View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15465_low_4 (Length: 834)

Name: NF15465_low_4
Description: NF15465
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15465_low_4
NF15465_low_4
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (240-824)||(41957809-41958400)
chr2 (240-527)||(5598879-5599164)
chr2 (1-239)||(41957542-41957780)
chr2 (1-207)||(5598612-5598818)
chr2 (591-824)||(37128836-37129071)
chr2 (583-794)||(4397373-4397586)
chr2 (395-465)||(5597488-5597558)
chr2 (597-671)||(42048283-42048358)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (240-527)||(25548800-25549085)
chr1 (1-243)||(25548533-25548775)
chr1 (566-804)||(38709863-38710100)
chr1 (685-820)||(4397387-4397522)
chr1 (558-802)||(4391509-4391754)
chr1 (558-677)||(39908882-39909000)
chr1 (597-677)||(13987560-13987641)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (240-503)||(40637122-40637375)
chr8 (1-243)||(40636855-40637097)
chr8 (559-820)||(38387821-38388082)
chr8 (558-813)||(46150-46406)
chr8 (599-785)||(1579079-1579268)
chr8 (395-465)||(40635738-40635808)
chr8 (610-712)||(544375-544479)
chr8 (723-809)||(4489653-4489739)
chr8 (751-810)||(22915927-22915986)
chr8 (600-712)||(40531176-40531288)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (583-820)||(16284991-16285230)
chr3 (558-808)||(45181496-45181746)
chr3 (558-808)||(17324086-17324336)
chr3 (597-677)||(2782130-2782211)
chr3 (736-820)||(23087591-23087675)
chr3 (615-677)||(3968611-3968674)
chr3 (615-677)||(4000131-4000194)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (598-811)||(26500201-26500416)
chr4 (558-816)||(1799048-1799306)
chr4 (559-811)||(10388464-10388716)
chr4 (597-731)||(40813786-40813923)
chr4 (569-697)||(37707395-37707523)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (558-820)||(35846999-35847262)
chr5 (564-805)||(42742268-42742508)
chr5 (601-803)||(2707004-2707208)
chr5 (704-820)||(25362321-25362437)
chr5 (626-794)||(39368831-39369000)
chr5 (633-787)||(3204260-3204414)
chr5 (558-808)||(29685728-29685978)
chr5 (710-807)||(40377649-40377746)
chr5 (763-820)||(17218822-17218879)
chr5 (607-697)||(18557486-18557577)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (626-808)||(6003343-6003526)
chr7 (597-712)||(27993561-27993678)
chr7 (763-816)||(2570423-2570476)
chr7 (558-702)||(2570062-2570206)
chr7 (597-712)||(46262144-46262261)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (597-712)||(7546454-7546571)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 240 - 824
Target Start/End: Original strand, 41957809 - 41958400
Alignment:
Q  240 gaataagagcgtaccgaaagtgaggattaagagaggcggtgacaggaagggtaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtggaggtgctgaggcag 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  41957809 gaataagagcgtaccgaaagtgaggattaagagaggcggtgacaggaagggtaaaatttgaattgatcagatggcggag--tgtggaggtgctgaggcag 41957906  T
Q  340 cttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatctatacctagagctagaggtgtttatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgc 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41957907 cttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatctatacctagagctagaggtgttcatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgc 41958006  T
Q  440 acaaacgacccaaaccggcatttgtcggataacggatttgtcggttgaaactcacaaatgcaac--------atctcatgcagtattactttcggttcgc 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41958007 acaaacgacccaaaccggcatttgtcacataacggatttgtcggttgaaactcacaaatgcaacccgttgacatctcatgcagtattactttcggttcgc 41958106  T
Q  532 tttgcgctaatgttctaccnnnnnnngtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggt 630  Q
    |||||||||||||||||||       ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  41958107 tttgcgctaatgttctacctttctctgtcttcggattttggcatcgggttatattgatgggttggatttttggacaggttaaggtgtctgctctggtggt 41958206  T
Q  631 ttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtggccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtcctttta 730  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41958207 ttgtgagttgaagggtgcctttttgacttgtgtcaggagtcttgtggccgaccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgactcaggtcctttta 41958306  T
Q  731 gtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaattcatc 824  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41958307 gtctgttgtaacgtctcctctgatagaccgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaattcatc 41958400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 240 - 527
Target Start/End: Original strand, 5598879 - 5599164
Alignment:
Q  240 gaataagagcgtaccgaaagtgaggattaagagaggcggtgacaggaagggtaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtggaggtgctgaggcag 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5598879 gaataagagcgtaccgaaagtgaggattaagagaggcggtgacaggaagggtaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtcgaggtgctgaggcag 5598978  T
Q  340 cttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatctatacctagagctagaggtgtttatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgc 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5598979 cttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatctatacctagagctagaggtgttcatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgc 5599078  T
