View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15475_low_2 (Length: 747)

Name: NF15475_low_2
Description: NF15475
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15475_low_2
NF15475_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-731)||(44560158-44560876)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 731
Target Start/End: Complemental strand, 44560876 - 44560158
Alignment:
Q  13 tgagaagaaaagcggtgctctagagagcgtttgaagatgtaggctgttcacggatacaagtgatgctcgcaacctttttgatctctaatttataataatg 112  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560876 tgagaagaaaggcggtgctctagagagcgtttgaagatgtaggctgttcacgg-tacaagtgatgcttgcaacctttttgatctctaatttataataatg 44560778  T
Q  113 gacctagagtttatgagaggttggatagagatttgagttatgatctttggagaattgatttccctaatggtttagtcaaaactcttctgcaggtggcctt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560777 gacctagagtttatgagaggttggatagagatttgagttatgatctttggagaattgatttccctaatggtttagtcaaaactcttctgcaggtggcctt 44560678  T
Q  213 ttatgatcaccgtggcatgcagggttttgttgttgacagtccttttcagtttgagagcatatggcaaacttatgactattttaaaatggatttgatcaga 312  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560677 ttatgatcaccatggcatgcagggtttggttgttgacagtccttttcagtttgagagcatatggcaaactcatgactattttaaaatggatttgatcaga 44560578  T
Q  313 tggtggaatcttggtcatgatttgattgagaagttgagcaaggtagaggttgaattgaagatgtggaggacaatttactttggtagtgtaataaagaaga 412  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44560577 tggtggaatcatggtcatgatttgattgagaagttgagcaaggtagaggttgaattgaagatgtggaggacaattaactttggtagtgtaataaagaaga 44560478  T
Q  413 aggaattgttggcttgtttaggagacaatnnnnnnnng-cgtcaacctcatgacatgagtctcgttatctttctcgacttgaacattctttgcataagga 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560477 aggaattgttggcttgtttaggagacaataaaaaaaagacgtcaacctcatgacatgagtctcgttatctttctcgacttgaacattctttgcataagga 44560378  T
Q  512 attaactaaagtgttgtattaggaggaatgatgtggcatcagaggtctcgggctaactggttgtatatgatggggatagaaatactaatcctatcatgtt 611  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560377 attaactgaagtgttgtattaggaggaatgatgtggcatcagaggtctcgggctaactggttgtatatgatggggatagaaatactaatcctatcatgtt 44560278  T
Q  612 aaactgctaacagaaagaggagaaaaaagaccagctcgttgagaaatagtaatgggagattatattgaagatgatacggagctaaaggatacgatgacta 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44560277 aaactgctaacagaaagaggagaaaaaagaccagctcgttgagaaatagtaatgggagattatattgaagatgatacggagctaaaggatacggtgacta 44560178  T
Q  712 acttctataaagatagttta 731  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  44560177 acttctataaagatagttta 44560158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University