View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15484_low_2 (Length: 742)

Name: NF15484_low_2
Description: NF15484
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15484_low_2
NF15484_low_2
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (256-727)||(32633100-32633571)
chr8 (301-727)||(6310267-6310690)
chr8 (306-727)||(5549675-5550093)
chr8 (298-727)||(14404595-14405021)
chr8 (309-727)||(5607836-5608251)
chr8 (309-727)||(5627119-5627534)
chr8 (305-724)||(13164766-13165182)
chr8 (299-727)||(5571251-5571676)
chr8 (444-727)||(12177099-12177382)
chr8 (444-727)||(12421527-12421810)
chr8 (465-727)||(12188420-12188682)
chr8 (465-727)||(12432848-12433110)
chr8 (620-721)||(9394271-9394372)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (298-727)||(13832-14258)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (486-727)||(19492820-19493061)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 256 - 727
Target Start/End: Original strand, 32633100 - 32633571
Alignment:
Q  256 aactcacctgatatatgtattaaccatttaataannnnnnnacatatgttaggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaa 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32633100 aactcacctgatatatgtattaaccatttaataatttttttacatatgttaggactgaatctgacttgattgaagacattaccagagttgtattgagaaa 32633199  T
Q  356 attgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaa 455  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||        ||||||||||||||    
T  32633200 attgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaaactatcgcaccattcagtctttaataaaaaaaattgattcaatagaa 32633299  T
Q  456 gttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgct 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633300 gttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgct 32633399  T
Q  556 tcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatc 655  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633400 tcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatc 32633499  T
Q  656 tgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 727  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633500 tgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 32633571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 301 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 6310690 - 6310267
Alignment:
Q  301 atgttaggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatact 400  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| |||| | |||| ||||||  ||||||| |||||  |||| |||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  6310690 atgttaggactgaatctgaaatgattgaagccattactagagctgtattaggaaaattaaatcaacagtatacaaatgatcttccatgtaatttcatact 6310591  T
Q  401 cgatgaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagaca 500  Q
     |||||||||||| | | |||||| ||||||||         ||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  6310590 tgatgaaaactattggagcattcaatctttaataaaatc---tgatctaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcacaggtaagaca 6310494  T
Q  501 acccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatt 600  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  6310493 acccttgctgctgctatgtttcaaagggtctcttttaaatatgaaggcagttgcttcttagaaaaggtaacagaagtatcaaagagacatgggatcaatt 6310394  T
Q  601 tcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcat 700  Q
     || |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  || ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6310393 acacatgcaacaaacttctttccaagttactcagggaagatcttgatattgatacttccaaattaataccatcaatgatcatgagaagactcaaacgcat 6310294  T
Q  701 gaaatctttcattgtactagatgatgt 727  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||    
T  6310293 gaaatctttcattgtaatagatgatgt 6310267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 306 - 727
Target Start/End: Original strand, 5549675 - 5550093
Alignment:
Q  306 aggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatg 405  Q
    ||||||||||| || || |||| ||||||| || ||| |||||| |||||||| |||||  |   ||||| ||| ||||| |||||||||||||  ||||    
T  5549675 aggactgaatccgaattaattggagacattaccggagctgtattaagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatg 5549774  T
Q  406 aaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaaccct 505  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||||        ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  5549775 aaaactatcggagcattcaatctttaataaaat---ttgattcaacagaagttcaaatcattggagtttggggtatgggaggcattggtaagacaaccct 5549871  T
Q  506 tgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcata 605  Q
    |||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | ||||||||||| || |    
T  5549872 tgccactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgaaaaggttacagaagtatcaaaaagtcgtggaatcaattacaca 5549971  T
Q  606 tgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaat 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  5549972 tgcaacaaacttctttctaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaat 5550071  T
Q  706 ctttcattgtactagatgatgt 727  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  5550072 ctttcattgtactagatgatgt 5550093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 298 - 727
Target Start/End: Original strand, 14404595 - 14405021
Alignment:
Q  298 catatgttaggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcat 397  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||  | | ||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  14404595 catatgtcaggactgaatctgacttaattgaagacattaccagagttgtattaggaaaattaaatcagcaatgcacaaatgatcttacatgtaattttat 14404694  T
Q  398 actcgatgaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaag 497  Q
    ||| |||||||||||| | | |||||| || |||||        ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||    
T  14404695 acttgatgaaaactattggagcattcaatcattaataaaat---ttgattcagcacaagttcaaatcattggaatttggggtatgggaggcacaggtaag 14404791  T
Q  498 acaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatca 597  Q
    |||||||||||| ||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14404792 acaacccttgcttctattctgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcagctgcttgtttgaaaaggtgacagaagtatcgaaaaggcatggaatca 14404891  T
Q  598 atttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacg 697  Q
    ||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| |    
T  14404892 attacgcgtgcaacaaacttctttccaagttactaagggaagatcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactcaaaag 14404991  T
