View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15456_low_52 (Length: 267)

Name: NF15456_low_52
Description: NF15456
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15456_low_52
NF15456_low_52
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (1-249)||(21664147-21664395)
chr7 (1-245)||(21808019-21808260)
chr7 (1-245)||(21785459-21785700)
chr7 (1-245)||(21788282-21788523)
chr7 (1-243)||(21992228-21992476)
chr7 (1-249)||(21628174-21628419)
chr7 (4-239)||(21764121-21764353)
chr7 (1-245)||(21704696-21704937)
chr7 (2-245)||(21714236-21714476)
chr7 (1-250)||(21623241-21623487)
chr7 (4-237)||(21681711-21681941)
chr7 (4-245)||(21772014-21772252)
chr7 (1-245)||(21745585-21745826)
chr7 (1-245)||(21725949-21726190)
chr7 (2-227)||(21689484-21689706)
chr7 (4-237)||(21646804-21647034)
chr7 (4-225)||(21652142-21652360)
chr7 (1-225)||(15713696-15713917)
chr7 (1-225)||(21792084-21792305)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (140-238)||(25370-25468)
scaffold0182 (1-113)||(25558-25667)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 21664395 - 21664147
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21664395 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 21664296  T
Q  101 acaatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21664295 aaaatctttttgtgtagatcccgtggattgagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 21664196  T
Q  201 taccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaatactt 249  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21664195 tgccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaatactt 21664147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Original strand, 21808019 - 21808260
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21808019 cagcttttcttcaaggctaccaaagccttcaagagactggccggttaaagttaaaa---catcgtcgccaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 21808115  T
Q  101 acaatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 200  Q
     ||||||||||||||||||||  | || |||  |   | ||||| |||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||    
T  21808116 gcaatctttttgtgtagatcctctagaataaagccgctgttttctatgtatttcgcagaccacataagcttgtacttctctcctaacttcagatttatat 21808215  T
Q  201 taccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaat 245  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  21808216 ttccatgatggataggacctattgataccaacttgggtgagtaat 21808260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21785700 - 21785459
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||     
T  21785700 cagcttttcttcaaggctaccaaagtcttcaagagactggccggttaaagttaaaa---catcatcgctaaaatgacccttcagttcattaatgttatcg 21785604  T
Q  101 acaatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 200  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||  | | | |||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| || ||    
T  21785603 gcaatctttttgtgtagatcgcgtggattgcggcctatattctcgaggtattttgcggcccacataagcttgtacttctctcctgtcttcagatttggat 21785504  T
Q  201 taccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaat 245  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  21785503 tgtcatgatggataggacctattgacactaacttgggtgagtaat 21785459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21788523 - 21788282
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  21788523 cagcttttcttcgaggcttccaaagccttcaagagacttgccagttaaagttaaaa---catcgtcgccaaaatgacccttcagttcatcaatgttatct 21788427  T
Q  101 acaatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 200  Q
     ||||||||||||| ||||||  |||| |  |||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |    
T  21788426 gcaatctttttgtgcagatcctctggaatgtgtccagtgttttcgatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaacttcaaatttgtgt 21788327  T
Q  201 taccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaat 245  Q
    |  ||||||||||||||||||  ||||  |||||||| |||||||    
T  21788326 tgtcatgatggataggacctaccgacaacaacttgggcgagtaat 21788282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 21992476 - 21992228
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||   |||| ||   ||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  21992476 cagcttttcttcgaggcttccaaagccttcaagagactttccagctaaagttaaaa---catcgtcactaaaatgacccttcagttcatcaatgttatcg 21992380  T
Q  101 acaatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagat------ 194  Q
    | |||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||          
T  21992379 ataatctttttgtgtagatcgcatggattaagtcctgcattttcgatgtattttgctgcccacgtaagcttgtacttctctcctaacttcagatttgcat 21992280  T
Q  195 ---ctgtattaccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagta 243  Q
        |||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||    
T  21992279 tgcttgtattgccatgatggataggacctattgacaccaatttgggtgagta 21992228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 21628419 - 21628174
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || || |||||| ||||||   |||| |||  |||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  21628419 cagcttttcttcaaggcatccaaagccttgaagagagtttcccgttaaatttaaaa---catcgtcgctaaaacgacccttcagttcatcaatgttatca 21628323  T
Q  101 acaatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 200  Q
     |||||||||||||||| |||  |||| ||||||   | ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||     
T  21628322 gcaatctttttgtgtagttcctctggaataagtccaatgttttctatgtattttgatgcccacacaagcttgtacttctctcctatgttcagatttgtac 21628223  T
Q  201 taccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaatactt 249  Q
    | |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  21628222 tgccatgatggataggacctattgacacaaacttgggtgagtaatactt 21628174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 21764353 - 21764121
Alignment:
Q  4 cttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatcaaca 103  Q
    |||||||||||||||   |||||||||||||||||| || |||||||||||||   ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21764353 cttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccagttaaagttaaaa---catcatcgctaaaacgacccttcagttcatcgatgttatcagca 21764257  T
Q  104 atctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtattac 203  Q
