View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1553R-Insertion-2 (Length: 964)

Name: NF1553R-Insertion-2
Description: NF1553R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1553R-Insertion-2
NF1553R-Insertion-2
[»] scaffold0115 (1 HSPs)
scaffold0115 (246-846)||(21815-22431)
[»] chr2 (27 HSPs)
chr2 (477-846)||(42625023-42625391)
chr2 (246-443)||(42622342-42622539)
chr2 (676-843)||(5938489-5938656)
chr2 (671-846)||(5109959-5110133)
chr2 (246-381)||(5704919-5705054)
chr2 (259-381)||(5110530-5110652)
chr2 (726-846)||(13807323-13807443)
chr2 (255-381)||(5938999-5939125)
chr2 (671-837)||(13626499-13626665)
chr2 (259-381)||(13625999-13626121)
chr2 (733-842)||(45151486-45151595)
chr2 (671-794)||(5704406-5704529)
chr2 (671-808)||(31576149-31576286)
chr2 (269-375)||(31575637-31575743)
chr2 (274-381)||(45150940-45151047)
chr2 (493-604)||(45151248-45151359)
chr2 (493-604)||(5110217-5110328)
chr2 (493-604)||(5938737-5938848)
chr2 (493-604)||(31575951-31576062)
chr2 (493-604)||(5704612-5704723)
chr2 (501-604)||(13807554-13807657)
chr2 (671-747)||(45458586-45458662)
chr2 (493-575)||(13626324-13626406)
chr2 (742-845)||(42604217-42604320)
chr2 (715-837)||(31604592-31604714)
chr2 (534-600)||(45458441-45458507)
chr2 (328-381)||(13807867-13807920)
[»] chr5 (28 HSPs)
chr5 (477-846)||(39800411-39800781)
chr5 (477-846)||(40056734-40057097)
chr5 (246-424)||(40057130-40057308)
chr5 (246-443)||(39800118-39800331)
chr5 (258-418)||(35188309-35188469)
chr5 (254-418)||(39206814-39206978)
chr5 (671-842)||(35188798-35188969)
chr5 (671-847)||(23428984-23429160)
chr5 (702-844)||(39207331-39207473)
chr5 (258-442)||(33742401-33742584)
chr5 (671-833)||(42836746-42836908)
chr5 (246-388)||(23429550-23429692)
chr5 (676-846)||(33742927-33743089)
chr5 (726-847)||(3925963-3926082)
chr5 (254-381)||(3926516-3926643)
chr5 (676-846)||(2209288-2209460)
chr5 (493-604)||(35188603-35188714)
chr5 (493-604)||(39207127-39207238)
chr5 (267-373)||(39886996-39887102)
chr5 (258-342)||(42837869-42837953)
chr5 (493-604)||(3926203-3926314)
chr5 (770-846)||(26621224-26621300)
chr5 (493-604)||(23429243-23429354)
chr5 (671-795)||(42879090-42879214)
chr5 (268-381)||(42878646-42878759)
chr5 (508-559)||(39886817-39886868)
chr5 (506-604)||(42878917-42879015)
chr5 (267-343)||(26621724-26621800)
[»] chr7 (44 HSPs)
chr7 (477-846)||(27336693-27337062)
chr7 (274-443)||(27337257-27337426)
chr7 (671-843)||(23809880-23810052)
chr7 (255-389)||(1052742-1052876)
chr7 (254-381)||(33189640-33189767)
chr7 (726-847)||(5972730-5972851)
chr7 (676-847)||(33189143-33189314)
chr7 (249-388)||(36299117-36299256)
chr7 (255-388)||(47925149-47925282)
chr7 (246-381)||(11038859-11038994)
chr7 (671-846)||(11039390-11039564)
chr7 (685-827)||(30541697-30541839)
chr7 (676-848)||(7766809-7766981)
chr7 (671-842)||(2944271-2944442)
chr7 (254-388)||(30541174-30541302)
chr7 (671-846)||(38440649-38440818)
chr7 (268-391)||(7767306-7767429)
chr7 (671-846)||(25501894-25502069)
chr7 (254-391)||(38440093-38440229)
chr7 (671-846)||(22519393-22519568)
chr7 (725-841)||(1053336-1053453)
chr7 (266-381)||(2943745-2943859)
chr7 (493-604)||(23809685-23809796)
chr7 (501-604)||(36298784-36298887)
chr7 (274-388)||(5973303-5973417)
chr7 (488-601)||(38440445-38440559)
chr7 (493-601)||(22519209-22519316)
chr7 (678-838)||(36298538-36298697)
chr7 (493-604)||(28636376-28636487)
chr7 (502-604)||(30541505-30541607)
chr7 (493-578)||(31457297-31457384)
chr7 (493-604)||(5972970-5973081)
chr7 (494-601)||(33189404-33189508)
chr7 (303-381)||(23809405-23809483)
chr7 (271-339)||(43427061-43427129)
chr7 (505-604)||(1053140-1053239)
chr7 (493-604)||(7767073-7767184)
chr7 (493-604)||(11039196-11039307)
chr7 (287-386)||(22518891-22518989)
chr7 (493-604)||(2944085-2944196)
chr7 (535-604)||(25502150-25502219)
chr7 (536-604)||(47924983-47925054)
chr7 (520-604)||(15954671-15954755)
chr7 (760-846)||(47924740-47924826)
[»] chr3 (36 HSPs)
chr3 (477-846)||(12148783-12149154)
chr3 (246-443)||(12149228-12149441)
chr3 (255-381)||(27926316-27926442)
chr3 (671-846)||(13825659-13825834)
chr3 (679-846)||(25874917-25875084)
chr3 (671-847)||(4127750-4127927)
chr3 (257-381)||(3778662-3778786)
chr3 (254-381)||(25874383-25874512)
chr3 (671-846)||(48251849-48252024)
chr3 (735-846)||(21287866-21287977)
chr3 (246-381)||(48251161-48251296)
chr3 (256-381)||(21288412-21288538)
chr3 (268-381)||(13826373-13826486)
chr3 (266-381)||(5295535-5295650)
chr3 (671-851)||(27926825-27927005)
chr3 (266-359)||(26749152-26749245)
chr3 (493-604)||(5295217-5295328)
chr3 (710-837)||(36584156-36584283)
chr3 (772-838)||(5294979-5295045)
chr3 (493-601)||(25874713-25874821)
chr3 (533-604)||(48251715-48251786)
chr3 (501-604)||(3778925-3779028)
chr3 (493-600)||(21288110-21288217)
chr3 (493-579)||(37341419-37341505)
chr3 (533-601)||(36584410-36584478)
chr3 (477-579)||(32847559-32847661)
chr3 (260-335)||(53208829-53208903)
chr3 (535-604)||(27926674-27926742)
chr3 (323-388)||(36585039-36585104)
chr3 (515-575)||(13084732-13084792)
chr3 (254-342)||(32536652-32536740)
chr3 (267-310)||(36585102-36585145)
chr3 (295-361)||(25022411-25022477)
chr3 (493-601)||(13825920-13826028)
chr3 (802-843)||(26187681-26187722)
chr3 (296-373)||(27519860-27519937)
[»] chr4 (43 HSPs)
chr4 (477-838)||(40571900-40572261)
chr4 (246-443)||(40568610-40568807)
chr4 (671-849)||(41039081-41039259)
chr4 (501-842)||(8819329-8819674)
chr4 (253-388)||(8818971-8819106)
chr4 (263-388)||(36464491-36464616)
chr4 (256-375)||(19842058-19842177)
chr4 (254-388)||(38951937-38952071)
chr4 (671-845)||(51356934-51357107)
chr4 (676-846)||(23626606-23626776)
chr4 (671-826)||(19841513-19841668)
chr4 (689-850)||(22278057-22278217)
chr4 (256-375)||(41041766-41041885)
chr4 (254-375)||(22279331-22279451)
chr4 (671-843)||(38951375-38951547)
chr4 (254-381)||(33340921-33341048)
chr4 (246-361)||(23627206-23627320)
chr4 (316-386)||(29117323-29117393)
chr4 (717-846)||(36465061-36465190)
chr4 (255-388)||(40714504-40714636)
chr4 (255-371)||(43624675-43624781)
chr4 (493-575)||(22278352-22278434)
chr4 (493-604)||(40714861-40714972)
chr4 (493-604)||(41039344-41039455)
chr4 (755-848)||(42555080-42555171)
chr4 (267-365)||(51357530-51357628)
chr4 (255-375)||(17119965-17120085)
chr4 (493-597)||(42555329-42555433)
chr4 (493-601)||(23626855-23626960)
chr4 (278-388)||(42555652-42555762)
chr4 (502-604)||(51357179-51357280)
chr4 (742-846)||(47223056-47223160)
chr4 (677-846)||(40715062-40715223)
chr4 (493-604)||(43624423-43624536)
chr4 (533-602)||(17120332-17120401)
chr4 (493-602)||(38951633-38951742)
chr4 (317-358)||(50667871-50667912)
chr4 (676-847)||(24916600-24916771)
chr4 (501-574)||(36464848-36464920)
chr4 (754-846)||(42595793-42595886)
chr4 (291-336)||(48747921-48747966)
chr4 (390-442)||(42555582-42555634)
chr4 (493-604)||(29117031-29117142)
[»] chr1 (43 HSPs)
chr1 (539-847)||(25294014-25294302)
chr1 (246-443)||(25293723-25293936)
chr1 (671-839)||(31292956-31293124)
chr1 (671-846)||(48379292-48379467)
chr1 (671-848)||(31585432-31585609)
chr1 (256-381)||(29677293-29677418)
chr1 (254-375)||(31584919-31585040)
chr1 (254-381)||(11894581-11894708)
chr1 (671-846)||(29678520-29678695)
chr1 (671-846)||(17562985-17563160)
chr1 (671-843)||(47140542-47140714)
chr1 (676-846)||(38264528-38264698)
chr1 (249-422)||(25987628-25987801)
chr1 (254-375)||(48378765-48378886)
chr1 (671-846)||(19884608-19884783)
chr1 (671-822)||(36728953-36729104)
chr1 (261-360)||(47141129-47141228)
chr1 (274-388)||(2191491-2191605)
chr1 (685-846)||(2192002-2192163)
chr1 (254-348)||(17562513-17562607)
chr1 (246-327)||(42507291-42507372)
chr1 (493-602)||(11894301-11894410)
chr1 (671-751)||(15378741-15378821)
chr1 (493-604)||(47140795-47140906)
chr1 (254-411)||(52252863-52253020)
chr1 (263-371)||(15379073-15379181)
chr1 (247-327)||(36728538-36728618)
chr1 (493-604)||(36728758-36728869)
chr1 (493-604)||(48379095-48379206)
chr1 (754-846)||(25987142-25987233)
chr1 (493-601)||(29678324-29678432)
chr1 (493-604)||(17562791-17562902)
chr1 (501-604)||(19884423-19884526)
chr1 (493-604)||(31585238-31585349)
chr1 (321-388)||(38264075-38264142)
chr1 (533-604)||(38264378-38264449)
chr1 (533-575)||(52252717-52252759)
chr1 (533-601)||(2191841-2191909)
chr1 (533-604)||(25987397-25987468)
chr1 (800-842)||(15378687-15378729)
chr1 (493-604)||(31292765-31292873)
chr1 (390-442)||(15378980-15379032)
chr1 (778-841)||(17145512-17145575)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (575-846)||(7668-7941)
[»] scaffold0634 (1 HSPs)
scaffold0634 (246-443)||(8944-9157)
[»] chr6 (24 HSPs)
chr6 (671-846)||(35167914-35168089)
chr6 (671-846)||(8576501-8576676)
chr6 (671-846)||(34435001-34435176)
chr6 (254-381)||(7622624-7622751)
chr6 (671-846)||(7622115-7622290)
chr6 (671-847)||(28581898-28582076)
chr6 (671-833)||(5999306-5999459)
chr6 (254-375)||(10788804-10788924)
chr6 (246-381)||(35166960-35167095)
chr6 (745-847)||(32292657-32292759)
chr6 (256-380)||(641713-641837)
chr6 (254-374)||(10408623-10408743)
chr6 (709-842)||(642297-642430)
chr6 (728-841)||(10788326-10788441)
chr6 (280-375)||(28582492-28582587)
chr6 (728-846)||(10409193-10409311)
chr6 (493-604)||(8576759-8576870)
chr6 (493-604)||(10788485-10788596)
chr6 (493-604)||(28582150-28582260)
chr6 (533-601)||(7245532-7245600)
chr6 (493-604)||(35167296-35167407)
chr6 (493-604)||(34433208-34433319)
chr6 (493-569)||(7622403-7622479)
chr6 (535-604)||(642112-642181)
[»] chr8 (31 HSPs)
chr8 (726-847)||(8227485-8227606)
chr8 (671-841)||(7987428-7987598)
chr8 (676-846)||(31005767-31005937)
chr8 (671-825)||(7968636-7968790)
chr8 (254-373)||(9762608-9762727)
chr8 (676-847)||(36583096-36583267)
chr8 (249-381)||(8226917-8227049)
chr8 (266-388)||(7986896-7987018)
chr8 (254-375)||(36582613-36582734)
chr8 (847-963)||(20807143-20807261)
chr8 (256-381)||(31006354-31006479)
chr8 (263-375)||(28211605-28211717)
chr8 (274-388)||(7968163-7968277)
chr8 (671-843)||(11481187-11481359)
chr8 (259-381)||(11481739-11481862)
chr8 (493-604)||(13355812-13355923)
chr8 (493-604)||(8227254-8227365)
chr8 (861-963)||(3163555-3163658)
chr8 (717-813)||(9765250-9765346)
chr8 (671-811)||(13355588-13355728)
chr8 (493-604)||(9762937-9763048)
chr8 (493-604)||(7968441-7968552)
chr8 (496-604)||(36582901-36583009)
chr8 (250-387)||(6870278-6870415)
chr8 (493-604)||(11481426-11481537)
chr8 (43-92)||(20807378-20807427)
chr8 (493-600)||(6870639-6870746)
chr8 (773-847)||(6870791-6870865)
chr8 (51-91)||(3163777-3163817)
chr8 (808-848)||(9766107-9766147)
chr8 (490-551)||(7987280-7987341)
[»] scaffold0158 (1 HSPs)
scaffold0158 (854-963)||(600-711)
[»] scaffold0057 (3 HSPs)
scaffold0057 (681-844)||(66350-66513)
scaffold0057 (258-343)||(66898-66983)
scaffold0057 (533-574)||(66580-66621)
[»] scaffold0155 (4 HSPs)
scaffold0155 (748-846)||(7156-7253)
scaffold0155 (255-381)||(6628-6754)
scaffold0155 (493-604)||(6898-7009)
scaffold0155 (671-722)||(7094-7145)
[»] scaffold0246 (1 HSPs)
scaffold0246 (718-790)||(10768-10840)


Alignment Details
Target: scaffold0115 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0115
Description:

Target: scaffold0115; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 246 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 22431 - 21815
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  22431 tccgcatccgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactaccc 22332  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgcacc----------------tgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcc 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22331 gctaattaatggatacggatgcggatttaatggtatccgcacccgcggatatccgcacctgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcc 22232  T
Q  430 tttcaacttcctatnnnnnnnnnnnnnnnnncttcctataaactgagtgaattttattttatgttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgt 529  Q
    ||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22231 tttcaacttcctataaaataaaaaataaaaacttcctataaactgagtgaattttattttatgttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgt 22132  T
Q  530 agtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgctnnnnnnnnntgcatgttatgaattt 629  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||    
T  22131 agtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgctaaaaaaaaatgcatgttatgaattt 22032  T
Q  630 ttggttttaaatttacctaaaataataaacaannnnnnnncttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggat 729  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22031 ttggttttaaatttacctaaaaaaataaacaattttttttcttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacctcaaaatccatggat 21932  T
Q  730 tatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggat 829  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21931 tatccgctatatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggacacggatatcacactatccgcatccatggat 21832  T
Q  830 attcatttacatcccta 846  Q
    || ||||||||||||||    
T  21831 atccatttacatcccta 21815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 287; Significance: 1e-160; HSPs: 27)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 477 - 846
Target Start/End: Original strand, 42625023 - 42625391
Alignment:
Q  477 tgaattttattttatgttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttg 576  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42625023 tgaattttattttatgttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttg 42625122  T
Q  577 ttataatctatcgatattatgttttgctnnnnnnnnntgcatgttatgaatttttggttttaaatttacctaaaataataaacaannnnnnnncttatga 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||||||    
T  42625123 ttataatctatcgatattatgttttgctaaaaaaaaatgcatgttatgaatttttggttttaaatttacctaaaaaaataaacaaatttttttcttatga 42625222  T
Q  677 atgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggattt 776  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42625223 atgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacctcaaaatccatggattatccgctaaatgaatatccgcatggatatggatagggtacggattt 42625322  T
Q  777 catatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42625323 catatttatctaac-gagtggacacggatatcacactctccgcatccatggatatccatttacatcccta 42625391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 246 - 443
Target Start/End: Original strand, 42622342 - 42622539
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  42622342 tccgcatccgtggatatccgcggataaaatccgtcacggacacggaacggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactaccc 42622441  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgcacctgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcctttcaacttcctat 443  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42622442 gttaattaatgaatacggatgcggatttaatggtatccgcacccgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgccttttaacttcctat 42622539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 676 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 5938656 - 5938489
Alignment:
Q  676 aatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatt 775  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||| |||  ||||| ||||||||  ||||||| |||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||| |||    
T  5938656 aatgttatccatggatatttgtataaacccgcagatacttcaaaatctgtggattacccgctaaacggatatccacgcggatatggatagggtacgaatt 5938557  T
Q  776 tcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcc 843  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  5938556 tcatatttatctaacggagtggacacggatatcacactattcacatccatggatatccatttacatcc 5938489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 5110133 - 5109959
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  5110133 ttataaatgttatccatggatatctgtaaaaatccgcggatacctcaaaatccgtggattacccgctaaacggatatccgcatgaatatggatagaatac 5110034  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    ||||||||||||||||| || ||| | | ||  |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  5110033 ggatttcatatttatctgacagagcgcacacaaatatcacactatccgcat-catggatatctatttacatcccta 5109959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 246 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 5705054 - 5704919
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||       
T  5705054 tccgcatccgtggatatccgcggataaaatccgccacgggcacggaacggataccttaatgtatatccgtggataaaataaatggattttttaactatcc 5704955  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  5704954 gctaattaatggatacggatgtggatttaatggtat 5704919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 259 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 5110652 - 5110530
Alignment:
Q  259 atatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatgga 358  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||    
T  5110652 atatccgcggataaaatctgccacggacacagagcggataccttaatggatatccatggataaaataaatgaattttttaactacccgctaattaatgga 5110553  T
Q  359 tacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    |||| |||||||||||| |||||    
T  5110552 tacgaatgcggatttaatggtat 5110530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 726 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 13807443 - 13807323
Alignment:
Q  726 ggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccat 825  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  | ||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  13807443 ggattacccgctaaatggatatccgcacggatatggataggatacggatttcatatttttctaacgaggcggacacagatatcacactatccgcgtccat 13807344  T
Q  826 ggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  13807343 ggatatccatttacatcccta 13807323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 255 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 5939125 - 5938999
Alignment:
Q  255 gtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaa 354  Q
    |||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  5939125 gtggatatccgtagataaaatccgtcacggacatggagcgaataccttaatggatattcatggatataataaatggattttttaactacccgctaattaa 5939026  T
Q  355 tggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    |||||||  |||||||||||| |||||    
T  5939025 tggatacaaatgcggatttaatggtat 5938999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 671 - 837
Target Start/End: Original strand, 13626499 - 13626665
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||  |||||||    |||||| || ||||  ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  13626499 ttataaatgttatccatgaatatctgtataaacccgcggatatctcaaaatatgcggattaccctctaagaggatatccgcccggatatggatagggtac 13626598  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcattt 837  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  13626599 ggatttcatatttatctaacgaaacggacacgaatatcacactatccgcatctatggatatccattt 13626665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 259 - 381
