View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15460_low_3 (Length: 319)

Name: NF15460_low_3
Description: NF15460
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15460_low_3
NF15460_low_3
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (73-299)||(19858623-19858850)
chr3 (75-296)||(24839317-24839539)
chr3 (75-299)||(19956637-19956862)
chr3 (75-299)||(19819113-19819338)
chr3 (75-299)||(19832423-19832648)
chr3 (79-266)||(19854057-19854245)
chr3 (75-282)||(26653701-26653909)
chr3 (94-299)||(19838966-19839171)
chr3 (75-299)||(26647557-26647782)
chr3 (75-298)||(20035944-20036168)
chr3 (75-290)||(19812836-19813052)
chr3 (75-278)||(19951677-19951881)
chr3 (75-299)||(20033674-20033899)
chr3 (75-219)||(20015621-20015766)
chr3 (75-174)||(19944270-19944370)
chr3 (76-298)||(20046674-20046897)
chr3 (90-234)||(19849565-19849709)
chr3 (90-299)||(19990094-19990303)
chr3 (207-299)||(19948510-19948602)
chr3 (179-224)||(20007687-20007732)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (94-299)||(39191316-39191521)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (94-299)||(11544643-11544848)
chr8 (90-299)||(22655656-22655865)
chr8 (75-254)||(22689058-22689238)
chr8 (160-268)||(11563794-11563902)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (75-299)||(1717773-1717998)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (75-224)||(26354342-26354492)
chr5 (79-299)||(38434929-38435150)
chr5 (75-293)||(9815587-9815806)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (76-224)||(12495406-12495555)
chr7 (101-225)||(12581841-12581966)
chr7 (76-168)||(12579559-12579652)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 148; Significance: 4e-78; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 73 - 299
Target Start/End: Original strand, 19858623 - 19858850
Alignment:
Q  73 tattatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgtt 171  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19858623 tattatatgtttgagagtttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacatagagttgctatgcaatttgaatttgatcaagatgtt 19858722  T
Q  172 cctggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttt 271  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||  || ||  ||||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19858723 cctggttatgtgtctagattcaatgaatctcaagtcattgcttggaaaaattactccagacccttttatgatacaagtttatactttcaatctagatttt 19858822  T
Q  272 ttgaggcagatattaccacacgttatgc 299  Q
    ||||||| ||||||| |||| |||||||    
T  19858823 ttgaggccgatattatcacatgttatgc 19858850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 75 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 24839539 - 24839317
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24839539 ttatattcttgagagtttctgagctagttggatttgagtctatagaacaatatctaccacatagagttgctatgcaattcggatttgatcaagatgttcc 24839440  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttttt 273  Q
    |||||||||| ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  24839439 tggttatgtgtctagactcaatgagactaaagccattgcttggaaaaattactccagacccttatctgatacaagtttatattttccatctagatatttt 24839340  T
Q  274 gaggcagatattaccacacgtta 296  Q
    ||||| | ||||||| |||||||    
T  24839339 gaggctggtattacctcacgtta 24839317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 75 - 299
Target Start/End: Original strand, 19956637 - 19956862
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19956637 ttatatgcttgagagtttccgagctggttggatttgagtctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgatcaagatgttcc 19956736  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttttt 273  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | ||||| ||  || || |||||| | ||||| |||    
T  19956737 gggttatgtagctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcagacccatatatgataaaaacttgtattttccaccaagattattt 19956836  T
Q  274 gaggcagatattaccacacgttatgc 299  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||    
T  19956837 gaggcagatgttaccacacgttatgc 19956862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 75 - 299
Target Start/End: Original strand, 19819113 - 19819338
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  19819113 ttatatgtttgagagtttctgagcttgttggttttgagtccatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcagtttggaattgatcaagatgttcc 19819212  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttttt 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  | ||||||| ||  || || |||||| | ||||| |||    
T  19819213 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcaggccaatatctgataaaaacttgtattttccaccaagattattt 19819312  T
Q  274 gaggcagatattaccacacgttatgc 299  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||    
T  19819313 gaggcagatgttaccacacgttatgc 19819338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 75 - 299
Target Start/End: Original strand, 19832423 - 19832648
