View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15491_low_43 (Length: 298)

Name: NF15491_low_43
Description: NF15491
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15491_low_43
NF15491_low_43
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (37-226)||(8888938-8889129)
chr3 (38-222)||(8070705-8070888)
chr3 (38-226)||(8884192-8884382)
chr3 (38-222)||(3673592-3673777)
chr3 (38-222)||(3693646-3693831)
chr3 (38-222)||(3034670-3034855)
chr3 (38-189)||(10585066-10585214)
chr3 (102-177)||(45903522-45903597)
chr3 (70-173)||(35455798-35455903)
chr3 (38-189)||(631995-632146)
chr3 (38-139)||(28126297-28126397)
chr3 (175-224)||(429460-429509)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (35-223)||(31448744-31448934)
chr8 (18-226)||(43301606-43301816)
chr8 (38-222)||(4237224-4237409)
chr8 (38-222)||(4241963-4242148)
chr8 (70-226)||(25361636-25361797)
chr8 (38-226)||(8330262-8330454)
chr8 (38-189)||(37772777-37772928)
chr8 (38-222)||(42973118-42973305)
chr8 (35-226)||(34817617-34817815)
chr8 (38-161)||(21959473-21959594)
chr8 (66-136)||(43747939-43748010)
chr8 (114-177)||(14036509-14036572)
chr8 (125-189)||(18944978-18945044)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (36-226)||(8762-8954)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (38-222)||(562494-562677)
chr5 (38-222)||(557722-557907)
chr5 (38-226)||(12044014-12044204)
chr5 (38-226)||(41997664-41997854)
chr5 (38-226)||(32460427-32460617)
chr5 (38-222)||(36941147-36941332)
chr5 (38-226)||(42002455-42002645)
chr5 (37-222)||(36936392-36936578)
chr5 (38-226)||(3666896-3667083)
chr5 (38-226)||(21322921-21323113)
chr5 (37-189)||(31732612-31732761)
chr5 (75-226)||(13300405-13300562)
chr5 (38-189)||(23976319-23976469)
chr5 (38-185)||(24435064-24435207)
chr5 (38-147)||(36949790-36949897)
chr5 (70-226)||(2451970-2452136)
chr5 (35-171)||(14232581-14232719)
chr5 (66-138)||(23347819-23347891)
chr5 (67-171)||(32287283-32287390)
chr5 (92-161)||(34030924-34030993)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (38-226)||(10159601-10159789)
chr2 (38-226)||(30659166-30659368)
chr2 (37-209)||(35602637-35602805)
chr2 (38-223)||(6296796-6296985)
chr2 (70-189)||(28856147-28856266)
chr2 (102-190)||(30637203-30637293)
chr2 (102-223)||(30635789-30635913)
chr2 (38-226)||(30629863-30630055)
chr2 (102-189)||(22845430-22845518)
chr2 (119-171)||(26674315-26674368)
chr2 (152-223)||(19588682-19588753)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (38-222)||(3095115-3095300)
chr1 (96-226)||(40232328-40232465)
chr1 (38-136)||(14204447-14204546)
chr1 (109-185)||(33055846-33055922)
chr1 (35-189)||(41096832-41096982)
chr1 (41-171)||(27307360-27307489)
chr1 (127-221)||(8273126-8273224)
chr1 (41-160)||(17213032-17213151)
chr1 (40-199)||(23254091-23254253)
chr1 (111-225)||(13894268-13894390)
chr1 (37-85)||(8273058-8273105)
[»] chr7 (26 HSPs)
chr7 (38-226)||(9649844-9650033)
chr7 (37-219)||(23866754-23866936)
chr7 (37-226)||(47102555-47102743)
chr7 (38-226)||(27257237-27257429)
chr7 (38-223)||(13343311-13343498)
chr7 (38-225)||(40864281-40864474)
chr7 (38-192)||(10499011-10499164)
chr7 (38-192)||(10504040-10504193)
chr7 (66-226)||(19641312-19641477)
chr7 (38-226)||(8077020-8077223)
chr7 (40-223)||(13346249-13346431)
chr7 (96-165)||(18330330-18330401)
chr7 (119-173)||(11017047-11017103)
chr7 (44-154)||(1044347-1044458)
chr7 (96-165)||(18324415-18324484)
chr7 (38-139)||(40997727-40997827)
chr7 (38-125)||(40863960-40864045)
chr7 (164-226)||(1044241-1044304)
chr7 (179-226)||(9009155-9009202)
chr7 (66-189)||(10531774-10531897)
chr7 (104-171)||(11040267-11040336)
chr7 (38-144)||(43457097-43457202)
chr7 (96-144)||(47551806-47551854)
chr7 (94-132)||(11060271-11060309)
chr7 (102-171)||(11074099-11074168)
chr7 (37-65)||(11016793-11016821)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (38-226)||(13520869-13521058)
chr4 (38-226)||(3992653-3992845)
chr4 (39-220)||(31297409-31297593)
chr4 (38-226)||(34561425-34561617)
chr4 (96-226)||(41817807-41817939)
chr4 (38-176)||(7899838-7899973)
chr4 (38-226)||(39320586-39320768)
chr4 (38-186)||(26187705-26187852)
chr4 (44-167)||(15799036-15799151)
chr4 (38-133)||(55074432-55074525)
chr4 (38-132)||(1150246-1150340)
chr4 (68-134)||(36209149-36209215)
chr4 (105-167)||(5925833-5925894)
chr4 (91-139)||(15541600-15541648)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (38-226)||(34605-34797)
[»] scaffold0060 (2 HSPs)
scaffold0060 (38-226)||(51796-51988)
scaffold0060 (38-226)||(46857-47045)
[»] scaffold0628 (2 HSPs)
scaffold0628 (38-223)||(7457-7645)
scaffold0628 (38-167)||(5747-5877)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (38-223)||(2759139-2759327)
chr6 (38-224)||(2862426-2862611)
chr6 (38-224)||(2881729-2881914)
chr6 (107-223)||(28963822-28963942)
chr6 (36-190)||(29157065-29157222)
chr6 (38-225)||(6111615-6111807)
chr6 (38-85)||(24588522-24588568)
chr6 (131-223)||(15645696-15645791)
chr6 (38-132)||(15509400-15509493)
chr6 (38-85)||(28963740-28963786)
[»] scaffold0070 (2 HSPs)
scaffold0070 (38-223)||(59429-59617)
scaffold0070 (38-223)||(63631-63819)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (37-185)||(83971-84121)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (47-221)||(257663-257838)
[»] scaffold0484 (1 HSPs)
scaffold0484 (70-226)||(7933-8094)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (97-168)||(48899-48970)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (97-168)||(149664-149735)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (38-161)||(213254-213375)
[»] scaffold0131 (1 HSPs)
scaffold0131 (38-177)||(8624-8763)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 37 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 8889129 - 8888938
Alignment:
Q  37 ctgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccca 136  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8889129 ctgttggaacatgtgtggaaactgagttaaaaagactaaacacaaattcccatgttgggtagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccca 8889030  T
Q  137 catcggatggaaca--cacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8889029 catcggatggaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcactagag 8888938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 8070888 - 8070705
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8070888 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaaagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaa-tggaagtcccac 8070790  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8070789 atcggatggaacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcact 8070705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 8884382 - 8884192
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8884382 tgttggaacatgtgtggaaactgagttaaaaagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaaatggaagtcccac 8884283  T
Q  138 atcggatggaaca--cacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  8884282 atcggatggaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgagaacgaagtaagcactagag 8884192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 3673777 - 3673592
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3673777 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaacagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaa-gtggaagtcccac 3673679  T
Q  138 atcggatggaacacaca--ttagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3673678 atcggatggaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcact 3673592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 3693831 - 3693646
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3693831 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaacagactaaacacaaattctcatgttgggtagaactaatgttgtgtgaattgaaaaa-gtggaagtcccac 3693733  T
Q  138 atcggatggaacacaca--ttagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3693732 atcggatggaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcact 3693646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 3034855 - 3034670
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3034855 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaacagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattga-aaaagtggaagtcccac 3034757  T
Q  138 atcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  3034756 atcggatggaatacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaaaaggtatatagttatgtgaacgaagtaagcact 3034670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 38 - 189
Target Start/End: Original strand, 10585066 - 10585214
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10585066 tgttggagcatatgtgaaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaa-agtggaagtcccac 10585162  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa 189  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  10585163 atcggatggatcacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaa 10585214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 102 - 177
Target Start/End: Original strand, 45903522 - 45903597
Alignment:
Q  102 tagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtttatataatgggg 177  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45903522 tagtgtagtgtgaattgaaaaaattggaagtctcacatcggatagatcacacattagtagtgtttatatagtgggg 45903597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 70 - 173
Target Start/End: Original strand, 35455798 - 35455903
Alignment:
Q  70 gactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacac--attagtagtgttta 167  Q
    ||||||||||||||||  || |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| | | |||  ||||||||||||||    
T  35455798 gactaaacacaaattcatatgttgggtagaactagtgttgtgtaaattgaaaaaagtggaagtctcatattggatgaagcgcacctattagtagtgttta 35455897  T
Q  168 tataat 173  Q
    ||||||    