Q  440 acaaacgacccaaaccggcatttgtcggataacggatttgtcggttgaaactcacaaatgca--------acatctcatgcagtattactttcggt 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  5599079 acaaacgacccaaaccggcatttgtc----------tttgtcggttgaaactcacaaatgcaaccagttgacatctcatgcagtattactttcggt 5599164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 41957542 - 41957780
Alignment:
Q  1 ggaggatgaatcaaggcttgtgttcaatgtattgcaatctagaatgtgtggtaaaatacgcttgttttcagcgtcggtgaattttcgccatgatgctgag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41957542 ggaggatgaatcaaggcttgtgttcaatgtattgcaatctagaatgtgtggtaaaacacgcttgttttcagcgtcggtgaattttcgccatgatgctgag 41957641  T
Q  101 gttactcgttcccatggatggttatatacgtgttcttgtttgtatgatttcaccattaccctgtgaaatcgattaacctaatcaaataatttcctcaatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41957642 gttactcgttcccatggatggttatatacgtgttcttgtttgtatgatttcaccattacgctgtgaaatcgattaacctaatcaaataatttcctcaatt 41957741  T
Q  201 agtgacagattnnnnnnnncgattagatcggattgtgca 239  Q
    |||||||||||        ||||||||||||||||||||    
T  41957742 agtgacagattaaaaaaaacgattagatcggattgtgca 41957780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 5598612 - 5598818
Alignment:
Q  1 ggaggatgaatcaaggcttgtgttcaatgtattgcaatctagaatgtgtggtaaaatacgcttgttttcagcgtcggtgaattttcgccatgatgctgag 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5598612 ggaggatgaatcaaggctggtgttcaatgtattgcaatctagaatgtgtggtaaaacacgcttgttttcagcttcggtgaattttcgccatgatgctgag 5598711  T
Q  101 gttactcgttcccatggatggttatatacgtgttcttgtttgtatgatttcaccattaccctgtgaaatcgattaacctaatcaaataatttcctcaatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5598712 gttactcgttcccatggatggttatatacgtgttcttgtttgtatgatttcaccattacgctgtgaaatcgattaacctaatcaaataatttcctcgatt 5598811  T
Q  201 agtgaca 207  Q
    |||||||    
T  5598812 agtgaca 5598818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 591 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 37129071 - 37128836
Alignment:
Q  591 ggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttt 688  Q
    ||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||  | ||||    
T  37129071 ggttgagtttttggacaggttcaggtgtctgctctggtggttcgtgagttgataggtgcctttttgacttgtgttaggagtcttgtgggccgatcgcttt 37128972  T
Q  689 tgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaaca 788  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||| | ||||||| ||  |||||| |||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37128971 tgattcgaggtccggaacaagtttgtgactcaagtcctttcaggatgttgtgatgtctcctccgatagaccgaaacttgaatggtggtcgaagctgaaca 37128872  T
Q  789 tttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaattcatc 824  Q
    |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37128871 tttgatgcaaaatcactatcgggtgcctaattcatc 37128836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 583 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 4397586 - 4397373
Alignment:
Q  583 tattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtggcc-g 680  Q
    ||||| ||||| | ||||||||| | ||| | ||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||| |||||| || | || |||||||||||| | |    
T  4397586 tattggtgggtcgagtttttggacaagtttatgtgtctgctatggtggttcgtgagttgaggggtgccattttgacttctctcgggagtcttgtgggctg 4397487  T
Q  681 tccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaa 780  Q
      | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||  || ||| || |||||||||||||||||||    
T  4397486 atcgcttttgattcgaggtcgggagcaagtttgtgactcaggtccttttaggttgttgtgatgtctcctccgaaagaccggaacttgagtggtggtcgaa 4397387  T
Q  781 gctgaacatttgaa 794  Q
    |||| || ||||||    
T  4397386 gctgtacgtttgaa 4397373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 395 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 5597558 - 5597488
Alignment:
Q  395 agctagaggtgtttatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgcacaaacgacccaaaccggcatttgtc 465  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5597558 agctagaggtgttcatgtgtacgggtcaaatatgaacacagttgcacaaacgacccaaaccgacatttgtc 5597488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 597 - 671
Target Start/End: Complemental strand, 42048358 - 42048283
Alignment:
Q  597 gtttttggataggttaaagtgtctgctct-gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtc 671  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  42048358 gtttttggacatgttaaggtgtctgctctggtggttcgtgagttgagaggtgccttgttgatttctgtcgggagtc 42048283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 220; Significance: 1e-120; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 240 - 527
Target Start/End: Original strand, 25548800 - 25549085
Alignment:
Q  240 gaataagagcgtaccgaaagtgaggattaagagaggcggtgacaggaagggtaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtggaggtgctgaggcag 339  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25548800 gaataagagtgtaccgaaagtgaggattaagagaggcggtgacaggaagggtaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtggaggtgctgaggcag 25548899  T
