View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15530_low_1 (Length: 741)

Name: NF15530_low_1
Description: NF15530
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15530_low_1
NF15530_low_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-723)||(45091943-45092684)
chr4 (145-723)||(24375849-24376430)
chr4 (145-723)||(21781169-21781750)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (151-723)||(9105686-9106259)
chr7 (148-720)||(11788451-11789024)
chr7 (613-720)||(24682020-24682126)
chr7 (442-483)||(22792942-22792983)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (391-500)||(32021127-32021239)
chr5 (215-291)||(32021294-32021370)
chr5 (655-711)||(32020990-32021046)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 590; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 723
Target Start/End: Original strand, 45091943 - 45092684
Alignment:
Q  1 tactgttaggaaattaactctagctgcgtgataaaatctgcaactcgaaaaacaaatgtgaannnnnnnn-cccgggcaaaatctcaatctaatttccta 99  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45091943 tactgttaggagattaactctagctgcgtgataaaatgtgcaactcgaaaaacaaatgtgaatttttttttcccgggcaaaatctcaatctaatttccta 45092042  T
Q  100 ctgttaattttactgcgtttgaaacctgacagacaatgttcatggttgttgtccttgggcccttcagatctggct---------------tctgctgttt 184  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||    
T  45092043 ctgttaattttactgcgtttgaaacctgacagacaatgttcatggttgttgtccttgggcccttcagatctggctaattttactctagcttctgctgttt 45092142  T
Q  185 gtttattttctagtttatgtctttgttttgtctggtttaaggctgcactcttgttgtttgacaaaaagctccaaaagggttatgtcttttggaacaaagt 284  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45092143 gtttattttttagtttatgtctttgttttgtctggtttaaggctgcactcttgttgtttgacaaaaagccccaaaagggttatgtcttttggaacaaagt 45092242  T
Q  285 agccagtgtatgttggcaatccatagtgactaaggaagcttacgaggctgactcccattgcaacaacttctttactcatccaccaactatcaaacatctg 384  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45092243 agccattgtatgttggcaatccatagtgactaaggaagcttacgaggctgactcccattgcaacaacttctttactcatccaccaattatcaaacatctg 45092342  T
Q  385 gaaaatttggacaatgttgagaccaatgatagtcgaaatgtgcgaacacaagtc---gatattattcgtaactggattggaaaaaagactgtggattctc 481  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45092343 aaaaatttggacaatgttgagaccaatgatagtcgaaatgtgcgaacacaagtcaaagatattatccataactggattggaaaaaagaccgtggattctc 45092442  T
Q  482 attcttatattgccaggtttcgggtttgtaagaggttctatgaactgatgctagtttgttgttcttggtttggttatgtcattttgacttttgaaggatc 581  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45092443 attcttatattgccaggtttcgggtttgtaagaggttgtacgaactgatgctagtttgttgttcttggtttggttatgtccttttgacttttgaaggatc 45092542  T
Q  582 tatgtgtatgatcaactatgtttgtgttagtttttctctcaactttgattttcgacaatggatggggaatgccccaattcaagtgtctcaaactgtttgt 681  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45092543 tatgtgtatgatcaactatgtttgtgttagtttttctctcaactttgattttcgacaatggatggggaatgccccaattcaagtgtctcaatctgtttgt 45092642  T
Q  682 aatgcttgttgctttatctattgaatgaagttgttttactgt 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45092643 aatgcttgttgctttatctattgaatgaagttgttttactgt 45092684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 145 - 723
Target Start/End: Original strand, 24375849 - 24376430
Alignment:
Q  145 ttgttgtccttgggcccttcagatctggcttctgctgtttgtttattttctagtttatgtctttgttttgtctggtttaaggctgcactcttgttgtttg 244  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24375849 ttgttgtccttgggcccttcagacctggcttctgttgtttgtttattttctagtttatgtctttgttttgtctggtttaaggctgcactcttgttgtttg 24375948  T
Q  245 acaaaaagctccaaaagggttatgtcttttggaacaaagtagccagtgtatgttggcaatccatagtgactaaggaagcttacgaggctgactcccattg 344  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24375949 acaaaaagccccaaaagggttatgtcttttggaacaaagtagccagtgcatgttggcaatccatagtgactaaggaagcttacgaggctgactcccattg 24376048  T
Q  345 caacaacttctttactcatccaccaactatcaaacatctggaaaatttggacaatgttgagaccaatgatagtcgaaatgtgcgaacacaagtc---gat 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||   |||    
T  24376049 caacaacttctttactcatccaccaactatcaaacatctggaaaatttggacaatgttgagaccgatgatagtcgaaatgtgcgaacagaagtcaaagat 24376148  T
Q  442 attattcgtaactggattggaaaaaagactgtggattctcattcttatattgccaggtttcgggtttgtaagaggttctatgaactgatgctagtttgtt 541  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24376149 attatccgtaactggattggaaaaaagactgtggattctcattcttatattgccaggtttcggatttgtaagaggttgtatgaactgatgctagtttgtt 24376248  T