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  19832423 ttatatgtttgagagtttctgagcttgttggttttgagtccatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcagattggaattgatcaagatgttcc 19832522  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttttt 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  | ||||||| ||  || || |||||| | ||||| |||    
T  19832523 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcaggccaatatctgataaaaacttgtattttccaccaagattattt 19832622  T
Q  274 gaggcagatattaccacacgttatgc 299  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||    
T  19832623 gaggcagatgttaccacacgttatgc 19832648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 79 - 266
Target Start/End: Original strand, 19854057 - 19854245
Alignment:
Q  79 atgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcctggt 177  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19854057 atgcttgagagtttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacatagagttgctaggcaatttggatttgatcaagatgttcctggt 19854156  T
Q  178 tatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctag 266  Q
    |||||| | ||  ||||||||||| ||  |||||| |||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19854157 tatgtgtccagactcaatgagactcaagtcattgcatggaaaaattacaccagacccttatctgatacaagtttatattttccatctag 19854245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 75 - 282
Target Start/End: Original strand, 26653701 - 26653909
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  26653701 ttatatgcttgagagttgctgagctagttggatttgagtctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgaccaagatgttcc 26653800  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttttt 273  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||  ||||| ||| || ||| || |||||| | || || |||    
T  26653801 aagttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttgggaaaactactgcaggcctatttcttataaaaatttgtattttccaccaaggttgttt 26653900  T
Q  274 gaggcagat 282  Q
    |||||||||    
T  26653901 gaggcagat 26653909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 94 - 299
Target Start/End: Original strand, 19838966 - 19839171
Alignment:
Q  94 gagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcctggttatgtggctaggttca 193  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19838966 gagcttgttggatttgagtctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaattcggaatggatcaagatgttccaggttatgtggctaggttca 19839065  T
Q  194 atgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagattttttgaggcagatattaccacacg 293  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | | ||||| ||  || || |||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||    
T  19839066 atgtgactaaatacattgcttggaaaaactattgcagacccatatatgataaaaacttgtattttccaccaagattatttgaggcagatgttaccatacg 19839165  T
Q  294 ttatgc 299  Q
    ||||||    
T  19839166 ttatgc 19839171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 75 - 299
Target Start/End: Original strand, 26647557 - 26647782
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||| || || | |||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  26647557 ttatatgcttgagagtttctgagcttgttggattcgactctatagaacagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttcc 26647656  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttttt 273  Q
      || ||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| | | |||||||  ||||| || || ||||| |||||||||    
T  26647657 gagtgatgtgcctcgattcaatgagactaaagacattgcttggaaaaactactgtagacgcatatctgataggagtttgtatttcccatcgagatttttt 26647756  T
Q  274 gaggcagatattaccacacgttatgc 299  Q
    ||||||||| |||| || ||||||||    
T  26647757 gaggcagatgttactacccgttatgc 26647782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 75 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 20036168 - 20035944
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20036168 ttatatgcttgagggtttctgagctggttggatttgagtctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgatcaagatgttcc 20036069  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttttt 273  Q
      |||| |||||||||| |||| | ||||||   |||||||||| ||||||| |||| | | | ||||||| ||  || || |||||| | ||| |||||    
T  20036068 gagttacgtggctaggtgcaataaaactaaagtgattgcttggagaaactactgcaggctcatatctgataaaaaattgtattttccaccaagacttttt 20035969  T
Q  274 gaggcagatattaccacacgttatg 298  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||    
T  20035968 gaggcagatgttaccacatgttatg 20035944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 75 - 290
Target Start/End: Original strand, 19812836 - 19813052
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgaga-gttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||  | || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19812836 ttatatgcttgagatgttctgagctagttggtatcgactctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaattgatcaagatgttcc 19812935  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttttt 273  Q
      |||||||| ||||||||||| | ||||||   ||||| |||||||||||| |||| | | | ||||||| ||  || || |||||| | ||| |||||    
