View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1547_high_1 (Length: 643)

Name: NF1547_high_1
Description: NF1547
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1547_high_1
NF1547_high_1
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-627)||(14304845-14305471)
chr2 (1-627)||(14321236-14321862)
chr2 (1-626)||(14283088-14283713)
chr2 (4-63)||(14270875-14270934)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-627)||(25885918-25886532)
chr8 (30-627)||(44349762-44350359)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 14305471 - 14304845
Alignment:
Q  1 ctgctcttgattccttgtttttgctctttctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305471 ctgctcttgattccttgtttttgctctccctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcac 14305372  T
Q  101 aaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataacttacactgtt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14305371 aaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgtt 14305272  T
Q  201 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14305271 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagttatag 14305172  T
Q  301 tgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgc 400  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305171 tgattctaatgttacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgc 14305072  T
Q  401 tgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaagaaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatct 500  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14305071 tgtttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaagaaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatct 14304972  T
Q  501 gtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcaggtattcatgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14304971 gtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcaggtattcatgtgataagaatatccgatgtagtagccacatatccatcgatttcaatcgatagaa 14304872  T
Q  601 ctttgagtccttatgcctgttcttcat 627  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||    
T  14304871 ctttgagtccttatgcccattcttcat 14304845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 523; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 14321862 - 14321236
Alignment:
Q  1 ctgctcttgattccttgtttttgctctttctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14321862 ctgctcttgattccttgtttttgctctttctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcac 14321763  T
Q  101 aaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataacttacactgtt 200  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14321762 aaaaccacttctgcaggacaaagattctgactatagaatcaccttttggttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataagttacactgtt 14321663  T
Q  201 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatag 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14321662 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataaactttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtgatag 14321563  T
Q  301 tgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgc 400  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  14321562 tgatactaatggtacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtaattgcaactttgtttgc 14321463  T
Q  401 tgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaagaaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatct 500  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14321462 tgcttcagctattgttcgattgataactgtcggtgaagaaaagttggagcttagtttgaaaatagatgatatattctcattggttaatcttccattatct 14321363  T
Q  501 gtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcaggtattcatgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaa 600  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| | ||||||||    
T  14321362 gtgttcttttttgtgatatccgtaaaagggtcatcaggtattcacgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatcggtcaatttcgaccgatagaa 14321263  T
Q  601 ctttgagtccttatgcctgttcttcat 627  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  14321262 ctttgagtccttatgcttgttcgtcat 14321236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 462; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 14283713 - 14283088
Alignment:
Q  1 ctgctcttgattccttgtttttgctctttctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||| ||||| ||||||    
T  14283713 ctgctcttgattccttgtttttgctctccctcttagctttttcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagttccaactctacctccttaatcac 14283614  T
Q  101 aaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataacttacactgtt 200  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14283613 aaaaccacttctgcaaaagaacgattctgactatagaatcaccttttggttcaaactagcctttttgttaactacccttttggctataagttacactgtt 14283514  T
Q  201 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14283513 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatag 14283414  T
Q  301 tgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgc 400  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  14283413 tgattctaatggtacatgagataaagttgaaagcttccacacaccctttaccacttagaatttattgggcagcaaactttgtgattgcttctttgttcac 14283314  T