Q  542 gttcttggtttggttatgtcattttgacttttgaaggatctatgtgtatgatcaactatgtttgtgttagtttttctctcaactttgattttcgacaatg 641  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24376249 gttcttggtttggttatgtccttttgacttttgaaggatctatgtgtatgatcaactatgtttgtgttagtttttctctcaactttgatattcgacaatg 24376348  T
Q  642 gatggggaatgccccaattcaagtgtctcaaactgtttgtaatgcttgttgctttatctattgaatgaagttgttttactgt 723  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24376349 gatggggaatgccccaattcaaatgtctcaatctgtttgtaatgcttgttgctttatctattgaatgaagttgttttactgt 24376430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 145 - 723
Target Start/End: Original strand, 21781169 - 21781750
Alignment:
Q  145 ttgttgtccttgggcccttcagatctggcttctgctgtttgtttattttctagtttatgtctttgttttgtctggtttaaggctgcactcttgttgtttg 244  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21781169 ttgttgtccttgggcccttcagatatggcttctgctgtttgtttattttatagtttatgtctttgttttgtctggtttaaggctgcactcttgttgtttg 21781268  T
Q  245 acaaaaagctccaaaagggttatgtcttttggaacaaagtagccagtgtatgttggcaatccatagtgactaaggaagcttacgaggctgactcccattg 344  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  21781269 acaaaaagccccaaaagagttatgtcttttggaacaaagtagccagtgtatgttggcaatccatagtgactagggaaacttacgaggctgacttccattg 21781368  T
Q  345 caacaacttctttactcatccaccaactatcaaacatctggaaaatttggacaatgttgagaccaatgatagtcgaaatgtgcgaacacaagtc---gat 441  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||    
T  21781369 caacaacctctttaatcatccaccaaccatcaaacatctggaaaatttggacaatgttgagaccaatgatagtcgaaatatgcgaacacaagtcaaagat 21781468  T
Q  442 attattcgtaactggattggaaaaaagactgtggattctcattcttatattgccaggtttcgggtttgtaagaggttctatgaactgatgctagtttgtt 541  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  21781469 attatccgtaactggattggaaaaaagactttggattctcattcttatattgctaggtttcgggtttgtaagaggttgtatgaactaatgctagtttgtt 21781568  T
Q  542 gttcttggtttggttatgtcattttgacttttgaaggatctatgtgtatgatcaactatgtttgtgttagtttttctctcaactttgattttcgacaatg 641  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21781569 gttcttggtttggttatgtccttttgacttttgaaggatctatgtgtatgattaactatgtttgtgttagtttttctctcaactttgattttcgacaatg 21781668  T
Q  642 gatggggaatgccccaattcaagtgtctcaaactgtttgtaatgcttgttgctttatctattgaatgaagttgttttactgt 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21781669 gatggggaatgccccaattcaagtgtctcaatctttttgtaatgcttgttgctttatctattgaatgaagttgtttcactgt 21781750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 151 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 9106259 - 9105686
Alignment:
Q  151 tccttgggcccttcagatctggcttctgctgtttgtttattttctagtttatgtctttgttttgtctggtttaaggctgcactcttgttgtttgacaaaa 250  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  9106259 tccttgggcccttcagatatggcttctgctgtttgtttatgttctagtttatgtctctgttttttctagtttaaggatgcatttttgttgtttgacaaaa 9106160  T
Q  251 agctccaaaagggttatgtcttttggaacaaagtagccagtgtatgttggcaatccatagtgactaaggaagcttacgaggctgactcccattgcaacaa 350  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9106159 atccccaaaagggttatgtcttttggaacaaagtagccaatgtatgttggcaacccatttatactaagaaagcttacgaggctgactcccattgcaacaa 9106060  T
Q  351 cttctttactcatccaccaactatcaaacatctggaaaatttggacaatgttgagaccaatgatagtcgaaatgtgcgaacacaagtc---gatattatt 447  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||| |||     
T  9106059 cttctttactcatccactagctatcaaacatctggaaaaattggacaatgttgagaccaatgatagtcaaaatgtgcgaacacaagtcaaagatactatc 9105960  T
Q  448 cgtaactggattggaaaaaagactgtggattctcattcttatattgccaggtttcgggtttgtaagaggttctatgaactgatgctagtttgttgttctt 547  Q
     |||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||    
T  9105959 tgtaactggattgaaaaagagattg--gattctcattcttatattgctaggttccgagtttgtaagaggttgaatgaactgatgctagtttttcgttctt 9105862  T
Q  548 ggtttggttatgtcattttgacttttgaaggatctatgtgtatgatcaactatgtttgtgttagtttttctctcaactttgattttcgacaatggatggg 647  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9105861 ggtttggttatgtccttttggcttttgaacaatctctgtgtatgatcaactatgtttgtgttagtttttctctcaactttgattttcgacaatggatggg 9105762  T
Q  648 gaatgccccaattcaagtgtctcaaactgtttgtaatgcttgttgctttatctattgaatgaagttgttttactgt 723  Q
    |||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  9105761 gaatgcccaaattcaggtgtctcaatctgtttataatgattgttgcttattctattgagtgaagttgttttactgt 9105686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 148 - 720
