View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1549_low_2 (Length: 487)

Name: NF1549_low_2
Description: NF1549
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1549_low_2
NF1549_low_2
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (40-479)||(3020779-3021218)
chr7 (55-479)||(3010736-3011160)
chr7 (57-479)||(3039118-3039540)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (55-479)||(20057952-20058376)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 479
Target Start/End: Original strand, 3020779 - 3021218
Alignment:
Q  40 aatataacaatatgccttaccatgttcagcatcatctacatgatgcataaaggatgttaaagatgaaatttcattgctatcaacatttccaaacccaacc 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3020779 aatataacaatatgccttaccatgttcagcatcatctacatgatgcataaaggatgttaaagatgaaatttcattgctatcaacatttccaaacccaacc 3020878  T
Q  140 ttatcaacctttattctaaaagcaataagaaagttcatttgtttacttaactcctcagcttcatcaacaacttccttcaccatcttcctataaaatgcat 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3020879 ttatcaacctttattctaaaagcaataagaaagttcatttgtttacttaactcctcagcttcatcaacaacttccttcaccatcttcctataaaatgcat 3020978  T
Q  240 taaccttattaaactcaaaatcaagtttcttgaaaaataaaagttctctttctgctccatcttcagaaggcttcaaaaacatggtttgatataacccttt 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3020979 taaccttattaaactcaaaatcaagtttcttgaaaaataaaagttctctttctgctccatcttcagaaggcttcaaaaacatggtttgatataacccttt 3021078  T
Q  340 tgaatcatcacctccttcggaacgaacaagtattacttcatcctcattcttacttgaagatcttctttgtttaccattaagaccactaaatgctctatag 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3021079 tgaatcatcacctccttcggaacgaacaagtattacttcatcctcattcttacttgaagatcttccttgtttactattaagaccactaaatgctctatag 3021178  T
Q  440 agagttagccttctcttcaatgatccttttggtgatgatg 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3021179 agagttagccttctcttcaatgatccttttggtgttgatg 3021218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 55 - 479
Target Start/End: Original strand, 3010736 - 3011160
Alignment:
Q  55 cttaccatgttcagcatcatctacatgatgcataaaggatgttaaagatgaaatttcattgctatcaacatttccaaacccaaccttatcaacctttatt 154  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  3010736 cttaccatgtttagcatcatcttcatgatgcataaaggatgttgaagatgagatttcattgctgtcaaaattttcaaacccagccttatcaacctttatt 3010835  T
Q  155 ctaaaagcaataagaaagttcatttgtttacttaactcctcagcttcatcaacaacttccttcaccatcttcctataaaatgcattaaccttattaaact 254  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  3010836 ctaaaagcaataagaaaattcatttgttcacttaactcatcagcttcatgaacaacttccttcaccatcttcttataaaatgcattaaccttgttaaact 3010935  T
Q  255 caaaatcaagtttcttgaaaaataaaagttctctttctgctccatcttcagaaggcttcaaaaacatggtttgatataacccttttgaatcatcacctcc 354  Q
    ||| ||||||||||||||||||   ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| |   ||||      
T  3010936 caatatcaagtttcttgaaaaactcaagatctatttctgctccatcttcagaaggctttaaaaacatggtttgatacatcccttttgaagctaaaccttg 3011035  T
Q  355 ttcggaacgaacaagtattacttcatcctcattcttacttgaagatcttctttgtttaccattaagaccactaaatgctctatagagagttagccttctc 454  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||   ||||||||| ||||| | || ||||||||||| |||| ||    
T  3011036 ttctgaacgaacaagtattacttcatcctcattcttatttgaaggtcctttttgttttttattaagaccgctaaaggatcgatagagagttaaccttttc 3011135  T
Q  455 ttcaatgatccttttggtgatgatg 479  Q
    ||||||||||||||||||| |||||    
T  3011136 ttcaatgatccttttggtgttgatg 3011160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 57 - 479
Target Start/End: Original strand, 3039118 - 3039540
Alignment:
Q  57 taccatgttcagcatcatctacatgatgcataaaggatgttaaagatgaaatttcattgctatcaacatttccaaacccaaccttatcaacctttattct 156  Q
    |||||||||  ||||||  |||||||||||||| ||| ||| |||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3039118 taccatgtttggcatcacttacatgatgcataatggaagttgaagaagagttttcattgctatcaagatttccaaacctaaccttatcaacctttattct 3039217  T
Q  157 aaaagcaataagaaagttcatttgtttacttaactcctcagcttcatcaacaacttccttcaccatcttcctataaaatgcattaaccttattaaactca 256  Q
    || |||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  3039218 aagagcaataagaaaattaatttgcttgcttaactcctcagcttcctcaacaacttccttcatcatcttcttataaaatccattaaccttgttaaactca 3039317  T
Q  257 aaatcaagtttcttgaaaaataaaagttctctttctgctccatcttcagaaggcttcaaaaacatggtttgatataacccttttgaatcatcacctcctt 356  Q
    |||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||    
T  3039318 aaatcaagtttcctgaaaaagacaagatctctttctgctccatcttcataagggtttaaaaacttggtttgatacaacacttttgaatcttcatctcctt 3039417  T
Q  357 cggaacgaacaagtattacttcatcctcattcttacttgaagatcttctttgtttaccattaagaccactaaatgctctatagagagttagccttctctt 456  Q
      || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3039418 gtgaccgaacaagtattacttcatcctcattcgtacttgaacttcctctttgtttgcaattaagaccactaaaagctctatagagagttagccttctctt 3039517  T
Q  457 caatgatccttttggtgatgatg 479  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  3039518 caatgatccttttggtgttgatg 3039540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 55 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 20058376 - 20057952
Alignment:
Q  55 cttaccatgttcagcatcatctacatgatgcataaaggatgttaaagatgaaatttcattgctatcaacatttccaaacccaaccttatcaacctttatt 154  Q
    |||||||||||  |||||||  |||||||  | || ||| ||| |||| ||  ||||||||||||||| ||||| || | | |||||||| |||||||||    
T  20058376 cttaccatgtttggcatcattcacatgatctaaaatggaagttgaagaagagttttcattgctatcaagatttctaaccacgaccttatccacctttatt 20058277  T
Q  155 ctaaaagcaataagaaagttcatttgtttacttaactcctcagcttcatcaacaacttccttcaccatcttcctataaaatgcattaaccttattaaact 254  Q
    |||| |||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||    
T  20058276 ctaagagcaataagaaaattaatttgcttgcttaactcctcagcttcctcaacaacttccttcatcatcttcttataaaatccattaaccttgttaaact 20058177  T
Q  255 caaaatcaagtttcttgaaaaataaaagttctctttctgctccatcttcagaaggcttcaaaaacatggtttgatataacccttttgaatcatcacctcc 354  Q
    ||| |||||||||| ||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| |||    
T  20058176 caacatcaagtttcctgaaaaagataagatctctctctgctccatcttcataagggtttaaaaacatggtttgatacaacacttttgaatcttcacttcc 20058077  T
Q  355 ttcggaacgaacaagtattacttcatcctcattcttacttgaagatcttctttgtttaccattaagaccactaaatgctctatagagagttagccttctc 454  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20058076 ttccgaacgaacaagtattacttcgtcctcattcgtacttgaacttcctctttgtttaccattaagaccactaaaagctctatagagagttagccttctc 20057977  T
Q  455 ttcaatgatccttttggtgatgatg 479  Q
    || |||||||||||||||| |||||    
T  20057976 tttaatgatccttttggtgttgatg 20057952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University