View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15456_low_23 (Length: 432)

Name: NF15456_low_23
Description: NF15456
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15456_low_23
NF15456_low_23
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (7-419)||(2436377-2436789)
chr6 (14-419)||(2642451-2642856)
chr6 (13-419)||(2674287-2674693)
chr6 (13-419)||(2449580-2449986)
chr6 (13-412)||(2570799-2571198)
chr6 (15-412)||(2621796-2622193)
chr6 (15-392)||(2590261-2590638)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 2436789 - 2436377
Alignment:
Q  7 tgagatgaacataccacgttggcttctttggcaagtctagagcaaataacacccgtagaattttgatcctcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagta 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436789 tgagaagaacataccacgttggcttctttggcaagtctagagcaaataacacccgtagaattttgatcctcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagta 2436690  T
Q  107 tcttggaaaacattctttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaaagctatactgttcaagcatattgaaaacaatagaggccaaagc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436689 tcttggaaaacattctttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaaagctatactgttcaagcatattgaaaacaatagaggccaaagc 2436590  T
Q  207 caaccctagaaaacaaaaagcatacatcctaatctgcttcttcatctcatcacggtcattcagaaaataaactgatgcaactgcccccgttgcaaatgtg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2436589 caaccctagaaaacaaaaagcatacatcctaatctgcttcttcatctcatcacggtcattcagaaaataaaccgatgcaactgcccccgttgcaaatgtg 2436490  T
Q  307 gatataggttgaaccgcaccgaataaaaccgaactcaaacaccccaaacatacttgcttccattctggagcattcattgccaacaatcttcgaaatgaag 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436489 gatataggttgaaccgcaccgaataaaactgaactcaaacaccccaaacatacttgcttccattctggagcattcattgccaacaatcttcgaaatgaag 2436390  T
Q  407 gaaccttcacctt 419  Q
    |||||||||||||    
T  2436389 gaaccttcacctt 2436377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 14 - 419
Target Start/End: Original strand, 2642451 - 2642856
Alignment:
Q  14 aacataccacgttggcttctttggcaagtctagagcaaataacacccgtagaattttgatcctcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttgga 113  Q
    |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2642451 aacataccatattagcttctttggcaagtctagagcaaacaacacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttgga 2642550  T
Q  114 aaacattctttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaaagctatactgttcaagcatattgaaaacaatagaggccaaagccaaccct 213  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| | ||| || |||   | ||||||||||    
T  2642551 aaacattcgttctctaaccctcttagtcaagtattctcccatgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccct 2642650  T
Q  214 agaaaacaaaaagcatacatcctaatctgcttcttcatctcatcacggtcattcagaaaataaactgatgcaactgcccccgttgcaaatgtggatatag 313  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||| |||| | || |||||||||||||  ||||| |||| |||| || |   ||| ||    
T  2642651 agaaaacaaaatgcatagatcctaatttgcctcttgatctcatcatggtcttccaaaaaataaactgatataactgaccccattgcgaacgaatatacag 2642750  T
Q  314 gttgaaccgcaccgaataaaaccgaactcaaacaccccaaacatacttgcttccattctggagcattcattgccaacaatcttcgaaatgaaggaacctt 413  Q
    || ||| ||||||||||||||||| | | | ||| ||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||    
T  2642751 gtcgaatcgcaccgaataaaaccgcatttatacaacccaaacatgcttgcttccactctggcacattcattgccaacaacctttgaaacgaagaaacctt 2642850  T
Q  414 cacctt 419  Q
     |||||    
T  2642851 gacctt 2642856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 13 - 419
Target Start/End: Original strand, 2674287 - 2674693
Alignment:
Q  13 gaacataccacgttggcttctttggcaagtctagagcaaataacacccgtagaattttgatcctcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttgg 112  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674287 gaacataccacattagcatctttggcaagtctagagcaaacagaacctgtagaatttcgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttgg 2674386  T
Q  113 aaaacattctttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaaagctatactgttcaagcatattgaaaacaatagaggccaaagccaaccc 212  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||| | ||| |  |||   | |||||||||    
T  2674387 aaaacatcctttctctaaccctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaaagctataatgttgaagtacattaacaaccaatgagataacagccaaccc 2674486  T
Q  213 tagaaaacaaaaagcatacatcctaatctgcttcttcatctcatcacggtcattcagaaaataaactgatgcaactgcccccgttgcaaatgtggatata 312  Q
    ||||||||||||  |||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||||| |||| | ||||  |||||| |   ||| |    
T  2674487 tagaaaacaaaacacatagatcctaatttgcttcttaatctcatcatggtcctccagaaaataaactgatacaaccgaccccaatgcaaacgaatataca 2674586  T
Q  313 ggttgaaccgcaccgaataaaaccgaactcaaacaccccaaacatacttgcttccattctggagcattcattgccaacaatcttcgaaatgaaggaacct 412  Q
    |||||||  |||||||||||||| | | | | ||| ||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  2674587 ggttgaattgcaccgaataaaactgcatttatacaacccaaacatgcttgcttccattcaggcacattcatagccaacaaccttcgaaacgaaggaacct 2674686  T
Q  413 tcacctt 419  Q
    | |||||    
T  2674687 tgacctt 2674693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 13 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 2449986 - 2449580
Alignment:
Q  13 gaacataccacgttggcttctttggcaagtctagagcaaataacacccgtagaattttgatcctcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttgg 112  Q
    ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2449986 gaacataccacattggtttctttgtcaagtctagaacaaatagcacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttgg 2449887  T