T  35455898 tataat 35455903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 38 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 632146 - 631995
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||    ||||||||||||||| |||   ||| || || |||| | ||||||||| |||||||| |||||  |||    
T  632146 tgttggaacatatgtgaaaattgagtaatt--gactaaacacaaattttcacaatgggtaaaactagtttagtgtgaattaaaaaaagtagaagtttcac 632049  T
Q  138 atcggatggaacac--acattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa 189  Q
     ||||||||| | |  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  632048 gtcggatggatccctcacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaa 631995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 28126397 - 28126297
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||| | | || |||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  28126397 tgttgaaacatgtgtgaaaattgagttaaaa-gattaaacacaaaattttatgttgggtagaaccaatgttgtgtgaattgaaaaaagtgaaagtctcac 28126299  T
Q  138 at 139  Q
    ||    
T  28126298 at 28126297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 175 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 429509 - 429460
Alignment:
Q  175 gggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactag 224  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  429509 gggatgtacctctaagaggtgcataattatgtgaacggagtaagcactag 429460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 148; Significance: 4e-78; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 35 - 223
Target Start/End: Original strand, 31448744 - 31448934
Alignment:
Q  35 aactgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcc 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31448744 aactgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaaagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcc 31448843  T
Q  135 cacatcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcacta 223  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31448844 cacatcggatggaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcacta 31448934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Original strand, 43301606 - 43301816
Alignment:
Q  18 agttttgttaggttttcaactgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaatt 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  43301606 agttttgttaggttttgaactgttggaagatttgtggaaattgagttaaaaagactaaacacaaatttccatcttgggtagaactagtgttgtgtgaatt 43301705  T
Q  118 gaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacac--acattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagt 215  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  43301706 gaaaaaagtggaagtcctacatcggatggaacacatacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatctgaacgaagt 43301805  T
Q  216 aagcactagag 226  Q
    |||||||||||    
T  43301806 aagcactagag 43301816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Original strand, 4237224 - 4237409
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4237224 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaacagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaa-gtggaagtcccac 4237322  T
Q  138 atcggatggaacac--acattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4237323 atcggatggaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcact 4237409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Original strand, 4241963 - 4242148
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4241963 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaacagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaa-gtggaagtcccac 4242061  T
Q  138 atcggatggaacac--acattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4242062 atcggatggaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcact 4242148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 70 - 226
Target Start/End: Original strand, 25361636 - 25361797
Alignment:
Q  70 gactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtttata 169  Q
    |||||||||||||||| |||  ||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  25361636 gactaaacacaaattcccataatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaa-agtggaagtcccacatcggatggatcacacattagtagtatttata 25361734  T
Q  170 taatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    || ||||||||||||| |||      | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  25361735 tagtggggatgtacctttaattactgggggtacataattatgtgaacgaagtaagcactagag 25361797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Original strand, 8330262 - 8330454
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||  | ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8330262 tgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagcatagtgtgaattgaaaaaagtgaaagtcccac 8330359  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||      | |||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  8330360 atcggatggatcacacattagtagtgtttatatagtaggggtgtacctctaattaacgggggtacataattatgtgaacgaaataagcactagag 8330454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 38 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 37772928 - 37772777
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaag---tggaagtcc 134  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    |||||||||    
T  37772928 tgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaaaaaaatggaagtcc 37772831  T
Q  135 cacatcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa 189  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  37772830 cacatcg-atggatcacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaa 37772777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 42973305 - 42973118
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||  || || ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||    
T  42973305 tgttggaacatgtgcaaaaattgagttaaaa-gactatacacaaattcccacgttagaaagaattagtgttgcgtgacttaaaaaaagtggaagtctcac 42973207  T
Q  138 atcggatggaacacac--attagtagtgtttatataatggggatgtacctcta--agaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    ||| |||| |||||||  |||| || |||||||||| ||||| ||||||||||  || |||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  42973206 atcagatgaaacacacatattaataatgtttatatagtgggggtgtacctctaataggggtatataattatgtgaactaagtaagcact 42973118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 35 - 226
Target Start/End: Original strand, 34817617 - 34817815
Alignment:
Q  35 aactgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaag--tggaagt 132  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||    || ||||||||||||| ||   ||||||||| |||||| |||| |||||||||||   |||||||    
T  34817617 aactgttggaacatatgtgaaaattgagtaatt--gattaaacacaaattcccacaatggatagaactagtgtagtgtaaattgaaaaaaaaatggaagt 34817714  T
Q  133 cccacatcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctcta------agaggtacatagttatgtgaac-aaagtaagcactaga 225  Q
     | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||      || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||    
T  34817715 tctacatcggatggatcacacattagtagtgtttatatattgggagtgtacctctaattaacaggggtacataattatgtgatcgaaagtaagcactaga 34817814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 38 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 21959594 - 21959473
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21959594 tgttggaacatatgttgaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaattaatgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtctcac 21959497  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtag 161  Q
    |||  ||||| |||||||||||||    
T  21959496 atcaaatggatcacacattagtag 21959473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 43748010 - 43747939
Alignment:
Q  66 aaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaa-aaaagtggaagtccca 136  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  43748010 aaaagactaaacacaaattctcatattagataaaactagtgctatgtgaattgaaaaaaaatggaagtccca 43747939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 114 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 14036572 - 14036509
Alignment:
Q  114 aattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtttatataatgggg 177  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||| | || ||||||||||||| |||||    
T  14036572 aattgaaaaaagtggaagtctcacattgaatggatcacatactattagtgtttatatagtgggg 14036509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 125 - 189
Target Start/End: Original strand, 18944978 - 18945044
Alignment:
Q  125 gtggaagtcccacatcggatggaacac--acattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa 189  Q
    ||||||| | |||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  18944978 gtggaagcctcacatccgatggaacacacacattagtagtgtttatataattggggtatacctctaa 18945044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 146; Significance: 6e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 36 - 226
Target Start/End: Original strand, 8762 - 8954
Alignment:
Q  36 actgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccc 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8762 actgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaaagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaaatccc 8861  T
Q  136 acatcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8862 acatcggatggaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcactagag 8954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 562677 - 562494
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  562677 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaaagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaa-gtggaagtcccac 562579  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  562578 atcggatggaacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcact 562494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 557907 - 557722
