View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15517_low_1 (Length: 745)

Name: NF15517_low_1
Description: NF15517
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15517_low_1
NF15517_low_1
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (316-732)||(30053373-30053789)
chr8 (18-355)||(30053789-30054128)
chr8 (370-731)||(30037336-30037697)
chr8 (242-289)||(30037818-30037865)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 316 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 30053789 - 30053373
Alignment:
Q  316 agaatgacaagacaaaaactaaatggcatgtctaacaaaaaatgtatagcatctatctatttgggttccacttcagatgaaaatgtgtaccctccactgt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30053789 agaatgacaagacaaaaactaaatggcatgtctaacaaaaaatgtatagcatctatctatttgggttccacttcagatgaaaatgtgtaccctccactgt 30053690  T
Q  416 aatcaaaagcatcactctcaataccatcatccttctttgtaaaaagagtatcaatgtaaggatgtcttgttgcagcacctttagaaacttcaaaattagc 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30053689 aatcaaaagcatcactctcaataccatcatccttctttgtaaaaagagtatcaatgtaaggatgtcttgctgcagcacctttagaaacttcaaaattagc 30053590  T
Q  516 ggcagatgaagaagctgaagtagaatttgtaatcatcccatcgttatgtaatatggtttctaacgctttcacaacttcactcattgttggtcggtctgaa 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30053589 ggcagatgaagaagctgaagtagaatttgtaatcatcccatcgttatgtaatatggtttctaaggctttcacaacttcactcattgttggtcggtctgaa 30053490  T
Q  616 gccaattcctcaacgcattgcattgccaactctaagaaccttccaaatcctatcaggttggctgtgtttctcaccactggatccattagttcccttaaac 715  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30053489 gccaatccctcaacgcattgcattgccaactctaagaaccttccaaatcctatcaggttggctgtgtttctcaccactggatccattagttcccttaaac 30053390  T
Q  716 cataatactcttcatct 732  Q
    |||||||||||||||||    
T  30053389 cataatactcttcatct 30053373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 18 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 30054128 - 30053789
Alignment:
Q  18 ccttttgagatctagattccctataaaaccatcatataaagatgaacttatagatttcaagctccacaatacacattaaaaataaaattgaaatgtgcaa 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30054128 ccttttgagatctagattccctataaaaccatcatataaagatgaacttatagatttcaagctccacaatacacattaaaaataaaattgaaatatgcaa 30054029  T
Q  118 gttttgcgaatagttcgattgaattcagacaacacagatacacgcctttaacaagaacgaataaggaaatctactactggagttctcttactatacaatg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30054028 gttttgcgaatagttcgattgaattcagatgacacggatacacgcctttaacaagaacgaataaggaaatctactactggagctctcttactatacaatg 30053929  T
Q  218 ttgctatgagagagacagatttattacatttcctcctaaacaatccatacatgaaaactataggtcac--agaatatacagcattgtacgtcttcatttg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30053928 ttgctatgagagagacagatttactacatttcctcctaaacaatccatacatgaaaactataggtcacaaagaatatacagcattgtacgtcttcatttg 30053829  T
Q  316 agaatgacaagacaaaaactaaatggcatgtctaacaaaa 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30053828 agaatgacaagacaaaaactaaatggcatgtctaacaaaa 30053789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 370 - 731
Target Start/End: Complemental strand, 30037697 - 30037336
Alignment:
Q  370 atctatttgggttccacttcagatgaaaatgtgtaccctccactgtaatcaaaagcatcactctcaataccatcatccttctttgtaaaaagagtatcaa 469  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||  | ||||||    
T  30037697 atctatttgggttccacttttgttgaaagtgtgtaccctccactgtaatcaaaagcatcactctcaataacattatccttcttagtaaaagtattatcaa 30037598  T
Q  470 tgtaaggatgtcttgttgcagcacctttagaaacttcaaaattagcggcagatgaagaagctgaagtagaatttgtaatcatcccatcgttatgtaatat 569  Q
    | |||||||||||  |||||||||| |||||| | | ||| | || ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | || ||||| || ||||||||    
T  30037597 tataaggatgtctcattgcagcacccttagaagcattaaagtcagtggcagatgatgaagctgaagtggaatttgtattaattccatcattttgtaatat 30037498  T
Q  570 ggtttctaacgctttcacaacttcactcattgttggtcggtctgaagccaattcctcaacgcattgcattgccaactctaagaaccttccaaatcctatc 669  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30037497 ggtttctaacgctttcacaacttcactcattgttggtcggtctgaagccaattcctcaacacattgcattgccaactctaagaaccttccaaatcctatc 30037398  T
Q  670 aggttggctgtgtttctcaccactggatccattagttcccttaaaccataatactcttcatc 731  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30037397 aggttggctgtgtttctcaccactggatccattagttcccttaaaccataatactcttcatc 30037336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 30037865 - 30037818
Alignment:
Q  242 tacatttcctcctaaacaatccatacatgaaaactataggtcacagaa 289  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || |||||||    
T  30037865 tacatttcctcctaaacaatacatacaagaaaactattggccacagaa 30037818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University