View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15511_low_2 (Length: 423)

Name: NF15511_low_2
Description: NF15511
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15511_low_2
NF15511_low_2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-398)||(49351455-49351852)
chr4 (1-397)||(49340092-49340488)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-398)||(32784423-32784820)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (44-398)||(13441294-13441648)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (8-339)||(29603048-29603379)
chr7 (8-339)||(29749915-29750246)
chr7 (11-386)||(29742838-29743206)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 49351852 - 49351455
Alignment:
Q  1 atcatgttcccttcctatcacatcagaaccaatcacatatgaatgtgtcaattcgcgcctttttacaacacgattatcactatcattgatttgaaggcca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49351852 atcatgttcccttcctatcacatcagaatcaatcacatatgaatgtgtcaattcgcgcctttttacaacacgattatcactatcattgatttgaaggcca 49351753  T
Q  101 aacttaagcctatcagcagcaaccttatcaaatctctctttgatgtgtttgatttggtgtgccatttgaaagcgataaacaagaggattagaatttgaga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49351752 aacttaagcctatcagcagcaaccttatcaaatctctctttgatatgtttgatttggtgtgccatttgaaagcgataaacaagaggattagaatttgaga 49351653  T
Q  201 agaaacattttaccttccttctgatgctacctgaagtgttgatgacgtgctttcgcaaggcctcacattcgaaatcatctataacatcttcggcatcgta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49351652 agaaacattttaccttccttctgatgctacctgaagtgttgatgacgtgctttcgcaaggcctcacattcgaaatcatctataacatcttcggcatcgta 49351553  T
Q  301 gaagacacgcttaatctgtttcagccattcacgtagctcattgttctgccattgcttttgttcagcgtccaacaacacggctttgacaagtgagacag 398  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49351552 gaagacgcgcttaatctgtttcaaccattcacgtagctcattgttctgccattgcttttgttcagcgtccaacaacacggctttgacaagtgagacag 49351455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 49340488 - 49340092
Alignment:
Q  1 atcatgttcccttcctatcacatcagaaccaatcacatatgaatgtgtcaattcgcgcctttttacaacacgattatcactatcattgatttgaaggcca 100  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49340488 atcatgttttcttcctatcacatcagaatcaatcacatatgaatgtgtcaattcgcgcctttttacaacacgattatcactatcattgatttgaaggcca 49340389  T
Q  101 aacttaagcctatcagcagcaaccttatcaaatctctctttgatgtgtttgatttggtgtgccatttgaaagcgataaacaagaggattagaatttgaga 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49340388 aacttaagcctatcagcagcaaacttatcaaatctttctttgatatgtttgatttgatgtgccatttgaaagcgataaacaagaggattagaatttgaga 49340289  T
Q  201 agaaacattttaccttccttctgatgctacctgaagtgttgatgacgtgctttcgcaaggcctcacattcgaaatcatctataacatcttcggcatcgta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49340288 agaaacattttaccttccttctgatgctaccagaagtgttgatgacgtgctttcgcaaggcctcacattcgaaatcatctataacatcttcggcatcgta 49340189  T
Q  301 gaagacacgcttaatctgtttcagccattcacgtagctcattgttctgccattgcttttgttcagcgtccaacaacacggctttgacaagtgagaca 397  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||    
T  49340188 gaaaacacggttaatctgtttcagccattcacgtagctcattgttctgccattgcttttgttcagcatctaataacacggctttgacgagtgagaca 49340092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Original strand, 32784423 - 32784820
Alignment:
Q  1 atcatgttcccttcctatcacatcagaaccaatcacatatgaatgtgtcaattcgcgcctttttacaacacgattatcactatcattgatttgaaggcca 100  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32784423 atcatgttttcttcctatcacatcagaatcattcacatatgaatgtgtcaattcacgtctttttacaacacggttatcactatcattgatttgaaggcca 32784522  T
Q  101 aacttaagcctatcagcagcaaccttatcaaatctctctttgatgtgtttgatttggtgtgccatttgaaagcgataaacaagaggattagaatttgaga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32784523 aacttaagcctatcagcagcaaccttatcaaatctctctttgatatgtttgatttgatgcaccattttaaggcggtaaacaagaggattagaatttgaga 32784622  T
Q  201 agaaacattttaccttccttctgatgctacctgaagtgttgatgacgtgctttcgcaaggcctcacattcgaaatcatctataacatcttcggcatcgta 300  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||| ||    
T  32784623 agaaacgttttaccttccttctgatgctacctgaagtgttgatgatgtgctttcgcaaggcctcgcactcaaaatcatcgattacatcttcggcatcata 32784722  T
Q  301 gaagacacgcttaatctgtttcagccattcacgtagctcattgttctgccattgcttttgttcagcgtccaacaacacggctttgacaagtgagacag 398  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  32784723 gaagacccgcttaatctgtttcaaccattcacgcagctcatggttctgccattgcgtttgttcagcgtccaacaacacggctttgatgagtgagacag 32784820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 44 - 398
Target Start/End: Original strand, 13441294 - 13441648
Alignment:
Q  44 tgtgtcaattcgcgcctttttacaacacgattatcactatcattgatttgaaggccaaacttaagcctatcagcagcaaccttatcaaatctctctttga 143  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13441294 tgtgtcaattcacgcctttttacaacacggttatcactatcattgatttgaagaacaaacttatgtctatcagcagcaaccttatcaaatctttctttga 13441393  T
Q  144 tgtgtttgatttggtgtgccatttgaaagcgataaacaagaggattagaatttgagaagaaacattttaccttccttctgatgctacctgaagtgttgat 243  Q