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  557907 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaaagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattga-aaaagtggaagtcccac 557809  T
Q  138 atcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  557808 atcggatggaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcact 557722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Original strand, 12044014 - 12044204
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  12044014 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaaagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtgaaagtccctc 12044113  T
Q  138 atcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12044114 atcggatggaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtatctttaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcactagag 12044204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 41997854 - 41997664
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41997854 tgttggaacatgtgtgaaaattgagttaaaaagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 41997755  T
Q  138 atcggatggaaca--cacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  41997754 atcggatggaacacacacattagtagtgtttatatattgggggtgtacttctaggaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcattagag 41997664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Original strand, 32460427 - 32460617
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32460427 tgttggaacatgtgttgaaattgagttaaaaagactaatcacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtaccac 32460526  T
Q  138 atcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  32460527 atcggatggaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaatgaagtaagtactagag 32460617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Original strand, 36941147 - 36941332
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  36941147 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaacagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttctgtgaattgaaaaa-gtggaagtcccac 36941245  T
Q  138 atcggatggaacac--acattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36941246 atcggatggaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcact 36941332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 42002645 - 42002455
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42002645 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaaagactaaacacaaattcatatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 42002546  T
Q  138 atcggatggaaca--cacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  42002545 atcggatggaacacacacattagtagtgtttatatattgagggtgtacttctaggaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcattagag 42002455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 37 - 222
Target Start/End: Original strand, 36936392 - 36936578
Alignment:
Q  37 ctgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccca 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||    
T  36936392 ctgttggaacatgtgtggaaattgagttaaacagactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattg-aaacagtggaagtctca 36936490  T
Q  137 catcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36936491 catcgaatggaacacacacattagtagtgtttatatagtaggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacgaagtaagcact 36936578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 3667083 - 3666896
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||  ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  3667083 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaa-gactaaacacaaattttcatgttgtgtagaaatagtgttgtgtaaattgaaaaaggtggaagtcccac 3666985  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctcta--agaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||  || |||||||| |||||||||| | |||||||||||||    
T  3666984 atcggatggaacaagcattagtagtgtt--tatagtgggggtgtacctctaataggggtacataattatgtgaacgatgtaagcactagag 3666896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Original strand, 21322921 - 21323113
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21322921 tgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 21323018  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||      | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  21323019 atcggatggatcacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaattaatgggggtacataattatgtgaacgaagtaagcactagag 21323113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 37 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 31732761 - 31732612
Alignment:
Q  37 ctgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccca 136  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  31732761 ctgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatggatagaactagtgtagtgtgaattgaaaaaaatggaagtccca 31732664  T
Q  137 catcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa 189  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  31732663 catc-gatggatcacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaa 31732612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 75 - 226
Target Start/End: Original strand, 13300405 - 13300562
Alignment:
Q  75 aacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtttatataatg 174  Q
    ||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  13300405 aacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcagatggatcacacattagtagtgtttatatagtg 13300504  T
Q  175 gggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    ||| |||||||||||      | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  13300505 ggggtgtacctctaattaatgggggtacataattatgtgaacgaagtaagcactagag 13300562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 38 - 189
Target Start/End: Original strand, 23976319 - 23976469
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |      
T  23976319 tgttggaacaaatgtggaatttgagtaaaaaatactaaacgcaaattcttat-ttgggtagaatcagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaaatctcgt 23976417  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa 189  Q
    |  ||||||| |||||||||||| |||||||||| || || |||||||||||    
T  23976418 actggatggatcacacattagtaatgtttatatagtgagggtgtacctctaa 23976469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 38 - 185
Target Start/End: Original strand, 24435064 - 24435207
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||  |||||| |||    
T  24435064 tgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaaag--gaagtctcac 24435159  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacct 185  Q
     ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24435160 ttcgaatggatcacacattagtagtgtttatataatggggttgtacct 24435207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 38 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 36949897 - 36949790
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||  ||  ||||||||||||||||||  | |   ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36949897 tgttgaaacatgtgtgaaaattgagtaattaa--ctaaacacaaattctcataataggcggaactagtgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 36949800  T
Q  138 atcggatgga 147  Q
    ||||||||||    
T  36949799 atcggatgga 36949790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 70 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 2452136 - 2451970
Alignment:
Q  70 gactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaa-gtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtt--- 165  Q
    |||||||||||||||| |||   || |||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||       
T  2452136 gactaaacacaaattcccataacgggtagaattaatgtagtatgaattgaaaaaaagtggaagtctcatatcggatggatcacacattagtagtgtttat 2452037  T
Q  166 ----tatataatggggatgtacctcta--agaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
        |||||||||  | | ||||||||  || |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  2452036 actttatataatgaaggtatacctctaataggggtacataattatgtgaacgaagtaagcactagag 2451970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 35 - 171
Target Start/End: Original strand, 14232581 - 14232719
Alignment:
Q  35 aactgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaag-tggaagtc 133  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||  |||| ||| | |||| ||||||||||||||||||  || |||||    
T  14232581 aactattggaacaaatgtggaaattgagttaaaaa-actaaacacaaatttccacattgggtagcactagtattgtgtgaattgaaaaaaaatgaaagtc 14232679  T
Q  134 ccacatcggatggaacaca--cattagtagtgtttatata 171  Q
    ||| || | || || ||||  |||||||||||||||||||    
T  14232680 ccatattgaatagatcacatacattagtagtgtttatata 14232719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 66 - 138
Target Start/End: Original strand, 23347819 - 23347891
Alignment:
Q  66 aaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccaca 138  Q
    |||||||||||||||||||   || ||||||| |  | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23347819 aaaagactaaacacaaatttatatattggataaagcttgtgtagtgtgaattgaaaaaagtagaagtcccaca 23347891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 171
Target Start/End: Original strand, 32287283 - 32287390
Alignment:
Q  67 aaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattg-aaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacac--acattagtagtg 163  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||  ||||| ||||||  ||||||||| |||||||| |||||| | ||| |||| || |||  ||||||||||||    
T  32287283 aaagactaaacacaaagtctcatgttgagtagaactagtgtgatgtgaattgaaaaaaagtagaagtctcgcattggattgatcacgtacattagtagtg 32287382  T
Q  164 tttatata 171  Q
    ||| ||||    
T  32287383 tttttata 32287390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 161
Target Start/End: Original strand, 34030924 - 34030993
Alignment:
Q  92 tggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtag 161  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||   || ||||||||||||||||    
T  34030924 tggatataactagtgttgtgtgaattgaaaaaaacgaaagtctcacattaaatagaacacacattagtag 34030993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 141; Significance: 6e-74; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Original strand, 10159601 - 10159789
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10159601 tgttggaacatctgtggaaattgagttaaaaagactaaacacaaattcccatgttaggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 10159700  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  10159701 atcggatggaacacatattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtggacgaagtaagcactagag 10159789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30659368 - 30659166
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagt----- 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||         
T  30659368 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaaagactaaacaaaaactcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagttcaaa 30659269  T
Q  133 ----------cccacatcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
              |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  30659268 aagtggaagtcccacatcggatggaaca-acattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaagaggtacatagttatttgaacgaagtaagcact 30659170  T
Q  223 agag 226  Q
    ||||    
T  30659169 agag 30659166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 37 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 35602805 - 35602637
Alignment:
Q  37 ctgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccca 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||      ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35602805 ctgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaaagactaaacacaaattctcatgttgggcag------tgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtctca 35602712  T
Q  137 catcggatggaaca--cacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaa 209  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| || |||||| |||||||||    
T  35602711 catcggatggaacacacacattagtagtgtttatatattggaggtgtacctctaaaagatacataattatgtgaa 35602637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 38 - 223
Target Start/End: Original strand, 6296796 - 6296985
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6296796 tgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagacccac 6296893  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcacta 223  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||      | | |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6296894 atcggatggatcacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaattaatggggttacataattatgtgaacaaagtaagcacta 6296985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 70 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 28856266 - 28856147
Alignment:
Q  70 gactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtttata 169  Q
    ||||||||| |||||| ||   ||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  28856266 gactaaacataaattcacacaatgggtagaactaatgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcagatggatcacacattagtagtgtttata 28856167  T
Q  170 taatggggatgtacctctaa 189  Q
    |  |||||||||||||||||    
T  28856166 tggtggggatgtacctctaa 28856147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 102 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 30637293 - 30637203
Alignment:
Q  102 tagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaag 190  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   ||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  30637293 tagtgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccgcatcggacggatcccacactttattagtgtttatatagtgggggtgtacctctaag 30637203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 102 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 30635913 - 30635789
Alignment:
Q  102 tagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa-gaggtacat 198  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||| ||| ||||||||  ||| | ||| ||||||||||| ||||| |||    
T  30635913 tagtgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggacggatcccacactttattagtgtttgaatagtaggggtgtacctctaaggaggtgcat 30635814  T
Q  199 agttatgtgaacaaagtaagcacta 223  Q
    | ||| |||||| ||||| ||||||    
T  30635813 aattaagtgaaccaagtatgcacta 30635789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30630055 - 30629863
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| |||| || || ||| |||||| ||| |||  | |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  30630055 tgttggaacatgtgtggaaagtaagttaaaa-gattagacaaaaattcgcattttgcgtggaattagtgtagtgtgaattgaaaaaaatggaagtcttac 30629957  T
Q  138 atcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatgggg-atgtacctctaagagg--tacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    || |||| ||  || || ||||||||| |||||||| |||||  | ||||| |||||||  |||||| |||||||||| |||||| || |||||    
T  30629956 attggatagatcacccatattagtagtttttatatagtggggtgtatacctgtaagagggatacataattatgtgaacgaagtaaacattagag 30629863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 22845518 - 22845430
Alignment:
Q  102 tagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaac--acacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa 189  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  22845518 tagtgtagtgtgaattgaaaaa-gtggaagtcccgcatcggatggatctcacacatcagtagtgtttatatggtgggggtgtacctctaa 22845430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 119 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 26674368 - 26674315
Alignment:
Q  119 aaaaaagtggaagtcccacatcggat-ggaacacacattagtagtgtttatata 171  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  26674368 aaaaaagtggaagtcccacattggatagaaacacacattagtattgtttatata 26674315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 152 - 223
Target Start/End: Original strand, 19588682 - 19588753
Alignment:
Q  152 acattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcacta 223  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  | |||||| ||| |||||  || |||||||||    
T  19588682 acattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaaatgatacataattacgtgaatgaattaagcacta 19588753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 3095300 - 3095115
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||  ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3095300 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaacaaactaaacacaaatttccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaa-gtggaagtcccac 3095202  T
Q  138 atcggatggaacacaca--ttagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3095201 atcggatgaaacacacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctttaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 3095115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 96 - 226
Target Start/End: Original strand, 40232328 - 40232465
Alignment:
Q  96 tagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacaca-ttagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa----- 189  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||         
T  40232328 tagaactaatgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggatcacacatttagtagtgtttatatagtgggggtgtacctgtaattaat 40232427  T
Q  190 -gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
     | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  40232428 gggggtacataattatgtgaacgaagtaagcactagag 40232465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 38 - 136
Target Start/End: Original strand, 14204447 - 14204546
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagacta--aacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccc 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  |||||||||||| || |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14204447 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaa-gtctataaacacaaattcttatgttgggtggaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccc 14204545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 109 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 33055922 - 33055846
Alignment:
Q  109 gtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacct 185  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  33055922 gtgtgaattgaaaaaaatggaagtcccacatcggatggatcacacattagtagtgtttatatagtggaggtgtacct 33055846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 35 - 189
Target Start/End: Original strand, 41096832 - 41096982
Alignment:
Q  35 aactgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcc 134  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||    |||||||||||||||  ||   ||| ||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  41096832 aactgttggaacatatgtagaaattgagtaatt--gactaaacacaaatttccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattaaaaaaa-tggaagtcc 41096928  T
Q  135 cacatcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa 189  Q
    ||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  41096929 cacatcc-atggatcacacattattagtgtttatatagtgggggtgtacctctaa 41096982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 41 - 171
Target Start/End: Original strand, 27307360 - 27307489
Alignment:
Q  41 tggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatc 140  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||| ||  |||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||| | ||     
T  27307360 tggaacatgtgtggatattgaggtaaaa-gactaaacacaaattcccacattggatagacctagt--tgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcctatatt 27307456  T
Q  141 ggatgg--aacacacattagtagtgtttatata 171  Q
    ||||||  ||| || |||||||| |||||||||    