Q  340 cttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatctatacctagagctagaggtgtttatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgc 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25548900 cttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatctatacctagagctagaggtgttcatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgc 25548999  T
Q  440 acaaacgacccaaaccggcatttgtcggataacggatttgtcggttgaaactcacaaatgca--------acatctcatgcagtattactttcggt 527  Q
    |||||||||||||| |||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  25549000 acaaacgacccaaatcggcatttgtc----------tttgtcggttgaaactcacaaatgcaacccgttgacatctcatgcagtattactttcggt 25549085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Original strand, 25548533 - 25548775
Alignment:
Q  1 ggaggatgaatcaaggcttgtgttcaatgtattgcaatctagaatgtgtggtaaaatacgcttgttttcagcgtcggtgaattttcgccatgatgctgag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25548533 ggaggatgaatcaaggcttgtgttcaatgtattgcaatctagaatgtgtggtaaaacacgcttgttttcagcgtcggtgaattttcgccatgatgctgag 25548632  T
Q  101 gttactcgttcccatggatggttatatacgtgttcttgtttgtatgatttcaccattaccctgtgaaatcgattaacctaatcaaataatttcctcaatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25548633 gttactcgttcccatggatggttatatacgtgttcttgtttgtatgatttcaccattaagctgtgaaatcgattaacctaatcaaataatttcctcaatt 25548732  T
Q  201 agtgacagattnnnnnnnncgattagatcggattgtgcagaat 243  Q
    |||||||||||        ||||||||||||||||| ||||||    
T  25548733 agtgacagattcaaaaagacgattagatcggattgtacagaat 25548775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 566 - 804
Target Start/End: Original strand, 38709863 - 38710100
Alignment:
Q  566 attttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtc 664  Q
    ||||||||||| ||||||  || ||||| | ||||||||| ||||||| |||| || |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||  |||| ||    
T  38709863 attttggcatcgggttat--tggtgggtcgagtttttggacaggttaaggtgtttgttctggtggttcgtgagttgaggggtgcctttttgccttgtttc 38709960  T
Q  665 aggagtcttgtggccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaac 764  Q
     ||||||||  ||| |  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||  |||||| || |||    
T  38709961 gggagtctttgggctgatcgcttttgattcgaggtcgggagcaagtttgtgactcaggtccttttaggatgttgtgatgtctcctccgatagaccggaac 38710060  T
Q  765 ttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcac 804  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  38710061 ttgagtggtggtcgaagctgaacgcttgaagcaaaatcac 38710100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 685 - 820
Target Start/End: Complemental strand, 4397522 - 4397387
Alignment:
Q  685 cttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctg 784  Q
    ||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||  |||||| || | |||||||||||||||||||||    
T  4397522 cttttgattcgagttcgggagtaagtttgtgactcaggtccttttaggctgttgtgatgtctcctccgatagaccggatcttgagtggtggtcgaagctg 4397423  T
Q  785 aacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaatt 820  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  4397422 aacgtttgaagcaaaatcactatcgggtgcctaatt 4397387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 558 - 802
Target Start/End: Original strand, 4391509 - 4391754
Alignment:
Q  558 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 656  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| |  || ||||| | | ||||||  ||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||     
T  4391509 gtctttggattttggcatcgggttct--tggtgggtcgaggttttggtcaggttaaggtgtctgttctggtggttcgtgagttgaggggtgcatttttgc 4391606  T
Q  657 tttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagttt-gtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgat 754  Q
     ||||||| |||||||||||| ||   | ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||  |||    
T  4391607 cttgtgtcgggagtcttgtgggccaatcgcttttgattcggggtcgggagcaagttttgtgactcaggtc-ttttaggctgttgtgatgtctcctccgat 4391705  T
Q  755 agatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacat-ttgaaacaaaatc 802  Q
    |||  | |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||    
T  4391706 agacaggaacttgagtggtggtcgaagttgagcatcttgaagcaaaatc 4391754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 558 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 39909000 - 39908882
Alignment:
Q  558 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 656  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  || ||| | | ||||||||| ||||| | |||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  39909000 gtctttggattttggcatcgggttat--tggtggatcgagtttttggacaggtttaggtgtatgctctggtggttcgtgagttgaggggtgcttttttga 39908903  T
Q  657 tttgtgtcaggagtcttgtgg 677  Q
     |||||||  |||||||||||    
T  39908902 cttgtgtcgtgagtcttgtgg 39908882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 597 - 677
Target Start/End: Original strand, 13987560 - 13987641
Alignment:
Q  597 gtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg 677  Q
    |||||| ||||||||   |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||| ||| ||||    
T  13987560 gtttttagataggttttggtgtctgctctggtggttcgtgagttgaggggtgccttgatgatttgtgtcgggaatctggtgg 13987641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 240 - 503
Target Start/End: Original strand, 40637122 - 40637375
Alignment:
Q  240 gaataagagcgtaccgaaagtgaggattaagagaggcggtgacaggaagggtaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtggaggtgctgaggcag 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40637122 gaataagagcgtaccgaaagtgaggattaagagaggcggtgacaggaagggtaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtggaggtgctgaggcag 40637221  T
Q  340 cttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatctatacctagagctagaggtgtttatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40637222 cttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatttatacctagagctagaggtgttcatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgc 40637321  T
Q  440 acaaacgacccaaaccggcatttgtcggataacggatttgtcggttgaaactcacaaatgcaac 503  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40637322 acaaacgacccaaaccgtcatttgtc----------tttgtcggttgaaactcacaaatgcaac 40637375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 243
Target Start/End: Original strand, 40636855 - 40637097
Alignment:
Q  1 ggaggatgaatcaaggcttgtgttcaatgtattgcaatctagaatgtgtggtaaaatacgcttgttttcagcgtcggtgaattttcgccatgatgctgag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40636855 ggaggatgaatcaaggcttgtgttcaatgtattgcaatctagaatgtgtggtaaaacacgcttgttttcagcgtcggtgaatttttgccatgatgctgag 40636954  T
Q  101 gttactcgttcccatggatggttatatacgtgttcttgtttgtatgatttcaccattaccctgtgaaatcgattaacctaatcaaataatttcctcaatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40636955 gttactcgttcccatggatggttatatacgtgttcttgtttgtatgatttcaccattgcgctgtgaaatcgattaacctaatcaaataatttcctcgatt 40637054  T
Q  201 agtgacagattnnnnnnnncgattagatcggattgtgcagaat 243  Q
    ||||||| |||        |||||||||| |||||||||||||    
T  40637055 agtgacatattcaaaaagacgattagatcagattgtgcagaat 40637097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 559 - 820
Target Start/End: Original strand, 38387821 - 38388082
Alignment:
Q  559 tcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgat 657  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||  || ||||| | ||||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||     
T  38387821 tctttggattttgccatcaggttat--tggtgggtcgagtttttggacaggttaaggtgtttgctctggtggttcgtgagttgaggggtgcctttttgac 38387918  T
Q  658 ttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatag 756  Q
    || |||| |||||||||||| ||   |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||| | ||||||    
T  38387919 ttatgtcgggagtcttgtgggccaatcacttttgattcaaggtcaggagcaagtttgtgactcaggtccttttaggctattgtgatgtctcatctgatag 38388018  T
Q  757 atcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaatt 820  Q
    |     ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  38388019 actaggacttgagtggtggtcgaagctgaacgtttgaagcaaaatcactatcgggtgcctaatt 38388082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 558 - 813
Target Start/End: Complemental strand, 46406 - 46150
Alignment:
Q  558 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctgt--ggtttgtgagttgaagggtgcctttttg 655  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||  || ||||| | ||||||||| ||||| | |||||||||| |   |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  46406 gtctttggattttgacatcgggttat--tggtgggtcgagtttttggacaggtttatgtgtctgctccggtgggttcgtgagttgaggggtgcctttttg 46309  T
Q  656 atttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgat 754  Q
    | ||||||| |||||||||||| ||   | |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||  |||    
T  46308 acttgtgtcgggagtcttgtgggccaatcgcttttgattccaggtcgggagcaagtttctgactcaggtccttttaggttgttgtgatgtctcctccgat 46209  T
Q  755 agatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcg 813  Q
    |||  | |||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  46208 agactggaacttgagtggtggtcaaagttgaacgtttgaagcaaaatcactatcaggcg 46150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 599 - 785
Target Start/End: Original strand, 1579079 - 1579268
Alignment:
Q  599 ttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcga 696  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||| ||| | ||||||  |||||||||||| |||  |||||||||||| |    
T  1579079 ttttggataggtttaggtgtctgctctggtggttcgtgagttgagggatgcctcttttacttgtgttgggagtcttgtgggccgatcacttttgattcaa 1579178  T
Q  697 ggtcggaagcaagt-ttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctga 785  Q
     ||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||| |  |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  1579179 agtcgggagcaagtcttgtgactcaggtccttctaggttgttgtgatgtctcttgcgataggccgaaacttgagtggtggtcgaagctga 1579268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 395 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 40635808 - 40635738
Alignment:
Q  395 agctagaggtgtttatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgcacaaacgacccaaaccggcatttgtc 465  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40635808 agctagaggtgttcatgtgtacgggtcaaatatgaacacagttgcacaaacgacccaaaccgacatttgtc 40635738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 610 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 544479 - 544375
Alignment:
Q  610 ttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgt-ggccgtccacttttgattcgaggtcggaagca 707  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||||||| || || ||  |||||| |||||||| ||||||||     