Target Start/End: Original strand, 13625999 - 13626121
Alignment:
Q  259 atatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatgga 358  Q
    |||||| |||||||||| | |||||| | || |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  13625999 atatccacggataaaattcaccacgggcgcgaagcggataccttaatggatatctatggataaaataaacagattttttaactacccgctaattaatgga 13626098  T
Q  359 tacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  13626099 tacggatgcggatttaatggtat 13626121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 733 - 842
Target Start/End: Original strand, 45151486 - 45151595
Alignment:
Q  733 ccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatatt 832  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  45151486 ccgctaaatggatatccacacagatatgaataggatacagatttcatatttatctaacagagcggacacggatatcacactatccgcatgcatggatatc 45151585  T
Q  833 catttacatc 842  Q
    ||||||||||    
T  45151586 catttacatc 45151595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 671 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 5704529 - 5704406
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||  ||||||| |||||||| ||||||||||  |||||| ||||| ||||    
T  5704529 ttataaatgttatccatggatatctgtataaacccgcggatacctcaaaatcattggattacccgctaaacggatatccgcgcggatatagatagagtac 5704430  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggag 794  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  5704429 agatttcatatttatctaatggag 5704406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 671 - 808
Target Start/End: Original strand, 31576149 - 31576286
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||  |||||| | ||||| |  |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  31576149 ttataaatgttatccatggatatctgtacaaacccacggatacctaaaaattcgcggattacccgctaaatggatatccacacggatatggatagggtac 31576248  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatc 808  Q
      ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||    
T  31576249 aaatttcatatttatataatggagtggacacggatatc 31576286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 269 - 375
Target Start/End: Original strand, 31575637 - 31575743
Alignment:
Q  269 ataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcg 368  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||| | || || |||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  31575637 ataaaatccgccactgacacagagtggatatcttaatggatatgcatggataaaataaacgaattttgtaactacccgctaattaatggatacggatgcg 31575736  T
Q  369 gatttaa 375  Q
    |||||||    
T  31575737 gatttaa 31575743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 274 - 381
Target Start/End: Original strand, 45150940 - 45151047
Alignment:
Q  274 atccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggattt 373  Q
    ||||||||||| ||  || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||   |||||||||||||||| |||||||||||    
T  45150940 atccgccacgggcatagaacggataccttaatagatatccatggataaaataaacggattttttaactatccgctaattaatggatacagatgcggattt 45151039  T
Q  374 aacggtat 381  Q
    || |||||    
T  45151040 aatggtat 45151047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 45151248 - 45151359
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| || |||| |||  |||    
T  45151248 ttttgttaaatcaaagaattttatttttattaaatgtaagggactttgtttatgtttttgttgaatcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaata 45151347  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  45151348 ttatgttttgct 45151359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 5110328 - 5110217
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||  | || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||    
T  5110328 ttttgttaaatcaaataactttatttttattaaatgtaagggacattatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaata 5110229  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  5110228 ttatgttttgct 5110217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 5938848 - 5938737
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||    
T  5938848 ttttgttaaatcaaataactttatttttattaaatgtaagggactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaata 5938749  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
     |||||||||||    
T  5938748 ctatgttttgct 5938737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 31575951 - 31576062
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || |||| |||  |||    
T  31575951 ttttgttaaatcaaaaaactttatttttattaaatgtaagggactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttattattgtaatgtatgaata 31576050  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  31576051 ttatgttttgct 31576062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 5704723 - 5704612
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgta-gtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgat 591  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  ||    
T  5704723 ttttgttaaatcaaataactttatttttattaaatgtaagtga-ctttatttatatttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaat 5704625  T
Q  592 attatgttttgct 604  Q
    |||||||||||||    
T  5704624 attatgttttgct 5704612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 501 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 13807657 - 13807554
Alignment:
Q  501 aatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttt 600  Q
    |||||||||| ||||||| |||| ||||||    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||||||||||    
T  13807657 aatcaaagaactttatttttattgaatgtaagagactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaatattatgttt 13807558  T
Q  601 tgct 604  Q
    ||||    
T  13807557 tgct 13807554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 671 - 747
Target Start/End: Original strand, 45458586 - 45458662
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatat 747  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  45458586 ttataaatgttatccatggatatctgtataaatttgtggatacttcaaaatctgtggattacccgctaaatggatat 45458662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 493 - 575
Target Start/End: Original strand, 13626324 - 13626406
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgtt 575  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||||||   | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  13626324 ttttgttaaatcgaagaactttatttttattaaatgttagggactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttggtgtt 13626406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 742 - 845
Target Start/End: Complemental strand, 42604320 - 42604217
Alignment:
Q  742 ggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacat 841  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||  ||  || |||| |||||||||  ||| ||| |||||||||| ||||||| ||  ||||||||| |||||||||    
T  42604320 ggatatccgcatggaaatggagaggacacatatatcatttttatctaatagagcggacacggatatcatactatccacacacatggatatccatttacat 42604221  T
Q  842 ccct 845  Q
    ||||    
T  42604220 ccct 42604217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 715 - 837
Target Start/End: Complemental strand, 31604714 - 31604592
Alignment:
Q  715 tcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacacta 814  Q
    ||||||||  ||||||| ||| ||||  ||||||||||  ||||| |||| |||||  |||||||||||||| |||||||  || ||  |||||||||||    
T  31604714 tcaaaatctgtggattacccgttaaacagatatccgcacagatatagataaggtacaaatttcatatttatccaacggagcagacacaaatatcacacta 31604615  T
Q  815 tccgcatccatggatattcattt 837  Q
    ||||  |||||| |||| |||||    
T  31604614 tccgtgtccatgaatatccattt 31604592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 534 - 600
Target Start/End: Original strand, 45458441 - 45458507
Alignment:
Q  534 aactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttt 600  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |  |||| ||| ||||||||||||    
T  45458441 aactttatttatgtttttgttgaatcaatgatctttgttgttatggtaatgtatggatattatgttt 45458507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 328 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 13807920 - 13807867
Alignment:
Q  328 tggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  13807920 tggattttttaactacccgcttattaatggatacggatgtggatttaatggtat 13807867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 28)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 477 - 846
Target Start/End: Original strand, 39800411 - 39800781
Alignment:
Q  477 tgaattttattttatgttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttg 576  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39800411 tgaattttattttatgttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttg 39800510  T
Q  577 ttataatctatcgatattatgttttgctnnnnnnnnn-tgcatgttatgaatttttggttttaaatttacctaaaataataaacaannnnnnnncttatg 675  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||        ||||||    
T  39800511 ttataatctatcgatattatgttttgctaaaaaaaaaatgcatgttatgaatttttggttttaaatttaccttaaaaaataaacaaatttttttcttatg 39800610  T
Q  676 aatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatt 775  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39800611 aatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacctcaaaatccatggattatccgctaaatggatatctgcatggatatggatagggtacggatt 39800710  T
Q  776 tcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39800711 ttatatttatctaacggagtggacacggatatcacactatccgcatccatggatatccatttacatcccta 39800781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 477 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 40057097 - 40056734
Alignment:
Q  477 tgaattttattttatgttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttg 576  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40057097 tgaattttattttatgttttatttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatttttgttgttg 40056998  T
Q  577 ttataatctatcgatattatgttttgctnnnnnnnnntgcatgttatgaatttttggttttaaatttacctaaaataataaacaannnnnnnncttatga 676  Q
    ||||||      ||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||        |||||||    
T  40056997 ttataa------gatattatgttttgctaaaaaaaaatgcatgttatgaatttttggttttaaatttatctaaaaaaataaacaaatttttttcttatga 40056904  T
Q  677 atgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggattt 776  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40056903 atgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacctcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacgaattt 40056804  T
Q  777 catatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40056803 catatttatctaacggagtggaaacggatatcacactatccgcatccatggatatccatttacatcccta 40056734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 246 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 40057308 - 40057130
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||      
T  40057308 tccgcatccgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatctacggataaaataaatagatattttaactaccc 40057209  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgcacctgctattaaactgagtgaattacgtaaatatcctta 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40057208 gctaattaatggatacggatgcggatttaatggtatccgcacccgctattaaactgagtgaattacgtaaatatcctta 40057130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 246 - 443
Target Start/End: Original strand, 39800118 - 39800331
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  39800118 tccgcatccgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactaccc 39800217  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacgg----------------tattcgcacctgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcc 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||                ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39800218 gctaattaatggatacggatgcggatttaatggtatctgcacccgcggatatccgcacccgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcc 39800317  T
Q  430 tttcaacttcctat 443  Q
    ||||||||||||||    
T  39800318 tttcaacttcctat 39800331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 258 - 418
Target Start/End: Original strand, 35188309 - 35188469
Alignment:
Q  258 gatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatgg 357  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  35188309 gatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccatggataaaataaacggattttttaactacccgctaattaatgg 35188408  T
Q  358 atacggatgcggatttaacggtattcgcacctgctattaaactgagtgaattacgtaaata 418  Q
    |||||||||||||||||  ||||| | |||| |||||||||| |||| |||||| ||||||    
T  35188409 atacggatgcggatttagtggtatccacacccgctattaaaccgagtaaattacataaata 35188469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 254 - 418
Target Start/End: Original strand, 39206814 - 39206978
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||    
T  39206814 cgtggatatccgcggataaaatccgccacgggcacagagcggataccttaatggatatcgatggataaaataaacggattttttaactacccgctaatta 39206913  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaacggtattcgcacctgctattaaactgagtgaattacgtaaata 418  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||| |||| |||||| ||||||    
T  39206914 atggatacggatgcggatttaatggtatccacacccgctattaaaccgagtaaattacataaata 39206978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 671 - 842
Target Start/End: Original strand, 35188798 - 35188969
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||||| | | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||    
T  35188798 ttataaatgttatccatggatatttgtataaacctgcggatacctaaaaatccatggattatccgctaaatggatattcgcacggatatagataggatac 35188897  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatc 842  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35188898 agatttcatatttatctaacggagcggacacgaatatcacactatccgcatccatggatatccatttacatc 35188969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 671 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 23429160 - 23428984
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||  |||||||  || |||||| | ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  23429160 ttataaatgttatccatggatatatgtataaactcgcggatacctaaaaatccgtggattgcccgctaaatggatatccgcacggatatggatagggtac 23429061  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctag 847  Q
    |||||||||||||||||| |||||  || | ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||    
T  23429060 ggatttcatatttatctatcggagcagacaaggatatcacactatccgcatccatgaatatctatttacatccctag 23428984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 702 - 844
Target Start/End: Original strand, 39207331 - 39207473
Alignment:
Q  702 atccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatac 801  Q
    |||| ||||||  |||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||    
T  39207331 atccatggatatctcaaaatccgcggattacccgctaaacggatatccgcacggatatggaaagggtacggatttcatatttatctaacggagcagacac 39207430  T
Q  802 ggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccc 844  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39207431 ggatatcacactatccgcatccatggatatccatttacatccc 39207473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 258 - 442
Target Start/End: Original strand, 33742401 - 33742584
Alignment:
Q  258 gatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatgg 357  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||    
T  33742401 gatatccgtggataaaatcctccacggacatggagtggataccttaattgatatccatggataaaataaatggattttttaacta-tcgttaattaatgg 33742499  T
Q  358 atacggatgcggatttaacggtattcgcacctgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcctttcaacttccta 442  Q
    |||| ||||||||| |||  |||| | |||| |||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||  | ||||||||||||    
T  33742500 atacagatgcggatgtaattgtatccacacccgctattaaacagagtaaattacataaataaccttaatatcattcaacttccta 33742584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 671 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 42836908 - 42836746
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| || |||| ||| |||||| | ||| |||  |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  42836908 ttataaatgttatccatgaatatctgtgtaaacccgcggatacctaaaactcctcggattatccgttaaatggatatctgcacggatatggatatggtac 42836809  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattc 833  Q
      |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42836808 atatttcatatttatctaacggagcggacacagatatcacactatccgcatccatggatattc 42836746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 246 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 23429692 - 23429550
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    |||||| || ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | |||| ||||| |||| |||||||||||     
T  23429692 tccgcactcatggatatccgtagataaaatccgctacggacacggaacggatatcttaatggatatccatgaataacataaacggattttttaactactc 23429593  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgcacc 388  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  23429592 gctaattaatggatacagatgcggatttaatggtattcacacc 23429550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 676 - 846
Target Start/End: Original strand, 33742927 - 33743089
Alignment:
Q  676 aatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatt 775  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||   |||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||    
T  33742927 aatgttatccatggatatctgtataaacccgcatatacctcaaaatccacggattacccgctaaaaggatatcgacacggatatggatagggtacggatt 33743026  T
Q  776 tcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
     ||||||||| |||||||| |        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33743027 acatatttatgtaacggagcg--------tatcacactatccgcatccatggatatccatttacatcccta 33743089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 726 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 3926082 - 3925963
Alignment:
Q  726 ggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccat 825  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||| |||||||    
T  3926082 ggattacccgctaaatggatatctgcacggatatggatatggtacggatttcatatttatctaacggagcggacacaaatatcacactatccacatccat 3925983  T
Q  826 ggatattcatttacatccctag 847  Q
    ||||||  ||||||||||||||    
T  3925982 ggatat--atttacatccctag 3925963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 254 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 3926643 - 3926516
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||    
