View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15522_low_2 (Length: 1321)
Name: NF15522_low_2
Description: NF15522
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15522_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 782; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 782; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 890
Target Start/End: Complemental strand, 10604733 - 10603861
Alignment:
| Q |
17 |
atcctctgagtcctcccaacttggcggaacattcttccactcatactttaaagttgaaagtgcaaggtctgcaatcaaagccaaatcataatcaataaat |
116 |
Q |
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| T |
10604733 |
atcctctgagtcctcccaacttggcggaacattcttccactcatactttaaagttgaaagtgcaaggtctgcaatcaaagccaaatcataatcaataaat |
10604634 |
T |
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| Q |
117 |
cttaaaacacaaaatttgttacgaaagaataaaagtaaatgcttaaggtctctttcgaaaatgtgatgtttatcaagtattcaaatttttcgcaacaaag |
216 |
Q |
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| T |
10604633 |
cttaaaacacaaaatttgttacgaaagaataaaagtaaatgcttaaggtctctttcgaaaatgtgatgtttatcaagtattcaaatttttcgcaacaaag |
10604534 |
T |
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| Q |
217 |
aataagtcgaatatttctgatttcatgatgttataggctgaaatctgtagatgaatgattggaaaaacattcaacatagagcatagcattggnnnnnnnn |
316 |
Q |
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| T |
10604533 |
aataagtcgaatatttctgatttcatgatgttataggctgaaatctgtagatgaatgattggaaaaacattcaacatagagcatagcattggaaaaaaaa |
10604434 |
T |
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| Q |
317 |
gcttacaatcatcatttgatgtttttgttactacaacaactaacaaataactgaaaaggaagagtaggaacactagagttctttcacccatgatcaacct |
416 |
Q |
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| T |
10604433 |
gcttacaatcatcatttgatgtttttgttactacaacaactaacaaataactgaaaaggaagagtaggaacactagagttctttcacccatgatcaacct |
10604334 |
T |
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| Q |
417 |
aaaagatgacactttcaaatgctgaataaaaagattacaatcctcattttattccattacatcaatgaagaaaaagtcaacatagttaagaattctttaa |
516 |
Q |
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| T |
10604333 |
aaaa-atgacactttcaaatgctgaataaaaagattacaatcctcattttattccattacatcaatggagaaaaagtcaacatagttaagaattctttaa |
10604235 |
T |
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| Q |
517 |
tttatccagtgaccatttcatttagtataagatcaaataaataaacaattacatagtaatggagaattacaactagcaaacaacgatgatgattccttca |
616 |
Q |
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| T |
10604234 |
tttatccagtgaccatttcatttagtataagatcaaataaataaacaattacatagtaatggagaattacaactagcaaacaacgatgatgattccttca |
10604135 |
T |
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| Q |
617 |
tttgaacataagtataaaataatgaaccagtaggattaagaacatataaagtcaacaatcacattaatataaaaattaaacaaatgttaacaagagttga |
716 |
Q |
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| T |
10604134 |
tttgaacataagtataaaataatgaaccagtaggattaagaacatataaagtcaacaatcacattaatataaaaattaaacaaatgttaacaagagttga |
10604035 |
T |
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| Q |
717 |
aactggctggcaatgtgatactattgagattatattatatgaaaaataggaagtgttacaaagtatgaaaggnnnnnnnnnnnnnnnnataaatcatggc |
816 |
Q |
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| T |
10604034 |
aactggctagcaatgtgatactattgagattatattatatgaaaaataggaagtgttacaaagtatgaaagttttttttttttttttaataaatcatggc |
10603935 |
T |
|
| Q |
817 |
aataagaaaatatagttaatggtgcatcacgacatgtaacttggtcacttgagtttatcaggttttgaatgttt |
890 |
Q |
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| T |
10603934 |
aataagaaaatatagttaatggtgcatcacgacatgtaacttggtcacttgagtttatcaggttttgaatgttt |
10603861 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 615 - 890
Target Start/End: Complemental strand, 10612244 - 10611980
Alignment:
| Q |
615 |
catttgaacataagtata--aaataatgaaccagtaggattaagaacatataaagtcaacaatcacattaatataaaaattaaacaaatgttaacaagag |
712 |
Q |
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| T |
10612244 |
catttgaacagaagtatataaaataatgagttggtaggattaagaa--tataaaatcaacaaccacattaatataaag--tattcaaattttaacaagag |
10612149 |
T |
|
| Q |
713 |
ttgaaactggctggcaatgtgatactattgagattatattatat-gaaaaataggaagtgttacaaagtatgaaaggnnnnnnnnnnnnnnnnataaatc |
811 |
Q |
| |
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| T |
10612148 |
ttgaaattggctggccatgtgacactgatgagattatattatatcgaaaaacaggatgtcccacaaagtatgaaaggttttttt----------taaacc |
10612059 |
T |
|
| Q |
812 |
atggcaataagaaaatatagttaatggtgcatcacgacatgtaacttggtcacttgagtttatcaggttttgaatgttt |
890 |
Q |
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|
| T |
10612058 |
atggcaataaacaaatatagataatggtgcatcattacatgaaacttggttacttaagtttatcaggttctgaatgttt |
10611980 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 919 - 1307
Target Start/End: Original strand, 53539265 - 53539653
Alignment:
| Q |
919 |
cattaaaagatccaccatgactgtttagtttattatggttgtgtagacattgattattgcagtgctcaaggatagtctatttaaccaatgtcataattta |
1018 |
Q |
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| T |
53539265 |
cattaaaagatccaccatgactgtttagtttattatggttgtgtagacattgattattgcagtgctcaagaatagtctatttaaccaatgtcataactta |
53539364 |
T |
|
| Q |
1019 |
gcatttaacattttgctgctaccaatatttagttctctatcctacctgaccacaatattctaaaacatttttctacatctttgctgcaatctccattctc |
1118 |
Q |
| |
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| T |
53539365 |
gcatttaacattttcctgctaccaatattcagttctctatcctacctgaccacaatattctaaaacatagttctacatctttgctgcaatctccattctc |
53539464 |
T |
|
| Q |
1119 |
atatctcaggtaaagtctgcaatatttaatagaaattcggttttttcctccaatttgtcatatgccatggccaacacaatgtatatctaagatatgacat |
1218 |
Q |
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| T |
53539465 |
atatctcaggtaaagtctgcaatatttaatagaaattcggttgtttcctccaatttgtcatatgccatggccaacacaatgtatatctaagatatgacat |
53539564 |
T |
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| Q |
1219 |
ctgttttagaagcatactcaatggaattttaaccaatccgcaggtatctcagaaaatgcttcctaacaagaggcgaaaagtgcagagtg |
1307 |
Q |
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| T |
53539565 |
ctgttttagaagcatacttaatggaattttaaccaatccgcatgtatctcagaaaatgcttcctaacaagaggcagaaagtgcagagtg |
53539653 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 157 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 32212745 - 32212647
Alignment:
| Q |
157 |
gcttaaggtctctttcgaaaatgtgatgtttatcaagtattcaaatttttcgcaacaaagaataagtcgaatatttctgatttcatgatgttataggctg |
256 |
Q |
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|||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
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| T |
32212745 |
gcttaaggcctctttccaaaatgtgatgtttatca-gtattttgattttttgcaataaagaactagtcaaatatttatgatttcatgatgttataggctg |
32212647 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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