View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15507_low_2 (Length: 543)

Name: NF15507_low_2
Description: NF15507
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15507_low_2
NF15507_low_2
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (12-224)||(58771-58982)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (1-210)||(5376876-5377086)
chr6 (1-210)||(5378731-5378941)
chr6 (1-208)||(1088676-1088883)
chr6 (1-210)||(19645323-19645532)
chr6 (87-224)||(15868377-15868514)
chr6 (87-226)||(15866563-15866702)
chr6 (87-224)||(33866084-33866221)
chr6 (87-224)||(33869231-33869368)
chr6 (56-210)||(15149116-15149277)
chr6 (22-182)||(9415095-9415255)
chr6 (82-225)||(14611068-14611210)
chr6 (139-224)||(32079895-32079980)
chr6 (1-107)||(8915570-8915676)
chr6 (83-210)||(28884359-28884487)
chr6 (150-224)||(14620496-14620570)
chr6 (1-93)||(20985831-20985923)
chr6 (10-71)||(24544757-24544818)
chr6 (37-158)||(14618975-14619095)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (1-210)||(17402805-17403015)
chr3 (1-202)||(6789627-6789828)
chr3 (1-165)||(1140045-1140209)
chr3 (110-210)||(20302625-20302725)
chr3 (118-210)||(20327167-20327259)
chr3 (110-167)||(41874441-41874497)
chr3 (37-96)||(9032763-9032822)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (1-210)||(30224229-30224438)
chr8 (1-210)||(5567425-5567634)
chr8 (8-210)||(25249002-25249207)
chr8 (12-210)||(3379149-3379346)
chr8 (1-210)||(6428739-6428949)
chr8 (1-210)||(3375457-3375655)
chr8 (12-210)||(31032038-31032231)
chr8 (70-181)||(36535924-36536035)
chr8 (140-224)||(14935562-14935646)
chr8 (12-99)||(14939625-14939711)
chr8 (12-92)||(19473649-19473728)
chr8 (12-92)||(19544574-19544653)
chr8 (12-92)||(19588043-19588122)
chr8 (1-49)||(36535874-36535922)
chr8 (117-180)||(29274786-29274849)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (1-210)||(7040360-7040569)
chr4 (1-210)||(18656107-18656316)
chr4 (1-210)||(23564698-23564907)
chr4 (37-225)||(23985758-23985946)
chr4 (1-210)||(52520600-52520810)
chr4 (82-224)||(3529251-3529393)
chr4 (12-224)||(52545137-52545347)
chr4 (20-183)||(54296454-54296617)
chr4 (78-210)||(23566449-23566581)
chr4 (1-210)||(52518758-52518968)
chr4 (77-210)||(3274538-3274672)
chr4 (37-224)||(24807409-24807596)
chr4 (12-98)||(56074680-56074766)
chr4 (173-216)||(18320071-18320114)
chr4 (173-216)||(18398569-18398612)
chr4 (160-216)||(18395816-18395872)
chr4 (1-53)||(23566392-23566444)
chr4 (110-156)||(8005846-8005891)
chr4 (26-111)||(18395691-18395776)
chr4 (109-170)||(51295202-51295262)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (1-210)||(29758119-29758328)
chr2 (225-543)||(37641902-37642217)
chr2 (33-121)||(8759119-8759207)
chr2 (12-111)||(18612074-18612174)
chr2 (95-181)||(20516061-20516156)
chr2 (150-216)||(18739665-18739730)
chr2 (20-60)||(17148670-17148710)
chr2 (121-153)||(18739717-18739749)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (1-210)||(44963162-44963371)
chr7 (1-210)||(20046518-20046729)
chr7 (1-210)||(4895583-4895792)
chr7 (1-210)||(28124610-28124820)
chr7 (1-210)||(28126437-28126647)
chr7 (87-225)||(37405559-37405697)
chr7 (1-111)||(28014296-28014406)
chr7 (1-226)||(25471794-25472019)
chr7 (8-88)||(8405628-8405708)
chr7 (70-148)||(4880264-4880343)
chr7 (98-160)||(36989570-36989632)
chr7 (80-212)||(26736794-26736926)
chr7 (77-153)||(4571066-4571144)
chr7 (110-154)||(34844107-34844150)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (1-210)||(17449310-17449518)
chr1 (87-224)||(9312014-9312151)
chr1 (87-224)||(3282786-3282923)
chr1 (87-224)||(3284487-3284624)
chr1 (1-210)||(16808601-16808811)
chr1 (87-224)||(9310397-9310534)
chr1 (118-224)||(37664695-37664801)
chr1 (118-224)||(37674417-37674523)
chr1 (118-224)||(37702171-37702277)
chr1 (110-225)||(902061-902175)
chr1 (20-224)||(5924828-5925020)
chr1 (3-163)||(48941646-48941810)
chr1 (159-210)||(48940675-48940726)
chr1 (12-92)||(9487458-9487535)
chr1 (171-216)||(36580555-36580600)
chr1 (117-157)||(13045618-13045658)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (12-225)||(39129-39341)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (87-224)||(6211-6348)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (96-225)||(39787177-39787306)
chr5 (36-216)||(25076173-25076354)
chr5 (36-216)||(25134142-25134323)
chr5 (14-86)||(20012959-20013030)
chr5 (110-154)||(6569888-6569932)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (1-92)||(19063-19153)


Alignment Details
Target: scaffold0057 (Bit Score: 173; Significance: 9e-93; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 12 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 58982 - 58771
Alignment:
Q  12 agcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatag 111  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  58982 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatag 58884  T
Q  112 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattat 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  58883 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctactaactaactatagttgattat 58784  T
Q  212 tcatattctaata 224  Q
    |||||||||||||    
T  58783 tcatattctaata 58771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 5377086 - 5376876
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  5377086 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaat 5376987  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatat-agagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaact 199  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  5376986 gagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 5376887  T
Q  200 atagttgatta 210  Q
    |||||||||||    
T  5376886 atagttgatta 5376876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 5378941 - 5378731
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  5378941 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaat 5378842  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatat-agagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaact 199  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  5378841 gagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 5378742  T
Q  200 atagttgatta 210  Q
    |||||||||||    
T  5378741 atagttgatta 5378731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 1088676 - 1088883
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactctta-gaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 99  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1088676 tcatagatgtaagcaagatagcaaacataagagtactcatatgggagatactcaaaagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatgatgaa 1088774  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaact 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||    
T  1088775 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgactaactaactctaactaacttctaacaaagctactaactctaatttacttatcaactaact 1088874  T
Q  200 atagttgat 208  Q
    |||||||||    
T  1088875 atagttgat 1088883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 19645323 - 19645532