T  3926643 cgtggatattcgcagataaaatccgccacaggcacggagcggatatcttaatggatatctatggataaaataaacggattttttaactacatgcttatta 3926544  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||||||  |||||||||||||| |||||    
T  3926543 atggatgtggatgcggatttaatggtat 3926516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 676 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 2209460 - 2209288
Alignment:
Q  676 aatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatt 775  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||   |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||  || ||| |||||||||||  ||||||    
T  2209460 aatgttatccatggatatctgtataaacccgcatatacctcaaaatccatggattacccgctaaacggatatttgcgtgggtatggatagggcgcggatt 2209361  T
Q  776 tcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatc--cgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    | |||||| || ||| ||  | | |||||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  2209360 ttatatttgtccaacagaacgtacacggatatcacactatctacacatctatggatattcatttacatcccta 2209288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 35188603 - 35188714
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||    
T  35188603 ttttgttaaatcaaataactttatttttattaaatgtaagggactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatttatgaata 35188702  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  35188703 ttatgttttgct 35188714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 39207127 - 39207238
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||    
T  39207127 ttttgttaaatcaaagaactttatttttattaaatgtaagggactttatttatgtttttgttgtgtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaata 39207226  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  39207227 ttatgttttgct 39207238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 267 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 39887102 - 39886996
Alignment:
Q  267 ggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatg 366  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||  ||||| |||||||||||| || |||||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  39887102 ggataaaatccgccacgaacacagaatggatatcttaatggatatacatggataaaataaacgaatatttcaactacctgctaattaatggatacagatg 39887003  T
Q  367 cggattt 373  Q
    | |||||    
T  39887002 cagattt 39886996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 258 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 42837953 - 42837869
Alignment:
Q  258 gatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaacta 342  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||||||    
T  42837953 gatatccgcggataaaacccgccacagacacagagcggatatcttaatggatatctatggataaaataaacggattttttaacta 42837869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 3926314 - 3926203
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| || |||| |||  |||    
T  3926314 ttttgttaaatcaaagaactttatttttattaaatgtaagagactttatttatgtttttgttgagtcaatgatttttgttgttattgtaatgtatgaata 3926215  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  3926214 ttatgttttgct 3926203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 770 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 26621300 - 26621224
Alignment:
Q  770 cggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  26621300 cggatttcatatttatttagcggagtggacacggatatcacactatctgcattcaaagatattcatttacatcccta 26621224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 23429354 - 23429243
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| || | || |||  |||    
T  23429354 ttttgttaaatcaaataactttatttttattaaatgtaacggactttatttatgtttttgttgagtaaatgatctttgttgttattgtgatatatgaata 23429255  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  23429254 ttatgttttgct 23429243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 671 - 795
Target Start/End: Original strand, 42879090 - 42879214
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||| ||||  ||||||| | | | |||| |||| ||| | |||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||  ||||    
T  42879090 ttataaatgttatccatgaatatatgtataaacctgcgaatacctcaacatctacggattacccgctaaacggatatccgccgggatatggatattgtac 42879189  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagt 795  Q
      |||||||||||||| ||||||||    
T  42879190 atatttcatatttatccaacggagt 42879214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 268 - 381
Target Start/End: Original strand, 42878646 - 42878759
Alignment:
Q  268 gataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgc 367  Q
    |||||| |||| ||| ||||| |||| ||||| |||||| |||||||  ||||||||||| |||| |||||| |||    ||||||||||||| | ||||    
T  42878646 gataaactccgtcacagacacagagcagatactttaatgaatatccatagataaaataaacggattttttaaatacccattaattaatggatatgaatgc 42878745  T
Q  368 ggatttaacggtat 381  Q
    |||||||| |||||    
T  42878746 ggatttaatggtat 42878759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 508 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 39886868 - 39886817
Alignment:
Q  508 gaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtc 559  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  39886868 gaattttatttttattaaacgtaatgaactttatttatgtttttgttgagtc 39886817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 506 - 604
Target Start/End: Original strand, 42878917 - 42879015
Alignment:
Q  506 aagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgct 604  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||  | ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| || |||| |||  ||||||  |||||||    
T  42878917 aagaactttatttttattaagtgtaagggactttatttatgtttttgttgagttaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaatattacattttgct 42879015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 267 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 26621800 - 26621724
Alignment:
Q  267 ggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactac 343  Q
    |||||||||| |||| ||| || ||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||   |||||||||||||    
T  26621800 ggataaaatctgccaaggatacagagcgcataccttaatggatgtctatggataaaataaacaaatattttaactac 26621724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 44)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 477 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 27337062 - 27336693
Alignment:
Q  477 tgaattttattttatgttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttg 576  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27337062 tgaattttattttatgttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatctatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttg 27336963  T
Q  577 ttataatctatcgatattatgttttgctnnnnnnnnntgcatgttatgaatttttggttttaaatttacctaaaataataaacaannnnnnnncttatga 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||||||    
T  27336962 ttataatctatcgatattatgttttgctaaaaaaaaatgcatgttatgaatttttggttttaaatttacctaaaaaaataaacaaatttttttcttatga 27336863  T
Q  677 atgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggattt 776  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  27336862 atgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacctcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtctggattt 27336763  T
Q  777 catatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  27336762 catatttatctaacgaagtggacacggatatcacactatctgcatccatggacatccatttacatcccta 27336693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 274 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 27337426 - 27337257
Alignment:
Q  274 atccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggattt 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  27337426 atccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacgaataaaataaatggatattttaactacccgctaattaatagatacggatgcggattt 27337327  T
Q  374 aacggtattcgcacctgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcctttcaacttcctat 443  Q
    || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27337326 aatggtatccgcacccgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcctttcaacttcctat 27337257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 671 - 843
Target Start/End: Original strand, 23809880 - 23810052
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||  ||||||||| |||||||  || |||||| | ||||||| |||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  23809880 ttataaatgttatttatggatatctgtataaactcgcggatacctaaaaatccgtggattactcgctaaatggatatccccacggatatggatagggtac 23809979  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcc 843  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23809980 ggatttcatatttatctaacggagtggacacggatatcgcactatccgcatccatggatatccatttacatcc 23810052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 255 - 389
Target Start/End: Original strand, 1052742 - 1052876
Alignment:
Q  255 gtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaa 354  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  1052742 gtggatatctgcggataaaattcgccacggacacggagcggataccttaatggatatccatggataaaataaacggatattttaactacccgctaattaa 1052841  T
Q  355 tggatacggatgcggatttaacggtattcgcacct 389  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  1052842 tggataaggatgtggatttaatggtatccgcacct 1052876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 254 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 33189767 - 33189640
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||    
T  33189767 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccatggataaaataaacggattttttaactacccgctaatta 33189668  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    |||||||| |||||| ||| || |||||    
T  33189667 atggatacagatgcgaattcaatggtat 33189640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 726 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 5972851 - 5972730
Alignment:
Q  726 ggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccat 825  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| |||    
T  5972851 ggattacccgctaaatggatatccgcacgtatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagcagacacggatatcacactatccgcattcat 5972752  T
Q  826 ggatattcatttacatccctag 847  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  5972751 ggatatccatttacatccctag 5972730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 676 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 33189314 - 33189143
Alignment:
Q  676 aatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatt 775  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    |||||| ||||||| ||  |||    
T  33189314 aatgttatccatggatatctgtataaactcgtgaatacctcaaaatctatggattacccgctaaacggatatccatgcggatattgatagggcacatatt 33189215  T
Q  776 tcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctag 847  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  33189214 tcatatttatcaaacggagtggacacggatatcaaactatctgcatccatagatatccatttacatccctag 33189143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 249 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 36299256 - 36299117
Alignment:
Q  249 gcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgct 348  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  |||    
T  36299256 gcatccgtggatattcgcggataaaatctgccacggacacggagcggatatcttaatggatatccatggataaaataaatgaatattttaactacccgct 36299157  T
Q  349 aattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgcacc 388  Q
    |||||||||||||  |||  ||||||| ||||| ||||||    
T  36299156 aattaatggatacaaatgttgatttaatggtatccgcacc 36299117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 255 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 47925282 - 47925149
Alignment:
Q  255 gtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaa 354  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||    |||||||    
T  47925282 gtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggaacggataccttaatggatatccttagataaaataaatagatattttaactacccattaattaa 47925183  T
Q  355 tggatacggatgcggatttaacggtattcgcacc 388  Q
    |||||||| | | |||||||| ||||| ||||||    
T  47925182 tggatacgaaagtggatttaatggtatccgcacc 47925149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 246 - 381
Target Start/End: Original strand, 11038859 - 11038994
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||      
T  11038859 tccgcatccgtggatatcggcagataaaatccgccacggacatggagcagataccttaatggatattcatggataaaataaacggattttttaactaccc 11038958  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||    
T  11038959 gctaattaatgaatatggatacggatttaatggtat 11038994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Original strand, 11039390 - 11039564
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||  ||||| ||||||| | ||||| | ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  11039390 ttataaatgtcatccatggatatctgtataaacccgcagatacctcaaaattcgtggat-acccgctgaacggatacccgcacggatatggatatggtac 11039488  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
      |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  11039489 aaatttcatatttatccaacggagtggacacggatatcatattatctgcatccatggatatctatttacatcccta 11039564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 685 - 827
Target Start/End: Original strand, 30541697 - 30541839
Alignment:
Q  685 catggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatattta 784  Q
    |||||||||| ||||||| | | |||||| |||||||||| ||| ||  || | |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30541697 catggatatctgtataaacctgcggatacctcaaaatccacggagtactcgttcaatggatatccgcgcggatatggatagggtacggatttcatattaa 30541796  T
Q  785 tctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatgg 827  Q
    || ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  30541797 tccaacggagcggatacgaatatcatactatccgcatccatgg 30541839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 676 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 7766981 - 7766809
Alignment:
Q  676 aatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatt 775  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||  || | |||| ||||||||   |||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| | |||  |||    
T  7766981 aatgttatccatggaaatctgtataaacgcgcgaatacttcaaaatctgcggattacccgctaaacggatatccacacggatatggataagatacatatt 7766882  T
Q  776 tcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctagt 848  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| | | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  7766881 tcatatttatccaacggagcggacatgaatatcacactatccgcatccatgtatatccatttacatccatagt 7766809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 671 - 842
Target Start/End: Original strand, 2944271 - 2944442
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| | |  |||||| |||||||||    
T  2944271 ttataaatattatccatggatatctgtataaacccgcggatacctcaaaatccgtggattacccgctaaacggatatctggacagatatgaatagggtac 2944370  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatc 842  Q
     | ||||||| ||||  ||| ||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  2944371 agttttcatacttatacaacagagcggacacggatatcacaccatccacatccatggatgtccatttacatc 2944442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 254 - 388
Target Start/End: Original strand, 30541174 - 30541302
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    |||||||||| ||||||||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||    
T  30541174 cgtggatatctgcggataaaatc------ggacatggagcggataccttaatggatatccatggataaaataaacgaatattttaactacccgctaatta 30541267  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaacggtattcgcacc 388  Q
    ||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||    
T  30541268 atggatatggatgccgatttaatggtatttgcacc 30541302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Original strand, 38440649 - 38440818
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| ||||||| | |  ||||| |||||||||| | |||| | ||||||||||||| |||  |||||||       |||    
T  38440649 ttataaatgttatctatggatatctgtataaacctgcagatacctcaaaatccacgaattacctgctaaatggatattcgcgcggatatga------tac 38440742  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    | |||||||||||||| |||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38440743 gaatttcatatttatccaacgaagcggacacgaatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 38440818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 268 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 7767429 - 7767306
Alignment:
Q  268 gataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgc 367  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||||||   |||||||||||| |||||| |    
T  7767429 gataaaatccgccacggacatggagcggatactttaatggatatccatgaataaaataaacggattttttaactaccccctaattaatggacacggattc 7767330  T
Q  368 ggatttaacggtattcgcacctgc 391  Q
     ||||||| ||||| | |||||||    
T  7767329 agatttaatggtatccacacctgc 7767306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 25502069 - 25501894
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||| | |||||||   |||||| ||||||| ||  | ||||| ||||||||     
T  25502069 ttataaatgttatccatggatatctgtataaacccgcggatacctcaaaattcgtggattactagctaaacggatatctgcgcgtatatgaatagggtat 25501970  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
      |||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||| ||  ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  25501969 aaatttcatatttatctaacggagcgaacatggatatcacactttcaacattcatggatatccatttacatcccta 25501894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 254 - 391
Target Start/End: Original strand, 38440093 - 38440229
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||| || ||| | ||||||||||||||||||||  ||||||||||| | || ||||||||||  ||||||||    
T  38440093 cgtggatatacgcggataaaatct-ccacgggcatggaacagataccttaatggatatccatagataaaataaacgaattttttaactacccgctaatta 38440191  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaacggtattcgcacctgc 391  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||    
T  38440192 atggatacggatgcggatttgatggtatccacacctgc 38440229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Original strand, 22519393 - 22519568
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| |||| |||||||||||||  ||||||| |||  ||||| | ||||| | ||||||| | ||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||    
T  22519393 ttataaatgatatccatggatatttgtataaacccgatgataccttaaaattcgtggattacctgctaaatggatatccacgcggatacggatagggtac 22519492  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||  || |   |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  22519493 ggatttcataattatccaaccgagcagacaaaaatattacactatccgtatccatggatatccatttacatcccta 22519568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 725 - 841
