View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15487_low_1 (Length: 477)

Name: NF15487_low_1
Description: NF15487
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15487_low_1
NF15487_low_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (3-460)||(44141466-44141923)
chr1 (3-460)||(44133044-44133501)
chr1 (3-460)||(44128839-44129296)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-460)||(1505240-1505699)
chr5 (3-454)||(1482458-1482909)
chr5 (3-454)||(1478264-1478715)
chr5 (3-460)||(1492433-1492890)
chr5 (3-417)||(1509389-1509802)
chr5 (3-460)||(1499505-1499962)
chr5 (74-454)||(1487006-1487386)
chr5 (331-402)||(1496085-1496156)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-460)||(46706388-46706847)
chr7 (3-460)||(5289097-5289554)
chr7 (3-460)||(5310662-5311119)
chr7 (3-460)||(5315376-5315833)
chr7 (3-460)||(5284573-5285030)
chr7 (3-460)||(5302761-5303218)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (3-454)||(24163196-24163647)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (3-391)||(37862859-37863247)
chr3 (3-388)||(37858836-37859221)
chr3 (330-391)||(39030663-39030724)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (120-262)||(35251200-35251342)
chr8 (297-402)||(35251370-35251475)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 438; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 460
Target Start/End: Original strand, 44141466 - 44141923
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141466 cgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 44141565  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141566 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 44141665  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141666 aggggccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 44141765  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141766 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 44141865  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 460  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141866 ccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 44141923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 460
Target Start/End: Original strand, 44133044 - 44133501
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  44133044 cgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaggccctatttggagatg 44133143  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44133144 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 44133243  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44133244 aggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 44133343  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44133344 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 44133443  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 460  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44133444 ccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 44133501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 460
Target Start/End: Original strand, 44128839 - 44129296
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  44128839 cgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaggccctatttggagatg 44128938  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44128939 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 44129038  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44129039 aggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagctttggtt 44129138  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44129139 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 44129238  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 460  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44129239 ccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 44129296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Original strand, 1505240 - 1505699
Alignment:
Q  1 cccgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggaga 100  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1505240 cccgtgtgttggttgtctgttccgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagctctatttggaga 1505339  T
Q  101 tggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||     
T  1505340 tggagctgctgcactaattgttggttcagatccaataccagaaattgagaaacctatatttgaaatggtttggactgcacaaacaatcgcgcctgatagc 1505439  T
Q  201 gaaggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattgg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1505440 gaaggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgaaattgtttcaaagaacatcaataaagcattgg 1505539  T
Q  301 ttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagtt 400  Q
    |||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  1505540 ttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggccctgcaattttagatcaagtagagcaaaagtt 1505639  T
Q  401 agcattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 460  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1505640 agccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 1505699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 3 - 454
Target Start/End: Original strand, 1482458 - 1482909
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1482458 cgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgcagtgacattccgtggtcctagtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcactctttggagatg 1482557  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1482558 gagctgctgcactcattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtga 1482657  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
     || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |     
T  1482658 gggggccattgacggtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatc 1482757  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    || |||||| ||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  1482758 gatgctttccaaccattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttag 1482857  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatgg 454  Q
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  1482858 gcttaaaacctgaaaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatgg 1482909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 3 - 454
