatgatatttgaa 6744573  T
Q  410 gtattttgaagtttatacatgaaa 433  Q
    |||||||| |||||||| ||||||    
T  6744574 gtattttggagtttatatatgaaa 6744597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University