Target Start/End: Original strand, 1053336 - 1053453
Alignment:
Q  725 tggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatcca 824  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||  |||||||| ||| || || |||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  1053336 tggattatccactaaatgtatatccgtgtggatatgaataaggcacagatttcatatttgtctaatggagcggacacggatatcacactatctgcatcca 1053435  T
Q  825 tgga-tattcatttacat 841  Q
    |||| ||| |||||||||    
T  1053436 tggattatccatttacat 1053453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 266 - 381
Target Start/End: Original strand, 2943745 - 2943859
Alignment:
Q  266 cggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggat 365  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||  | || ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||    
T  2943745 cggataaaatccgttacggatacggagcgaataccttaatggatatttatgggtaaaataaacggatattttaactacccgctaattaat-gatacgaat 2943843  T
Q  366 gcggatttaacggtat 381  Q
    || ||||||| |||||    
T  2943844 gcagatttaatggtat 2943859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 23809685 - 23809796
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  | |    
T  23809685 ttttgttaaatcaaagaattttatttttattaaatgtaagggactttttttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaaca 23809784  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    | ||||||||||    
T  23809785 tgatgttttgct 23809796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 501 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 36298887 - 36298784
Alignment:
Q  501 aatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttt 600  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| ||  | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| ||| ||||||||| ||    
T  36298887 aatcaaagaactttatttgtattaaatataaagtactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatatatggatattatggtt 36298788  T
Q  601 tgct 604  Q
    ||||    
T  36298787 tgct 36298784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 274 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 5973417 - 5973303
Alignment:
Q  274 atccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggattt 373  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||||||| | || |||||||||    ||||||||||||||| |||||||||||    
T  5973417 atccgccatgggcacggaacggataccttaatggaaatccattgataaaataaacgaattttttaactatccactaattaatggatacagatgcggattt 5973318  T
Q  374 aacggtattcgcacc 388  Q
    || ||||||| ||||    
T  5973317 aatggtattcacacc 5973303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 488 - 601
Target Start/End: Original strand, 38440445 - 38440559
Alignment:
Q  488 ttatgttttgtttaa-tcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatcta 586  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||  |||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| ||    
T  38440445 ttatgttttttttaaatcaaagaacattatttttattaaatgcaaggaactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgta 38440544  T
Q  587 tcgatattatgtttt 601  Q
    |  ||||||||||||    
T  38440545 tgaatattatgtttt 38440559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 493 - 601
Target Start/End: Original strand, 22519209 - 22519316
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||| || |||||||||| || |||| ||| ||||    
T  22519209 ttttgttaaatcaaagaactttacttttattaaatgtaatgaactttatttatg-tttcgttgagtcaatgaactttgttgtttttgtaatgtatagata 22519307  T
Q  593 ttatgtttt 601  Q
    |||||||||    
T  22519308 ttatgtttt 22519316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 678 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 36298697 - 36298538
Alignment:
Q  678 tgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttc 777  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |  |||||| ||||||| | | ||||| |||||||||||||||  ||  ||||||| ||| || ||  |||||    
T  36298697 tgttatccatggatatctgtataaattcacggatacctcaaaattcgtagattacccgctaaatggatatttgcgcggatatgaata-ggcacaaatttc 36298599  T
Q  778 atatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcattta 838  Q
    ||||||  | ||||||||| | |||||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  36298598 atatttgcccaacggagtgaacacggatgtgacactattcgcatccatggatatccattta 36298538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 28636487 - 28636376
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || |||| |||  |||    
T  28636487 ttttgttaaatcaaataactttatttttattaaatgtaagagactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgtttttattgtaatgtatgaata 28636388  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  28636387 ttatgttttgct 28636376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 502 - 604
Target Start/End: Original strand, 30541505 - 30541607
Alignment:
Q  502 atcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgtttt 601  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||| |  |||| |||||||||||| || |||||| ||||||||||||| || |||| |||  ||||||||||||    
T  30541505 atcaaagaactttatttttattaaatgtaatagacttgatttatgtttttcttaagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaatattatgtttt 30541604  T
Q  602 gct 604  Q
    |||    
T  30541605 gct 30541607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 493 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 31457384 - 31457297
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaa--ttttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgtt 578  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||    
T  31457384 ttttgttaaatcaaagaactttttatttttattaaatataaggaactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgtttttgtt 31457297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 5973081 - 5972970
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||    ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||| || |||| |||  |||    
T  5973081 ttttgttaaatcaaataactttatttttattaaatgtaagagactttatttatgtattttttgagtcaatgatcttttttgttattgtaatgtatgaata 5972982  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  5972981 ttatgttttgct 5972970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 494 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 33189508 - 33189404
Alignment:
Q  494 tttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatat 593  Q
    |||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||  || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| || |||| ||| |||||    
T  33189508 tttgttaaatcaaagaactttatttttattaaatgtaagga-ctttatttatgtttttgttgagtcaatgatcttt-ttgttattgtaatgtat-gatat 33189412  T
Q  594 tatgtttt 601  Q
    ||||||||    
T  33189411 tatgtttt 33189404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #34
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 303 - 381
Target Start/End: Original strand, 23809405 - 23809483
Alignment:
Q  303 aatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||||||||| || ||||||||||||  | | ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23809405 aatggatattcatggataaaataaacaggttttttaactacccgctaattaatggatacggatgcggatttaatggtat 23809483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #35
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 271 - 339
Target Start/End: Original strand, 43427061 - 43427129
Alignment:
Q  271 aaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaa 339  Q
    ||||||||| || | || |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  43427061 aaaatccgcaacaggcatggagcggataccttaatggacatccatgaataaaataaatggatattttaa 43427129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #36
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 505 - 604
Target Start/End: Original strand, 1053140 - 1053239
Alignment:
Q  505 aaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgct 604  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| |  ||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| |  |||| |||  |||||||||||||||    
T  1053140 aaagaactttatttttattaaatgcaaggaattttatttatgtttttgttgagttaatgatctttgttgttatcgtaatgtatgaatattatgttttgct 1053239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #37
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 7767184 - 7767073
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||    | ||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||  |||    
T  7767184 ttttgttaaatcaaagaactttatgtttattaaatgtaaaagattttatgtatgtttttgttgagtcaatgatttttgttgttattgtaatctatgaata 7767085  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    | ||||||||||    
T  7767084 taatgttttgct 7767073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #38
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 11039196 - 11039307
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    ||||||||| ||||||| ||  || || ||||||| ||||| || ||||||||  |||    
T  11039196 ttttgttaaatcaaagaactttatttttattaaatgtaagagactttatttgtgtttttgtttcgttaatgatctttattgttattgtaatctatgaata 11039295  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  11039296 ttatgttttgct 11039307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #39
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 287 - 386
Target Start/End: Original strand, 22518891 - 22518989
Alignment:
Q  287 acggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgca 386  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||   ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||    
T  22518891 acggagcaaataccttaatggatatccatagataaaataaacaaatattttaactacctgc-aaataatggatacggatgtgggtttaatggtatccgca 22518989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #40
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 2944085 - 2944196
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||   ||| |||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||| || ||||  || ||||    
T  2944085 ttttgttaaatcaaagaactttatatttattaaatgtaagaaacattatttttgtttttgtcgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgcatggata 2944184  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
     ||| |||||||    
T  2944185 ctatattttgct 2944196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #41
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 535 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 25502219 - 25502150
Alignment:
Q  535 actttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  | |||| |||  ||||||| |||||||    
T  25502219 actttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttaatgtaatgtatgaatattatattttgct 25502150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #42
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 536 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 47925054 - 47924983
Alignment:
Q  536 ctttatttatgtttttattgagtcaaggatct---ttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgct 604  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||| ||||| |||| |||  |||||||||||||||    
T  47925054 ctttatttatgtttttgttgagtcaaggatctttattgttattgttgtaatgtatgtatattatgttttgct 47924983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #43
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 520 - 604
Target Start/End: Original strand, 15954671 - 15954755
Alignment:
Q  520 tattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgct 604  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| || | || |||   ||||||||||||||    
T  15954671 tattaaatgttaggaactttatttatgtttttggtgagtcaatgatctttgttgttattgtcatgtatgtctattatgttttgct 15954755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #44
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 760 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 47924826 - 47924740
Alignment:
Q  760 ggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | |  ||| ||| |||| | ||||||  |||||||| |||| |||||| |||||||    
T  47924826 ggatagggtacggatttcatatttatccaatgaaacggacacgtatattagactatctacatccatgaatatccatttatatcccta 47924740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 257; Significance: 1e-142; HSPs: 36)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 477 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 12149154 - 12148783
Alignment:
Q  477 tgaattttattttatgttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttg 576  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12149154 tgaattttattttatgttttgtttaatcaatgaattttatttctgttaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaatgatctttgttgttg 12149055  T
Q  577 ttataatctatcgatattatgttttgctnnnnnnnnn-tgcatgttatgaatttttggttttaaatttacctaaaataataaacaannnnnnnn-cttat 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||         |||||    
T  12149054 ttataatctatcgatattatgttttgataaaaaaaaaatgcatgttatgaatttttggttttaaatttacctaaaaaaataaataatttttttttcttat 12148955  T
Q  675 gaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggat 774  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12148954 gaatgttatccatggatatccgtataaattcgtggatacctcaaaatccattgattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggat 12148855  T
Q  775 ttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  12148854 ttcatatttatctaacggagtggacacggatatcacactatccgcatccatggatatcgatttacatcccta 12148783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 246 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 12149441 - 12149228
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  12149441 tccgcatccgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactaccc 12149342  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgcacctgc----------------tattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcc 429  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12149341 gttaattaatggatacggatgctgatttaatggtatccgcacccgcggatatccgcacccgttattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcc 12149242  T
Q  430 tttcaacttcctat 443  Q
    ||||||||||||||    
T  12149241 tttcaacttcctat 12149228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 255 - 381
Target Start/End: Original strand, 27926316 - 27926442
Alignment:
Q  255 gtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaa 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||    
T  27926316 gtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccatggataaaataaatagattttttaactacccgctaattaa 27926415  T
Q  355 tggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  27926416 tggatacggatgcggatttaatggtat 27926442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 13825834 - 13825659
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |  ||||  |||||||||   ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  13825834 ttataaatgttatccatggatatctgtataaacctgcagatatctcaaaatccgcagattacccgctaaatggatatccgcgcggatatggatagggtac 13825735  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13825734 ggatttcatatttatctaacggagcggacacatatatcacactatccgcatccatggatatccatttacatcccta 13825659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 679 - 846
Target Start/End: Original strand, 25874917 - 25875084
Alignment:
Q  679 gttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttca 778  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||  |||||| |||||||||  |||||| |||||||| ||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  25874917 gttatccatggatatctgtataaacccacggatacctcaaaatccgcggattacccgctaaacggatatttgcgcggatatggatagggtacggatttca 25875016  T
Q  779 tatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  25875017 tctttatctaacggagcggacacggatatcacactatccacatccatgtatatccatttacatcccta 25875084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 671 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 4127927 - 4127750
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatg-gatatccgcatggatatggatagggta 769  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||| |||||| ||||||||  ||||||| || ||||||  |||||  || || |||||||||||||     
T  4127927 ttataaatgttatccatggatatatgtataaacccgcggatacctcaaaatctgtggattaccccctaaatttgatatatgcgtgaatatggatagggtt 4127828  T
Q  770 cggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctag 847  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4127827 cggatttcatatttatccaacggaacggacacggatatcacactatccgcatccatggatatccatttacatccctag 4127750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 257 - 381
Target Start/End: Original strand, 3778662 - 3778786
Alignment:
Q  257 ggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatg 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||| |||||||||   |||||||||||    
T  3778662 ggatatccgcggataaaatccgccacgggcacggagcggataccttaatggatatccatgaataaaataaacagattttttaactatccgctaattaatg 3778761  T
Q  357 gatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||||| |||||||||||||||||||    
T  3778762 gatacagatgcggatttaacggtat 3778786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 254 - 381
Target Start/End: Original strand, 25874383 - 25874512
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacgg--ataaaataaatggatattttaactacttgctaat 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||| ||||||||||  ||||||    
T  25874383 cgtggatatccgcggataaaatccgtcacgagcacggagcggataccttaatggatatccatggatataaaataaacggattttttaactacccgctaat 25874482  T
Q  352 taatggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25874483 taatggatacggatgcggatttaatggtat 25874512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Original strand, 48251849 - 48252024
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| |||||||| |||||||||  ||||||| | || ||||| ||||||| | ||||||| | |||||| |||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  48251849 ttataaatgttattcatggatatatgtataaaccagtagatacctcaaaattcgtggattacctgctaaacggatatccacgtggatatcgatagggtac 48251948  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    | |||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  48251949 gaatttcatatttatccaacggaacggatatggatatcacactatccacattcatggatatccatttacatcccta 48252024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 735 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 21287977 - 21287866
Alignment:
Q  735 gctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattca 834  Q
    |||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  21287977 gctaaacggatatctgcacgaatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggaggggacacagatatcacactatctgcatccatggatatcca 21287878  T
Q  835 tttacatcccta 846  Q
    ||||||||||||    
T  21287877 tttacatcccta 21287866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 246 - 381
Target Start/End: Original strand, 48251161 - 48251296
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    |||||||  ||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||  |    
