View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15469_low_1 (Length: 557)

Name: NF15469_low_1
Description: NF15469
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15469_low_1
NF15469_low_1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (14-538)||(4134347-4134868)
chr8 (14-538)||(4145149-4145670)
chr8 (22-532)||(4153158-4153665)
chr8 (22-538)||(4123802-4124315)
chr8 (22-532)||(4163511-4164024)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 4134868 - 4134347
Alignment:
Q  14 cacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4134868 cacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgaacaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaac 4134769  T
Q  114 agagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  4134768 agagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtatcatcatttggtcaa 4134669  T
Q  214 caaacatttcaacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagttt 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4134668 caaacatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagttt 4134569  T
Q  314 cacacaccctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatgat 413  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  4134568 cacacaccctgcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaataaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgat 4134469  T
Q  414 ccttcttcaggacattttacaattagtgttgaaagattggaggatgtaccagaagttttcatttggaaagatnnnnnnntttattggagaactggtccat 513  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  4134468 ccttcttcgggacattttacaattagtgttgaaagatt---ggatgtaccagaagttttcatttggaaagataaaaaaatttattggagaactggtccat 4134372  T
Q  514 ggaatggaagggtttttcttggaac 538  Q
    ||||||||||||||||||| |||||    
T  4134371 ggaatggaagggtttttctcggaac 4134347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 4145670 - 4145149
Alignment:
Q  14 cacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaac 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4145670 cacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaac 4145571  T
Q  114 agagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaa 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145570 agagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaa 4145471  T
Q  214 caaacatttcaacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagttt 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4145470 caaacatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagttt 4145371  T
Q  314 cacacaccctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatgat 413  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  4145370 cacacacccttcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcttttgtagcaagaaaaagtgacaatgat 4145271  T
Q  414 ccttcttcaggacattttacaattagtgttgaaagattggaggatgtaccagaagttttcatttggaaagatnnnnnnntttattggagaactggtccat 513  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  4145270 ccttcttcgggacattttacaattagtgttgaaagatt---ggatgtaccagaagttttcatttggaaagataaaaaaatttattggagaactggtccat 4145174  T
Q  514 ggaatggaagggtttttcttggaac 538  Q
    |||||||||| |||||||| |||||    
T  4145173 ggaatggaagagtttttctcggaac 4145149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 4153665 - 4153158
Alignment:
Q  22 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatca 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4153665 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaataagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca 4153566  T
Q  122 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    || || |||||||||||||||    
T  4153565 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaattttataatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt 4153466  T
Q  222 tcaacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 321  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4153465 tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttccggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 4153366  T
Q  322 ctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatgatccttcttc 421  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||  |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4153365 ctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatgatccttcttc 4153266  T
Q  422 aggacattttacaattagtgttgaaagattggaggatgtaccagaagttttcatttggaaagatnnnnnnntttattggagaactggtccatggaatgga 521  Q
    |||||||| | ||  |||| ||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||       || |||||||||| |||||||||||||||    
T  4153265 aggacattattcagctagtcttgaaagatt---ggatgcaccagaagttttcatttggaaagataaaaatattcattggagaacaggtccatggaatgga 4153169  T
Q  522 agggtttttct 532  Q
    |||||||||||    
T  4153168 agggtttttct 4153158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 4124315 - 4123802
Alignment:
Q  22 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatca 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4124315 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca 4124216  T
Q  122 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    || || |||||||||||||||    
T  4124215 accactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt 4124116  T
Q  222 tcaacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 321  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124115 tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 4124016  T
Q  322 ctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatgatccttcttc 421  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||  |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4124015 ctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaagaaaatatcctttgtatcaagaaaaagtgataatgatccttcttc 4123916  T
Q  422 aggacattttacaattagtgttgaaagattggaggatgtaccagaagttttcatttggaaagatnnnnnnntttattggagaactggtccatggaatgga 521  Q
    |||||||| | ||  |||| ||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||| | |||       || ||||||||||||||||||||||||||    
T  4123915 aggacattattcagctagtcttgaaagatt---ggatgcaccagaagttttcatttggtatgataagaaaattcattggagaactggtccatggaatgga 4123819  T
Q  522 agggtttttcttggaac 538  Q
      ||||||||| |||||    
T  4123818 ttggtttttctcggaac 4123802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 22 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 4164024 - 4163511
Alignment:
Q  22 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatca 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4164024 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca 4163925  T
Q  122 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt 221  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  4163924 accactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatggtagcatcatttggtcaacaagcatt 4163825  T
Q  222 t------caacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttca 315  Q
    |      ||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||| | || || |||| |||| || ||||||| |||||||||||||    
T  4163824 tcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattctagatcaacaatttgggatagtttca 4163725  T
Q  316 cacaccctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaagcaaattgcatttgtatcaagaaaaagtgacaatgatcc 415  Q
    | |||||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||  || || ||| | ||  | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4163724 ctcaccctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaagcaacggggaagaatatatcttttgtatcaagaaaaagtgaaaatgatcc 4163625  T
Q  416 ttcttcaggacattttacaattagtgttgaaagattggaggatgtaccagaagttttcatttggaaagatnnnnnnntttattggagaactggtccatgg 515  Q
    |||||||||||||| || |   ||| ||||||||||   ||||| |||||||||||| |||||| | |||       || ||||||||||||||||||||    
T  4163624 ttcttcaggacattatataggaagtcttgaaagatt---ggatgcaccagaagtttttatttggtatgataagagaattcattggagaactggtccatgg 4163528  T
Q  516 aatggaagggtttttct 532  Q
    ||||||| |||||||||    
T  4163527 aatggaacggtttttct 4163511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University