View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1553-INSERTION-3 (Length: 508)

Name: NF1553-INSERTION-3
Description: NF1553
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1553-INSERTION-3
NF1553-INSERTION-3
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (8-447)||(23715015-23715450)
chr3 (8-447)||(23733471-23733906)
chr3 (8-447)||(23751926-23752364)
chr3 (8-447)||(23696558-23696995)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (33-481)||(44194109-44194544)
chr1 (8-478)||(44308057-44308528)
chr1 (8-394)||(44315191-44315569)
chr1 (33-327)||(44300697-44300978)
chr1 (438-473)||(44315103-44315138)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 8 - 447
Target Start/End: Original strand, 23715015 - 23715450
Alignment:
Q  8 agcctttgagagttctctgtaatttttggcttgcgcggtttgtgggattgatagaaccttgtggcattctacatttttggatgaatcaccgcaaagtaag 107  Q
    |||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||| |  |||||||||||    
T  23715015 agcctttgagagttctgtccaattcttggcttgcgcggtttgtgggcttgatagaaccttgctgcattctaccttgttggatgaaccgtcgcaaagtaag 23715114  T
Q  108 gaaactactactggtcctcctcctcctcctaaatcaagaagggttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattataatcaaaccaaggaacagggaac 207  Q
    ||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  23715115 gaaactagtggtactcctcctcctcctcctaaatcaagaagtgttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattagaatcaaaccaaggaacatggaac 23715214  T
Q  208 aaattgttgaagaattcannnnnnnnnnnnnnnnnaattagggttccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcataggtgttggggtgttttaaagt 307  Q
    |||||||| |||||||||                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23715215 aaattgttaaagaattcatttattttttttt----aattagggttccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcataggtgttggggtgttttatagt 23715310  T
Q  308 aacggaaattctaatttaggataattaacatatttttagcaaatcatagcgatggtgatgctttggaaatggtgatccaataatcttgatttcccttcaa 407  Q
    ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23715311 aaatgaaattctaatttagggtaattaacatatttttagcaaatcacagcgattgtgatgcttgggaaatggtgatccaataatctagatttcccttcaa 23715410  T
Q  408 tggagttcgctagaaaattgaactcttgcctcattttcct 447  Q
    ||| ||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  23715411 tggggttcgctggaaaattgaacacttgtgtcattttcct 23715450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 8 - 447
Target Start/End: Original strand, 23733471 - 23733906
Alignment:
Q  8 agcctttgagagttctctgtaatttttggcttgcgcggtttgtgggattgatagaaccttgtggcattctacatttttggatgaatcaccgcaaagtaag 107  Q
    |||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||| |  |||||||||||    
T  23733471 agcctttgagagttctgtccaattcttggcttgcgcggtttgtgggcttgatagaaccttgctgcattctaccttgttggatgaaccgtcgcaaagtaag 23733570  T
Q  108 gaaactactactggtcctcctcctcctcctaaatcaagaagggttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattataatcaaaccaaggaacagggaac 207  Q
    ||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  23733571 gaaactagtggtactcctcctcctcctcctaaatcaagaagtgttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattagaatcaaaccaaggaacatggaac 23733670  T
Q  208 aaattgttgaagaattcannnnnnnnnnnnnnnnnaattagggttccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcataggtgttggggtgttttaaagt 307  Q
    |||||||| |||||||||                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23733671 aaattgttaaagaattcatttattttttttt----aattagggttccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcataggtgttggggtgttttatagt 23733766  T
Q  308 aacggaaattctaatttaggataattaacatatttttagcaaatcatagcgatggtgatgctttggaaatggtgatccaataatcttgatttcccttcaa 407  Q
    ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23733767 aaatgaaattctaatttagggtaattaacatatttttagcaaatcacagcgattgtgatgcttgggaaatggtgatccaataatctagatttcccttcaa 23733866  T
Q  408 tggagttcgctagaaaattgaactcttgcctcattttcct 447  Q
    ||| ||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  23733867 tggggttcgctggaaaattgaacacttgtgtcattttcct 23733906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 8 - 447
Target Start/End: Original strand, 23751926 - 23752364
Alignment:
Q  8 agcctttgagagttctctgtaatttttggcttgcgcggtttgtgggattgatagaaccttgtggcattctacatttttggatgaatcaccgcaaagtaag 107  Q
    |||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||| |  |||||||||||    
T  23751926 agcctttgagagttctgtccaattcttggcttgcgcggtttgtgggcttgatagaaccttgctgcattctaccttgttggatgaaccgtcgcaaagtaag 23752025  T
Q  108 gaaactactactggtcctcctcctcctcctaaatcaagaagggttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattataatcaaaccaaggaacagggaac 207  Q