    ||||||| |||||| |||  ||||||||||   || ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||   |      
T  21764256 atcttttggtgtagttcctctggattaagtgcggtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaacttcagatctgatctgt 21764157  T
Q  204 catgatggataggacctattgacaggaacttgggtg 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  21764156 catgatggataggacctattgacaacaacttgggtg 21764121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21704937 - 21704696
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    ||||||||| |||||||   ||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||   ||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||     
T  21704937 cagcttttcatcaaggcactcaaagccttgaagagagtttccggttagagttaaaa---catcatcgctaaaacgacccttcagttcatcaatgttatct 21704841  T
Q  101 acaatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 200  Q
     |||||||||||||||| |||  |||| ||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||    
T  21704840 gcaatctttttgtgtagttcctctggaataagtccggtgttttctatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaacttcagagttggat 21704741  T
Q  201 taccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaat 245  Q
    |  ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  21704740 tgtcatgatggataggacctatcgacactaacttgggtgagtaat 21704696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 2 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21714476 - 21714236
Alignment:
Q  2 agcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatcaa 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||| ||| |||||   |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||      
T  21714476 agcttttcttcaaggctaccaaagccttcaagagaccaactggttgaagctaaaa---catcgttgtcaaaatgacccttcagttcatcaatgttatctg 21714380  T
Q  102 caatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtatt 201  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |  |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||| || |||    
T  21714379 caatctttttgtgtagatcctctggaatgtgtctggtgttttctatgtattttgctgcccacataagtttgtacttctctcctttcttcagatttggatt 21714280  T
Q  202 accatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaat 245  Q
      |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  21714279 gtcatgatggataggacctaatgacacaaacttgggtgagtaat 21714236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 21623487 - 21623241
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    ||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||| ||   ||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  21623487 cagcttttctttaatgctaccaaagccttcaagagactttccggttaaagttaaaa---catcgtcactaaaatgacccttcagttcatcaatattatca 21623391  T
Q  101 acaatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 200  Q
     ||||||| ||||| | ||||    ||     ||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  21623390 gcaatcttgttgtgcatatccttctgaacttttctggtgtttttgatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaacttcagatttgtat 21623291  T
Q  201 taccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaatacttg 250  Q
    | |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  21623290 tgccatgatggataggacctattgacaccaacttgggtgagtaatgcttg 21623241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 4 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 21681941 - 21681711
Alignment:
Q  4 cttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatcaaca 103  Q
    |||||||||||||||   | ||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||| |||  |||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||    
T  21681941 cttttcttcaaggctatgatagccttcaagagactcgccggttaaagttaaaa---catcgtcgctaaaatggcccttcaattcatcaatgttatcagca 21681845  T
Q  104 atctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtattac 203  Q
    || ||||||| |||||||  | || |   ||  || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |    
T  21681844 atttttttgtatagatccttttgaatgcttccagtgtttttgatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactttagatctgtattgc 21681745  T
Q  204 catgatggataggacctattgacaggaacttggg 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  21681744 catgatggataggacctattgacacaaacttggg 21681711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 4 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21772252 - 21772014
Alignment:
Q  4 cttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatcaaca 103  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||   | |||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  21772252 cttttcttcaaggctacgaaagcctgcaagagaccatctggttgaagttaaaa---catcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcaatgttatcagca 21772156  T
Q  104 atctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtattac 203  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |   ||   ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||  |||||| ||| |||     
T  21772155 atctttttgtgtagatcctctggaatgtatccgttattttctatgtattttgctgcccacataagtttgtacttctctgctaatatcagatttgtgttat 21772056  T
Q  204 catgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaat 245  Q
     |||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  21772055 gatgatgaataggacctattgacacacacttgggtgagtaat 21772014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21745826 - 21745585
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| || || |||||||||||||   |||| |||  |||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  21745826 cagcttttcttcaaggcattcaaagccttgaagagaatttccagttaaagttaaaa---catcgtcgctaaaacgacccttcagttcatcaatgttatca 21745730  T
Q  101 acaatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 200  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||  | | |||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||   |||||  ||| |||| || ||    
T  21745729 acaatctttttgtgcagatcgtgtggattgtggcctgtattctcgaggtattttgctgcccacataagcttatactcttctcctgtctttagatttggat 21745630  T
Q  201 taccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaat 245  Q
    |  |||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  21745629 tgtcatgatggataggacctaatgacaccaacttgggtgagtaat 21745585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 21726190 - 21725949