T  48251161 tccgcatatgtgcatatccgcggataaaatctgtcacggatacggagcagatactttaatggatatctatggataaaataaatggatattttaattaact 48251260  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||    
T  48251261 gctaattaatggatgcagatacggatttaatggtat 48251296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 256 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 21288538 - 21288412
Alignment:
Q  256 tggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatgga-tattttaactacttgctaattaa 354  Q
    ||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||| | ||||||||||  |||||||||    
T  21288538 tggatattcgcggataaaatacgtcacgggcacggagcggatatcttaatggatatctatggataaaataaacggatttttttaactacccgctaattaa 21288439  T
Q  355 tggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||    
T  21288438 tggatagggatgcggatttaatggtat 21288412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 268 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 13826486 - 13826373
Alignment:
Q  268 gataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgc 367  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |    
T  13826486 gataaaatccgccacgggcacggagcagatacattaatagatatccatggataaaataaacggattttttaactactcgctaattaatggatatggatac 13826387  T
Q  368 ggatttaacggtat 381  Q
     ||||||| |||||    
T  13826386 agatttaatggtat 13826373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 266 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 5295650 - 5295535
Alignment:
Q  266 cggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggat 365  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||   ||||||||||||||| |||    
T  5295650 cggataaaatctaccacgggcacggagcggataccttaatggatatccatgaataaaataaacgtattttttaactacccactaattaatggatacagat 5295551  T
Q  366 gcggatttaacggtat 381  Q
    || ||||||| |||||    
T  5295550 gcagatttaatggtat 5295535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 671 - 851
Target Start/End: Original strand, 27926825 - 27927005
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |||||||  || || ||  |||||||| ||| |||| ||| |||| ||||| |||  | ||||| ||||| ||||    
T  27926825 ttataaatgttatccatcgatatctgtataaactcgcgggtagctcaaaatctatgcattacccgttaaacggataaccgtgtcgatatagatagagtac 27926924  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctagttgc 851  Q
      |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||  |||||||| |||| |||||| ||||||| ||||    
T  27926925 atatttcatatttatctaacggagcggacacggatatgacactatctacatccatgaatatccatttatatccctacttgc 27927005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 266 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 26749245 - 26749152
Alignment:
Q  266 cggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggat 359  Q
    ||||||||||| | ||||||| |  || ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  26749245 cggataaaatctgtcacggactcaaagtggataccttaatggatatcaatggataaaataaatggatatttcaactacttgctatttaatggat 26749152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 5295328 - 5295217
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||  ||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||    
T  5295328 ttttgttaaatcaaataactttattttaattaaatgtaagggactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaata 5295229  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  5295228 ttatgttttgct 5295217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 710 - 837
Target Start/End: Complemental strand, 36584283 - 36584156
Alignment:
Q  710 atacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatca 809  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||| | | | |||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||    
T  36584283 atacctcaaaattcgtggattatccgttaaatggatatccgcgcggatatgaatagagcatgaatttcatatttatccaatggagcagatacagatatca 36584184  T
Q  810 cactatccgcatccatggatattcattt 837  Q
     |||||| |||||||||||||| |||||    
T  36584183 tactatctgcatccatggatatccattt 36584156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 772 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 5295045 - 5294979
Alignment:
Q  772 gatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcattta 838  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  5295045 gatttcatatttatctaacggaggggacacggatatcacactatccgcatccatgaatatccattta 5294979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 493 - 601
Target Start/End: Original strand, 25874713 - 25874821
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgta-gtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgat 591  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||| |||  ||    
T  25874713 ttttgttaaatcaaagaactttatttttattaaatgtaagtga-cattatttatgtttttattgagtcattgatctttgttgttattgtaatgtatgaat 25874811  T
Q  592 attatgtttt 601  Q
    ||||||||||    
T  25874812 attatgtttt 25874821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 533 - 604
Target Start/End: Original strand, 48251715 - 48251786
Alignment:
Q  533 gaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||    
T  48251715 gaactttatttatgtttttgttgaatcaatgatctttgttgttattgtaatgtatggatattatgttttgct 48251786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 501 - 604
Target Start/End: Original strand, 3778925 - 3779028
Alignment:
Q  501 aatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttt 600  Q
    ||||||| || ||||||| |||||||| ||  | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || || | |||  |||||||||||    
T  3778925 aatcaaataactttatttttattaaatataagggactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttattattgtagtgtatgaatattatgttt 3779024  T
Q  601 tgct 604  Q
    ||||    
T  3779025 tgct 3779028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 493 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 21288217 - 21288110
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||||    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||  | |||| |||  |||    
T  21288217 ttttgttaaatcaaagaactttattttaattaaatgtaagagactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttattgttagtgtaatgtatgaata 21288118  T
Q  593 ttatgttt 600  Q
    ||||||||    
T  21288117 ttatgttt 21288110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 493 - 579
Target Start/End: Original strand, 37341419 - 37341505
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgtta 579  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||||| | ||||||||  | |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||    
T  37341419 ttttgttgaatcaaggaactttatttttgttaaatgtgataaactttatttatgttttttttgaatcaaggaactttgtttttgtta 37341505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 533 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 36584478 - 36584410
Alignment:
Q  533 gaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgtttt 601  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||  ||||||| ||||    
T  36584478 gaactttatttatgtttttcttgaatcaatgatctttgttgttattataatgtatgaatattatatttt 36584410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 477 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 32847661 - 32847559
Alignment:
Q  477 tgaattttattttatgtttt-gtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgtt 575  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||| ||| | ||||||||  |||||||||||||||||||| |||| | ||| | ||||||| ||    
T  32847661 tgaattttattt-atgtttttgttgaatcaaagaactttgtttttgttaaatgttatgaactttatttatgtttttgttgaattaagaaactttgttttt 32847563  T
Q  576 gtta 579  Q
    ||||    
T  32847562 gtta 32847559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 260 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 53208903 - 53208829
Alignment:
Q  260 tatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatatt 335  Q
    |||||| ||||||||||||  ||| |||||  ||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  53208903 tatccgtggataaaatccggtacgaacacgaggcg-ataccttaatggatatccatgggtaaaataaatggatatt 53208829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 535 - 604
Target Start/End: Original strand, 27926674 - 27926742
Alignment:
Q  535 actttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||||||||||||||    
T  27926674 actttatttatgttttg-ttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaatattatgttttgct 27926742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 323 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 36585104 - 36585039
Alignment:
Q  323 ataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgcacc 388  Q
    |||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||    
T  36585104 ataaatagatattttatctacccgctaattaatggatacggatgcagattaaatggtatccgcacc 36585039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 515 - 575
Target Start/End: Original strand, 13084732 - 13084792
Alignment:
Q  515 atttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgtt 575  Q
    |||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  13084732 atttttattaaatgtaaagaattttatttatgtttttgttgagtcattgatctttgttgtt 13084792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 254 - 342
Target Start/End: Original strand, 32536652 - 32536740
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaacta 342  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||  | ||||| |||||| | ||| || |||| ||||||| |||||||| |||||    
T  32536652 cgtggatatccgcggataaagtccgcaacgggcacgaggtggatatcttaattgttattcatggatcaaataaacggatatttcaacta 32536740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 36585145 - 36585102
Alignment:
Q  267 ggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggata 310  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  36585145 ggataaaatctgccacggacatggagcggatactttaatggata 36585102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 295 - 361
Target Start/End: Original strand, 25022411 - 25022477
Alignment:
Q  295 gataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatac 361  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||  | || |||||||||||    
T  25022411 gataccttaattgatattcatggataatataaatagatattttaactacccgttatttaatggatac 25022477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 493 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 13826028 - 13825920
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgta-gtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgat 591  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||| |||| |||||| |||| | |||||||| ||||| || |||||  ||||||||||||| || |||| |||  ||    
T  13826028 ttttgttaaattaaagaactttatttttatttaatgtaagtga-cattatttatatttttgttaagtcagtgatctttgttgttattgtaatgtatgaat 13825930  T
Q  592 attatgtttt 601  Q
    ||||||||||    
T  13825929 attatgtttt 13825920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 802 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 26187722 - 26187681
Alignment:
Q  802 ggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcc 843  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  26187722 ggatatcccactatccacatccatgaatattcatttacatcc 26187681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 296 - 373
Target Start/End: Original strand, 27519860 - 27519937
Alignment:
Q  296 ataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggattt 373  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||  || || || ||||||| ||||| ||||||    
T  27519860 atactttaatggacatccatggataaaataaacgaatattttaactagctgttattttatggatatggatgtggattt 27519937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 220; Significance: 1e-120; HSPs: 43)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 477 - 838
Target Start/End: Original strand, 40571900 - 40572261
Alignment:
Q  477 tgaattttattttatgttttgtttaat-caaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgttttt-attgagtcaaggatctttgttgt 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40571900 tgaattttattttatgttttgtttaattcaaagaattt-atttctattaaatgtagtgaactttatttatgttttttattgagtcaaggatctttgttgt 40571998  T
Q  575 tgttataatctatcgatattatgttttg-ctnnnnnnnnntgcatgttatg-aatttttggttttaaatttacctaaaataataaacaannnnnnnnctt 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||         ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||    
T  40571999 tgttataatctatcgatattatgttttgactaaaaaaaaatgcatgttatgtaatttttggttttaaatttacctaaaa-aataaacaagtttttttctt 40572097  T
Q  673 atgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacgg 772  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  40572098 atgaatgttatccatagatatccgtataaatccgtagatacctcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggta--a 40572195  T
Q  773 atttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcattta 838  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  40572196 atttcacatttatctaacggagtggacacgaatatcacactatccacatccatggatatccattta 40572261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 246 - 443
Target Start/End: Original strand, 40568610 - 40568807
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  40568610 tccgcatccgtggatatccgcggataaaattcgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactaccc 40568709  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgcacctgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcctttcaacttcctat 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40568710 gctaattaatggatacggatgcggatttaatggtattcgcacccgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcctttcaacttcctat 40568807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 671 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 41039259 - 41039081
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| | |||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  41039259 ttataaatgttatccatggatatctgtataaatctgcggatacctaaaaatccgcggattacccgctaaatggatatccgcacggatatggatatggtac 41039160  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctagtt 849  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41039159 ggatttcatatttatctaacggagcggacacggatatcacattatccgcatccatggatatccatttacatccctagtt 41039081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 501 - 842
Target Start/End: Original strand, 8819329 - 8819674
Alignment:
Q  501 aatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttt 600  Q
    ||||||| || |||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||    
T  8819329 aatcaaataactttacttttattaaatgtaaggaactttatttatgtttttgttgaatcaatgatctttgttgttattataatgtatagatattatgttt 8819428  T
Q  601 tgctnnnnnnnnn------tgcatgttatgaatttttggttttaaattt-acctaaaataataaacaannnnnnnncttatgaatgttatccatggatat 693  Q
    ||||               ||||||| ||||| ||| | |||||||||| |||||||| ||| |||||         |||| ||||||||| | ||||||    
T  8819429 tgctaaaaagaaaagaaaatgcatgtgatgaactttggtttttaaatttcacctaaaaaaattaacaattttttt--ttataaatgttatcta-ggatat 8819525  T
Q  694 ccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacgga 793  Q
    | ||||||||||  |||||| | ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||    
T  8819526 ctgtataaatccacggataccttaaaattcgtggattacccgctaaatggatatccgcgcggatatggatagggaacgaatttcatatttgtccaacgga 8819625  T
Q  794 gtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatc 842  Q
    |||||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8819626 gtggacgcgaatatcacactatccgcatccatggatatccatttacatc 8819674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 253 - 388
Target Start/End: Original strand, 8818971 - 8819106
Alignment:
Q  253 tcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatt 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||  || |||||    
T  8818971 tcgtggatatccgcggataaaatccgtcacggacacgaagcggataccttaacggatattcatggataaaataaacggatattttaactatctgttaatt 8819070  T
Q  353 aatggatacggatgcggatttaacggtattcgcacc 388  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  8819071 aatggatatggatgcggatttaatggtatccgcacc 8819106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 263 - 388
Target Start/End: Original strand, 36464491 - 36464616
Alignment:
Q  263 ccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacg 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||| ||||||    
T  36464491 ccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaacggatatccatggataaaataaacggatattttaactatccgctaattaatagatacg 36464590  T
Q  363 gatgcggatttaacggtattcgcacc 388  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||    
T  36464591 gatgcggatttaatgatatccgcacc 36464616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 256 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 19842177 - 19842058
Alignment:
Q  256 tggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaat 355  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||    
T  19842177 tggatatccacggataaaatccgccacggacacggagtggataccttaatggatatccatggataaaataaacggattttttaactaatcgctaattaat 19842078  T
Q  356 ggatacggatgcggatttaa 375  Q
    |||||  |||||||||||||    
T  19842077 ggataaagatgcggatttaa 19842058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 254 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 38952071 - 38951937
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||  ||||||||    
T  38952071 cgtggatatccgcggataaaatccgccacaggtacggagcggatacattaatggatattcacggataaaataaacagattttttaactacccgctaatta 38951972  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaacggtattcgcacc 388  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  38951971 atggatacagatgcggatttaatggtattcacacc 38951937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 671 - 845
Target Start/End: Complemental strand, 51357107 - 51356934
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| | | || ||| ||||||| | ||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||    
T  51357107 ttataaatgttatccatggatatctgtataaacctgcgggtac-tcaaaattcgtggattacccgctaaattgatatccgtgtggatatggatagggcac 51357009  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccct 845  Q
      ||||||||||| || ||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51357008 aaatttcatatttgtccaacggagcggacacagatatcacactatccgcatccatggatatccatttacatccct 51356934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 676 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 23626776 - 23626606
Alignment:
Q  676 aatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatt 775  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||  || |||||| ||||||||  ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||    
T  23626776 aatgttatccatggatatatgtataaactcgcggatacctcaaaatctgtggattacctgctaaacggatatccgcatggatatgaatagtgtacgaatt 23626677  T