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||| |||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  19645323 tcatagatgtaaccaagatagcaagtataagagtactcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaataaatagattgataaaagataatgaat 19645422  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaacta 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  19645423 gagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctgactaatttctaaccaagctactaactttagtttacttatcaactaacta 19645522  T
Q  201 tagttgatta 210  Q
    || |||||||    
T  19645523 taattgatta 19645532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 87 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 15868514 - 15868377
Alignment:
Q  87 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15868514 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctattaactctagtttac 15868415  T
Q  187 ctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15868414 ctatcaactaactatagttgattattcatactctaata 15868377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 87 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 15866702 - 15866563
Alignment:
Q  87 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15866702 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctaaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctacccaagctattaactctagtttac 15866603  T
Q  187 ctatcaattaactatagttgattattcatattctaataag 226  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15866602 ctatcaactaactatagttgattattcatactctaataag 15866563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 87 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33866221 - 33866084
Alignment:
Q  87 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33866221 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtctgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33866122  T
Q  187 ctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  33866121 ctatcaactaactatagttgattattaatactctaata 33866084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 87 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33869368 - 33869231
Alignment:
Q  87 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33869368 aaaagatagtgaatgcgtacaatagtgttcctatatatagagattagtttaagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33869269  T
Q  187 ctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33869268 ctatcaactaactatagttgattattcatactctaata 33869231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 56 - 210
Target Start/End: Original strand, 15149116 - 15149277
Alignment:
Q  56 agaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaata-----gt--gttcctatatatagagattagtttgagtaactaact 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||     ||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  15149116 agaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacagtacaacagtacgttcctatatatagaaattaatttgagtaactaact 15149215  T
Q  149 ctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgatta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  15149216 ctaactaacttctaaccaagctactgaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 15149277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 22 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 9415255 - 9415095
Alignment:
Q  22 caaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttccta 119  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||  |  |||||||||||||||| ||    
T  9415255 caaacataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaa-tga-tagatttgattaaaagatgactagagagtacaatagtgttctta 9415158  T
Q  120 tatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 182  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9415157 tatatagagattagtttcactaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 9415095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 82 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 14611210 - 14611068
Alignment:
Q  82 ttgataaaagatgatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactcta 180  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||    
T  14611210 ttgataaaagataatgaaatga-tacacgagtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaataactcttaacgaagctactaactcta 14611113  T
Q  181 gtttacctatcaattaactatagttgattattcatattctaataa 225  Q
     |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  14611112 atttacctatcaactaaccatagttgattattcatactctaataa 14611068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 139 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 32079980 - 32079895
Alignment:
Q  139 gtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32079980 gtaactaactctaactaactcttaaccaagcttctaactctagtttacctatcaactaactatagttgattattcatactctaata 32079895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 8915676 - 8915570
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| | |||    
T  8915676 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcgtgtggaagatactcatagaaacttattatagaaatgaatagattaataaaagatgctaaat 8915577  T
Q  101 gagtaca 107  Q
    |||||||    
T  8915576 gagtaca 8915570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 83 - 210
Target Start/End: Original strand, 28884359 - 28884487
Alignment:
Q  83 tgataaaagatgatgaatgagtacaat-agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 181  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||| ||  ||||||  |||||||| ||||   ||| ||||| ||||||||||    
T  28884359 tgataaaagataatgaatgagtacaatgattgttcctttatatacagattaattgaagtaaccgactctaaccaactataaacaaagcttctaactctag 28884458  T
Q  182 tttacctatcaattaactatagttgatta 210  Q
    || ||||||||| ||||||||| ||||||    
T  28884459 ttaacctatcaactaactatagctgatta 28884487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 150 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 14620570 - 14620496
Alignment:
Q  150 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||    
T  14620570 taactaactcttaaccaagctactaactgtagtttacctatcaactaatcatagttgattattcatactctaata 14620496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 93
Target Start/End: Original strand, 20985831 - 20985923
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagat 93  Q
    |||||| ||||| |||| | |||| |||||| |||||||||||| |||||||  || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20985831 tcatagatgtaatcaagtttgcaagcataagagtactcatgtggtagatacttataaaaattcattatagaaatgaatagattgataaaagat 20985923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 24544818 - 24544757
Alignment:
Q  10 taagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtaga 71  Q
    ||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  24544818 taagcaagaaagcaagcataagagtactcatgagggagatactcatagaaactcatagtaga 24544757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 37 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 14619095 - 14618975
Alignment:
Q  37 tcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gataaaagatgatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagt 134  Q
    ||||||||||||||  | |||| |||||| | |||| | |||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||     
T  14619095 tcatgtgggagataaccatagagactcataggagaa-tcaatagatttgataaaagataatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatagagtttag- 14618999  T
Q  135 ttgagtaactaactctaactaact 158  Q
    ||| ||||||||||||||||||||    
T  14618998 ttgtgtaactaactctaactaact 14618975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 17402805 - 17403015