Q  698 catgaaatctttcattgtactagatgatgt 727  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14404992 catgaaatctttcattgtactagatgatgt 14405021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 309 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 5608251 - 5607836
Alignment:
Q  309 actgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaa 408  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||| | |||||||| |||||  |   ||||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  5608251 actgaatccaacttaattgaagacattaccagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatgaaa 5608152  T
Q  409 actatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgc 508  Q
    ||||| | | | |||| ||||||||        |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5608151 actattggagcgttcaatctttaataaaat---ttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcataggtaagacaacccttgc 5608055  T
Q  509 tgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgc 608  Q
      ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  5608054 cactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgagaaggtgacagaagtatcaaaaagtcatggaatcaattacacatgc 5607955  T
Q  609 aacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctt 708  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  5607954 aacaaacttctttgtaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctt 5607855  T
Q  709 tcattgtactagatgatgt 727  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5607854 tcattgtactagatgatgt 5607836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 309 - 727
Target Start/End: Original strand, 5627119 - 5627534
Alignment:
Q  309 actgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgatgaaa 408  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||| | |||||||| |||||  |   ||||| ||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  5627119 actgaatccaacttaattgaagacattaccagagctgtaataagaaaattaaatcaacaaagcacaattgatcttacttgtaatttcatacctgatgaaa 5627218  T
Q  409 actatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgc 508  Q
    ||||| | | | |||| ||||||||        |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5627219 actattggagcgttcaatctttaataaaat---ttgactcaacagaagttcaaatcattggactttggggtatgggaggcataggtaagacaacccttgc 5627315  T
Q  509 tgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgc 608  Q
      ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||    
T  5627316 cactgctatgtttcaaagggtctctttcaaatatgatggcagttgcttctttgagaaggtgacagaagtatcaaaaagtcatggaatcaattacacatgc 5627415  T
Q  609 aacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctt 708  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  5627416 aacaaacttctttgtaagttactaaaagaagatcttgatattgacactcccaaactaatatcatccatgatcagaagaagactcaaaagcatgaaatctt 5627515  T
Q  709 tcattgtactagatgatgt 727  Q
    |||||||||||||||||||    
T  5627516 tcattgtactagatgatgt 5627534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 305 - 724
Target Start/End: Original strand, 13164766 - 13165182
Alignment:
Q  305 taggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcatactcgat 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||| ||||||  |||| ||| ||| ||||| | || |||||||||||||    
T  13164766 taggactgaatctgacttgattgaagacattatcagagttgtattaggaaaattaaatcaccggtacgcaattgaacttacatatagtttcatactcgat 13164865  T
Q  405 gaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaaccc 504  Q
    ||||| ||  | | |||| | ||||||||        ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  13164866 gaaaattactggagcattaaatctttaataaaaa---ttgattcatcagaagttcaaatcattggagtttggggaatggggggcacaggcaagacaaccc 13164962  T
Q  505 ttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcat 604  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||   | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||  ||     
T  13164963 ttgctgctgccatgtttcaaagagtctcttctcactatgaaggccattgcttcttagaaaatgtgacagaacaatcagaaaagcatggaatcaatgacac 13165062  T
Q  605 atgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaa 704  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||    ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13165063 atgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagaccttgatattaccactctcaaagtaataccatccatgatcaggagaagactcaaacgcatgaaa 13165162  T
Q  705 tctttcattgtactagatga 724  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  13165163 tctttcattgtactagatga 13165182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 299 - 727
Target Start/End: Original strand, 5571251 - 5571676
Alignment:
Q  299 atatgttaggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcata 398  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| | ||||  | |||||||||||| |||||| | |||| ||||| |||||||| |||    
T  5571251 atatgttaggactgaatctaacatgattgaagacattaccagagctttattagggaaattgaatcaccagtacagagatgaacttacatgtaatttgata 5571350  T
Q  399 ctcgatgaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaaga 498  Q
    || |||||||||||| |   | |||  ||||||||        ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||    
T  5571351 cttgatgaaaactattgggccgttcgatctttaataaaat---ttgattcaacaacagttcaaatcattggactttggggaatgggaggcactggtaaga 5571447  T
Q  499 caacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaa 598  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  5571448 caactcttgctgctgctatgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcaattgcttcttagaaagggtgacagaagtttcaaaaaagcatggaatcaa 5571547  T
Q  599 tttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgc 698  Q
    || ||  ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||  || |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||      
T  5571548 ttacacgtgcaacaaacttctttccaagttactaggggaagatcttcgtattgacactcccaaagtaatcccagccatgatcaagagaagactcagacat 5571647  T
Q  699 atgaaatctttcattgtactagatgatgt 727  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5571648 atgaaatctttcattgtattagatgatgt 5571676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 444 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 12177382 - 12177099
Alignment:
Q  444 gattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatg 543  Q
    ||||||| |||||||  ||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| || |||||    
T  12177382 gattcaagagaagttagaactattggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccatgtatg 12177283  T