Q  776 tcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||||||  |||||| ||| ||  ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23626676 tcatatttatccgacggagcggacacaaatatcacactatttgcatccatggatatccatttacatcccta 23626606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 671 - 826
Target Start/End: Complemental strand, 19841668 - 19841513
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||    ||||| |||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  19841668 ttataaatgttatccatgaatatctgtataaatccgcggatacctcaaaatcagcagattacccgctaaacggatatccgcacagatatcgatagggtac 19841569  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatg 826  Q
    ||||||||||||||||  || ||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  19841568 ggatttcatatttatccgacagagcggacatagatatcacactatccgcatccatg 19841513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 689 - 850
Target Start/End: Complemental strand, 22278217 - 22278057
Alignment:
Q  689 gatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatcta 788  Q
    |||||| ||||||| |||   |||| ||||||||| ||||| | ||| |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  22278217 gatatctgtataaacccgcaaatacctcaaaatccgtggat-acccgataaacggatatccgcatagatattgatagggtacggatttcatatttatcca 22278119  T
Q  789 acggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctagttg 850  Q
    |||||  ||| |||||||||| | ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22278118 acggaacggacacggatatcataatatctacatccatggatatccatttacatccctagttg 22278057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 256 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 41041885 - 41041766
Alignment:
Q  256 tggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaat 355  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  41041885 tggatatccgcggataaaatccattacgggcacggagcggataccttaatggatatttatggataaaataaatggattttttaactacccgctaattaat 41041786  T
Q  356 ggatacggatgcggatttaa 375  Q
     ||||| |||||| ||||||    
T  41041785 agatacagatgcgaatttaa 41041766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 254 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 22279451 - 22279331
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||    
T  22279451 cgtggatttccgcggataaaatccgccatggacacgaaacggatcccttaaaggatatccatggataaaataaatggat-ttttaactacccgttaatta 22279353  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaa 375  Q
    |||||||| ||||| |||||||    
T  22279352 atggatacagatgcagatttaa 22279331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 671 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 38951547 - 38951375
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  |||||| ||| |  ||| ||||||| |   ||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||| |||     
T  38951547 ttataaatgttatccacggatatctatataaacccgcgattacctcaaaattcgcagattatccgttaaacggatatccgcgcggatatggatagagtat 38951448  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcc 843  Q
    | |||| ||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38951447 gaattttatatttatctaacggaacggacacgaatatcacactctccgcatccatggatatccatttacatcc 38951375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 254 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 33341048 - 33340921
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |   ||||||||||| || ||| | |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  33341048 cgtggatatccgcggataaaatccgttatggacacgaaatagataccttaatagacatctatggataaaataaacggatattttaactacctactaatta 33340949  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||    
T  33340948 atggatacggatgcagatttaatggtat 33340921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 246 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 23627320 - 23627206
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||| | ||  |||||||| ||||||||||||||| || || |||||||||||| | ||||||||||||| |    
T  23627320 tccgcattcgtggatatcaacgg-taaaatcctcaacaaacacggagtggataccttaatggaaatacatggataaaataaacgaatattttaactacct 23627222  T
Q  346 gctaattaatggatac 361  Q
    ||||||||||||||||    
T  23627221 gctaattaatggatac 23627206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 316 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 29117393 - 29117323
Alignment:
Q  316 ggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgca 386  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29117393 ggataaaataaacggatattttaactacccgctaattaatggatacggatgcggatttaacggtatccgca 29117323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 717 - 846
Target Start/End: Original strand, 36465061 - 36465190
Alignment:
Q  717 aaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatc 816  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||||   |  |||||||||||| || ||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  36465061 aaaatccatggattacccgctaaatggataaccatgcggatatggatagaacattgatttcatatttgtccaacggagcggatacaaatatcacactatc 36465160  T
Q  817 cgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  36465161 cgcatccgtagatatccatttacatcccta 36465190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 255 - 388
Target Start/End: Original strand, 40714504 - 40714636
Alignment:
Q  255 gtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaa 354  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| ||||||||| |||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||||   |||||||     
T  40714504 gtggatatccgcgaataaaatccgtcacaggcacgaagcggatacattaatggatatttatcgataaaataaatggatattttaactac-cactaattag 40714602  T
Q  355 tggatacggatgcggatttaacggtattcgcacc 388  Q
    ||||||| ||||| ||||||| || || ||||||    
T  40714603 tggatacagatgcagatttaatggcatccgcacc 40714636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 255 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 43624781 - 43624675
Alignment:
Q  255 gtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaa 354  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||          ||||||| ||| |||| ||||||||||  |||||||||    
T  43624781 gtggatatccgcagataaaatccgccacggacacggagcgggtaccttaatg----------gataaaacaaacggattttttaactacccgctaattaa 43624692  T
Q  355 tggatacggatgcggat 371  Q
    |||||||||||||||||    
T  43624691 tggatacggatgcggat 43624675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 493 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 22278434 - 22278352
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgtt 575  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||    
T  22278434 ttttgttaaatcaaagaattttatttttattaaatgtaagggactttatttatgtttttgttaagtcaatgatctttgttgtt 22278352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 40714861 - 40714972
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||  |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||  || || |||| ||| ||||    
T  40714861 ttttgttaaatcaaagaactttatttttattaaaagtaaggaacattatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgtctttattgtaatgtattgata 40714960  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    |||| |||||||    
T  40714961 ttatattttgct 40714972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 41039455 - 41039344
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||   ||    
T  41039455 ttttgttaaatcaaagaactttatttttattaaatgtaagagactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgacta 41039356  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    | ||||||||||    
T  41039355 tgatgttttgct 41039344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 755 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 42555171 - 42555080
Alignment:
Q  755 gatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctagt 848  Q
    ||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||| |||||   | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  42555171 gatatggatagagtacaaatttcatatttatcaaacggagcggatat--acatcacactatccgcatccatggatatccatctacatccctagt 42555080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 267 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 51357628 - 51357530
Alignment:
Q  267 ggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggat 365  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| ||| |||||    
T  51357628 ggataaaatccgccactgacatgaagcagataccttaatggatatttatggataaaataaacggatattttaattatctgctaattaattgatgcggat 51357530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 255 - 375
Target Start/End: Original strand, 17119965 - 17120085
Alignment:
Q  255 gtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaa 354  Q
    ||||||||| ||  ||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| ||||| |  |||| ||||||| | ||||||||||||   |||||||||    
T  17119965 gtggatatctgctaataaaatccaccacgggcacagagcggatgccttaatagatattcgtggatgaaataaacgaatattttaactatccgctaattaa 17120064  T
Q  355 tggatacggatgcggatttaa 375  Q
    |||||||| ||||||| ||||    
T  17120065 tggatacgaatgcggacttaa 17120085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 493 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 42555433 - 42555329
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||  || |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| || |||| |||  |||    
T  42555433 ttttgttaaattaaagaactttatttttattaaatgtaaggatctttatttatgtttttgttgagtcaatgaactttgttgttattgtaatgtatgtata 42555334  T
Q  593 ttatg 597  Q
    |||||    
T  42555333 ttatg 42555329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 493 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 23626960 - 23626855
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| |   || ||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| ||| ||||    
T  23626960 ttttgttaaatcaaagaactttatat---ttgaatgtaaggaaccttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatatatggata 23626864  T
Q  593 ttatgtttt 601  Q
    |||||||||    
T  23626863 ttatgtttt 23626855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 278 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 42555762 - 42555652
Alignment:
Q  278 gccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggatttaacg 377  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||  ||||||||||||||   |||||||||| ||| | ||| |||||||| |    
T  42555762 gccacagacacagagcggataccttaatggatatcaatgaataaaataaacagatattttaactaccaactaattaatgaatatgaatgtggatttaatg 42555663  T
Q  378 gtattcgcacc 388  Q
     ||| ||||||    
T  42555662 atatccgcacc 42555652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 502 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 51357280 - 51357179
Alignment:
Q  502 atcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgtttt 601  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||| | |||||||||  |||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||    
T  51357280 atcaaataactttatttttattaaatgtaaggaactt-atttatgtttctgttgagtcaataatctttgttgttattgtaatgtatggatattatgtttt 51357182  T
Q  602 gct 604  Q
    |||    
T  51357181 gct 51357179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 742 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 47223160 - 47223056
Alignment:
Q  742 ggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacat 841  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||  || ||||||||||| |||||| | ||||   |||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  47223160 ggatatccgcacggatatggagagggcacaaatatcatatttatccaacggaatagatataaatatcatactatccgcactcatggatatccatttacat 47223061  T
Q  842 cccta 846  Q
    |||||    
T  47223060 cccta 47223056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 677 - 846
Target Start/End: Original strand, 40715062 - 40715223
Alignment:
Q  677 atgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggattt 776  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| |   |||||| | |||||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||      ||||||| | ||||    
T  40715062 atgttatccatggatatatgtataaacctacggataccttaaaatccatg-atta-ccgctaaacggatatccgcgtgga------tagggtatgaattt 40715153  T
Q  777 catatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||| ||||  ||||||   || ||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  40715154 catacttattcaacggatcagacacgaatatcacactatctgcatccttggatatccatttacatcccta 40715223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 43624536 - 43624423
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatg--tttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcga 590  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||  |  ||||||| |||  ||||| || |||||| ||||||||||||| || |||| ||| ||    
T  43624536 ttttgttaaatcaaagaactttatttttattaaatgtaaggggctttattaatggttttttttttagtcaatgatctttgttgttattgtaatatatgga 43624437  T
Q  591 tattatgttttgct 604  Q
     |||||||||||||    
T  43624436 aattatgttttgct 43624423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 533 - 602
Target Start/End: Original strand, 17120332 - 17120401
Alignment:
Q  533 gaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttg 602  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||| || |||| ||| ||||||||||||||    
T  17120332 gaactttatttaggtttttgttgagtcaatgatcattgttgttattgtaatgtatggatattatgttttg 17120401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 493 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 38951742 - 38951633
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| ||   ||||||  | ||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||    
T  38951742 ttttgttaaatcaaagaactttatttttagctaatgtaagggactttatatatgtgtttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaata 38951643  T
Q  593 ttatgttttg 602  Q
    ||||||||||    
T  38951642 ttatgttttg 38951633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 317 - 358
Target Start/End: Original strand, 50667871 - 50667912
Alignment:
Q  317 gataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatgga 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  50667871 gataaaataaatggatattttaactacttgctagttaatgga 50667912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 676 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 24916771 - 24916600
Alignment:
Q  676 aatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatt 775  Q
    |||||||||| || ||||  ||||| |  |||| |||| | ||||| ||||||||||||||| ||  |||||  ||||||||||  | |||  | | ||     
T  24916771 aatgttatccttgaatatttgtatatactcgtgcataccttaaaattcatggattatccgcttaacagatatttgcatggatataaagaggacatgaata 24916672  T
Q  776 tcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctag 847  Q
    ||||||||||| |||| || ||| |||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||| |||| ||||    
T  24916671 tcatatttatccaacgaagcggacacggatatcatactatctgcgtccatggatatccatttgcatctctag 24916600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 501 - 574
Target Start/End: Original strand, 36464848 - 36464920
Alignment:
Q  501 aatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgt 574  Q
    ||||||| || ||||||| |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||    
T  36464848 aatcaaataactttatttttattaaatgtaaggaactt-atttatgtttttattgagtcaataatctttattgt 36464920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 754 - 846
Target Start/End: Original strand, 42595793 - 42595886
Alignment:
Q  754 ggatatggata-gggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    ||||||||||| ||| |||| | ||||||||||| ||||||| ||  | |||||||| |||||||| |||||||||||  |||| |||||||||    
T  42595793 ggatatggatacgggcacgggtgtcatatttatccaacggagcgggaatggatatcatactatccgtatccatggatacccattgacatcccta 42595886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 291 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 48747966 - 48747921
Alignment:
Q  291 agcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattt 336  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  48747966 agcgaataccttaatggatatccaaggataaaataaacggatattt 48747921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 390 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 42555634 - 42555582
Alignment:
Q  390 gctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcctttcaacttccta 442  Q
    ||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42555634 gctattaaaccaagtaaattacataaatatccttaatacctttcaacttccta 42555582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 29117142 - 29117031
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||| ||| || ||||||| ||||||||||     ||||||||||||||||| || | |||| |||||||||| || || |||| |||  |||    
T  29117142 ttttgttaaataaaaaaactttatttttattaaatgtcaaagactttatttatgtttttgttaaatcaatgatctttgttattattgtaatgtatgaata 29117043  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  29117042 ttatgttttgct 29117031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 173; Significance: 2e-92; HSPs: 43)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 539 - 847
Target Start/End: Original strand, 25294014 - 25294302
Alignment:
Q  539 tatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgctnnnnnnnnntgcatgttatgaatttttggtttta 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||    
T  25294014 tatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgctaaaaaaaaatgcatgttatgaatttttggtttta 25294113  T
Q  639 aatttacctaaaataataaacaannnnnnnncttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgcta 738  Q
    ||||||||||||| |||||||||        ||||||||||||| |||||||||||                    ||||||||||||||||||||||||    
T  25294114 aatttacctaaaaaaataaacaaatttttttcttatgaatgttacccatggatatc--------------------tcaaaatccatggattatccgcta 25294193  T
Q  739 aatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcattta 838  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25294194 aatggatatccgcatggatatggatagggtacagatttcatatttatctaacggagtggacacggatatcacactatccgcatccatggatatccattta 25294293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 246 - 443
Target Start/End: Original strand, 25293723 - 25293936
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||      
T  25293723 tccgcatccgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacagataaaataaatggatattttaactaccc 25293822  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacgg----------------tattcgcacctgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcc 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||                ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25293823 gctaattaatggatacggatgcggatttaatggtatccgcacccgcggatatccgcacctgctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcc 25293922  T
Q  430 tttcaacttcctat 443  Q
    ||||||||||||||    
T  25293923 tttcaacttcctat 25293936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 671 - 839