T  27307457 ggatggataacccatattagtagagtttatata 27307489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 221
Target Start/End: Original strand, 8273126 - 8273224
Alignment:
Q  127 ggaagtcccacatcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa--gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcac 221  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||| |  || ||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  8273126 ggaagtcccacatcggatggagcacacacattagtagtgcttatatagtgggtttgtacctctgatggacgtacataattatgtgaacgaagtaagcac 8273224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 160
Target Start/End: Original strand, 17213032 - 17213151
Alignment:
Q  41 tggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatc 140  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||| || || |||||||||   ||||| | |||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  17213032 tggaacatgtgtgaaaattgagttaaaa-gattagacacaaatttctatcttaggtagaacaagtgttgtgtgaattgaaaaaagttgaagttccacatc 17213130  T
Q  141 ggatggaa-cacacattagta 160  Q
    ||| |||| || |||||||||    
T  17213131 ggagggaatcaaacattagta 17213151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 199
Target Start/End: Original strand, 23254091 - 23254253
Alignment:
Q  40 ttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatc-ttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccaca 138  Q
    |||||||| |||| |||||| ||| |||| || |||||||||||| || || ||||||| || |||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  23254091 ttggaacacgtgtcgaaatttagttaaaa-gagtaaacacaaatt-tcttcattggataaaactagtcttgtgtgaattgaaaagagtggaagtcccaaa 23254188  T
Q  139 tcggatgga--acacacattag--tagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacata 199  Q
    | |||| ||  |||||||||||  || |||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||||    
T  23254189 ttggatagatcacacacattagtataatgtttatatagtgggtgtgtacttctaaggggtacata 23254253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 111 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 13894390 - 13894268
Alignment:
Q  111 gtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaac--acacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagtt 202  Q
    ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||| | |||  ||| ||||||      | |||||||| ||    
T  13894390 gtgaaatgaaaaaagtgaaagttccacatcggatggatcctacacattaatagtgtttatatagtaggggcgtatctctaattaatcggggtacataatt 13894291  T
Q  203 atgtgaacaaagtaagcactaga 225  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  13894290 atgtgaacgaagtaagcactaga 13894268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 85
Target Start/End: Original strand, 8273058 - 8273105
Alignment:
Q  37 ctgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattc 85  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||    
T  8273058 ctgttgaaacatgtgtggaaattgagttaaaaa-aataaacacaaattc 8273105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 26)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Original strand, 9649844 - 9650033
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9649844 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaa-gactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagttccac 9649942  T
Q  138 atcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |   | ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  9649943 atcggatgaaatacacacattagtagtgtttatatagtccaggtgtacatctaagaggtacatagttatgtgaatgaagtaagcactagag 9650033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 37 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 23866936 - 23866754
Alignment:
Q  37 ctgttggaacat--gtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaa-gtggaagtc 133  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23866936 ctgttggaacatatgtgtgaaaattgagttaaaa-gactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaaagtggaagtc 23866838  T
Q  134 ccacatcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagc 219  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  23866837 ccacattggatggaacaca--ttagtagtgtttatataatgggggtgtacctctaagaggtacatagttatgtgaatgaagtaagc 23866754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 37 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 47102743 - 47102555
Alignment:
Q  37 ctgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccca 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||     ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47102743 ctgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaaagactaaacacaaattcccatgttgggtag-----gtgttgtgtaaattgaaaaaagtggaagtccca 47102649  T
Q  137 catcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctcta--agaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
     | ||||||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||  || |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||    
T  47102648 tagcggatggaacacacacatcagtagtgtttatatattgggggtgtacctctaataggggtacataattatgtgaacgaagtaagcacaagag 47102555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 27257429 - 27257237
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27257429 tgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 27257332  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||      | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  27257331 atcagatggatcacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtatctctaattaatgggggtacataattatgtgaacgaagtaagcactagag 27257237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 38 - 223
Target Start/End: Original strand, 13343311 - 13343498
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||| |||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  13343311 tgttggaacatgtgtggaaattgaattaaaa-gacaaaacacaaattttcacgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggatgtcccgc 13343409  T
Q  138 atcggatggaacaca--cattagtagtgtttatataatggggatgtacctct-aagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcacta 223  Q
    |||||||||||||||  ||||| || |||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||| | || || |||||| | |||||||||||    
T  13343410 atcggatggaacacacgcattaatattgtttatataattggggtgtacatctaaagaggtgcgtaattttgtgaatatagtaagcacta 13343498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 38 - 225
Target Start/End: Original strand, 40864281 - 40864474
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaag--tggaagtccc 135  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||   ||||||||||    
T  40864281 tgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaaaaaatggaagtccc 40864378  T
Q  136 acatcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactaga 225  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||      | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  40864379 agatcggatggatcacacattagtagtgtttatatagtggaggtgtacctctaattaatgggggtacataattatgtgaacgaagtaagcactaga 40864474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 38 - 192
Target Start/End: Original strand, 10499011 - 10499164
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttg-gatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccca 136  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||| ||| | |  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10499011 tgttggaacatgtgtggaaattgaattaaaa-gactaaacataaatt-tcaacgtaaggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccg 10499108  T
Q  137 catcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagag 192  Q
     || |||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  10499109 aattggatggaacacacattagtattgtttatataattagggtgtacctctaagag 10499164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 38 - 192
Target Start/End: Original strand, 10504040 - 10504193
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttg-gatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccca 136  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||| ||| | |  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10504040 tgttggaacatgtgtggaaattgaattaaaa-gactaaacataaatt-tcaacgtaaggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccg 10504137  T
Q  137 catcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagag 192  Q
     || |||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  10504138 aattggatggaacacacattagtattgtttatataattagggtgtacctctaagag 10504193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 66 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 19641477 - 19641312
Alignment:
Q  66 aaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattg---aaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagt 162  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||||   |||||||||||| || ||||||| ||| | |||| |||||||||    
T  19641477 aaaagagtaaacacaaattcccatgttgggtagaattagtgctgtgtgaattggaaaaaaaagtggaaatctcacatcgaatgaatcacatattagtagt 19641378  T
Q  163 gtttatataatggggatgtacctctaaga--ggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||||||  |||| ||| ||||||| |  |||  ||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  19641377 gtttatatagcgggggtgtgcctctaataagggtgtataattatgtgaacgaagtaagtactagag 19641312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 8077223 - 8077020
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagt---aaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcc 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||  || |||| | |||  |||  |||||||||||||||| | | ||||      
T  8077223 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaaaaaagactaaagacaaattcctatgttgggtggaaccagttctgtgtgaattgaaaaaggcgaaagttt 8077124  T
Q  135 cacatcggatgga-----------acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaaga-ggtacatagttatgtgaacaaagtaagcact 222  Q