T  19812936 aagttatgtgcctaggttcaataaaactaaagtgattgcatggaaaaactactgcaggctcatatctgataaaaaattgtattttccaccaagacttttt 19813035  T
Q  274 gaggcagatattaccac 290  Q
    ||||||||| |||||||    
T  19813036 gaggcagatgttaccac 19813052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 75 - 278
Target Start/End: Original strand, 19951677 - 19951881
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  | || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  19951677 ttatatgcttgagagtttctgagctagttggtatcgactctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttgcaatggatcaagatgttcc 19951776  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttttt 273  Q
      |||||||| ||||||||||| | ||||||   |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| || |||||||| | | |||||    
T  19951777 gagttatgtgcctaggttcaataaaactaaagtgattgcttggaaaaactactgcaggcccatatctgataaaaatttgtattttccatcaaaaattttt 19951876  T
Q  274 gaggc 278  Q
    |||||    
T  19951877 gaggc 19951881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 75 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 20033899 - 20033674
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagt-tctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| ||||||  | || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  20033899 ttatatgcatgagagtgtctgagcaagttggtatcgactctatagagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttcc 20033800  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttttt 273  Q
      |||||||| |||||||||| ||||||||| | | |||||||| ||||||| |  | ||| | ||||||  || ||| || |||||| | ||||| |||    
T  20033799 aagttatgtgcctaggttcaacgagactaaagagaatgcttggagaaactactgtcggcccatctctgatgaaaatttgtattttccaccaagattattt 20033700  T
Q  274 gaggcagatattaccacacgttatgc 299  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  20033699 gaggcagatgttaccacgcgttatgc 20033674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 75 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 20015766 - 20015621
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    |||||||||| |||||| | ||||| ||||| ||||| | ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  20015766 ttatatgcttaagagtttccgagcttgttggatttgactctatagagcagtatttgccacacagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttcc 20015667  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaa 219  Q
     ||| ||||| |||| |||||||||||||||  || ||||||||||    
T  20015666 aggtgatgtgcctagattcaatgagactaaaatcactgcttggaaa 20015621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 75 - 174
Target Start/End: Original strand, 19944270 - 19944370
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19944270 ttatattcttgagagtttccgagctagttggatttgagtctatagaacaatatctaccatatagagttgctatgcaattcggatttgatcaagatgttcc 19944369  T
Q  174 t 174  Q
    |    
T  19944370 t 19944370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 76 - 298
Target Start/End: Original strand, 20046674 - 20046897
Alignment:
Q  76 tatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcct 174  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||     
T  20046674 tatatgcctgagagtttctgagcttgttggatttgagtctatagagcagtatcttccacatagagtttctatgcaatttggacttgaccaagatgttccg 20046773  T
Q  175 ggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagattttttg 274  Q
     |||||||| | |||| |||  | |  || |  | ||||||||| |||||| |||| ||| | ||||||| || ||| || |||||| | ||||| ||||    
T  20046774 agttatgtgccaaggtgcaacaatagaaagtctactgcttggaacaactactgcaggcccatgtctgataaaaatttgtattttccaccaagattgtttg 20046873  T
Q  275 aggcagatattaccacacgttatg 298  Q
    |||||||| ||||||  |||||||    
T  20046874 aggcagatgttaccatgcgttatg 20046897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 90 - 234
Target Start/End: Original strand, 19849565 - 19849709
Alignment:
Q  90 ttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcctggttatgtggctagg 189  Q
    |||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||  || ||||||| ||| | ||||||||||||||  |||||||| | |||    
T  19849565 ttctgagctcattggatttgagtctatagagcaatatctcccacatagagtctctttgcaattcggaatggatcaagatgttccaagttatgtgccgagg 19849664  T
Q  190 ttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagaccc 234  Q
    || ||||| |||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  19849665 ttaaatgatactaaagacattgcttggcaaaactattgcagaccc 19849709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 90 - 299
Target Start/End: Original strand, 19990094 - 19990303
Alignment:
Q  90 ttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcctggttatgtggctagg 189  Q
    ||||||||| |||||  |||| ||| |||  |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||  |||| ||| |||||    
T  19990094 ttctgagcttgttggaattgactttgtagttcaatatctcccacatagagttgctttgcaatttggaatggatcaagatattccaagttacgtgcctagg 19990193  T
Q  190 ttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagattttttgaggcagatattacca 289  Q
    |||||||||||| |||   |||||||| ||||||||  ||| ||| | ||||||  |  | | || |||||||| || || |||||||||||| ||||||    
T  19990194 ttcaatgagactgaatctgttgcttgggaaaactacaacaggcccatatctgatgaacatgtgtattttccatcgaggttgtttgaggcagatgttacca 19990293  T
Q  290 cacgttatgc 299  Q
    | ||||||||    
T  19990294 ctcgttatgc 19990303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 207 - 299
Target Start/End: Original strand, 19948510 - 19948602
Alignment:
Q  207 cattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagattttttgaggcagatattaccacacgttatgc 299  Q
    ||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||||||| | ||||||||    
T  19948510 cattgcttggaaaaattactccagacccttatctgatagaagtttatattttccatctaaattttttgaggctggtattaccgcgcgttatgc 19948602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 179 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 20007732 - 20007687
Alignment:
Q  179 atgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaacta 224  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  20007732 atgtgcctaggttcaatgagactaaattcattgcttggaagaacta 20007687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 94 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 39191521 - 39191316
Alignment:
Q  94 gagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcctggttatgtggctaggttca 193  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | || |||| |||| ||||    
T  39191521 gagctagttggttttgagtctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccagattgtgtgcctagattca 39191422  T
Q  194 atgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagattttttgaggcagatattaccacacg 293  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || | | ||||||||||    
T  39191421 atgagactgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctgaaacaagtttatacattccatctagattttttgatgccggtgttaccacacg 39191322  T
Q  294 ttatgc 299  Q
    ||||||    
T  39191321 ttatgc 39191316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 94 - 299
Target Start/End: Original strand, 11544643 - 11544848
Alignment:
Q  94 gagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcctggttatgtggctaggttca 193  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | || |||| |||| ||||    
T  11544643 gagctagttggttttgagtctattgagcaatatcttccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattca 11544742  T
Q  194 atgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagattttttgaggcagatattaccacacg 293  Q
    |||||| | ||  ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| || | | ||||||||||    
T  11544743 atgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctgatgcaagtttattcattccatctagattttttgatgccggtgttaccacacg 11544842  T
Q  294 ttatgc 299  Q
    ||||||    
T  11544843 ttatgc 11544848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 90 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 22655865 - 22655656
Alignment:
Q  90 ttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcctggttatgtggctagg 189  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| ||||||  ||||||| ||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  22655865 ttctgagcttgttggatttgagtctatagaaaaatatcttccacgtagagtttctatgcaatttggaattgatcaagatgttccgggttatgtagctagg 22655766  T
Q  190 ttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagattttttgaggcagatattacca 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||  || || |||||| | ||||| ||||||  |||| ||||||    
T  22655765 ttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactactgcagacccatatctgataaaaacttgtattttccaccaagattatttgagatagatgttacca 22655666  T
Q  290 cacgttatgc 299  Q
    ||| ||||||    
T  22655665 cacattatgc 22655656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 75 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 22689238 - 22689058
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||    
T  22689238 ttatatgcttgagagtttctgagctagttggatttgagtctatagagcaatatctaccacatagagttgctaggcagtttggaatggatcaagatgttcc 22689139  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttata 254  Q
    |||||||||  |||| ||||   |||||||   |||||||||| |||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22689138 tggttatgtctctagattcagaaagactaatgccattgcttgggaaaattattgcagacctttttctgatacaagtttata 22689058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 160 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 11563902 - 11563794
Alignment:
Q  160 gatcaagatgttcctggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttc 259  Q
    |||||||||||||| | || |||| |||| |||||||||| | ||  ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||| | |||    
T  11563902 gatcaagatgttccagcttgtgtgcctagattcaatgagaatgaaaccattgcttggaaaaattactgcagacccttatctgatgcaagtttattcattc 11563803  T
Q  260 catctagat 268  Q
    |||||||||    
T  11563802 catctagat 11563794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 75 - 299
Target Start/End: Original strand, 1717773 - 1717998