Target Start/End: Original strand, 1478264 - 1478715
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1478264 cgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgcagtgacattccgtggtcctagtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatg 1478363  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1478364 gtgctgctgcactcattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtga 1478463  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||     
T  1478464 gggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattggtc 1478563  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    ||||||||| ||||||||   || |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||    
T  1478564 gaggctttccaaccattaaacatctctgattataattcaatcttctggattgctcacccaggtggacccgcaattctagaccaagttgaagaaaagttag 1478663  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatgg 454  Q
      |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  1478664 gcttaaaacctgaaaaaatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatgg 1478715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 3 - 460
Target Start/End: Original strand, 1492433 - 1492890
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492433 cgtgtgttagttgtttgttctgaagtcactgcagtcacatttcgtggtcccagtgatacacacttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatg 1492532  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    |||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  1492533 gagcagctgcacttattgttgggtctgatccggtaccagaaattgaaaaacctatatttgagatgatttggacagcacaaacaattgctcctgatagtga 1492632  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| |||    
T  1492633 aggtgccattgatggtcatcttcgtgaagctgggttaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtgtcaaaaaatataaataaagcattagtt 1492732  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  1492733 gaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattttagaccaagtagagcaaaagttag 1492832  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 460  Q
    | ||||| || |||||||||| ||||||  | || ||||| |||||||||||||||||    
T  1492833 ccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatat 1492890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 3 - 417
Target Start/End: Original strand, 1509389 - 1509802
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||| | |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1509389 cgtgtgttggttgtttgttctaaagtcattgcagtcacattttgtggccctggtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatg 1509488  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | || || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1509489 gagctgctgcactcattgttggtactgaccctgtaccagaaattgagaaatctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccaaatagtga 1509588  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||  ||| || ||| ||||| |||||  || ||||| || ||    
T  1509589 aggtgccattgacggtcaccttcgtgaagttggactaacatttcgtcttcttaaagatgtctctgtgactgtctcaaa-aacattgattaagcactgatt 1509687  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    ||||| ||  ||||||||   || ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |||| | |||||| | || |||||||||||||| ||||    
T  1509688 gaggcatttcaaccattaaacatctctgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattgaccaagttgagcaaaaattag 1509787  T
Q  403 cattaaaacctgaaa 417  Q
    | |||||||||||||    
T  1509788 ccttaaaacctgaaa 1509802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 3 - 460
Target Start/End: Original strand, 1499505 - 1499962
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |  ||||| | || |||||| |||||||| |  |||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1499505 cgtgtgttggttgtttgttctgaaatcactgcaatctcattttgtggacctagtaatactcacctacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatg 1499604  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    ||||||| ||| | |||||||| || || | |||||| ||||||||||||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  1499605 gagctgcggcagtcattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttgagttagtttggactgcacaaacaattgcttctgatagtga 1499704  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    |||||| |||   ||||| |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||  ||| |||||| |||||||| ||  |||||| | | |||    
T  1499705 aggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcgtaaggatgtctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagtt 1499804  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    ||||| ||  ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1499805 gaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccgggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttag 1499904  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 460  Q
      || ||| |||||||| |||  | |   || |||||||||||||||||||| |||||    
T  1499905 gcttgaaagctgaaaagttgagggtcgttagggaagtgcttagtgaatatggtaatat 1499962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 74 - 454
Target Start/End: Original strand, 1487006 - 1487386
Alignment:
Q  74 ccttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttgg 173  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || | | |||||||| || |||||  || || |||||||||||||  | |||||| | ||||||    
T  1487006 ccttgttggacaagcattatttggtgatggagctgttgtagtcattgttggctccgatccgatatcaaaaattgagaaacctctctttgagcttgtttgg 1487105  T
Q  174 actgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattg 273  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||  ||| || |||||||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||  |||     
T  1487106 actgcacaaacaatagctctagatagtgaagaagcaattagcggccaacttcgtgaagttggactaacatttaatcttcgtaaagatgtccctgaaatta 1487205  T
Q  274 tttcaaagaacatcaataaagcattggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgc 373  Q
    | |||||||||||| |||||| | | ||| |||| ||| |||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||  ||||| || ||||||||    
T  1487206 tctcaaagaacatcgataaagaactagttaaggcattccaaccattaggcatctctgattacaatgcaattttttggattgtccacccaggcggacctgc 1487305  T
Q  374 aattctagatcaagttgagcaaaagttagcattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatgg 454  Q