    |||||||||||||           ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  8077123 cacatcggatggaacacacacattacacacattagtagtatttatatattgggggtgtacctctaatagggtacataattatgtgaacaaagtaaacatt 8077024  T
Q  223 agag 226  Q
    ||||    
T  8077023 agag 8077020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 40 - 223
Target Start/End: Original strand, 13346249 - 13346431
Alignment:
Q  40 ttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacat 139  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||| ||||| |||  || | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||| | |    
T  13346249 ttggaacatgtgtggaaattgaattaaaa-gacaaaacataaattttcacgtttggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaaatggatatcccgcgt 13346347  T
Q  140 cggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctct-aagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcacta 223  Q
     |||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||| || || ||||||   |||||||||||    
T  13346348 tggatggaacacacaatagtattg-ttatataattggggtgtacatctaaagaggtacgtaattttgtgaatggagtaagcacta 13346431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 96 - 165
Target Start/End: Original strand, 18330330 - 18330401
Alignment:
Q  96 tagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccaca--tcggatggaacacacattagtagtgtt 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||    
T  18330330 tagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacacgtaggatagaacacacattagtagtgtt 18330401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 173
Target Start/End: Original strand, 11017047 - 11017103
Alignment:
Q  119 aaaaaagtggaagtcccacatcggatgga--acacacattagtagtgtttatataat 173  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  11017047 aaaaaaatggaagtcccacatcggatggatcacacacattagtagtgtttatataat 11017103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 1044458 - 1044347
Alignment:
Q  44 aacatgtgtggaaattgagtaa-aaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcgg 142  Q
    |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||  |||||  |||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||    
T  1044458 aacatgtgtggaaattgagagttaaaagactaaacacaatgtctcacattgtctagaactagtgtggtgtgaattgaaaaaagtgaaagtcctacattgg 1044359  T
Q  143 atggaacacaca 154  Q
    || || ||||||    
T  1044358 atagatcacaca 1044347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 165
Target Start/End: Original strand, 18324415 - 18324484
Alignment:
Q  96 tagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtt 165  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| || |||| |||| |||||||||||||||    
T  18324415 tagaactagtgttgtgtaaattgaaaaaaatagaagtcccatataggatagaactcacattagtagtgtt 18324484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 139
Target Start/End: Original strand, 40997727 - 40997827
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||| ||||||||  |  |||| || || |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  40997727 tgttggaacaagtgtagaaattgagttaaaa-gactaaatacaaattcctacattgggtaaaactagtgtagtgtgaatcgaaaaaagtggaaatcccac 40997825  T
Q  138 at 139  Q
    ||    
T  40997826 at 40997827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 38 - 125
Target Start/End: Original strand, 40863960 - 40864045
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaag 125  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  40863960 tgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaaag 40864045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 164 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 1044304 - 1044241
Alignment:
Q  164 tttatataatggggatgtacctctaagagg-tacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||||||    
T  1044304 tttatataatgggggtgtagctctaagagggtacgtaattatgtgaacgaagtaagcactagag 1044241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 179 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 9009202 - 9009155
Alignment:
Q  179 tgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9009202 tgtacctctaaggggtgcataattatgtgaacaaagtaagcactagag 9009155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 189
Target Start/End: Original strand, 10531774 - 10531897
Alignment:
Q  66 aaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacac--acattagtagtg 163  Q
    ||||||||||||||||||| |||  | || ||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||| ||  | |||||||||||||  ||||||||| ||    
T  10531774 aaaagactaaacacaaattttcacgtagggtagaactagttttgtgcgaattgaaaaaa-tggaag-cctgcgtcggatggaacacatacattagtattg 10531871  T
Q  164 tttatataatggggatgtacctctaa 189  Q
    ||||||| || ||| |||| ||||||    
T  10531872 tttatattattggggtgtaactctaa 10531897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 171
Target Start/End: Original strand, 11040267 - 11040336
Alignment:
Q  104 gtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacac--attagtagtgtttatata 171  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||  ||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  11040267 gtgttgtgtgaattgaaaaaagtgaaagtctcatattagatggaacacacatattaatagtgtttatata 11040336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 144
Target Start/End: Original strand, 43457097 - 43457202
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||| ||| ||||| ||| |||| || ||||||||||||| ||| || |  ||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||| |||    
T  43457097 tgttggaacatgcgtgaaaattaagttaaaa-gaataaacacaaattcacatattaggcagaattaatgtaatgtgaaatgaaaaaagtggaagtctcac 43457195  T
Q  138 atcggat 144  Q
    || ||||    
T  43457196 attggat 43457202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 144
Target Start/End: Original strand, 47551806 - 47551854
Alignment:
Q  96 tagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggat 144  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  47551806 tagaatttgtgttgtgtcaattgaaaaaagtggaagttccgcatcggat 47551854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 94 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 11060309 - 11060271
Alignment:
Q  94 gatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagt 132  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11060309 gatagaactagtgttgtgtgaattgaaaatagtggaagt 11060271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 11074168 - 11074099
Alignment:
Q  102 tagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtttatata 171  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | ||| || |||| ||||||| |||| | || ||||||||    
T  11074168 tagtgttgtgtgaattgaaaaaagtgaaaattccatattggatagaacacatattaattgtatttatata 11074099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 65
Target Start/End: Original strand, 11016793 - 11016821
Alignment:
Q  37 ctgttggaacatgtgtggaaattgagtaa 65  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11016793 ctgttggaacatgtgtggaaattgagtaa 11016821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Original strand, 13520869 - 13521058
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13520869 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaa-gactaaacacaaattcccatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagttccac 13520967  T
Q  138 atcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |   | ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  13520968 atcggatgaaatacacacattagtagtgtttatatagtccaggtgtacatctaagaggtacatagttatgtgaatgaagtaagcactagag 13521058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Original strand, 3992653 - 3992845
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3992653 tgttggaacatatgcggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtggtgtgaattgaaaaaggtggaagtcccac 3992750  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||      | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  3992751 atcggatggatcacacattagtagtgtttatatagtgggggtgtacctctaattaatgggggtacataattatgtgaacgaagtaagcactagag 3992845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 39 - 220
Target Start/End: Original strand, 31297409 - 31297593
Alignment:
Q  39 gttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccaca 138  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||    
T  31297409 gttggaacatgcgtggaaattgagtaaaaaaggctaaacacaaattctcatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattg-aaaaagtggaagttctaca 31297507  T
Q  139 tcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa--gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagca 220  Q
    |||||||||  ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||| |||  | |||||||  ||| |||||| |||||||||    
T  31297508 tcggatggaacacacacatttgtaatgtttatatagtgggggtgtacctttaatgggggtacattcttaagtgaacgaagtaagca 31297593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 34561617 - 34561425
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    ||||||||||||||||  ||  ||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34561617 tgttggaacatttgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcctataatgggtagaattagtatagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 34561520  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
     ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||      | |||||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  34561519 gtcggatggatcacacattagtagtatttatatagtgggggtgtacctctaattaatgggggtacataattatgtgaatgaagtaagcactagag 34561425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 96 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 41817939 - 41817807
Alignment:
Q  96 tagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctcta--agagg 193  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| |||| |||||  || ||    
T  41817939 tagaattaatgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagttccacatcggatggatcacatattagtagtgtttatatagtgggggtgtatctctaatagggg 41817840  T