T  544479 ttaaggtgtctgctctggtggattgtgagttgacggatgccgttttgatttgtgtcgggagtctggtgggtcgatcactttagattcgagatcggaagct 544380  T
Q  708 agttt 712  Q
    |||||    
T  544379 agttt 544375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 723 - 809
Target Start/End: Complemental strand, 4489739 - 4489653
Alignment:
Q  723 tccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcg 809  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||  ||||||  | ||||||||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||| |||||    
T  4489739 tccttttaggcttttgtgatgtctcctccgatagactggaacttgagtggtggtagaagctaaacgtttgaagcaaaatcattatcg 4489653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 751 - 810
Target Start/End: Original strand, 22915927 - 22915986
Alignment:
Q  751 tgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgg 810  Q
    ||||||| || || ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  22915927 tgatagaccggaaattgagtggtagtcgaagctgaacgtttgaagcaaattcactatcgg 22915986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 600 - 712
Target Start/End: Original strand, 40531176 - 40531288
Alignment:
Q  600 tttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgt-ggccgtccacttttgattcgag 697  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| ||| |  |||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||  | |||||  |||||||||||||||    
T  40531176 tttggacaggttaaggtgtctgctctggtgggtcttgagttgaggggtgccgttttgatttgtgtca--agtctgatgggccgatcacttttgattcgag 40531273  T
Q  698 gtcggaagcaagttt 712  Q
     |||| ||| |||||    
T  40531274 atcgggagctagttt 40531288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 583 - 820
Target Start/End: Original strand, 16284991 - 16285230
Alignment:
Q  583 tattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctct-gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccg 680  Q
    ||||| ||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||    
T  16284991 tattggtgggtcgagtttttggacaggttaaggtgtctgctcttgtggttcgtgagttgaggggtgcctttttgactagtgtctggagtcttgtgggccg 16285090  T
Q  681 tccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaa 780  Q
      | |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| | | |||||  |||| | || |||||||||||||||| ||    
T  16285091 atcgcttttgattcgaggtcgggagcaagtttgcgactcaggtccttttaggctgttgtgacggctcctccgataaaccggaacttgagtggtggtcaaa 16285190  T
Q  781 gctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaatt 820  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  16285191 gctgaacatttgaagcaaaatcactatcgggtgcctaatt 16285230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 558 - 808
Target Start/End: Original strand, 45181496 - 45181746
Alignment:
Q  558 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 656  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||  || ||||| | ||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  45181496 gtctttggattttggcattgggttat--tggtgggtcgagtttttggacaggttagggtgtctgctctggtggttcgtgagttgaggggtgcctttttga 45181593  T
Q  657 tttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgata 755  Q
     || |||| |||||||||||| ||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||    
T  45181594 cttttgtcgggagtcttgtgggccaatcgcttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgactcaggtccttttaggctgttgtgatgtctccttcgata 45181693  T
Q  756 gatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatc 808  Q
    || || ||||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||    
T  45181694 gaccggaacttaagtggtggtcgaagctaaacatctgaatcaatatcactatc 45181746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 558 - 808
Target Start/End: Complemental strand, 17324336 - 17324086
Alignment:
Q  558 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 656  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||  || ||||| | ||||||||||||||| | |||||| ||| | ||||| ||||||||| |||||||||||| |    
T  17324336 gtctttggattttgacatcgggttat--tggtgggtcgagtttttggataggtttaggtgtctactccggtggttcgtgagttgaggggtgcctttttta 17324239  T
Q  657 tttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgata 755  Q
     || ||||  ||||||||||| |||  | |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  || |||| |||||||||  ||||    
T  17324238 cttatgtcgtgagtcttgtgggccgatctcttttgattcgaggtcgggagcaagtttctgacttaggtccttttaagctattgtgatgtctcctccgata 17324139  T
Q  756 gatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatc 808  Q
     |  | |||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  17324138 tactggaactagagtggtggtcgaagctgaacgtttgaagcaaaatcactatc 17324086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 597 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 2782211 - 2782130
Alignment:
Q  597 gtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg 677  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||  |||||| ||||    
T  2782211 gtttttggacaggttaaggtgtctgctctggtggtttgtgagttgaggggtgccttaatgatttgtgtcgagagtctggtgg 2782130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 736 - 820
Target Start/End: Original strand, 23087591 - 23087675
Alignment:
Q  736 ttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaatt 820  Q
    |||| |||||||||  ||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||  ||||||||    