Q  401 tgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaagaaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatct 500  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| ||  |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14283313 tgcttcagctattgttcgaatgataaccgttggtgaaacaaagttggagcttaatttgagaatagatgacatattctctttggttaatcttccattatct 14283214  T
Q  501 gtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcaggtattcatgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaa 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||    
T  14283213 gtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcaggtattcatgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatccatcagtttccaccgatagaa 14283114  T
Q  601 ctttgagtccttatgcctgttcttca 626  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  14283113 ctttgagtccttatgcctgttcttca 14283088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 4 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 14270934 - 14270875
Alignment:
Q  4 ctcttgattccttgtttttgctctttctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaa 63  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14270934 ctcttgattccttgtttttgctctccctcttagcttttgcagctcacaaactctattcaa 14270875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 25886532 - 25885918
Alignment:
Q  1 ctgctcttgattccttgtttttgctctttctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||            |||||||||| ||||||||||||    
T  25886532 ctgctcttgattccttgtttttgctctccctcttagcttctgcagttcacaaactctattcaaga------------gcaaacactacctcctcaatcac 25886445  T
Q  101 aaaaccacttctgcaagagaaagattctgactataaaatcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataacttacactgtt 200  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||  ||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25886444 aaagccacttctgaaagagaaagattctgactatagagtcactctttggttcaagctaaccttgttggtaactacccttttggctataacttacactgtt 25886345  T
Q  201 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||| || || |    
T  25886344 ctaggaatcttggcttttactcaaaccaataacctttcttcatggaaacaaatagaagcaccttttcggttgtttcaagcagtagtcaacattgtgattg 25886245  T
Q  301 tgattctaatgatacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgc 400  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25886244 tgattctaatgttacatgagaaaaagttcaaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgcttctttgtttgc 25886145  T
Q  401 tgcttcggctattgttcgattgataactgtccgtgaagaaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatct 500  Q
    |  ||| ||| || | ||| |  ||| || | |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25886144 tatttcagctgttttccgaattgtaaatgccagtgaggagaagttggaacttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatct 25886045  T
Q  501 gtgttcttttttgtcatatcaataaaagggtcatcaggtattcatgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaa 600  Q
     ||||||||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||  ||| |||    
T  25886044 ttgttcttttttgtcatatccattagagggtcatcagggattcatgtgataagaatatccgatgtagtagcgacatatacatcggttccaactgatggaa 25885945  T
Q  601 ctttgagtccttatgcctgttcttcat 627  Q
     |||||||||||||||  |||||||||    
T  25885944 atttgagtccttatgctggttcttcat 25885918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 30 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 44350359 - 44349762
Alignment:
Q  30 ctcttagcttttgcagctcaaaaactctattcaagattctattcaagagcaaacactagctcctcaatcacaaaaccacttctgcaagagaaagattctg 129  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||   | |||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||     
T  44350359 ctcttagcttttgcagctcacaaactctattcaagaatcaactcaaattccaacaataactcttcaatcacaaaaccacttctgaaagagaaagactcta 44350260  T
Q  130 actataaaatcacctttttgttcaaactagcctttttggtaactacccttttggctataacttacactgttctaggaatcttggcttttactcaaaccaa 229  Q
    |||||| | ||||  ||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44350259 actatagagtcactctttggttcaaactacccttgttggtaactaccattttggctataacttaaactgttctaggaatattggcttttactcaaaccaa 44350160  T
Q  230 taacctttcttcatggaaacaaatagaagcactttttcggttgtttcaagcaataaccaacatagtcatagtgattctaatgatacatgagaaaaagttc 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  44350159 taacctttcttcatggaaacaaatagaagcaccttttcggttgtttcaagctgtagtcaacatagtaatagtgattctaatgttacacgaggaaaagttc 44350060  T
Q  330 aaatcttccaaacaccctttatcactaagaatctattggatagcaaactttgtgattgctactttgtttgctgcttcggctattgttcgattgataactg 429  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||| ||| || | ||| |  ||| |     
T  44350059 aaatcttccaaacaccctttatccctaagaatctattggatagtaaactttgtgattgcttctttgtttgctatttcagctgttttccgaattgtaaata 44349960  T
Q  430 tccgtgaagaaaagttggagcttagtttgagaatagatgacatattctcattggttaatcttccattatctgtgttcttttttgtcatatcaataaaagg 529  Q
     | |||| |||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | |||    
T  44349959 ccagtgaggaaaaaatggaacttagtttgagaatagatgatatattctcattggttaatcttccattatctgcgttcttttttgtcatatccattagagg 44349860  T
Q  530 gtcatcaggtattcatgtgataagaatatccgatgtagtagcaacatatccatcgatttcaatcgatagaactttgagtccttatgcctgttcttcat 627  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || | |  ||| ||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  44349859 gtcatcagggattcttgtgataagaatatccgatgtagtagcgacatatacatcagttccgactgatggaaatttgagtccttatgctggttcttcat 44349762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University