Q  194 tacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  41817839 tacataattatgtgaacgaagtaagcactagag 41817807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 38 - 176
Target Start/End: Original strand, 7899838 - 7899973
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7899838 tgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtggtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 7899935  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggg 176  Q
    |||  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7899936 atc-aatggatcacacattagtagtgtttatatagtggg 7899973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 39320768 - 39320586
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||       ||||||||||||||||||| | ||    
T  39320768 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaa-gattaaatacaaattcgcatgttgggtagaactagtg-------aattgaaaaaagtggaagttctac 39320677  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaaga--ggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    || |||| || |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| |  || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||    
T  39320676 attggatagatcacacattagtaatgtttatatagtgggggtgtacctctaatatgggcacataattatgtgaacgaagtaaacactagag 39320586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 38 - 186
Target Start/End: Original strand, 26187705 - 26187852
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||  | ||  ||||||||||||||  ||||||||||| ||| || ||||||    
T  26187705 tgttgaaacatgtgtggaaattgagttaaaa-gactttacacaaattctcacgtagggaagaattagtgttgtcagaattgaaaaatgtgaaattcccac 26187803  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctc 186  Q
    ||  |||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  26187804 atgagatggatcacacactagtagtatttatatagtggggttgtacctc 26187852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 44 - 167
Target Start/End: Original strand, 15799036 - 15799151
Alignment:
Q  44 aacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcgga 143  Q
    |||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||| |||    | ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||  ||    
T  15799036 aacatgtgtggaaattgagttaa---gactaaacacaaattcccat----ggtagaactagtgttgtgtgattt-aaaaaagtggaagttccatataaga 15799127  T
Q  144 tggaacacacattagtagtgttta 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  15799128 tggaacacacattagtagtgttta 15799151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 38 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 55074525 - 55074432
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtc 133  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||| |||  ||||||||||||||| | || || | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  55074525 tgttggaacatgcgtaaaaattgagttaaa--gactaaacacaaatttttatatttggtagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtgaaagtc 55074432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 132
Target Start/End: Original strand, 1150246 - 1150340
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagt 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||    ||||| |||||||||  |||||  || |||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  1150246 tgttggaacatgtgtggaaattgagagtgaaagattaaacacaatgtctcacattagatagaattagtgttgtgtgaataaaaaaaaatggaagt 1150340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 68 - 134
Target Start/End: Original strand, 36209149 - 36209215
Alignment:
Q  68 aagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcc 134  Q
    ||||||||||||||| || ||  | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36209149 aagactaaacacaaagtcccacataggatataactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcc 36209215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 105 - 167
Target Start/End: Original strand, 5925833 - 5925894
Alignment:
Q  105 tgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgttta 167  Q
    |||||||||||||||||||| |||  |||||||||   || ||||||||||||||||||||||    
T  5925833 tgttgtgtgaattgaaaaaa-tgggggtcccacataaaatagaacacacattagtagtgttta 5925894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 91 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 15541648 - 15541600
Alignment:
Q  91 ttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacat 139  Q
    |||| ||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  15541648 ttggttagaactagtgtagtgcgaattgaagaaagtggaagtcccacat 15541600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 89; Significance: 6e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Original strand, 34605 - 34797
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34605 tgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 34702  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||      | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  34703 atcgtatggatcacacattaatagtgtttatatagtgggggtgtacctctaattaatgggggtacataattatgtgaacgaagtaagcactagag 34797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0060 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 2)
Name: scaffold0060
Description:

Target: scaffold0060; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Original strand, 51796 - 51988
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  51796 tgttggaacatatgtgaaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaattagtgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcacac 51893  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||      | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  51894 gtcggatggatcacacattagtagtgtttatatagtaggggtgtacctctaattaatgggggtacataattatgtgaacgaagtaagcactagag 51988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0060; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 38 - 226
Target Start/End: Original strand, 46857 - 47045
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||    ||||||||||||||| |||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46857 tgttggaacatatgtggagattgagtaatt--gactaaacacaaattttcacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 46954  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa-----ga-ggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    ||||||||||    |||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||     || |||||||| |||||||||| | |||||||||||||    
T  46955 atcggatgga----acattagtagtgtttatatagtaggggtgtccctctaattaatgagggtacataattatgtgaacgatgtaagcactagag 47045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0628 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 2)
Name: scaffold0628
Description:

Target: scaffold0628; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 38 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 7645 - 7457
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||||| | || | ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7645 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaagt-aggaaacacaaattctcttgtttggtagaactagtattgtgtgaatttaaaaaagtggaagtcccac 7547  T
Q  138 atcggatggaaca--cacattagtagtgtttatataatggggatgtacctcta--agaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcacta 223  Q
    |||||||||||||  |||| ||| |||||||||||  ||||| ||||||||||  || |||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  7546 atcggatggaacacacacaatagaagtgtttatatcgtggggttgtacctctaacaggggtacataattatgtgaacgaagtaagcacta 7457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0628; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 38 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 5877 - 5747
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  5877 tgttggaacatgtgtggaaattgagttaaaat-actaaacacaaattctcatatttggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaaatgaaagtcccac 5779  T
Q  138 atcggatggaacacaca--ttagtagtgttta 167  Q
    |||  ||||||||||||  |||||||||||||    
T  5778 atcaaatggaacacacactttagtagtgttta 5747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 38 - 223
Target Start/End: Original strand, 2759139 - 2759327
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||||||| ||   || ||||||| || |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  2759139 tgttggaacatgcgtgaaaattgagttaaaa-gattaaacacaattttctatgttggataaaactagtgtagtgtgaattgaaaaatgtgaaagtcccac 2759237  T
Q  138 atcggatggaac--acacattagtagtgtttatataatggggatgtacctcta--agaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcacta 223  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  2759238 atcgaatggaacatacacattagtagtatttatataatgggggtgcacctctaatagaggtacataattatgtgaacgaagtaagcacta 2759327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 38 - 224
Target Start/End: Original strand, 2862426 - 2862611
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaatt-gaaaaaagtggaagtccca 136  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||  || | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  2862426 tgttggaacatgtgtaaaaattgagttaaaaa-actagacacaaattctcacatttggtagaattagtgttgtgtgaattaaaaaaaagtggaagtccta 2862524  T
Q  137 catcggatggaacacacat--tagtagtgtttatataatggggatgtacctct-aagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactag 224  Q
    ||||||||||  |||||||  ||||||    |||||| | ||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2862525 catcggatggtgcacacataatagtag----tatatagtaggggtgtacctctaaaggggtacataattatgtgaacaaagtaagcactag 2862611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 38 - 224
Target Start/End: Original strand, 2881729 - 2881914
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaatt-gaaaaaagtggaagtccca 136  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||  || | ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  2881729 tgttggaacatgtgtaaaaattgagttaaaaa-actagacacaaattctcacatttggtagaactagtgttgtgtgaattaaaaaaaagtggaagtccta 2881827  T