Q  113 aaaacattctttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaaagctatactgttcaagcatattgaaaacaatagaggccaaagccaaccc 212  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||| || | ||||| ||| ||||| || ||||  || || |||||    
T  2449886 aaaacactctttctctaaccctcttagttaagtactctcccatgtatgcaaaacaataatgctgaagcacattaaaaaccattgaggataaggctaaccc 2449787  T
Q  213 tagaaaacaaaaagcatacatcctaatctgcttcttcatctcatcacggtcattcagaaaataaactgatgcaactgcccccgttgcaaatgtggatata 312  Q
    |||||||||||    ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||  || ||||||||||| ||   |  || |||| |||||||||   | ||     
T  2449786 tagaaaacaaagcatataaatcctaatctgcttcttgatctcatcatggttgttaagaaaataaacagaaatagttgaccccattgcaaatgaaaacatc 2449687  T
Q  313 ggttgaaccgcaccgaataaaaccgaactcaaacaccccaaacatacttgcttccattctggagcattcattgccaacaatcttcgaaatgaaggaacct 412  Q
    |||| |||||||||  ||||||||| | ||||| | ||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2449686 ggttcaaccgcaccagataaaaccgcattcaaaaatcccaaacacgcttgcttccattctggcacattcattgctaacaatcttcgaaatgaaggaacct 2449587  T
Q  413 tcacctt 419  Q
    | |||||    
T  2449586 ttacctt 2449580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 412
Target Start/End: Original strand, 2570799 - 2571198
Alignment:
Q  13 gaacataccacgttggcttctttggcaagtctagagcaaataacacccgtagaattttgatcctcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttgg 112  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  2570799 gaacataccacattggcatctttggcaagtctagagcaaacagaacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttag 2570898  T
Q  113 aaaacattctttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaaagctatactgttcaagcatattgaaaacaatagaggccaaagccaaccc 212  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||| || ||    | ||||| |||    
T  2570899 aaaacattttttctctaaccctcttagtcaaatactctcccatgtaagcaaagctataatgttgaagcatattaataaccattgaaataacagccagccc 2570998  T
Q  213 tagaaaacaaaaagcatacatcctaatctgcttcttcatctcatcacggtcattcagaaaataaactgatgcaactgcccccgttgcaaatgtggatata 312  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||| || ||||| ||||||||  |||| |  | |||||||||||||  ||| | |||| ||||||| |   | | |    
T  2570999 tagaaaacaaaaaccataaatcctaatttgtttcttgatctcatcgtggtcctcaataaaataaactgatataaccgaccccattgcaaacgaatacaca 2571098  T
Q  313 ggttgaaccgcaccgaataaaaccgaactcaaacaccccaaacatacttgcttccattctggagcattcattgccaacaatcttcgaaatgaaggaacct 412  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||| |||||||||| |||||  ||||||| |||||||| |||||||| || |||||||    
T  2571099 ggttgaatcgcaccgaataaaaccgcattaaaacaacccaaacatgcttgcttccactctggcccattcatggccaacaaccttcgaaacgatggaacct 2571198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 15 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 2622193 - 2621796
Alignment:
Q  15 acataccacgttggcttctttggcaagtctagagcaaataacacccgtagaattttgatcctcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttggaa 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  2622193 acataccacattggcttctttggcaagtctagagcaaacagaacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaa 2622094  T
Q  115 aacattctttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaaagctatactgttcaagcatattgaaaacaatagaggccaaagccaacccta 214  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| | ||| || |||   | |||||||||||    
T  2622093 aacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaacccta 2621994  T
Q  215 gaaaacaaaaagcatacatcctaatctgcttcttcatctcatcacggtcattcagaaaataaactgatgcaactgcccccgttgcaaatgtggatatagg 314  Q
    |||||||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||  | || ||||||||| |||  ||| | ||||  | ||||||   | | |||    
T  2621993 gaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatctcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacacagg 2621894  T
Q  315 ttgaaccgcaccgaataaaaccgaactcaaacaccccaaacatacttgcttccattctggagcattcattgccaacaatcttcgaaatgaaggaacct 412  Q
    |||||  ||||||| ||||| || | | | ||| ||||| |||  ||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||    
T  2621893 ttgaattgcaccgactaaaatcgcatttatacagcccaagcatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaacctttgaaaggaaggaacct 2621796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 2590638 - 2590261
Alignment:
Q  15 acataccacgttggcttctttggcaagtctagagcaaataacacccgtagaattttgatcctcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttggaa 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2590638 acataccacattggcttctttggcaagtctagagcaaacagaacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttggaa 2590539  T
Q  115 aacattctttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaaagctatactgttcaagcatattgaaaacaatagaggccaaagccaacccta 214  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||| | ||| || |||   | |||||||||||    
T  2590538 aacattcgttctctaaccctcttagtcaagtattctcccatgtaagcaaagctataatgttgaagtacattaacaaccattgagataacagccaacccta 2590439  T
Q  215 gaaaacaaaaagcatacatcctaatctgcttcttcatctcatcacggtcattcagaaaataaactgatgcaactgcccccgttgcaaatgtggatatagg 314  Q
    |||||||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||  | || ||||||||| |||  ||| | ||||  | |||| |   | | |||    
T  2590438 gaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatctcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaaagaatacacagg 2590339  T
Q  315 ttgaaccgcaccgaataaaaccgaactcaaacaccccaaacatacttgcttccattctggagcattcattgccaacaa 392  Q
    |||||  ||||| |||||||||| | | | ||| |||||||||  ||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  2590338 ttgaattgcaccaaataaaaccgcatttatacaacccaaacatgtttgcttccactctggtccattcattgccaacaa 2590261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University