Q  544 aaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatct 643  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12177282 aaggtagttgcttcctagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatct 12177183  T
Q  644 tgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 727  Q
    | |||||||  || | ||||||||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12177182 tcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12177099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 444 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 12421810 - 12421527
Alignment:
Q  444 gattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatg 543  Q
    ||||||| |||||||  ||  |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| || |||||    
T  12421810 gattcaagagaagttagaactattggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccatgtatg 12421711  T
Q  544 aaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatct 643  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12421710 aaggtagttgcttcctagaaaatgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagttactaggggaagatct 12421611  T
Q  644 tgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 727  Q
    | |||||||  || | ||||||||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12421610 tcatattgagactcctaaagtaatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12421527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 465 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 12188682 - 12188420
Alignment:
Q  465 attggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaa 564  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  12188682 attggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccagatatgaaggtagttgcttcttagaaa 12188583  T
Q  565 atgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagt 664  Q
    |||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  || | |||||    
T  12188582 atgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagt 12188483  T
Q  665 aataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 727  Q
    |||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12188482 aatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12188420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 465 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 12433110 - 12432848
Alignment:
Q  465 attggactttggggcatggggggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaa 564  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| | ||| |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  12433110 attggaatttggggcatgggaggcataggaaagacaacccttgctgctgccatatttcagaaggtatcttccagatatgaaggtagttgcttcttagaaa 12433011  T
Q  565 atgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagt 664  Q
    |||| ||||||| |||||| || |||||  ||| || || || ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  || | |||||    
T  12433010 atgtcacagaagaatcaaagagacatgggctcagttacacatacaacagacttctttctaagctactaggggaagatcttcatattgagactcctaaagt 12432911  T
Q  665 aataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 727  Q
    |||| |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12432910 aatatcatctatggttatgaaaagactcaaacgcatgaaagctttcattgtactagatgatgt 12432848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 620 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 9394372 - 9394271
Alignment:
Q  620 ttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacgcatgaaatctttcattgtacta 719  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||| ||||||  || ||||||||||| |||| ||| | |||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  9394372 ttctaagttaatagcggaagatcttggtattgacactcccaaagtaatatcatctatggttatgtaaagactcaaacacatgaaagctttcattgtacta 9394273  T
Q  720 ga 721  Q
    ||    
T  9394272 ga 9394271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 298 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 14258 - 13832
Alignment:
Q  298 catatgttaggactgaatctgacttgattgaagacatttccagagttgtattgagaaaattgaatcacaagtacacaaatgagcttacgtgtaatttcat 397  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||  | | ||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  14258 catatgtcaggactgaatctgacttaattgaagacattaccagagttgtattaggaaaattaaatcagcaatgcacaaatgatcttacatgtaattttat 14159  T
Q  398 actcgatgaaaactatcgcaacattcagtctttaatnnnnnnnnttgattcaatagaagttcaaatcattggactttggggcatggggggcataggtaag 497  Q
    ||| |||||||||||| | | |||||| || |||||        ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| |||||||    
T  14158 acttgatgaaaactattggagcattcaatcattaataaaat---ttgattcagcacaagttcaaatcattggaatttggggtatgggaggcacaggtaag 14062  T
Q  498 acaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaaggcatggaatca 597  Q
    |||||||||||| ||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14061 acaacccttgcttctattctgtttcaaaggttctctttcaaatatgaaggcagctgcttgtttgaaaaggtgacagaagtatcgaaaaggcatggaatca 13962  T
Q  598 atttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgagaagactcaaacg 697  Q
    ||| |   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| |    
T  13961 attacgcgtgcaacaaacttctttccaagttactaagggaagatcttgatattgacagtcccaaactaataccatctatgatcagaagaagactcaaaag 13862  T
Q  698 catgaaatctttcattgtactagatgatgt 727  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13861 catgaaatctttcattgtactagatgatgt 13832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 66; Significance: 9e-29; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 486 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 19493061 - 19492820
Alignment:
Q  486 ggcataggtaagacaacccttgctgctgctttgtttcaaagggtctctttcaagtatgaaggcagttgcttcttagaaaatgtgacagaagtatcaaaaa 585  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||   |||||| ||| ||| |||| |  |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  19493061 ggcataggtaagacagccattgttgctgctatgtttcaaaatttctcttgcaaatatcaaggtacctgcttcttagaaaaggtggcagaagaatcaaaaa 19492962  T
Q  586 ggcatggaatcaatttcatatgcaacaaacttctttctaagttactaagggaagatcttgatattgaatctgccaaagtaataccatccatgatcatgag 685  Q
    || |||||||||||||||  |  || |||||| |||| |  |||||  |||||||| || |||| ||  |  | | ||||||  |||||||| |||| ||    
T  19492961 ggaatggaatcaatttcacttataaaaaacttgtttccacattactcggggaagatgttaatatcgacacgcctatagtaatgtcatccatggtcattag 19492862  T
Q  686 aagactcaaacgcatgaaatctttcattgtactagatgatgt 727  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19492861 aagactcaaaggaatgaaagctttcattgtactagatgatgt 19492820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University