    | ||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13441394 tatgtttaatttgatgtgccattttaaggcgataaacaagaggattagaatccgagaagaaacattttactttccttctgatgctacctgaagtgttgat 13441493  T
Q  244 gacgtgctttcgcaaggcctcacattcgaaatcatctataacatcttcggcatcgtagaagacacgcttaatctgtttcagccattcacgtagctcattg 343  Q
    ||  |||||| | ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13441494 gatttgcttttgtaaggcttcacattcaaaatcatcgattacatcttcggcatcgtagaagacccgcttaatctgtttcagccattcacctagttcattg 13441593  T
Q  344 ttctgccattgcttttgttcagcgtccaacaacacggctttgacaagtgagacag 398  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  13441594 ttctgccattgcctttgttcagcgtccaacaacactgctttgacgagtgagacag 13441648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 8 - 339
Target Start/End: Original strand, 29603048 - 29603379
Alignment:
Q  8 tcccttcctatcacatcagaaccaatcacatatgaatgtgtcaattcgcgcctttttacaacacgattatcactatcattgatttgaaggccaaacttaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||||  ||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||     
T  29603048 tcccttcctatcacatcagaatcaactacatgcgaatgagtcaactcccgcctttttacaacatgattatcgctatcattgatttgaaggccaaaattat 29603147  T
Q  108 gcctatcagcagcaaccttatcaaatctctctttgatgtgtttgatttggtgtgccatttgaaagcgataaacaagaggattagaatttgagaagaaaca 207  Q
    ||||| |||||||   |||||  |||||||  || || ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||| | || ||| |||     
T  29603148 gcctagcagcagcgttcttattcaatctcttattaatatgtttgatttgatgtgccattttaaggcgataaacaagaggattagaactggataagtaacg 29603247  T
Q  208 ttttaccttccttctgatgctacctgaagtgttgatgacgtgctttcgcaaggcctcacattcgaaatcatctataacatcttcggcatcgtagaagaca 307  Q
    |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| || || |||||||  || |||||||| |||||||||||||||    
T  29603248 tcgtaccttccttctgatgctaccagaagtgttgactacgtgctttcgcaatgcctcgcactcaaaatcattgattacatcttctgcatcgtagaagaca 29603347  T
Q  308 cgcttaatctgtttcagccattcacgtagctc 339  Q
    || || ||||||| |||||||||||| |||||    
T  29603348 cgtttgatctgttgcagccattcacgaagctc 29603379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 8 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 29750246 - 29749915
Alignment:
Q  8 tcccttcctatcacatcagaaccaatcacatatgaatgtgtcaattcgcgcctttttacaacacgattatcactatcattgatttgaaggccaaacttaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||||  ||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||     
T  29750246 tcccttcctatcacatcagaatcaactacatgcgaatgagtcaactcccgcctttttacaacatgattatcgctatcattgatttgaaggccaaaattat 29750147  T
Q  108 gcctatcagcagcaaccttatcaaatctctctttgatgtgtttgatttggtgtgccatttgaaagcgataaacaagaggattagaatttgagaagaaaca 207  Q
    ||||| |||||||   |||||  |||||||  || |  ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||| | || ||| |||     
T  29750146 gcctagcagcagcgttcttattcaatctcttattaacatgtttgatttgatgtgccattttaaggcgataaacaagaggattagaactggataagtaacg 29750047  T
Q  208 ttttaccttccttctgatgctacctgaagtgttgatgacgtgctttcgcaaggcctcacattcgaaatcatctataacatcttcggcatcgtagaagaca 307  Q
    |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| || || |||||||  || |||||||| |||||||||||||||    
T  29750046 tcgtaccttccttctgatgctaccagaagtgttgactacgtgctttcgcaatgcctcgcactcaaaatcattgattacatcttctgcatcgtagaagaca 29749947  T
Q  308 cgcttaatctgtttcagccattcacgtagctc 339  Q
    || || ||||||| |||||||||||| |||||    
T  29749946 cgtttgatctgttgcagccattcacgaagctc 29749915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 11 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 29743206 - 29742838
Alignment:
Q  11 cttcctatcacatcagaaccaatcacatatgaatgtgtcaattcgcgcctttttacaacacgattatcactatcattgatttgaaggccaaacttaagcc 110  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||  ||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||    
T  29743206 cttcctatcacatcagaatcaattacatgcgaatgagtcaactcacgcctttttacaacatgattatcactatcattgattcgaaggccaaagttatgcc 29743107  T
Q  111 tatcagcagcaaccttatcaaatctctctttgatgtgtttgatttggtgtgccatttgaaagcgataaacaagaggattagaatttgagaagaaacattt 210  Q
     |||||||||||||||||  ||| |||  || || ||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||  ||||||| | |||||| | | ||     
T  29743106 gatcagcagcaaccttattcaatttcttattaatatgtttgatttgatgtgccattttaaggcgataaacaagaaaattagaactggagaagtatcgttg 29743007  T
Q  211 taccttccttctgatgctacctgaagtgttgatgacgtgctttcgcaaggcctcacattcgaaatcatctataacatcttcggcatcgtagaagacacgc 310  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||  | |||||| ||||| |||||||| |  |||||||| || |||||||| ||       |||| |||     
T  29743006 taccttccttccgatgctaccagaagtgttgactatgtgcttccgcaatgcctcacactgaaaatcatcgattacatcttctgc-------aagatacgt 29742914  T
Q  311 ttaatctgtttcagccattcacgtagctcattgttctgccattgcttttgttcagcgtccaacaacacggctttga 386  Q
    || ||||||| |||||||||||| ||||| |  ||||||   |||||| | ||||| ||||||| ||| |||||||    
T  29742913 ttgatctgttgcagccattcacgaagctcgtgattctgcttctgctttagctcagcatccaacagcacagctttga 29742838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University