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  17402805 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaat 17402904  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatat-agagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaact 199  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  17402905 gagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 17403004  T
Q  200 atagttgatta 210  Q
    |||||||||||    
T  17403005 atagttgatta 17403015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 6789828 - 6789627
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaa-gatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 99  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||    
T  6789828 tcatagatgtaagcaaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaa-tgaatagattgaaaaaagatagtgaa 6789730  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaact 199  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | |||||    
T  6789729 tgagtacaatagtattcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagttcacttatccactaact 6789630  T
Q  200 ata 202  Q
    |||    
T  6789629 ata 6789627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 1140209 - 1140045
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1140209 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 1140110  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacc 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1140109 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacc 1140045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 20302725 - 20302625
Alignment:
Q  110 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaa-ttaactatagttgat 208  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||| | |||||||||| ||    
T  20302725 agtgttcttatatatagagattagtttgaataaccaactataacttactt-taaccaatctactaagtctagttaacctttcaactaaactatagtttat 20302627  T
Q  209 ta 210  Q
    ||    
T  20302626 ta 20302625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 118 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 20327259 - 20327167
Alignment:
Q  118 tatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaa-ttaactatagttgatta 210  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||| | |||||||||| ||||    
T  20327259 tatatagagagattagtttgagtaaccaactataacttactt-taaccaagctactaagtctagttaacctttcaactaaactatagtttatta 20327167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 110 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 41874497 - 41874441
Alignment:
Q  110 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaa 167  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  41874497 agtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaactcttaaccaa 41874441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 37 - 96
Target Start/End: Original strand, 9032763 - 9032822
Alignment:
Q  37 tcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gataaaagatgat 96  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  9032763 tcatgtgggagatacccatagaaactcatagtag-aaggaatagattggataaaagatgat 9032822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 30224438 - 30224229
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30224438 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaat 30224339  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  30224338 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaacta 30224239  T
Q  201 tagttgatta 210  Q
    ||||||||||    
T  30224238 tagttgatta 30224229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 5567634 - 5567425
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5567634 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 5567535  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaacta 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  5567534 gagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactccaactaacttctaactaagctactaactctagtttagctatcaactaacta 5567435  T
Q  201 tagttgatta 210  Q
    ||||||||||    
T  5567434 tagttgatta 5567425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 8 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 25249207 - 25249002
Alignment:
Q  8 tgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtaca 107  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25249207 tgtaagcaagatagcaagcataagggtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatcatgaatgagtaca 25249108  T
Q  108 atagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac---ctatcaattaactatagt 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  25249107 atagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttattatcaattaactatagt 25249008  T
Q  205 tgatta 210  Q
    ||||||    
T  25249007 tgatta 25249002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 12 - 210
Target Start/End: Original strand, 3379149 - 3379346
Alignment:
Q  12 agcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatag 111  Q
    ||||||| |||||  ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3379149 agcaagaaagcaagtataaaagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaaaatgatgaatgagtacaatag 3379247  T
Q  112 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgatta 210  Q
    | |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  3379248 ttttccttaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaaactactaactctagtttaactatcaactaactatagttgatta 3379346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 6428949 - 6428739
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-aaaagatgatga 98  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  6428949 tcatagatgtaagtaagatagcaaacataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattgtagag-tgaatagatttgattaaaagatgatga 6428851  T
Q  99 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaac 198  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||| |||     
T  6428850 atgattacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttttaactaaggtactaactctagtttacttatcaactaat 6428751  T
Q  199 tatagttgatta 210  Q
    ||||||||||||    
T  6428750 tatagttgatta 6428739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 3375457 - 3375655
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| |||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  3375457 tcatagatgtaagtaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactc----------attgtagaaatgaatagattga-aaaagataatgaat 3375545  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaacta 200  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  3375546 gggtacaatagagttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaacta 3375645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 12 - 210
Target Start/End: Original strand, 31032038 - 31032231
Alignment:
Q  12 agcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatag 111  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||     
T  31032038 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatcatgaatgagtgtagtaa 31032136  T
Q  112 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgatta 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  31032137 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactaact----ctaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 31032231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 70 - 181