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagt-tctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| | ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  1717773 ttatatgcttgagagtatctgaacttgttggatttgactctatagagcagtatctgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttcc 1717872  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttttt 273  Q
      || ||||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||| | ||||||| ||   | || |||||||| |||||||||    
T  1717873 aagtgatgtgcctagattcaatgaggctaaatccattgcttggaaacactactgcaggcccatatctgataaaaaaatgtattttccatcgagatttttt 1717972  T
Q  274 gaggcagatattaccacacgttatgc 299  Q
    |||| | || ||||| ||||||||||    
T  1717973 gagggaaatgttacctcacgttatgc 1717998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 75 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 26354492 - 26354342
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||| | ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  26354492 ttatatgcctgagagtttctgagcttgttggatttgactctatagagcagtatttgccacatagagttgctatgcaatttggaatggatcaagatgttcc 26354393  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaacta 224  Q
      |||||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26354392 aagttatgtgcctagatttaatgagactaaattcattgcttggaaaaacta 26354342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 79 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 38435150 - 38434929
Alignment:
Q  79 atgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcctggt 177  Q
    ||||||||||||| |  ||||| |||| ||||| | ||| || |||||||||||||| |||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||  ||    
T  38435150 atgcttgagagtttcctagctaattggatttgactctattgaacaatatctaccacatagagatgctatgtaatttagaattgatcaagatgttccaagt 38435051  T
Q  178 tatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagattttttgagg 277  Q
    ||||||  |||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| | | | | ||||| || ||| || |||||| | ||||| |||||||    
T  38435050 tatgtgcttaggttaaatgagactaaatcaattgcttagaaaaactaccgcagtctcatatttgataaaaatttgtattttccaccaagattatttgagg 38434951  T
Q  278 cagatattaccacacgttatgc 299  Q
    ||||| ||||||  ||||||||    
T  38434950 cagatgttaccaagcgttatgc 38434929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 75 - 293
Target Start/End: Original strand, 9815587 - 9815806
Alignment:
Q  75 ttatatgcttgagagtt-ctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcc 173  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| ||||| || || | ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||    
T  9815587 ttatatgcttgagagtttccgagcttgttggattcgactctatagagcagtatttgccacatagagttgctatgcaatttgaaatggatcaagatgttcc 9815686  T
Q  174 tggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaactaccgcagacccttttctgatacaagtttatactttccatctagatttttt 273  Q
       ||||||| |||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || |   | ||||||  || ||| || |||||| | ||| |||||    
T  9815687 aacttatgtgcctagattcaatgagactaaactcatggcttggaaaaactattgtaggcttatatctgatcaaaatttgtattttccaccaagacttttt 9815786  T
Q  274 gaggcagatattaccacacg 293  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  9815787 gaggcagatgttaccacacg 9815806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 12495555 - 12495406
Alignment:
Q  76 tatatgcttgagag-ttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcct 174  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||| ||| ||  ||||||||||||||| | ||| |||||  |||| ||||||||| |||| |||||| || |     
T  12495555 tatatgcttgagagattttgagcttgttggatttaagcgtatagagcaatatcttctacatagagtgtctatacaatttggaattgaccaagatatttcg 12495456  T
Q  175 ggttatgtggctaggttcaatgagactaaatacattgcttggaaaaacta 224  Q
     ||||||| |||||||| || || |  || || ||||||| |||||||||    
T  12495455 agttatgtagctaggttaaacgatagaaagtatattgcttcgaaaaacta 12495406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 101 - 225
Target Start/End: Original strand, 12581841 - 12581966
Alignment:
Q  101 ttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagatgttcctggttatgt-ggctaggttcaatgaga 199  Q
    |||| ||||||| |||||||| || ||| | ||| | ||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||  || |    
T  12581841 ttggatttgagtatatagagctatgtcttcgacatacagtttttatgcaatttggaattgatcaagatgtttcaagttatgtgggctaggttcagcgata 12581940  T
Q  200 ctaaatacattgcttggaaaaactac 225  Q
    | || || ||| ||||||||||||||    
T  12581941 caaagtatatttcttggaaaaactac 12581966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 76 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 12579652 - 12579559
Alignment:
Q  76 tatatgcttgagag-ttctgagctagttgggtttgagtttatagagcaatatctaccacacagagttgctatgcaatttggatttgatcaagat 168  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||| ||| ||  ||||||||||||||| | ||| |||||  |||| ||||||||| |||| ||||||    
T  12579652 tatatgcttgagagattttgagcttgttggatttaagcctatagagcaatatcttcgacatagagtgtctatacaatttggaattgaccaagat 12579559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University