    ||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  23752026 gaaactagtggtactcctcctcctcctcctaaatcaagaagtgttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattagaatcaaaccaaggaacatggaac 23752125  T
Q  208 aaattgttgaagaattcannnnnnnnnnnnnnnnnaattagggttccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcataggtgttggggtgttttaaagt 307  Q
    |||||||| |||||||||                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23752126 aaattgttaaagaattcatttttttttatttttttaattagggttccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcataggtgttggggtgttttatagt 23752225  T
Q  308 aacggaaattctaatttaggataattaacatatttttagcaaatcatagcgatggtgatgctttggaaatggtgatccaataatcttgatttcccttcaa 407  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||  |    
T  23752226 aaaggaaattctaatttagggtaattaacatatttttagcaaatcacagcgattgtgatgcttgggaaatggtgatccaataatctag-tttcccttaca 23752324  T
Q  408 tggagttcgctagaaaattgaactcttgcctcattttcct 447  Q
    ||| ||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  23752325 tggggttcgctggaaaattgaacacttgtgtcattttcct 23752364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 8 - 447
Target Start/End: Original strand, 23696558 - 23696995
Alignment:
Q  8 agcctttgagagttctctgtaatttttggcttgcgcggtttgtgggattgatagaaccttgtggcattctacatttttggatgaatcaccgcaaagtaag 107  Q
    |||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||| |  |||||||||||    
T  23696558 agcctttgagagttctgtccaattcttggcttgcgcggtttgtgggcttgatagaaccttgctgcattctaccttgttggatgaaccgtcgcaaagtaag 23696657  T
Q  108 gaaactactactggtcctcctcctcctcctaaatcaagaagggttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattataatcaaaccaaggaacagggaac 207  Q
    ||||||| |   ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  23696658 gaaactagt---ggtactcctcctcctcctaaatcaagaagtgttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattagaatcaaaccaaggaacatggaac 23696754  T
Q  208 aaattgttgaagaattcannnnnnnnnnnnnnnnn-aattagggttccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcataggtgttggggtgttttaaag 306  Q
    |||||||| |||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  23696755 aaattgttaaagaattcattttttttttttttttttaattagggttccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcacaggtgttggggtgttttatag 23696854  T
Q  307 taacggaaattctaatttaggataattaacatatttttagcaaatcatagcgatggtgatgctttggaaatggtgatccaataatcttgatttcccttca 406  Q
    |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23696855 taaatgaaattctaatttagggtaattaacatatttttagcaaatcacagcgattgtgatgcttgggaaatggtgatccaataatctagatttcccttca 23696954  T
Q  407 atggagttcgctagaaaattgaactcttgcctcattttcct 447  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  23696955 atggggttcgctggaaaattgaacacttgtgtcattttcct 23696995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 33 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 44194544 - 44194109
Alignment:
Q  33 ttggcttgcgcggtttgtgggattgatagaaccttgtggcattctacatttttggatgaatcaccgcaaagtaaggaaactactactggtcctcctcctc 132  Q
    |||||||||||  |||||||| | |||||||| |||   |||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||||| |   |||||||||||||    
T  44194544 ttggcttgcgctatttgtgggctcgatagaacattgctacattctaccttgttggatgaagcagcgcaaattaaggaaactaat---ggtcctcctcctc 44194448  T
Q  133 ctcctaaatcaagaagggttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattataatcaaaccaaggaacagggaacaaattgttgaagaattcannnnnnn 232  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||           
T  44194447 ctcctaaaccaagaagtcttgcatttgatgcaaatggtgattgagaaattaggatcaaaccaaggaacatggaacaaattgttgaagaattcattttttt 44194348  T
Q  233 nnnnnnnnnnaattagggttccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcataggtgttggggtgttttaaagtaacggaaattctaatttaggataat 332  Q
              ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44194347 a---------aattagggttccttggtttgacgg-gagtgtgtttggtttcataggtgttggagtgttttatagtaacgaaaattctaatttaggataat 44194258  T
Q  333 taacatatttttagcaaatcatagcgatggtgatgctttggaaatggtgatccaataatcttgatttcccttcaatggagttcgctagaaaattgaactc 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44194257 taacatatttttagcaaatcatagcgatggtgatgctttggaaatggtgatccaataatctagatttctcttcaatggggttcgctagaaaattgaactc 44194158  T
Q  433 ttgcctcattttcctgtttggctcttaagcatcatatggtcctgataaa 481  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44194157 ttgtgtcattttcctgtttggctcttaagcatcatatggtcctgataaa 44194109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 8 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 44308528 - 44308057
Alignment:
Q  8 agcctttgagagttctctgtaatttttggcttgcgcggtttgtgggattgatagaaccttgtggcattctacatttttggatgaatcaccgcaaagtaag 107  Q