Target Start/End: Original strand, 36535924 - 36536035
Alignment:
Q  70 gaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagc 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36535924 gaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaacagtattgctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagc 36536023  T
Q  170 tactaactctag 181  Q
    ||||||||||||    
T  36536024 tactaactctag 36536035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 140 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 14935646 - 14935562
Alignment:
Q  140 taactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14935646 taactaattctaactaacttctaaccaagttactaactctagtttacctatcaactaactatagttgattattcatactctaata 14935562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 12 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 14939711 - 14939625
Alignment:
Q  12 agcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 99  Q
    ||||||| ||||| |||| | |||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14939711 agcaagaaagcaagcatatgagtactcatgtagaagatactcgtagaaactcattatag-aatgaatagattgataaaagatgatgaa 14939625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 12 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 19473728 - 19473649
Alignment:
Q  12 agcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaga 92  Q
    ||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  19473728 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatag-aatgaatagattgatagaaga 19473649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 12 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 19544653 - 19544574
Alignment:
Q  12 agcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaga 92  Q
    ||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  19544653 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatag-aatgaatagattgatagaaga 19544574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 12 - 92
Target Start/End: Original strand, 19588043 - 19588122
Alignment:
Q  12 agcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaga 92  Q
    ||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  19588043 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatag-aatgaatagattgatagaaga 19588122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Original strand, 36535874 - 36535922
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagat 49  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  36535874 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagat 36535922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 117 - 180
Target Start/End: Original strand, 29274786 - 29274849
Alignment:
Q  117 ctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactcta 180  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  29274786 ctatatataaagattaattggagtaattaactctaactaacccgtaaccaagctactaactcta 29274849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 7040569 - 7040360
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7040569 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaat 7040470  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  7040469 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaacta 7040370  T
Q  201 tagttgatta 210  Q
    ||||||||||    
T  7040369 tagttgatta 7040360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 18656316 - 18656107
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18656316 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 18656217  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaacta 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  18656216 gagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaagctactaactctagtttagctatcaactaacta 18656117  T
Q  201 tagttgatta 210  Q
    ||||||||||    
T  18656116 tagttgatta 18656107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 23564698 - 23564907
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23564698 tcatagatgtaagcaaaatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaat 23564797  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  23564798 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaacta 23564897  T
Q  201 tagttgatta 210  Q
    ||||||||||    
T  23564898 tagttgatta 23564907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 37 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 23985946 - 23985758
Alignment:
Q  37 tcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtt 135  Q
    ||||||||||||||  | |||| |||||| | |||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23985946 tcatgtgggagataaccatagagactcataggagaa-tcaatagatttgataaaagatggtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtt 23985848  T
Q  136 tgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcatattctaataa 225  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23985847 tgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgattattcatactctaataa 23985758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 52520810 - 52520600
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-aaaagatgatga 98  Q
    |||||| |||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| |  |||  | |||||||| | ||| ||| ||||||||||||    
T  52520810 tcatagatgtaagaaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatatt-gaaatgaaaatatttgattaaaagatgatga 52520712  T
Q  99 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaac 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  52520711 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 52520612  T
Q  199 tatagttgatta 210  Q
    ||||||||||||    
T  52520611 tatagttgatta 52520600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 82 - 224
Target Start/End: Original strand, 3529251 - 3529393
Alignment:
Q  82 ttgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 181  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3529251 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactttag 3529350  T
Q  182 tttacctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  3529351 tttacctatcaactaactacagttgattattcatactctaata 3529393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 12 - 224
Target Start/End: Original strand, 52545137 - 52545347
Alignment:
Q  12 agcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa-tgagtacaata 110  Q
    ||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || || ||| ||||  |    
T  52545137 agcaagaaagcgagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagataataaaatga-tacatga 52545234  T
Q  111 gtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgatta 210  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  52545235 gtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaccaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 52545333  T
Q  211 ttcatattctaata 224  Q
    |||||| |||||||    
T  52545334 ttcatactctaata 52545347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 20 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 54296617 - 54296454
Alignment:
Q  20 agcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgat-aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcct 118  Q
    ||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54296617 agcaagcataagagtactgatgagggagatactcatagaaactcattata-aaatgaattgattgattaaaagatcatgaatgagtacaatagtgttcct 54296519  T
