View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15514_low_1 (Length: 1325)

Name: NF15514_low_1
Description: NF15514
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15514_low_1
NF15514_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-1314)||(31698803-31700095)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 1202; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 1202; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1314
Target Start/End: Complemental strand, 31700095 - 31698803
Alignment:
Q  18 ctttcttggttatacgattaagttttcttcgtggtattgccctattaatagcatcctggaagcgtatagctctgagctgatcaaactgtgccgtaactga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31700095 ctttcttggttatacgattaagttttcttcgtggtattgccctattaatagcatcctggaagcgtatagctctgagctgatcaaactgtgccgtaactga 31699996  T
Q  118 atggagtctctcacttaaaattagaacctaaaaaattaagttaacattagaacccaaaaagcaaacagcacctcaattcatgaatgtaacagtattcagt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31699995 atggagtctctcacttaaaattagaacctaaaaaattaggttaacattagaacccaaaaagcaaacagcaccttaattcatgaatgtaacagtattcagt 31699896  T
Q  218 gttagtactagtataacatccacatcttgcatttttatatcgtagtacttgccattgtacaggttcttgtatcaggtagatagagtagttgttaaaggtt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31699895 gttagtactagtataacatccacatcttgcatttttatatcgtagtacttgccattgtacaggttcttgtatcaggtagatagagtagttgttaaaggtt 31699796  T
Q  318 gaaacttaatatgctgagtcaatatattcagttagtgttggtaactagtagctactttaagactctcaaggcttagtgcctatagaagtcccaccgtata 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31699795 gaaacttaatatgctgagtcaatatattcagttagtgttggtaactagtagctactttaagactctta-ggcttagtgcctatagaagtcccaccgtata 31699697  T
Q  418 ctctgaagtatataagaatcatttttatcaactctcattacagaaacggcactttcttttcccttaacacattctttcaaacactcttcaatcactcaaa 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31699696 ctctgaagtatataagaatcatttttatcaactctcattacagagacggcactttcttttccctcaacacattctttcaaacactcttcaatcactcaaa 31699597  T
Q  518 ctctaacatggtatctactctagagcctctactttggccttaaactagcaataatgacataatcaccaagagtctaagatctacaacctgtttcttgagc 617  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31699596 cgctaacatggtatctactctagagcctctacttgggccttaaactagcaataatgacataatcaccaagagtctaagatctacaacctgtttcttgagc 31699497  T
Q  618 cattgatgacgtaaatcctctctctggctcatcctattaattcatccaaaactccagtttctactaaattgacttctcagcaccagtcaacttcacgtgc 717  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31699496 cattggtgacgtaaatcctctctctggct-atcctattaattcatccaaaactccagttcctactaaattgacttctcagcaccagtcaacttcacgtgc 31699398  T
Q  718 actatttctgccaagctagctgtaaatcctcagattacagcacagtatacacctgagatagaccaagaacttgatgtagtcacggatgctttgagcttag 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31699397 actatttctgccaagctagctgtaaatcctcagattacagcacagtatacatctgagatagaccaagaacttgatgtagtcacggatgctttgagcttag 31699298  T
Q  818 aacctgtgcacaatttctcaataaatttggcatcatccatagattgactagcacatctaaccaaaatggtttggttgaatataaatcgacaaatagtata 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  31699297 aacctgtgcacaatttctcaataaatttggcatcatccatagattgactagcacatctaaccaaaatggtttggttgaaaataaattgacaaatagtata 31699198  T
Q  918 aaagggtctaactctacttgcccatccctcctccataccgctttcctaatgggatttcagtttttacattgctgtatacctatcaacagactccgttcat 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31699197 aaagggtctaactctacttgcccatccctcctccataccgctttcctaatgggatttcagtttttgcattgctgtatacctatcaacagactccgttcat 31699098  T
Q  1018 ctgcaatctaattatattccccatgccacacttaataagttcctaccatacctcataacaaggatttaagaacatcggacatgcttgcttttcatttctg 1117  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31699097 cagcaatctaattatattccccatgccacacttaataagttcctaccctacctcataacaaggatttaagaacatcggacatgcttgcttttcatttctg 31698998  T
Q  1118 atgccttacaatcagcctaaaatggatttcagatccaaggagtgtattttttggtttatcacacaatcacaaagggtgcaaatgtcttgcaagatggttg 1217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31698997 atgccttacaatcagcctaaaatggatttcagatccaaggagtgtatttttgggtttatcacacaatcacaaagggtgcaaatgtcttgcaagatggttg 31698898  T
Q  1218 catctgggcatttaagtatgttatgttaaatgagtattggtttccatatccaatcctatttcacacttcttctatgtctccatctacctcttcatct 1314  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  31698897 catctgggcatttaaggatgttatgttaaatgagtattggtttccatatccaatcctatttcacacttcttc--tgtctccatctacctcttcatct 31698803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University