T  23087591 ttgtgatgtctccttcgatagatcggaacttgagtgatagtcgaagctgaacgtttgaagtaaaatcactatcggatgcctaatt 23087675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 615 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 3968674 - 3968611
Alignment:
Q  615 gtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg 677  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||    
T  3968674 gtgtctgctctggtggttcgtgagttgaggggtgccttgatgatttgtgtcgggagtctggtgg 3968611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 615 - 677
Target Start/End: Original strand, 4000131 - 4000194
Alignment:
Q  615 gtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg 677  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||    
T  4000131 gtgtctgctctggtggttcgtgagttgaggggtgccttgatgatttgtgtcgggagtctggtgg 4000194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 598 - 811
Target Start/End: Complemental strand, 26500416 - 26500201
Alignment:
Q  598 tttttggataggttaaagtgtctgctct-gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtggc-cgtccacttttgattcg 695  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||  ||  | |||||||||||    
T  26500416 tttttggacaggttaaggtgtatgctctagtggttcgtgagttgaggggtgcctttttgacttgtgtcggaagtcttgtgggtcgatcgcttttgattcg 26500317  T
Q  696 aggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaa 795  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||  |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  26500316 aggtcgggagcaagtttgtgactcaagtccttttaggctgttgtgatgtctcctccgatagaccggaacttgagtggtggtcgaagctgaacgtttgaag 26500217  T
Q  796 caaaatcactatcggg 811  Q
    |||||||| |||||||    
T  26500216 caaaatcaatatcggg 26500201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 558 - 816
Target Start/End: Original strand, 1799048 - 1799306
Alignment:
Q  558 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 656  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  || ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  1799048 gtctttggattttggcatcgggttat--tggtgggtcgagtttttggataggttaaggtgtctgctccggtggttcgtgagttgaggggtgcctttttga 1799145  T
Q  657 tttgtgtcaggagtcttg-tggccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgata 755  Q
     |||||| |||||||||| || ||   | |||||||||| ||||| | |||||||||||| || |||||||||||| || |||| |||||||||  ||||    
T  1799146 cttgtgtaaggagtcttgttgaccaaacgcttttgattctaggtcaggagcaagtttgtgtctcaggtccttttaggctattgtgatgtctcctccgata 1799245  T
Q  756 gatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcct 816  Q
     | | ||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||| ||||||| ||||    
T  1799246 aaccaaaatttgagtggtggtcgaagctgatcgtttgaagcaacatcattatcgggtgcct 1799306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 559 - 811
Target Start/End: Original strand, 10388464 - 10388716
Alignment:
Q  559 tcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctct-gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgat 657  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||   ||||| ||| | || || ||||||||||| ||| || ||||||||| || || ||||||||     
T  10388464 tctttggattttggcatcgggttat--tgatgggtcaagttttgggacatgtaaaggtgtctgctctagtgcttcgtgagttgagggatgtctttttgac 10388561  T
Q  658 ttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatag 756  Q
    ||| |||  ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  10388562 ttgcgtcgagagtcttgtgggccgatcacttttgattcgaggtcgggagcaagtttatgactcaggtccttttaggctgttgtgatgtctcctctgatag 10388661  T
Q  757 atcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcggg 811  Q
    | || | |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||| |||||    
T  10388662 accggatcttgagtggtggtcgaagctaaacgtttgaagcaaaattactgtcggg 10388716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 597 - 731
Target Start/End: Complemental strand, 40813923 - 40813786
Alignment:
Q  597 gtttttggataggttaaagtgtctgctct-gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgt-ggccgtccacttttgattc 694  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| || |||||  ||||||||||||    
T  40813923 gtttttggataggttaaggtgtctgctctagtggttcgtgaattgaagggtgcctttatgatttgcgtcgggagtctggtgggccgatcacttttgattc 40813824  T
Q  695 gaggtcggaag-caagtttgtgacttaggtccttttag 731  Q
    ||| |||| || ||| ||| ||||| |||| |||||||    
T  40813823 gagatcgggagccaattttttgactcaggttcttttag 40813786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 569 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 37707523 - 37707395
Alignment:
Q  569 ttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcagg 667  Q
    ||||||||||||| |  || ||||| | |||||||||||| ||   |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||    
T  37707523 ttggcatctggtttt--tggtgggtcgagtttttggatagattttggtgtctgctctggtggttcgtgagttgaggggtgcctttttgctatgtgtcggg 37707426  T
Q  668 agtcttgt-ggccgtccacttttgattcgag 697  Q
    ||||| || |||||  |||||||||||||||    
T  37707425 agtctggtgggccgatcacttttgattcgag 37707395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 103; Significance: 8e-51; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 558 - 820
Target Start/End: Original strand, 35846999 - 35847262
Alignment:
Q  558 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgccttttt-g 655  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  || |||||   ||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  35846999 gtctttggattttggcatcgggttat--tggtgggtcaagtttttggacatgttaaggtgtctgctctggtggtttgtgagttgatgggtgccttttttg 35847096  T
Q  656 atttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgat 754  Q
    | ||||||| ||||| |||||| |||  |  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||| ||| ||| |||||||||  |||    
T  35847097 acttgtgtcgggagttttgtgggccgatcgattttgattcgaggtcgggagcacgtttgtgactcgggtccttttaggctgctgtgatgtctcctccgat 35847196  T
Q  755 agatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaatt 820  Q
    ||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  35847197 agaccgggacttgagtggtggtcgaagctgaacgtttgaagcaaaatcactatcgggtgcctaatt 35847262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 564 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 42742508 - 42742268
Alignment:
Q  564 ggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtg 662  Q
    ||||||||||||| ||||||  || |||||   ||||||| | ||||| | |||||||||||| ||||| ||| ||||  |||||||||||||| |||||    
T  42742508 ggattttggcatcgggttat--tggtgggtcaagtttttgaacaggtttaggtgtctgctctggtggttcgtgggttgtggggtgcctttttgacttgtg 42742411  T
Q  663 tcaggagtcttgtggccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaa 762  Q
    || |||||||||||| ||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||  | |    
T  42742410 tcgggagtcttgtgggcgatcgcttttgattcgaggtcgggagcaagtttgtgactcatgtccttttaggctgttgtgatgtctcctccgatagactgga 42742311  T
Q  763 acttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcact 805  Q
    ||||||||||||||| ||| || || ||||||  |||||||||    
T  42742310 acttgagtggtggtcaaagttgtacgtttgaaggaaaatcact 42742268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 601 - 803
Target Start/End: Original strand, 2707004 - 2707208
Alignment:
Q  601 ttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgagg 698  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||| | ||||| ||||||||| |||||| ||  ||| ||||||| ||||||| |||  |||  ||||||||||||||||    
T  2707004 ttggacaggttaaggtgcctgctccggtggttcgtgagttgaggggtgctttaatgacttgtgtcgggagtctagtgaaccgatcacttttgattcgagg 2707103  T
Q  699 tcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaa 798  Q
    |||| ||| ||||||||||| | |||||||||| || ||| | ||||||||  || |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||    
T  2707104 tcgggagctagtttgtgactcatgtccttttaggcttttgcattgtctcctccgaaagatcgtaacttgagtggtggtcaaagctgaacgtttgaagcaa 2707203  T
Q  799 aatca 803  Q
    |||||    
T  2707204 aatca 2707208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 704 - 820
Target Start/End: Original strand, 25362321 - 25362437
Alignment:
Q  704 agcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatca 803  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||| || ||||||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||     
T  25362321 agcaagtttgtgactcaggtccttttaggctgttgtgatgtctccattgatagaccggaacttgagtggtgattgaagctgaacgtttgaagcaaaatct 25362420  T
Q  804 ctatcgggcgcctaatt 820  Q
    |||||||| ||||||||    
T  25362421 ctatcgggtgcctaatt 25362437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 626 - 794
Target Start/End: Original strand, 39368831 - 39369000
Alignment:
Q  626 gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtc 724  Q
    |||||| |||||||||  |||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||     
T  39368831 gtggttcgtgagttgagaggtgtctttttgacttgtgtcgggagtcttgtgggccgaccgcttttgattcgaggtcgggagcaagtttttgactcaggtt 39368930  T
Q  725 cttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaa 794  Q
    |||||||  ||||||  ||||||||  |   || ||  || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39368931 cttttaggttgttgtgttgtctcctcagtgcgaccgggacgtgagtggtggtcgaagctgaacgtttgaa 39369000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 633 - 787
Target Start/End: Original strand, 3204260 - 3204414
Alignment:
Q  633 gtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttag 731  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||   |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  3204260 gtgagttgaggggtgcctttttaacttgtgtcag-agtcttgtggaccaatcgtttttgattcgaggtcgggagcaagtttgtgacttagattcttttag 3204358  T
Q  732 tctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaac 787  Q
     ||||||| |||||||||  |||| |    |||||||||||||||| |||||||||    
T  3204359 gctgttgtgatgtctcctccgatatactagaacttgagtggtggtcaaagctgaac 3204414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 558 - 808
Target Start/End: Original strand, 29685728 - 29685978
Alignment:
Q  558 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 656  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||  || ||||||| ||||||| | ||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||  |||    
T  29685728 gtctttggaatttggcatatggttat--tggtgggttgagtttttgaacaggttaaggggtctgctctggtggttcgtgagttgaggagtaccttaatga 29685825  T
Q  657 tttgtgtcaggagtcttgtggc-cgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgata 755  Q
      |||||| |||||||  |||  ||  |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| || ||||||||| || |||| | |||||||  ||||    