Q  119 atatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 183  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54296518 atatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 54296454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 78 - 210
Target Start/End: Original strand, 23566449 - 23566581
Alignment:
Q  78 tagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaact 177  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23566449 tagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaagt 23566548  T
Q  178 ctagtttacctatcaattaactatagttgatta 210  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  23566549 ctagtttacttatcaactaactatagttgatta 23566581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 52518968 - 52518758
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-aaaagatgatga 98  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||| |  |||  | ||| |||| | ||| ||| ||||||||||||    
T  52518968 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagaactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaa-tgaaaatatttgattaaaagatgatga 52518870  T
Q  99 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaac 198  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  52518869 ttgagtacaacagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 52518770  T
Q  199 tatagttgatta 210  Q
    ||||||||||||    
T  52518769 tatagttgatta 52518758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 77 - 210
Target Start/End: Original strand, 3274538 - 3274672
Alignment:
Q  77 atagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcct-atatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaa 175  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||  || |  | ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  3274538 atagattgataaaagatgatgaatgattaccatgatgatgtttatatatagaaattaatttgagtaattaactctaactaacttctaatcaagccactaa 3274637  T
Q  176 ctctagtttacctatcaattaactatagttgatta 210  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  3274638 ctcttgtttacctatcaactaattatagttgatta 3274672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 37 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24807596 - 24807409
Alignment:
Q  37 tcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gataaaagatgatg--aatgagtacaatagtgttcctatatatagagattag 133  Q
    ||||||||||||||  | |||| |||||| | |||| | |||||||| |||||||||||||   ||||| ||||  ||||||||||||||||||  ||||    
T  24807596 tcatgtgggagatatccatagagactcataggagaa-tcaatagatttgataaaagatgattgaaatga-tacatgagtgttcctatatatagattttag 24807499  T
Q  134 tttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
    || | ||||||||||||  ||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24807498 tt-gtgtaactaactcttcctaactcttaaccaagcttctaactctaatttacctatcaactaactatagttgattattcatactctaata 24807409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 12 - 98
Target Start/End: Original strand, 56074680 - 56074766
Alignment:
Q  12 agcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatga 98  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  56074680 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcgttatagaaatgaatagaatgataaaagatgatga 56074766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 173 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 18320114 - 18320071
Alignment:
Q  173 taactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcata 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18320114 taactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcata 18320071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 173 - 216
Target Start/End: Original strand, 18398569 - 18398612
Alignment:
Q  173 taactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcata 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18398569 taactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcata 18398612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 160 - 216
Target Start/End: Original strand, 18395816 - 18395872
Alignment:
Q  160 ctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcata 216  Q
    |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18395816 ctaaccaacctattaactatagtttacctatcaactaactatagttgattattcata 18395872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 53
Target Start/End: Original strand, 23566392 - 23566444
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactc 53  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||    
T  23566392 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacccatgagggagatactc 23566444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 110 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 8005891 - 8005846
Alignment:
Q  110 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaa 156  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  8005891 agtgttcctatatatagagattag-ttaagtaactaattctaactaa 8005846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 26 - 111
Target Start/End: Original strand, 18395691 - 18395776
Alignment:
Q  26 cataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagat-tgataaaagatgatgaatgagtacaatag 111  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| || | |||||| ||| |  ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  18395691 cataagagtattcatgtgggagatactcatatagactcatagtatag-tgaatagatatgataaaagatagtgaatgagtacaatag 18395776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 51295262 - 51295202
Alignment:
Q  109 tagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagct 170  Q
    |||||||||||||||||  | |||||| | ||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  51295262 tagtgttcctatatataatgtttagtt-gtgtaactaactctaactaactcttaaccaagct 51295202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 29758328 - 29758119
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29758328 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaat 29758229  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaacta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  29758228 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaacta 29758129  T
Q  201 tagttgatta 210  Q
    ||||||||||    
T  29758128 tagttgatta 29758119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 225 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 37642217 - 37641902
Alignment:
Q  225 agtaccacttatactaatactttatccaattaaataaatacat----ttgtttgccgttacnnnnnnnngtaagtctccatatttattattaggttctac 320  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    ||||||||||||||        | |||||||||||||||||| |    |||||    
T  37642217 agtaccacttatattaatactttatccaattaaatacatacatacatttgtttgccgttacaaaataatgcaagtctccatatttattagtc---tctac 37642121  T
Q  321 ctcttttctctttaaactactcggtgtgtaaatttgatgaattcataatttgccacaacaaatttcacataaatatattgaatccaacattagagtaaaa 420  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37642120 ctcttttttctttcaactacttggtgtgtaaattggatgaattcataatttgccacaacaaattccacataaatatattgaatccaacattagagtacaa 37642021  T
Q  421 tgtttgtttcttctgaatggcaagtacaacgtttgttaagatcaacatctgccttatttcaacaacnnnnnnntatgaattgatttaatatattatatta 520  Q
     |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||       ||||||||||||||||||    |||||    
T  37642020 cgtttgttttttctgaatgacaagtacaacgtttgttaagatcaacatctagctcatttcaacaacaaaaaaatatgaattgatttaatat----tatta 37641925  T
