View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15460_low_1 (Length: 770)

Name: NF15460_low_1
Description: NF15460
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15460_low_1
NF15460_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (20-770)||(25010967-25011719)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 770
Target Start/End: Original strand, 25010967 - 25011719
Alignment:
Q  20 catcccataacgccagggggttttccctgctgatccgacaagcgccaatactcacatctttccaacgcctacaaaggagccaaattcaaatgaaatatca 119  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25010967 catcccataacaccagggggttttccctgctgatccgacaagcgccaatactcacatctttccaacgcctacaaaggagccaaattcaaatgaaatgtca 25011066  T
Q  120 tctagtcagttgcagaataaacagacttgtctagtaaaaagcaaaaatggtaacagcgtaaacttctgtctgctcatttttaagtatccttagagaggtg 219  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25011067 tctagtcagttgcaaaataaacagacttgtctagtaaaaagcaaaaatggtaacagcgtaaacttctgtctgctcatttttaagtatccttagagaggtg 25011166  T
Q  220 cggtgagtttcagtttaaaaacaaatttgaaattattactattaataaaggttagcactaatgatcattttacaattgtcccatatagaatttgaactca 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  25011167 cggtgagtttcagtttaaaaacaaatttgaaattattattattaataaaggttagcactaatgatcattttacaattgttccatataggatttgaactca 25011266  T
Q  320 tgacagtctaatcacgatccaaccagcactaatgtgctgactgtgtgaatacatgaaatttgtgactgcaccaaatccaattctttcactagaagcatcg 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25011267 tgacagtctaatcacgatccaaccatcactaatgtgctgactgtgtgaatacatgaaatttgtgactgcaccaaatccaattctttcactagaagcatcg 25011366  T
Q  420 tcattgtaacttcactgttattggggaaaaaacaaaagctcaagaaacatagtagattgtcgtcttgctacaaaaagattgtaaacaaaatccactaagc 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25011367 tcattgtaacttcactgttattggggaaaaaacaaaagctcaagaaacatagtagattgttgtcttgctacaaaaagattgtaaacaaattccactaagc 25011466  T
Q  520 tggtgaaactggtatatctg-aaacacgttgctttgtcaaattatcgtttcgtgtaagtgctatacactattcgaagaattccacaggattgaagagtaa 618  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25011467 tggtgaaactagtatatctgaaaacacgttgctttgtcaaattatcgtttcgaaaaagtgctatacactattcgaagaattccacaggattgaagagtaa 25011566  T
Q  619 gtttgaagagaaattattgaaaccgtcaagttgagtactcacagagtgaagaatccctttggttgtaacatcaaatgcacctgcagtaccaccagcagca 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25011567 gtttgaagagaaattattgaaaccgtcaagttgagtactcacagagtgaagaatccctttggttgtaacatcaaatgcacctgcagtaccaccagcagca 25011666  T
Q  719 ctgatccagtcaacgatcctctgcctgtgtgcatcttgatgatg-tccatctc 770  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  25011667 ctgatccagtcaacgatcctctgcctgtgtgcatcttgattatgatccatctc 25011719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University