    |||||||||||||| | ||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||||||||||  |||||||| || ||||||||| || |||||||||||    
T  44308528 agcctttgagagttgtttgtaattcttggcttgcgtgatttgtgggcttgatagaaccttgttacattctaccttgttggatgaagcagcgcaaagtaag 44308429  T
Q  108 gaaactacta---ctggtcctcctcctcctcctaaatcaagaagggttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattataatcaaaccaaggaacaggg 204  Q
    ||||| | |    ||  ||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  44308428 gaaaccagtggtcctcttcctcctcctcctcctaaaccaagaactcttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattaggatcaaaccaaggaacaggg 44308329  T
Q  205 aacaaattgttgaagaattcannnnnnnnnnnnnnnnnaattagggttccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcataggtgttggggtgttttaa 304  Q
    |||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44308328 aacaaattgttgaagaattcatatttttttttttta--aattagggttccttggtttgaggaaaagtgtgtttggtttcataggtgttggggtgttttat 44308231  T
Q  305 agtaacggaaattctaatttaggataattaacatatttttagcaaatcatagcgatggtgatgctttggaaatggtgatccaataatcttgatttccctt 404  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||    
T  44308230 agtaacggaaattctaatttaaggtaattaacatatttttagcaaatcacagcaatggtgatgcttgggaaacggcgatccaataatctagatttccctt 44308131  T
Q  405 caatggagttcgctagaaaattgaactcttgcctcattttcctgtttggctcttaagcatcatatggtcctgat 478  Q
    |||||  | || || | |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44308130 caatgatgctcactcgcaaattgaattcttgtgtcattttcctgtttggctcttaagcatcatatggtcctgat 44308057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 8 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 44315569 - 44315191
Alignment:
Q  8 agcctttgagagttctctgtaatttttggcttgcgcggtttgtgggattgatagaaccttgtggcattctacatttttggatgaatcaccgcaaagtaag 107  Q
    |||||||||||||| | ||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||||||||||  |||||||| || ||||||||| || |||||| ||||    
T  44315569 agcctttgagagttgtttgtaattcttggcttgcgtgatttgtgggcttgatagaaccttgttacattctaccttgttggatgaagcagcgcaaattaag 44315470  T
Q  108 gaaactactactggtcctcctcctcctcctaaatcaagaagggttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattataatcaaaccaaggaacagggaac 207  Q
    ||||||| |   ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  44315469 gaaactagt---ggtcctcctcctcctcctaaaccaagaagtgttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattaggatcaaaccaaggaacagggaac 44315373  T
Q  208 aaattgttgaagaattcannnnnnnnnnnnnnnnnaattagggttccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcataggtgttggggtgttttaaagt 307  Q
    ||||||||||||||||||                 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||    
T  44315372 aaattgttgaagaattca-------ttttctttttaattaggattccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcataggtgttgaggtattttatagt 44315280  T
Q  308 aacgg--aaattctaatttaggataattaacatatttttagcaaatcatagcgatggtgatgctttggaaatggtgatccaataatctt 394  Q
    |||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||| || ||| | || ||||||||||||||    
T  44315279 aacggaaaaattctaatttagggtaattaacgtatttttagtaaatcacagcgattgtgatgtttgggatacggcgatccaataatctt 44315191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 33 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 44300978 - 44300697
Alignment:
Q  33 ttggcttgcgcggtttgtgggattgatagaaccttgtggcattctacatttttggatgaatcaccgcaaagtaaggaaactactactggtcctcctcctc 132  Q
    |||||||||||  |||||||| | |||||||| |||   |||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||||| |   |||||||||||||    
T  44300978 ttggcttgcgctatttgtgggctcgatagaacattgctacattctaccttgttggatgaagcagcgcaaattaaggaaactaat---ggtcctcctcctc 44300882  T
Q  133 ctcctaaatcaagaagggttgcatttgctgcaaatggtgattgagaaattataatcaaaccaaggaacagggaacaaattgttgaagaattcannnnnnn 232  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||           
T  44300881 ctcctaaaccaagaagtcttgcatttgatgcaaatggtgattgagaaattaggatcaaaccaaggaacatggaacaaattgttgaagaattca------- 44300789  T
Q  233 nnnnnnnnnnaattagggttccttggtttgaggaagagtgtgtttggtttcataggtgttggggtgttttaaagtaacggaaattctaatttagg 327  Q
              ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44300788 --tttttttaaattagggttccttggtttgacg-ggagtgtgtttggtttcataggtgttggagtgttttatagtaacggaaattctaatttagg 44300697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 438 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 44315138 - 44315103
Alignment:
Q  438 tcattttcctgtttggctcttaagcatcatatggtc 473  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44315138 tcattttcctgtttggctcttaagcttcatatggtc 44315103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University