    |||| | || || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  1487306 aattttggaccatgttgaacaaaagttagctttgaaaccggaaaagatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatgg 1487386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 331 - 402
Target Start/End: Original strand, 1496085 - 1496156
Alignment:
Q  331 attacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    |||||||  ||||||| |||||||| || ||  |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  1496085 attacaacccaatcttctggattgctcatccgagtggacctgcaattatagatcaagttgagcacaagttag 1496156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 46706847 - 46706388
Alignment:
Q  1 cccgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggaga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||     
T  46706847 cccgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagtcacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagt 46706748  T
Q  101 tggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagt 200  Q
      ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46706747 cagagctgctgcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggacttcacaaacaattgctccagatagt 46706648  T
Q  201 gaaggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattgg 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |    
T  46706647 gaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacattccaccttctaaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattag 46706548  T
Q  301 ttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagtt 400  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  46706547 ttgaggctttccaaccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggccctgcaattttagatcaagtagagcaaaagtt 46706448  T
Q  401 agcattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 460  Q
    ||| || || ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46706447 agccttgaagcctgaaaagatgagagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 46706388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 5289554 - 5289097
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  5289554 cgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatg 5289455  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    |||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5289454 gagctgctgctcttattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccggatagtga 5289355  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5289354 aggagccattgatggccaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcactaaagcattggtt 5289255  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5289254 gaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtggagcaaaagttag 5289155  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 460  Q
    | ||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5289154 ccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatat 5289097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 460
Target Start/End: Original strand, 5310662 - 5311119
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||    
T  5310662 cgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcattgtttggagatg 5310761  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    |||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5310762 gagctgctgctcttattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtga 5310861  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||    
T  5310862 aggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggtt 5310961  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5310962 gaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttag 5311061  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 460  Q
    | ||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5311062 ccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatat 5311119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 460
Target Start/End: Original strand, 5315376 - 5315833
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315376 cgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttggagatg 5315475  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    |||| ||||| || |||||||| || || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5315476 gagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtga 5315575  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  5315576 aggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggtt 5315675  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5315676 gaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtggagcaaaagttag 5315775  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 460  Q
    | ||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5315776 ccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatat 5315833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 460
Target Start/End: Original strand, 5284573 - 5285030
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284573 cgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggccctagcgatactcacttagacagtcttgttggacaagcactatttggagatg 5284672  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    |||||||||| || |||||||| || || ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5284673 gagctgctgctcttattgttggctctgacccaataccagaaattgagagacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtga 5284772  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  5284773 aggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggtt 5284872  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5284873 gaggcttttgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttag 5284972  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 460  Q
    | || || |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5284973 ccttgaagcctgaaaagatgaatgcaaccagagaagtgctcagtgaatatggaaatat 5285030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 3 - 460
Target Start/End: Original strand, 5302761 - 5303218