Q  521 aactattaaattcaaatgaaaat 543  Q
    || ||||||||||||||||||||    
T  37641924 aaatattaaattcaaatgaaaat 37641902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 33 - 121
Target Start/End: Original strand, 8759119 - 8759207
Alignment:
Q  33 gtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctata 121  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8759119 gtactcatgagggagatactcaaagaaactcattgtagaaatgaacagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctata 8759207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 12 - 111
Target Start/End: Original strand, 18612074 - 18612174
Alignment:
Q  12 agcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaag-atgatgaatgagtacaata 110  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| |   | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  18612074 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatatttacaaaaactcattatagaaatgaatagattgataaaagtataatgattgagtacaata 18612173  T
Q  111 g 111  Q
    |    
T  18612174 g 18612174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 181
Target Start/End: Original strand, 20516061 - 20516156
Alignment:
Q  95 atgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagatta----gtttgagt-----aactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 181  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||    ||||||||     ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  20516061 atgaatgagtacaatagtgttcttatatataaaaattagtttgtttgagtaactaaactaactctaactatcttttaaccaagctactaaccctag 20516156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 150 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 18739730 - 18739665
Alignment:
Q  150 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcata 216  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  18739730 taactaact-ctaaccagactactaactctagttaacgtatcaactaactataattgattaatcata 18739665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 20 - 60
Target Start/End: Original strand, 17148670 - 17148710
Alignment:
Q  20 agcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaa 60  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17148670 agcaaacataacagtactcatgtgggagatactcatagaaa 17148710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 121 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 18739749 - 18739717
Alignment:
Q  121 atatagagattagtttgagtaactaactctaac 153  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18739749 atatagagattagttggagtaactaactctaac 18739717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 158; Significance: 8e-84; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 44963371 - 44963162
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| |||||| |||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44963371 tcatagatgtaagtaagatagcaagcataagagtattcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 44963272  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaacta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  44963271 gagtacaatagtgttcctatatatagagattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaacta 44963172  T
Q  201 tagttgatta 210  Q
    ||||||||||    
T  44963171 tagttgatta 44963162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 20046518 - 20046729
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaa-gatgatgaa 99  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||    
T  20046518 tcatagatgtaagcgagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaagatattgaa 20046617  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaac 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  20046618 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 20046717  T
Q  199 tatagttgatta 210  Q
    ||||||||||||    
T  20046718 tatagttgatta 20046729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 4895792 - 4895583
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgat-aaaagatgatgaa 99  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |  |||  | ||| |||||| |||||| |||||||||||||    
T  4895792 tcatagatgtaagcaagagagcaaacataagagtactcatctgggagatactcatagagatccatattggaa-tgaatatattgattaaaagatgatgaa 4895694  T
Q  100 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaact 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  4895693 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaaataactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 4895594  T
Q  200 atagttgatta 210  Q
    |||||||||||    
T  4895593 atagttgatta 4895583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 28124610 - 28124820
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-aaaagatgatga 98  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| |  |||  | ||| |||| | ||| ||| ||||||||||||    
T  28124610 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaa-tgaaaatatttgattaaaagatgatga 28124708  T
Q  99 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaac 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  28124709 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 28124808  T
Q  199 tatagttgatta 210  Q
    ||||||||||||    
T  28124809 tatagttgatta 28124820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 28126437 - 28126647
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-aaaagatgatga 98  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| |  |||  | ||| |||| | ||| ||| ||||||||||||    
T  28126437 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaa-tgaaaatatttgattaaaagatgatga 28126535  T
Q  99 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaac 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  28126536 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 28126635  T
Q  199 tatagttgatta 210  Q
    ||||||||||||    
T  28126636 tatagttgatta 28126647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 87 - 225
Target Start/End: Original strand, 37405559 - 37405697
Alignment:
Q  87 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37405559 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttat 37405658  T
Q  187 ctatcaattaactatagttgattattcatattctaataa 225  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37405659 ctatcaactaactatagttgattattcatactctaataa 37405697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 111
Target Start/End: Original strand, 28014296 - 28014406
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  28014296 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtgctcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgaataat 28014395  T
Q  101 gagtacaatag 111  Q
    |||||||||||    
T  28014396 gagtacaatag 28014406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 25471794 - 25472019
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||||  || ||| ||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||    
T  25471794 tcatagatgtaagaaagatagcaagcataagattattcacgtgggagatactaatagaaactcattatataaatgaatagattgataaaagatgaataat 25471893  T
Q  101 gagtacaatagtgt-tcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttct-aaccaagctactaactctagtttacctatcaattaac 198  Q
    ||||||||||| ||    ||| |||||   | | || |||||||||||||   |||||| || |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  25471894 gagtacaatagagtgaggtatttataggagtgacttggagtaactaactc--cctaactactgaaccaacctactaactctagttaacctatcaactaac 25471991  T