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||   | |||| ||| |||||   |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21726190 cagcttttcttcaaggctacgaaagcctgcaagagaccatctggttgaagctaaaa---catcgtcgtcaaaatgacccttcagttcatcaatgttatca 21726094  T
Q  101 acaatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 200  Q
     ||||||||||||||||||||  |||| |  |||  || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||  |||||| ||| |    
T  21726093 gcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtgtccggtgttttctatgtattttgctgcccacataagtttgtactactctgctaatatcagatttgtgt 21725994  T
Q  201 taccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaat 245  Q
    |   |||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  21725993 tctgatgatgaataggacctattgacacacacttgggtgagtaat 21725949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 2 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 21689706 - 21689484
Alignment:
Q  2 agcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatcaa 101  Q
    |||||||||||||| ||  |||||||||| ||||| || ||||| || |||||||   |||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  21689706 agcttttcttcaagactatcaaagccttcgagagaatttccggtcaatgttaaaa---catcgtcatcaaaatgacccttcagtttatcaatgttatcaa 21689610  T
Q  102 caatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtatt 201  Q
    |||| ||||||||||||||||   || |   ||  || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  | ||||    
T  21689609 caatgtttttgtgtagatccctctgaatgcttccagtgtttttgatgtattttgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactttagagatttatt 21689510  T
Q  202 accatgatggataggacctattgaca 227  Q
     |||||||||||||||||| ||||||    
T  21689509 gccatgatggataggaccttttgaca 21689484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 4 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 21647034 - 21646804
Alignment:
Q  4 cttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatcaaca 103  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||   | || |||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  21647034 cttttcttcaaggctacggaagcctttaagagacttgccggtcaaagttaaaa---cgtcgtcgctaaaatgacccttcagttcatcaatgttatctaca 21646938  T
Q  104 atctttttgtgtagatcccgtggattaagtctt---gtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 200  Q
    ||||||||||||||||||      |||| ||||   || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| | || ||    
T  21646937 atctttttgtgtagatccttc---ttaattcttcccgtgtttttgatgtattttgctgcccacataagcttgtatttctctcctatcttcagctttggat 21646841  T
Q  201 taccatgatggataggacctattgacaggaacttggg 237  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  21646840 tgtcatgatggataggacctattgacaccaacttggg 21646804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 4 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 21652360 - 21652142
Alignment:
Q  4 cttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatcaaca 103  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||| |||  |||||||||||| ||||| |  || |||||  ||    
T  21652360 cttttcttcaaggctatcaaagccttcaagagacttgccagttaaagttaaa---acatcgtcgctaaaatgaccctttagttcgttaattttatcggca 21652264  T
Q  104 atctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtattac 203  Q
    |||||||||||| |||||  | || |||  |   | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||   |||| || ||||||      
T  21652263 atctttttgtgtcgatcctctagaataaagccgttgttttctatgtattttgctgcccacataagcttatactcctctcctggtttcatatttgtattgt 21652164  T
Q  204 catgatggataggacctattga 225  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  21652163 catgatggataggacctattga 21652142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 15713917 - 15713696
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||   |||| ||   |||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  15713917 cagcttttcttctaggctaccaaatccttgaagtgactttccggttaaagttaaaa---catcgtcactaaaatgacacttcagttcatcaatgttatca 15713821  T
Q  101 acaatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 200  Q
     ||||||||||||| || |||  | || |   ||  || ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||| |||| |||||    
T  15713820 gcaatctttttgtgcagttcctctagaatgcttccagtgtttttgatgtattttgccgcccacataagcttgtacttctcccctgactttagatttgtat 15713721  T
Q  201 taccatgatggataggacctattga 225  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||    
T  15713720 tgtcatgatggatagggcctattga 15713696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 21792305 - 21792084
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||  |||| || |||||||   ||| ||||||||     
T  21792305 cagcttttcttcgaggctaccaaagccgtcaagagacttgcgggttaaagttaaaa---catcatcgctaaaacgatccttcagcgtatcaatgttatcg 21792209  T
Q  101 acaatctttttgtgtagatcccgtggattaagtcttgtattttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtat 200  Q
     ||||||||||||| |||||     || |   |   || ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||     
T  21792208 gcaatctttttgtgcagatctttcagaatgctttcagtttttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatctgtac 21792109  T
Q  201 taccatgatggataggacctattga 225  Q
    | ||||||||||| |||||||||||    
T  21792108 tgccatgatggatgggacctattga 21792084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 140 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25468 - 25370
Alignment:
Q  140 ttttcaatgtattttgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtattaccatgatggataggacctattgacaggaacttgggt 238  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  25468 ttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaacttcagatttttattgtcatgatggataggacctattgacaccaacttgggt 25370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 25667 - 25558
Alignment:
Q  1 cagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagttaaaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatca 100  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    ||||||||||||   ||||| |||  ||||||||||||||  | || |||||  |||    
T  25667 cagcttttcttcaagggtaccaaagccttcaagagactttttagttaaagttaaa---acatcctcgctaaaatgacccttcaaattattgatgtcttca 25571  T
Q  101 acaatctttttgt 113  Q
     ||||||||||||    
T  25570 tcaatctttttgt 25558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University