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302761 cgtgtgttggttgtatgttcagaggtcaccgctgtcacatttcgtggccctagtgatactcacttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatg 5302860  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    |||||||||| || |||||||| || || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5302861 gagctgctgctcttattgttggctctgaccccgtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtga 5302960  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  5302961 aggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggtt 5303060  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    || ||||| || ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  5303061 gacgcttttgagccactgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttat 5303160  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatat 460  Q
    |||| || |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5303161 cattgaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatat 5303218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 3 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 24163647 - 24163196
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||| | |||||| | || || || ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24163647 cgtgtgttggttgtttgttctgaagttaccgcaatcacattttgtggaccaagcgatactcacttagacaaccttgttggacaagctctatttggagatg 24163548  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    ||||||||||| | |||||||| || || ||| |||  ||||||||||||||  |||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  24163547 gagctgctgcagtcattgttggctctgacccaatacaggaaattgagaaacctctatttgagttagtttggacagcacaaacaatcgctccaaatagtga 24163448  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    |||||| |||   || || |||||||||  ||| ||| ||||||| |||  ||| |||||||| |  ||||| |||||||| ||  ||||||||||| ||    
T  24163447 aggagctatttgtggccaacttcgtgaatttgggctatcatttcatctttgtaaggatgttccagacattgtctcaaagaatattgataaagcattgttt 24163348  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 402  Q
    ||||| ||| |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| |||||||||    
T  24163347 gaggcattccaaccattaggtatctctgattacaactcaatcttttggattgctcactctggtggacccgcaattctagacaaaattgaggaaaagttag 24163248  T
Q  403 cattaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatgg 454  Q
    | || ||||||||||||||||  ||||| ||| || ||||||||||||||||    
T  24163247 ccttgaaacctgaaaagatgagtgccactagaaaaatgcttagtgaatatgg 24163196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 3 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 37863247 - 37862859
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||  ||||||||||||| || || || ||||||||||||||  | || || ||||| || || ||| | ||||||||||    
T  37863247 cgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttggagatg 37863148  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    | || || ||  | |||||||||||||||||  | |||||| ||||||| ||  | |||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  37863147 gtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccagatagtga 37863048  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || || || |||||||||||  |||| |||||||||||  | |||||  | |||    
T  37863047 aggagctattgatggtcaccttcgagaagcaggactgacattccatctcctcaaggatgttcctggccttgtctcaaagaacattgagaaagctcttgtt 37862948  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttga 391  Q
    ||||| ||  | || ||    || || ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||    
T  37862947 gaggcatttcagcctttgaatatctcggattacaattccatcttttggatcgcgcacccaggtggaccagcaattcttgaccaagttga 37862859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 37859221 - 37858836
Alignment:
Q  3 cgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagttacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatg 102  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||  | ||||||||||| || || || || ||||| |||||  | || |||||||| || |||||| | ||||||||||    
T  37859221 cgtgtgttggtagtttgttcagagataactgcagttactttccgtggacccagtgacactcatcttgatagccttgtggggcaagcattgtttggagatg 37859122  T
Q  103 gagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtga 202  Q
    | || || ||  | || || |||||||| ||| ||||| || ||||||||||  | |||||  |||| |||||||||||||| ||   ||||||||||||    
T  37859121 gtgcagcagctgtgatcgtaggttcagacccattaccacaagttgagaaacccttgtttgaattggtatggactgcacaaacgatccttccagatagtga 37859022  T
Q  203 aggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgttcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggtt 302  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||  || || ||||| || || || || |||||||||||  || | |||||||||||  | |||||  | | |    
T  37859021 aggagcaattgacggtcaccttcgtgaagtcgggcttacattccatctcctcaaggatgttcctggtcttatctcaaagaacattgagaaagctcttgct 37858922  T
Q  303 gaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagt 388  Q
    ||||| ||  |||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  37858921 gaggcctttcaacctttaggtatctctgattacaattccatcttttggatcgcacaccctggtggaccagcaattctggaccaagt 37858836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 330 - 391
Target Start/End: Original strand, 39030663 - 39030724
Alignment:
Q  330 gattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttga 391  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||  |||||||| || ||||||||    
T  39030663 gattacaattcaattttttggattgcacacccaggcggacgagcaattcttgaccaagttga 39030724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 262
Target Start/End: Original strand, 35251200 - 35251342
Alignment:
Q  120 gttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgacggtc 219  Q
    ||||||||||||||| |||| ||  |||||| |||  | |||||| | |  |||||||||||||||||   ||| |||||| ||||||| ||||| ||||    
T  35251200 gttggttcagatccattacctgaggttgagagacctttgtttgagctagagtggactgcacaaacaatccttcctgatagtcaaggagctattgatggtc 35251299  T
Q  220 accttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgt 262  Q
    |||||||||| | |||||||||||| || ||||| || |||||    
T  35251300 accttcgtgaggttggactaacattccatcttctcaaggatgt 35251342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 297 - 402
Target Start/End: Original strand, 35251370 - 35251475
Alignment:
Q  297 ttggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaa 396  Q
    |||||||| || ||| |||| || || || ||| |||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||||| || ||||| || ||||||||| | |    
T  35251370 ttggttgaagccttcaaacctttgggtatatcttattataactcaatcttttggattgctcacacgggtggaccagcgattcttgaccaagttgaggaca 35251469  T
Q  397 agttag 402  Q
    ||||||    
T  35251470 agttag 35251475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University