T  29685826 cctgtgtcgggagtctaatgggtcgatcacttttgattcgaagtcgggagctagtttgtgactcagatccttttaggcttttgtgaagtctcctccgata 29685925  T
Q  756 gatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatc 808  Q
    || || || ||| |||||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||||    
T  29685926 gaccggaatttgtgtggtggtggaagctgaacgtttgaagcaaagtcattatc 29685978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 710 - 807
Target Start/End: Original strand, 40377649 - 40377746
Alignment:
Q  710 tttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactat 807  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||  |||||| || | ||||||||||||| ||| |||||| ||||||  |||||||||||    
T  40377649 tttgtgactcaggtccttttaggctgttgtgatgtctcctccgatagaccggatcttgagtggtggtggaacctgaacgtttgaagtaaaatcactat 40377746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 763 - 820
Target Start/End: Original strand, 17218822 - 17218879
Alignment:
Q  763 acttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaatt 820  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||    
T  17218822 acttgagtggtggtcgaagctgaacttttgaagcaaaatcactattgggtgcctaatt 17218879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 607 - 697
Target Start/End: Original strand, 18557486 - 18557577
Alignment:
Q  607 aggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtggccgtccacttttgattcgag 697  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||   |||||  |||||||||||||||    
T  18557486 aggttaaggtgtctactctggtgggtcgtgagttgaggggtgccgttttgatttgtgtcgggagtctatgggccgatcacttttgattcgag 18557577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 88; Significance: 7e-42; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 626 - 808
Target Start/End: Original strand, 6003343 - 6003526
Alignment:
Q  626 gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtc 724  Q
    ||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  | |||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  6003343 gtggtttgtgaattgagtgatgcctttttgatttgtgtcaggagtcttatgggccgatcgcttttgattcgaggtcggaagcaaatttgtgtctcaggtc 6003442  T
Q  725 cttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatc 808  Q
    ||||||| ||||||| ||||| |||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||    
T  6003443 cttttaggctgttgtgatgtcgcctccgatagactgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacgtttgaagcaacatcaatatc 6003526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 597 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 27993678 - 27993561
Alignment:
Q  597 gtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattc 694  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||    
T  27993678 gtttttggataggttatggtgtttgctctggtggttcgtgagttgaggggtgtctttatgatttgtgtcgggagtctggtggaccgatcacttttgattc 27993579  T
Q  695 gaggtcggaagcaagttt 712  Q
    ||| |||| ||| |||||    
T  27993578 gagatcgggagctagttt 27993561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 763 - 816
Target Start/End: Original strand, 2570423 - 2570476
Alignment:
Q  763 acttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcct 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  2570423 acttgagtggtggtcgaagctgaacctttgaagcaaaatcactttcgggtgcct 2570476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 558 - 702
Target Start/End: Original strand, 2570062 - 2570206
Alignment:
Q  558 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 656  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  || ||||| | | ||||||  || |||| |||| ||||||| | | | ||||||||| ||||||||||||||    
T  2570062 gtctttggattttggcatcgggttat--tggtgggtcgaggttttggtcagattaaggtgtttgctctggttgctcgtgagttgaggggtgcctttttga 2570159  T
Q  657 tttgtgtcaggagtcttgtggccgt-ccacttttgattcgaggtcgg 702  Q
     ||||||||||||||| |||| | |  | ||||||||||||||||||    
T  2570160 cttgtgtcaggagtctggtgggcttatcgcttttgattcgaggtcgg 2570206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 597 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 46262261 - 46262144
Alignment:
Q  597 gtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgt-ggccgtccacttttgattc 694  Q
    |||||||||||| |||  |||||| ||| | || || ||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||| || |||||  ||||||||||||    
T  46262261 gtttttggatagtttatggtgtcttctccggtgattcgtgagttgaggggtgcctttttgattggtgttgggagtctggtgggccgatcacttttgattc 46262162  T
Q  695 gaggtcggaagcaagttt 712  Q
    ||| |||| ||| |||||    
T  46262161 gagatcgggagctagttt 46262144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 46; Significance: 8e-17; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 597 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 7546571 - 7546454
Alignment:
Q  597 gtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattc 694  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||   |||||| |||| |||  ||||||||||||    
T  7546571 gtttttggataggttatggtgtctgctctggtggttcgtgagttgaggggtgccttttttattggtgttgagagtctggtggaccgatcacttttgattc 7546472  T
Q  695 gaggtcggaagcaagttt 712  Q
    ||| |||||||| |||||    
T  7546471 gagatcggaagctagttt 7546454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University