Q  199 tatagttgattattcatattctaataag 226  Q
    ||||||| |||||||||| | |||||||    
T  25471992 tatagttaattattcatactataataag 25472019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 8405708 - 8405628
Alignment:
Q  8 tgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataa 88  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8405708 tgtaagcaaaatagcaagcataagagtattcatgggggagataatcgtagaaactcattgtagaaatgactagattgataa 8405628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 70 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 4880343 - 4880264
Alignment:
Q  70 gaaatgaat-agattgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaact 148  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||| ||  |||||||||||    
T  4880343 gaaatgaattagattgataaaagatgatgaatgagtataatggtgttcatatatatcgagattaattgaagtaactaact 4880264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 98 - 160
Target Start/End: Original strand, 36989570 - 36989632
Alignment:
Q  98 aatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttc 160  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  36989570 aatgactacaataatgtttctatatatagagattagtttgaataactaactctacataacttc 36989632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 80 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 26736926 - 26736794
Alignment:
Q  80 gattgataaaagatgatgaatgagtacaatagt-gttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactc 178  Q
    |||||||||||||| || || ||||||| | || ||| ||||||||| | ||||||| |||||||||  || ||||||||   ||  ||||| |   |||    
T  26736926 gattgataaaagataattaaagagtacattggttgtttctatatataaaaattagttggagtaactat-tcaaactaactctaaattaagcttcctcctc 26736828  T
Q  179 tagtttacctatcaattaactatagttgattatt 212  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26736827 tagttaacctatcaattaactatagttgattatt 26736794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 77 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 4571144 - 4571066
Alignment:
Q  77 atagattgataaaagatgatgaa--tgagtacaat-agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaac 153  Q
    ||||||||||||||||| |||||  ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  4571144 atagattgataaaagataatgaaaatga-tacaatgagtgttcatatatatagagattagttgaagtaattaactctaac 4571066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 110 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 34844150 - 34844107
Alignment:
Q  110 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaact 154  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  34844150 agtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaact 34844107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 17449518 - 17449310
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaat 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  17449518 tcatagatgtaagcaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactcatagaatctcattgtagacatgaatagattga-aaaagataatgaat 17449420  T
Q  101 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaacta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  17449419 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacgaagctactaaccctagtttacttatcaactaacta 17449320  T
Q  201 tagttgatta 210  Q
    ||||||||||    
T  17449319 tagttgatta 17449310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 87 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 9312151 - 9312014
Alignment:
Q  87 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9312151 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9312052  T
Q  187 ctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9312051 ctatcaactaactatagttgattattcatactctaata 9312014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 87 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3282923 - 3282786
Alignment:
Q  87 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3282923 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3282824  T
Q  187 ctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3282823 ctatcaactaactatagttgattattcatactctaata 3282786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 87 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3284624 - 3284487
Alignment:
Q  87 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3284624 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3284525  T
Q  187 ctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3284524 ctatcaactaactatagttgattattcatactctaata 3284487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 16808601 - 16808811
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagatt-gat-aaaagatgatga 98  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||| |||| |  |||  | ||| |||| | ||| ||| ||||||||||||    
T  16808601 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtcggagatactcatagagatccatattggaa-tgaaaatatttgattaaaagatgatga 16808699  T
Q  99 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaac 198  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  16808700 atgagtacaatagtgttcatatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 16808799  T
Q  199 tatagttgatta 210  Q
    ||||||||||||    
T  16808800 tatagttgatta 16808811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 87 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 9310534 - 9310397
Alignment:
Q  87 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9310534 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagatattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9310435  T
Q  187 ctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9310434 ttatcaactaactatagttgattattcatactctaata 9310397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 118 - 224
Target Start/End: Original strand, 37664695 - 37664801
Alignment:
Q  118 tatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcatat 217  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  37664695 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgattattcatac 37664794  T
Q  218 tctaata 224  Q
    |||||||    
T  37664795 tctaata 37664801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 118 - 224
Target Start/End: Original strand, 37674417 - 37674523
Alignment:
Q  118 tatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcatat 217  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  37674417 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgattattcatac 37674516  T
Q  218 tctaata 224  Q
    |||||||    
T  37674517 tctaata 37674523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 118 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 37702277 - 37702171
Alignment:
Q  118 tatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcatat 217  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  37702277 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaatttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgattattcatac 37702178  T
Q  218 tctaata 224  Q
    |||||||    
T  37702177 tctaata 37702171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 110 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 902175 - 902061
Alignment:
Q  110 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgatt 209  Q