Target Start/End: Original strand, 31292956 - 31293124
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| | |    
T  31292956 ttataaatgttatccatggatatctgtataaatccgcggatacctaaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcacagatatggataggctgc 31293055  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttac 839  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  31293056 ggatttcatatttatctaacggagcggatataaatatcacattatccgcatccatagatattcatttac 31293124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Original strand, 48379292 - 48379467
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| | |||||||  |||||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  48379292 ttataaatgttatccatggatatctgtataaacccgcggatacctaaaaatccgcggattacctgctaaattgatatccgcacggatatggatatggtac 48379391  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48379392 ggatttcatatttatctaacggagcggacacggatttcacactatccgcatccatggatatccatttacatcccta 48379467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 671 - 848
Target Start/End: Original strand, 31585432 - 31585609
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||   |||||| |||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||    
T  31585432 ttataaatgttatccatgaatatctgtataaacccgcggatacttcaaaatctgcggattacccgctaaacggatatccgcgttgatatggatagggtac 31585531  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctagt 848  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  31585532 ggattttatatttatctaacggagcggacaaggatattacactatccgcatccatggatatccatttacatccttagt 31585609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 256 - 381
Target Start/End: Original strand, 29677293 - 29677418
Alignment:
Q  256 tggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaat 355  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||||    
T  29677293 tggatatccgcggataaaatctgcaacggacacggagctgataccttaatggatatccatggataaaataaatggattttttaactacccgcaaattaat 29677392  T
Q  356 ggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    |||||||||||||||||||| |||||    
T  29677393 ggatacggatgcggatttaatggtat 29677418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 254 - 375
Target Start/End: Original strand, 31584919 - 31585040
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||||    
T  31584919 cgtggatatccgcagataaaatccgccatggacacggaacggataccttaatggatatccatggataaaataaatgggttttttaactacccgctaatta 31585018  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaa 375  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  31585019 atggatacggatgcggatttaa 31585040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 254 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 11894708 - 11894581
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  11894708 cgtgaatatccgcggatataatccgtcacgggcacggagcggataccttaatggatatcaatggataaaataaatgaattttttaactacctgctaatta 11894609  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11894608 atggatatggatgcggatttaacggtat 11894581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Original strand, 29678520 - 29678695
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||  |||||| ||  |||| ||||||||||  ||||||||||||||||     
T  29678520 ttataaatgttatccatggatatctgtataaacccgtggatacctcaaaatccgcggattacccattaaacggatatccgcgcggatatggatagggtat 29678619  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| ||  |||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  29678620 ggatttcatatttatccaacggagcggacacatatatcatactatctgcatcaatggatatccatttacatcccta 29678695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Original strand, 17562985 - 17563160
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||   |||||| |||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||     
T  17562985 ttataaatgttatccatgaatatctgtataaacccgcggatacttcaaaatctgcggattacccgctaaacggatgtccgcgttgatatggatagggtat 17563084  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| ||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17563085 ggattttatatttatctaacagagcggacaaagatattacactatccgcatccatggatatccatttacatcccta 17563160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 671 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 47140714 - 47140542
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||| |||||||||  |||||| |||||||| | ||||||||  |||||| |||| | ||     
T  47140714 ttataaatgttatccatggatatctgtacaaacccgcggatacctcaaaatccgcggattacccgctaaacgaatatccgcgcggatatagataagatat 47140615  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcc 843  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  47140614 ggatttcatatttatccaacggagcggacacgaatatcacactatccgcatccatggatatctatttacatcc 47140542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 676 - 846
Target Start/End: Original strand, 38264528 - 38264698
Alignment:
Q  676 aatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatt 775  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||| | ||||||| | |||||| ||||||| ||  |||||||||||||| |||||||    
T  38264528 aatgttatccatggatatctgtataaacccgcggatacttcaaaattcgtggattaccggctaaacggatatctgcgcggatatggatagggcacggatt 38264627  T
Q  776 tcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||| |||||||||  ||| ||  |||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||    
T  38264628 tcatatttgtctaacggaacggacacatatatcacagtatccgtatccatgaatatccatttacatcccta 38264698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 249 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 25987801 - 25987628
Alignment:
Q  249 gcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgct 348  Q
    |||| |||||||| ||||||||| |||||| ||| | |||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||  |||    
T  25987801 gcatccgtggatacccgcggatataatccgtcacaggcacgaagcagataccttaatggatatctatggataaaataaatgaattttttaactacccgct 25987702  T
Q  349 aattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgcacctgctattaaactgagtgaattacgtaaatatcct 422  Q
    |||||||||||||  ||| |||||||| ||||| | |||| |||||||||| || | |||||| ||||||||||    
T  25987701 aattaatggatacaaatgtggatttaatggtatccacacccgctattaaaccgattaaattacataaatatcct 25987628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 254 - 375
Target Start/End: Original strand, 48378765 - 48378886
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||    
T  48378765 cgtggatatccgcggataaaatccatcacgggcacggagcggatagcttaatgaatatccatggataaaataaacggattttttaactacccgctaatta 48378864  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaa 375  Q
    ||||||||  ||||||||||||    
T  48378865 atggatacatatgcggatttaa 48378886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Original strand, 19884608 - 19884783
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||| ||||||| | ||||||  ||| |||||| |||| ||   |||||| ||||||| |     
T  19884608 ttataaatgttatccatggatatctatataaacccgcggatacctcaaaattcgtggattccccgttaaatgaatattcgtgcggatatagatagggcat 19884707  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    | ||||||||||| || ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  19884708 gaatttcatatttgtccaacggagcggacacagatatcacactatccgcatccatgaatatccatttacatcccta 19884783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 671 - 822
Target Start/End: Original strand, 36728953 - 36729104
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||| ||||  |||| || | | ||||| ||||||||||  ||| || |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  36728953 ttataaatgttatccatgaatatttgtatgaacctgcggatatgtcaaaatccgcggactacccgctaaacggatatccgcacggatattgatagggtac 36729052  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatc 822  Q
    | |||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||    
T  36729053 gaatttcatatttatccaacggatcggacacggatatcacactatccgcatc 36729104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 261 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 47141228 - 47141129
Alignment:
Q  261 atccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggata 360  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||| |||||  | |||||||||||||    
T  47141228 atccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccatggataaaataagcggatttttttactacccgttaattaatggata 47141129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 274 - 388
Target Start/End: Original strand, 2191491 - 2191605
Alignment:
Q  274 atccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggattt 373  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||||| ||||| |||||    
T  2191491 atccgccacggatatggagcggatactttaatggatatccatggataaaataaacggatattttatctacctgttaattaatggatacagatgcagattt 2191590  T
Q  374 aacggtattcgcacc 388  Q
    || ||||| ||||||    
T  2191591 aatggtatccgcacc 2191605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 685 - 846
Target Start/End: Original strand, 2192002 - 2192163
Alignment:
Q  685 catggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatattta 784  Q
    |||||||||| |||||||  ||  ||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||| | |||  |||||||||||||  |  ||||||||||||     
T  2192002 catggatatctgtataaactcgcagatacctcaaaatctgtggattatctgctaaatggatgttcgcgcggatatggataggacatagatttcatatttg 2192101  T
Q  785 tctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  2192102 tctaatggagcggacacggatatcacattatccgcatccatggacatccatttacatcccta 2192163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 254 - 348
Target Start/End: Original strand, 17562513 - 17562607
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgct 348  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  || |||||||||| ||||    
T  17562513 cgtggatatccgcggataaaatctgccatggacacggagcggataccttaatggatatccatagataaaataaataaattttttaactacctgct 17562607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 246 - 327
Target Start/End: Original strand, 42507291 - 42507372
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaa 327  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42507291 tccgcactcgtggatatccgcgaataaaatctgccactgacacggagcggataccttaatggatatccatggataaaataaa 42507372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 493 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 11894410 - 11894301
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||  |||    
T  11894410 ttttgttaaatcaaataactttatttttattaaatgtaagcaactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattataatgtatgaata 11894311  T
Q  593 ttatgttttg 602  Q
    ||||||||||    
T  11894310 ttatgttttg 11894301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 671 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 15378821 - 15378741
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgc 751  Q
    |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15378821 ttataaatgttatccatggatatttgtataaatccgttgatacctcaaaatccatggattacccgctaaatggatatccgc 15378741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 47140906 - 47140795
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||| |||  |||    
T  47140906 ttttgttaaatcaaagaactttatttttattaaatgtaagagactttatttatgtttttgttgagtcaatgatttttgttgttgttgtaatgtatgtata 47140807  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  47140806 ttatgttttgct 47140795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 254 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 52253020 - 52252863
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    |||||||||||  |||||||||| | ||||||||| || |||||||||||||  |||| ||  |||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||    
T  52253020 cgtggatatccatggataaaatctgtcacggacacagaacggataccttaataaatattcatagataaaataaatagatatttcaactatatgctaatta 52252921  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaacggtattcgcacctgctattaaactgagtgaattac 411  Q
    ||  ||||| |||| ||| | | ||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||    
T  52252920 ataaatacgaatgcagatatcatggtattcacatctgttattaaactgagtaaattac 52252863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 263 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 15379181 - 15379073
Alignment:
Q  263 ccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacg 362  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||  |||  |||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  15379181 ccgcggataaaatccgtcatggacaccgagcatatattttaatggatatccatggatcaaataaacggatattttaactgcccgctaattaatggatacg 15379082  T
Q  363 gatgcggat 371  Q
    ||| |||||    
T  15379081 gatacggat 15379073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 247 - 327
Target Start/End: Original strand, 36728538 - 36728618
Alignment:
Q  247 ccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaa 327  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| || || ||||||||||||    
T  36728538 ccgcatccgtggatatccgcggataaaatccgccacagacacggagcggatatcttcatggacatacatggataaaataaa 36728618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 36728758 - 36728869
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| | |||||||||    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| | | ||||    
T  36728758 ttttgttaaatcaaataactttatttttcttaaatgtaagagactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtgtggata 36728857  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  36728858 ttatgttttgct 36728869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 48379095 - 48379206
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||   ||    
T  48379095 ttttgttaaatcaaagaactttatttttattaaatgtaagagactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgacta 48379194  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    | ||||||||||    
T  48379195 tgatgttttgct 48379206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 754 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 25987233 - 25987142
Alignment:
Q  754 ggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    ||||||||||| | |||  |||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  25987233 ggatatggataagatacatatttcatacttatctaacggagcggacacgtatatcacactatccacat-catgggtattcatttacatcccta 25987142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 493 - 601
Target Start/End: Original strand, 29678324 - 29678432
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||  | | |||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||    
T  29678324 ttttgttaaatcaaagaactttatttttattaaatgtaagggaatttatttatgattttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaata 29678423  T
Q  593 ttatgtttt 601  Q
     ||||||||    
T  29678424 atatgtttt 29678432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #32
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 17562791 - 17562902
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| ||||||| || | | ||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||    
T  17562791 ttttgttaaatcaaataactttatttttattaaacgtcggggactttatttctgtttttgttgggtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgtata 17562890  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  17562891 ttatgttttgct 17562902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #33
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 501 - 604
Target Start/End: Original strand, 19884423 - 19884526
Alignment:
Q  501 aatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttt 600  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| |||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| || || |||| |||  |||||||||||    
T  19884423 aatcaaagaatattatttgtattaaaagtaaggaattttatttatatttttgttgagtcaatgatctttgttattattgtaatgtatgaatattatgttt 19884522  T
Q  601 tgct 604  Q
    ||||    
T  19884523 tgct 19884526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #34
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 31585238 - 31585349
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||| ||| || ||||||| ||||||| || | | ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||    
T  31585238 ttttgttaaattaaataactttatttttattaaacgtcggggactttatttatgtttttgttgggtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgtata 31585337  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  31585338 ttatgttttgct 31585349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #35
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 321 - 388
Target Start/End: Original strand, 38264075 - 38264142
Alignment:
Q  321 aaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgcacc 388  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||| ||||||    
T  38264075 aaataaatggatattttaactacccgctaattaatggatatggatgtgaatttaatggtatccgcacc 38264142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #36
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 533 - 604
Target Start/End: Original strand, 38264378 - 38264449
Alignment:
Q  533 gaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||||||||||||||    
T  38264378 gaactttatttatatttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaatattatgttttgct 38264449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #37
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 533 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 52252759 - 52252717
Alignment:
Q  533 gaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgtt 575  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  52252759 gaactttatttatgtttttattgagtcaaagatctttgttgtt 52252717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #38
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 533 - 601
Target Start/End: Original strand, 2191841 - 2191909
Alignment:
Q  533 gaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgtttt 601  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| || |||| ||  |||||||||||||    
T  2191841 gaactttatttatgtttttgttgagtcaatgatttttgttgttattgtaatgtagtgatattatgtttt 2191909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #39
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 533 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 25987468 - 25987397
Alignment:
Q  533 gaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||| || |||| |||  |||||||||||||||    
T  25987468 gaactttatttatgtttttgttgagttaatgatcttttttgttattttaatgtatgaatattatgttttgct 25987397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #40
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 800 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 15378729 - 15378687
Alignment:
Q  800 acggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatc 842  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  15378729 acggatatcacactatccgcatccacggatatccatttacatc 15378687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #41