Q  137 catcggatggaacacacat--tagtagtgtttatataatggggatgtacctct-aagaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactag 224  Q
    ||||||||||  |||||||  ||||||    |||||| | ||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2881828 catcggatggtgcacacataatagtag----tatatagtaggggtgtacctctaaaggggtacataattatgtgaacaaagtaagcactag 2881914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 107 - 223
Target Start/End: Original strand, 28963822 - 28963942
Alignment:
Q  107 ttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaac--acacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaaga---ggtacatagt 201  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||   |||||||| |    
T  28963822 ttgtgtgaatt-aaaaaagtggaagtcccacattggatgcaactcacacattagtagtgtttatatatcgggggtgtacctctaagagggggtacataat 28963920  T
Q  202 tatgtgaacaaagtaagcacta 223  Q
    || | |||| ||||||||||||    
T  28963921 taagagaacgaagtaagcacta 28963942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 36 - 190
Target Start/End: Original strand, 29157065 - 29157222
Alignment:
Q  36 actgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccc 135  Q
    ||||||||||||||  | |||||| ||| |||| |||| ||||||||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||     
T  29157065 actgttggaacatgcatagaaattaagttaaaa-gactgaacacaaattcccatattgggtagaataagt-ttgtgtgaattgaaaaaaatggaagtcct 29157162  T
Q  136 acatcggatgga--acacacattag--tagtgtttatataatgg-ggatgtacctctaag 190  Q
    |||| |||||||  | |||||||||  ||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  29157163 acattggatggattagacacattagtatagtgtttatatagtggagggtgtacctctaag 29157222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 38 - 225
Target Start/End: Original strand, 6111615 - 6111807
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaag-tggaagtccca 136  Q
    |||| ||||||  |||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  6111615 tgtttgaacatacgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaaaaatggaaatccca 6111712  T
Q  137 catcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactaga 225  Q
    ||||||||| |  |||||||||||||||||||||| | ||| | ||||| |||      | |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||    
T  6111713 catcggatgaattacacattagtagtgtttatatagtcggggtttacctataattaatgggggtacataattaagtgaacgaagtaagcactaga 6111807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 85
Target Start/End: Original strand, 24588522 - 24588568
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattc 85  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24588522 tgttggaacatgtgtggaaattgagt-aaaaagactaaacacaaattc 24588568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 131 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 15645791 - 15645696
Alignment:
Q  131 gtcccacatcggatgga--acacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaagagg-tacatagttatgtgaacaaagtaagcacta 223  Q
    |||| ||||||||||||  |||||||||||| || |||||||| || || || ||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  15645791 gtcctacatcggatggattacacacattagtggtatttatatagtgagggtgcacctctaagcggctacataattatgtgaacgaagtaagcacta 15645696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 38 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 15509493 - 15509400
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaatt-ctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagt 132  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||| | |||  ||||| |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  15509493 tgttggaacatatgtgaaaattaagttaaaa-gactaaacacaaatttctc-tgttgagtagaactagtattatgtgaattgaaaaaagtggaagt 15509400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 38 - 85
Target Start/End: Original strand, 28963740 - 28963786
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattc 85  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  28963740 tgttggaacatgtgtggaaattgagt-taaaagaccaaacacaaattc 28963786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 74; Significance: 6e-34; HSPs: 2)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 38 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 59617 - 59429
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  59617 tgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaa-gtggaaatcccac 59521  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcacta 223  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||      | |||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  59520 atcggatggatcacacattagtaatgtttatatagtgggggtgtacctctaattaatgggggtacataattatgtgaatgaagtaagcacta 59429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 38 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 63819 - 63631
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  63819 tgttggaacatatgtggaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaactagtgtagtgtgaattgaaaaa-gtggaaatcccac 63723  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcacta 223  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||      | |||||||| |||||||||  ||||||||||||    
T  63722 atcggatggatcacacattagtaatgtttatatagtgggggtgtacctctaattaatgggggtacataattatgtgaatgaagtaagcacta 63631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 72; Significance: 9e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 37 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 84121 - 83971
Alignment:
Q  37 ctgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtccca 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||   || |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |    
T  84121 ctgttggaacatgtgtggaaattggattaaaaagactaaacacaaatttctatgttgggtagaactagtgttgtgtgaattgaaaagagtgaaagtccta 84022  T
Q  137 catcggatggaaca--cacattagtagtgtttatataatggggatgtacct 185  Q
    ||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| | |||||||    
T  84021 cattgaatggaacacacacattagtagtgtttatatagtggaggtgtacct 83971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 72; Significance: 9e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 47 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 257838 - 257663
Alignment:
Q  47 atgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatgg 146  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || |||  ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || |||     
T  257838 atgtgtggaaattgagttaaaa-gactaaacacaaattcttatgttgagtagaactaatgttgtgtgaattgaaaaaagtgaaagtctcaca-cgaatga 257741  T
Q  147 aacacacattagtagtgtttatataatggggatgtacctctaaga---ggtacatagttatgtgaacaaagtaagcac 221  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||   ||||   |||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  257740 aacacacattagtattgtttatatagtggggttgtaccatcaagagggggtacataattatatgaacaaagtaagcac 257663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0484 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0484
Description:

Target: scaffold0484; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 70 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 8094 - 7933
Alignment:
Q  70 gactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtttata 169  Q
    |||||||||||||||| |||  ||| ||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  8094 gactaaacacaaattcccataatgggtagaactagtgtagtgagaattgaaaaa-gtggaagtcccacatcggatggatcacacattagtggtatttata 7996  T
Q  170 taatggggatgtacctctaa------gaggtacatagttatgtgaacaaagtaagcactagag 226  Q
    || ||||||||||||| |||      | |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||    
T  7995 tagtggggatgtacctttaattactgggggtacataattatgtgaacgaagtaagcacaagag 7933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 97 - 168
Target Start/End: Original strand, 48899 - 48970
Alignment:
Q  97 agaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtttat 168  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48899 agaactagtgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggatcacacattagtagtgtttat 48970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 97 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 149735 - 149664
Alignment:
Q  97 agaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggaacacacattagtagtgtttat 168  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  149735 agaactagtgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccacatcggatggatcacacattagtagtgtttat 149664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 38 - 161
Target Start/End: Original strand, 213254 - 213375
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||    |||||||||||||||| ||   ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  213254 tgttggaacatatgttgaaattgagtaatt--gactaaacacaaattcccacaatgggtagaattaatgtagtgtgaattgaaaaaagtggaagtctcac 213351  T
Q  138 atcggatggaacacacattagtag 161  Q
    |||  ||||| |||||||||||||    
T  213352 atcaaatggatcacacattagtag 213375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0131 (Bit Score: 49; Significance: 5e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0131
Description:

Target: scaffold0131; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 38 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 8763 - 8624
Alignment:
Q  38 tgttggaacatgtgtggaaattgagtaaaaaagactaaacacaaattctcatcttggatagaattagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtcccac 137  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||   | || | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8763 tgttgaaacatgtgtggaaattgaattaaaat-actaaacacaaatttcaacctcgaatagaactagtgttgtgtgaattgaaaaaagtggaagtctcac 8665  T
Q  138 atcggatggaacacaca-ttagtagtgtttatataatgggg 177  Q
    || | ||  | ||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  8664 attgtataaatcacacacatagtaatgtttatataatgggg 8624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University