    |||||||||||||| |||| ||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  902175 agtgttcctatatagagagtttaatt-gtgtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagatgatt 902077  T
Q  210 attcatattctaataa 225  Q
    ||||||||| ||||||    
T  902076 attcatattataataa 902061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 224
Target Start/End: Original strand, 5924828 - 5925020
Alignment:
Q  20 agcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttccta 119  Q
    ||||| |||||| ||| |||| | |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||  ||||||| ||    
T  5924828 agcaagcataagagtattcatataggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatgatgaaataatacacgagtgttctta 5924926  T
Q  120 tatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcatattc 219  Q
    ||||||||| |||         |||   | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  5924927 tatatagagttta---------actg--tttaactaacttctaaccaaactactaactctaatttacctatcaactaactatagttgattattcatactc 5925015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 3 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 48941810 - 48941646
Alignment:
Q  3 atagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgta--gaaatgaatagatt-gat-aaaagatgatga 98  Q
    |||| ||||||||||| |||||  ||||| ||| ||||||| ||||||||| || ||||||||| ||  |||||||||||||| ||| |||||||  |||    
T  48941810 atagatgtaagcaagagagcaagtataagagtattcatgtgagagatactcatataaactcattatatagaaatgaatagatttgattaaaagatactga 48941711  T
Q  99 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaa 163  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  48941710 atgagtacaatagtgtttatatgtatagagattagtttgagtaaccaactctaactaacttctaa 48941646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 48940726 - 48940675
Alignment:
Q  159 tctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgatta 210  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  48940726 tctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 48940675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 9487535 - 9487458
Alignment:
Q  12 agcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaga 92  Q
    ||||||| ||||| ||||||  || ||||||| |||||||||  ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9487535 agcaagaaagcaagcataagattattcatgtgagagatactc--agagattcattgtagaa-tgaatagattgataaaaga 9487458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 171 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 36580600 - 36580555
Alignment:
Q  171 actaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcata 216  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||    
T  36580600 actaactctagttaacctatcaactatctatagtagattattcata 36580555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 117 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 13045658 - 13045618
Alignment:
Q  117 ctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaac 157  Q
    ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  13045658 ctatatatagatattagttggattaactaactctaactaac 13045618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 12 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 39341 - 39129
Alignment:
Q  12 agcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa-tgagtacaata 110  Q
    ||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |    
T  39341 agcaagaaagcaaaattaagagtactcatgtgggagatactcataaaaactcattatagaaatgaatagattgataaaagatgatgaaatga-tacatga 39243  T
Q  111 gtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgatta 210  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  39242 gtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 39144  T
Q  211 ttcatattctaataa 225  Q
    |||||| ||||||||    
T  39143 ttcatactctaataa 39129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 87 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 6348 - 6211
Alignment:
Q  87 aaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 186  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6348 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 6249  T
Q  187 ctatcaattaactatagttgattattcatattctaata 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6248 ctatcaattaactatagttgattattcatactctaata 6211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 118; Significance: 6e-60; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 96 - 225
Target Start/End: Original strand, 39787177 - 39787306
Alignment:
Q  96 tgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaatt 195  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39787177 tgaatgagtaaaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaact 39787276  T
Q  196 aactatagttgattattcatattctaataa 225  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  39787277 aactatagttgattattcatactctaataa 39787306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 36 - 216
Target Start/End: Original strand, 25076173 - 25076354
Alignment:
Q  36 ctcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatag-tgttcctatatatagagattagt 134  Q
    |||||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  25076173 ctcatgagagagatattcatagaaactcattatagaaatgaatatattgataaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagattagt 25076272  T
Q  135 ttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcata 216  Q
    | || | ||| |||||||||||||   |||   ||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25076273 tggaatgacttactctaactaactctaaacttggcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgattattcata 25076354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 36 - 216
Target Start/End: Original strand, 25134142 - 25134323
Alignment:
Q  36 ctcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatag-tgttcctatatatagagattagt 134  Q
    |||||| | |||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  25134142 ctcatgagagagatattcatagaaactcattatagaaatgaatatattgataaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagattagt 25134241  T
Q  135 ttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaattaactatagttgattattcata 216  Q
    | || | ||| |||||||||||||   |||   ||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25134242 tggaatgacttactctaactaactctaaacttggcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgattattcata 25134323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 86
Target Start/End: Original strand, 20012959 - 20013030
Alignment:
Q  14 caagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgat 86  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| |||||||    
T  20012959 caagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatag-aatgaattgattgat 20013030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 6569932 - 6569888
Alignment:
Q  110 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaact 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  6569932 agtgttcctatatatagagattagttggactaactaactctaact 6569888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 19153 - 19063
Alignment:
Q  1 tcatagctgtaagcaagatagcaaacataagggtactcatgtgggagatactcttagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaga 92  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  19153 tcatagatgtaagcaagatagaaagcataggagtactcatgtgggagatgctcatagaaactcattatag-aatgaatagattgataaaaga 19063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University