Target Start/End: Complemental strand, 11789024 - 11788451
Alignment:
Q  148 ttgtccttgggcccttcagatctggcttctgctgtttgtttattttctagtttatgtctttgttttgtctggtttaaggctgcactcttgttgtttgaca 247  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  11789024 ttgtccttgggcgcttcagatatggtttctgctgttggttttatttctagtttatgtctttgtttatcctgttttaaggatgcacgctttttgtttgaca 11788925  T
Q  248 aaaagctccaaaagggttatgtcttttggaacaaagtagccagtgtatgttggcaatccatagtgactaaggaagcttacgaggctgactcccattgcaa 347  Q
    |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||||||    
T  11788924 aaaagacccaagagggttatgtcttttggaacaaagtagccagtgtatgttggcaatccatagagactaaggaagcttccgaggctggcccccattgcaa 11788825  T
Q  348 caacttctttactcatccaccaactatcaaacatctggaaaatttggacaatgttgagaccaatgatagtcgaaatgtgcgaacacaagtc---gatatt 444  Q
    |||  ||| |  |||||||||| || |||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   || |||    
T  11788824 caatctctcttttcatccaccagctgtcaaacatctggaaaaattgtacaattttgagaccaatgatagtcgaattgtgcgaacacaagtcaaagaaatt 11788725  T
Q  445 attcgtaactggattggaaaaaagactgtggattctcattcttatattgccaggtttcgggtttgtaagaggttctatgaactgatgctagtttgttgtt 544  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||    
T  11788724 atccgtaactggattggaaaaaagactgtggattctcttccttatattgccaggttccgggtttgtaagaggtcgaatgaagtgatgctagtttgttgtt 11788625  T
Q  545 cttggtttggttatgtcattttgacttttgaaggatctatgtgtatgatcaactatgtttgtgttagtttttctctcaactttgattttcgacaatggat 644  Q
    |||||||||||  ||||| |||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| | | | |||||||||||||||||||    
T  11788624 cttggtttggt--tgtcactttggctttcgaacaatctatgtgtatgatcaactatgtatgtgttatattttctttaatcgttgattttcgacaatggat 11788527  T
Q  645 ggggaatgccccaattcaagtgtctcaaactgtttgtaatgcttgttgctttatctattgaatgaagttgttttac 720  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || |||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  11788526 ggggaatgtcccaattcaagtgtctcaatctgtttgtattgtttcttgcttaatctattgaatgaaattgttttac 11788451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 613 - 720
Target Start/End: Original strand, 24682020 - 24682126
Alignment:
Q  613 ttttctctcaactttgattttcgacaatggatggggaatgccccaattcaagtgtctcaaactgtttgtaatgcttgttgctttatctattgaatgaagt 712  Q
    ||||| ||||| |||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  24682020 ttttccctcaaatttgcttttagacaata-atggggaatgccccaattcgacaatctcaaactgtttgtaacgcttgttgcttaatcttttgaatgaagt 24682118  T
Q  713 tgttttac 720  Q
    ||||||||    
T  24682119 tgttttac 24682126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 442 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 22792983 - 22792942
Alignment:
Q  442 attattcgtaactggattggaaaaaagactgtggattctcat 483  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  22792983 attatccgtaactggataggaaaaaagactttggattctcat 22792942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 75; Significance: 4e-34; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 391 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 32021239 - 32021127
Alignment:
Q  391 ttggacaatgttgagaccaatgatagtcgaaatgtgcgaacacaagtc---gatattattcgtaactggattggaaaaaagactgtggattctcattctt 487  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||   || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32021239 ttggacaattttgagaccaatgatagttgaattgtgcgaacacaagtcaaagaaattatccgtaactggattggaaaaaagactgtggattctcattctt 32021140  T
Q  488 atattgccaggtt 500  Q
    |||| ||||||||    
T  32021139 atatcgccaggtt 32021127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 215 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 32021370 - 32021294
Alignment:
Q  215 tctggtttaaggctgcactcttgttgtttgacaaaaagctccaaaagggttatgtcttttggaacaaagtagccagt 291  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32021370 tctggtttaaggctgcactctagttgtttgacaaaaagcaccatgagggttatgtcttttggaacaaagtatccagt 32021294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 655 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 32021046 - 32020990
Alignment:
Q  655 ccaattcaagtgtctcaaactgtttgtaatgcttgttgctttatctattgaatgaag 711  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  32021046 ccaattcaagtgtctcaatttgtttgtaatgtttgttgcttaatctattgaatgaag 32020990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University