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 31292765 - 31292873
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| | ||| |||||  | |||||||||||||||||  |||||||| ||||   |||||| ||||||| |||  |||    
T  31292765 ttttgttaaatcaaataactttatttttgttacatgtaagggactttatttatgtttttgctgagtcaatgatc---gttgttattataatgtatgaata 31292861  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  31292862 ttatgttttgct 31292873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #42
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 390 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 15379032 - 15378980
Alignment:
Q  390 gctattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcctttcaacttccta 442  Q
    ||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  15379032 gctattaaattgagtaaattacataaataaccttaatacctttcaacttccta 15378980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #43
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 778 - 841
Target Start/End: Original strand, 17145512 - 17145575
Alignment:
Q  778 atatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacat 841  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||| | |||||||||| |||| ||||    
T  17145512 atatttatctaacggagcggagacgggtatcatactatccgtacccatggatatccattgacat 17145575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 171; Significance: 2e-91; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 575 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 7941 - 7668
Alignment:
Q  575 tgttataatctatcgatattatgttttgctnnnnnnnnn-tgcatgttatgaatttttggttttaaatttacctaaaataataaacaannnnnnnn-ctt 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||         |||    
T  7941 tgttataatctatcgatattatgttttgataaaaaaaaaatgcatgttatgaatttttggttttaaatttacctaaaaaaataaataatttttttttctt 7842  T
Q  673 atgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacgg 772  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7841 atgaatgttatccatggatatccgtataaattcgtggatacctcaaaatccattgattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacgg 7742  T
Q  773 atttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  7741 atttcatatttatctaacggagtggacacggatatcacactatccgcatccatggatatcgatttacatcccta 7668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0634 (Bit Score: 129; Significance: 3e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0634
Description:

Target: scaffold0634; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 246 - 443
Target Start/End: Original strand, 8944 - 9157
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  8944 tccgcatccgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactaccc 9043  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacggtattcgcacctgc----------------tattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcc 429  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9044 gttaattaatggatacggatgctgatttaatggtatccgcacccgcggatatccgcacccgttattaaactgagtgaattacgtaaatatccttaatgcc 9143  T
Q  430 tttcaacttcctat 443  Q
    ||||||||||||||    
T  9144 tttcaacttcctat 9157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 112; Significance: 4e-56; HSPs: 24)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Original strand, 35167914 - 35168089
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  35167914 ttataaatgttatccatggatatctgtataaacccgcggatacctcaaaatccacggattacccgcgaaacggatatccgcacggatatgaatagggtac 35168013  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35168014 ggattttatatttatctaatggagtggatacggatatcatactattcgcatccatggatatccatttacatcccta 35168089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 8576676 - 8576501
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||   ||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  8576676 ttataaatgttatccatggatatctgtataaacccgcggatacctcaaaatcggcggattactcgctaaatggatatccgcgcggatatggatagagtac 8576577  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8576576 ggatttcatatttatttaacggaacggacacggatatcacactatccgcatccatggatatccatttacatcccta 8576501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Original strand, 34435001 - 34435176
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |   |||||| |||||||||| | |||| |||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||     
T  34435001 ttataaatgttatccatggatatctgtataaaccaacggatacctcaaaatccacgaattacccgctaaacggatacccgcacggatatagatagggtag 34435100  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
     |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  34435101 agatttcatatttatctaatggagcggatacggatatcacactatccgcatccatgaatatccatttacatcccta 34435176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 254 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 7622751 - 7622624
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  |||  ||||||||    
T  7622751 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacgcggagcggataccttaatggatatccatggataaaataaacggattttttatttacccgctaatta 7622652  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  7622651 atggatacggatgcggatttaatggtat 7622624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 671 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 7622290 - 7622115
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||    
T  7622290 ttataaatgttatccatgaatatctgtataaacccgcggataactcaaaatccacggattatccgctaaatggatatccacgcggatatggataaggtac 7622191  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
     ||||||||||||||  ||||||  ||| || |||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  7622190 agatttcatatttattcaacggaacggacacagatatcacactatctgcatctgtggatatccatttacatcccta 7622115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 671 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 28582076 - 28581898
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtata--aatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggt 768  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||  || ||| |||||| || ||||   ||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||    
T  28582076 ttataaatgttatccatggatatctgtatataaacccgcggatacctctaaatatgtggattacccgctaaacggatatccgcgcggatatgaatagggt 28581977  T
Q  769 acggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctag 847  Q
    | ||||||||||||||||||||||||  || | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  28581976 atggatttcatatttatctaacggagcagacatggatatcacactatccacatccatggatatccatttacatctctag 28581898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 671 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 5999459 - 5999306
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||| |||||||||  ||||||    ||     |||||||||  |||||||||||||||||    
T  5999459 ttataaatgttatccatggatatctgtataaacccgcagatacctcaaaatccgcggatta----ct-----gatatccgcgcggatatggatagggtac 5999369  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattc 833  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5999368 ggatttcatatttatctaacggagcggacacggatatcacactatccgcatccatggatattc 5999306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 254 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 10788924 - 10788804
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||||| |||||||||    
T  10788924 cgtggatatccgcggataaaattcgccacgggcacggagcggataccttaatggatatccatggataaaataaacgaat-ttttaactacctgctaatta 10788826  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaa 375  Q
    ||||||||  ||| ||||||||    
T  10788825 atggatacaaatgtggatttaa 10788804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 246 - 381
Target Start/End: Original strand, 35166960 - 35167095
Alignment:
Q  246 tccgcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactactt 345  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||      
T  35166960 tccgcatccgtagatatcagcggataaaatccaccacagacacaaagcggataccttaatagatatccatggataaaataaacggatattttaactaccc 35167059  T
Q  346 gctaattaatggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||    
T  35167060 gctaattaattgatacggatgtggatttaatggtat 35167095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 745 - 847
Target Start/End: Original strand, 32292657 - 32292759
Alignment:
Q  745 tatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccc 844  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  32292657 tatccgcacggatatggatagggtatggatttcatatttatccaacggagcggacacggatatcatactatccgcatccatcgatatccatttacatccc 32292756  T
Q  845 tag 847  Q
    |||    
T  32292757 tag 32292759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 256 - 380
Target Start/End: Original strand, 641713 - 641837
Alignment:
Q  256 tggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaat 355  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||    
T  641713 tggatattcgcggataaaattcaccacggacacggagcggatattttaatggatatccatggataaaataaacggatattttaactatccgctaattaat 641812  T
Q  356 ggatacggatgcggatttaacggta 380  Q
    ||||||  ||| |||||||| ||||    
T  641813 ggatacatatgaggatttaatggta 641837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 254 - 374
Target Start/End: Original strand, 10408623 - 10408743
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||  ||||| ||    
T  10408623 cgtggatatccgcagataaaatccgccacggaaacggagcggataccttaatggatattcatggataaaataaacggatatttcaactacccgctaaata 10408722  T
Q  354 atggatacggatgcggattta 374  Q
     | ||||| ||||| ||||||    
T  10408723 gtagatacagatgcagattta 10408743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 709 - 842
Target Start/End: Original strand, 642297 - 642430
Alignment:
Q  709 gatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatc 808  Q
    ||||| |||||||||  |||||| | |||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||  ||||  ||||||     
T  642297 gatacctcaaaatccgcggattacctgctaaacggatatccgcacggatattgatagagtacggatttcatatttttttaacggaacggatgaggatatt 642396  T
Q  809 acactatccgcatccatggatattcatttacatc 842  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  642397 acactatccgcatccttggatatccatttacatc 642430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 728 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 10788441 - 10788326
Alignment:
Q  728 attatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtgg--atacggatatcacactatccgcatccat 825  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||| |||    
T  10788441 attatccactaaacggatatccgcgcggatatggatagggtatggatttcatgtttatctaacggagcggacacacggatatcacactatccgcatacat 10788342  T
Q  826 ggatattcatttacat 841  Q
    | |||| |||||||||    
T  10788341 gaatatccatttacat 10788326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 280 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 28582587 - 28582492
Alignment:
Q  280 cacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggatttaa 375  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  | |||||| |||||||  || |||||||||    
T  28582587 cacggacacggagcggataccttgatggatatccatggataaaataaacggatattttaactacccgttaattagtggatacaaatacggatttaa 28582492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 728 - 846
Target Start/End: Original strand, 10409193 - 10409311
Alignment:
Q  728 attatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatgg 827  Q
    |||| |||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | | ||  |||||||||||||  ||||||||     
T  10409193 attacccgctaaacggatatccatgtggatatggatagggtacggattttatatttatccaacggagcgaacacatatatcacactatcatcatccatga 10409292  T
Q  828 atattcatttacatcccta 846  Q
    |||| |||| | |||||||    
T  10409293 atatccattgatatcccta 10409311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 8576870 - 8576759
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaat-gtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgat 591  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| |||||||| | || || |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  ||    
T  8576870 ttttgttaaatcaaataactttatttttattaaattgaagaga-ctttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaat 8576772  T
Q  592 attatgttttgct 604  Q
    |||||||||||||    
T  8576771 attatgttttgct 8576759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 10788596 - 10788485
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||    ||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| || |||| |||  |||    
T  10788596 ttttgttaaatcaaagaaatttatttttattatatgtaagagactttatttatgtttttgttgactcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaata 10788497  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    || |||||||||    
T  10788496 ttctgttttgct 10788485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 28582260 - 28582150
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||   | |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| | || |||| ||| ||||    
T  28582260 ttttgttaaatcaaagaaatttatatttattaaatgtaagaagctttatttatgtttttatcgagtcaatgatttttgttgctattttaat-tatggata 28582162  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  28582161 ttatgttttgct 28582150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 533 - 601
Target Start/End: Original strand, 7245532 - 7245600
Alignment:
Q  533 gaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgtttt 601  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| |||  ||||||||||||    
T  7245532 gaactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaatattatgtttt 7245600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 35167296 - 35167407
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtga-actttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgat 591  Q
    ||||||| ||||||| ||  |||||| |||||||||| | || ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| || |||| ||  |||    
T  35167296 ttttgttaaatcaaataacattatttttattaaatgt-gagagactttatttatgtttttgttaagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtacggat 35167394  T
Q  592 attatgttttgct 604  Q
    |||||||||||||    
T  35167395 attatgttttgct 35167407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 34433208 - 34433319
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||| ||| || ||||||| |||||||||||    ||||||||||  ||||| || |||||| ||||||||||||| || |||| ||| ||||    
T  34433208 ttttgttaaattaaataactttatttgtattaaatgtaagagactttatttacatttttgttaagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatagata 34433307  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  34433308 ttatgttttgct 34433319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 493 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 7622479 - 7622403
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatcttt 569  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||  | || |||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  7622479 ttttgttaaatcaaagaactttatctttattaaatgtaaaggacattatttatgtttttgttgagtcaatgatcttt 7622403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 535 - 604
Target Start/End: Original strand, 642112 - 642181
Alignment:
Q  535 actttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatattatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| || |||| |||  ||||| |||||||||    
T  642112 actttatttatgtttttgttaagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaatattttgttttgct 642181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 98; Significance: 9e-48; HSPs: 31)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 726 - 847
Target Start/End: Original strand, 8227485 - 8227606
Alignment:
Q  726 ggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccat 825  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  8227485 ggattacccgctaaatggatatccgcatggatatggatagagtacggatttcatatttatctaacggagcggacacggatatcacactatccacatccat 8227584  T
Q  826 ggatattcatttacatccctag 847  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  8227585 ggatatccatttacatccctag 8227606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 671 - 841
Target Start/End: Original strand, 7987428 - 7987598
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||| |||||||||   ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7987428 ttataaatgttatccatggatatctgtataaacccgcagatacctcaaaatccgcagattacccgctaaacggatatccgcacggatatggatagggtac 7987527  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacat 841  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||    
T  7987528 ggatttcatatttatccaacggagcggacacagatatcacaatatctgcatccatggatatccatttacat 7987598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 676 - 846
Target Start/End: Complemental strand, 31005937 - 31005767
Alignment:
Q  676 aatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatt 775  Q
    |||||||||||| || |||  ||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||| |||||||    
T  31005937 aatgttatccatagagatctttataaatccgcagatacctcaaaatccgtggattatccgctaaacggatatccgcgcgaatatggatagggcacggatt 31005838  T
Q  776 tcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31005837 tcatatttgtccaacggagcggacacggatatcacactatctgcatccatggatatacatttacatcccta 31005767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 671 - 825
Target Start/End: Original strand, 7968636 - 7968790
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7968636 ttataaatgtcatctatggatatatgtataaacccgtggatacctcaaaatccgcggattacccgctaaacggatatccgcacggatatggatagggtac 7968735  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccat 825  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  7968736 ggatttcatatttatccaacggagcggacacggatatcacactatctgcatccat 7968790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 254 - 373
Target Start/End: Original strand, 9762608 - 9762727
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||    
T  9762608 cgtggatatctgcggataaaatccgccacgggcacggagcggataccttaatggatatccatggataaaataaacagattttttaactacctgctaatta 9762707  T
Q  354 atggatacggatgcggattt 373  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  9762708 atggatatggatgcggattt 9762727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 676 - 847
Target Start/End: Original strand, 36583096 - 36583267
Alignment:
Q  676 aatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatt 775  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||  ||  ||||| ||||||||  ||||||| ||| |||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  36583096 aatgttatccatggatatctatataaactcgctgatacctcaaaatctgtggattacccgttaaacggatatccgcgcggatatgaatagggtacggatt 36583195  T
Q  776 tcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctag 847  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36583196 tcatatttatctaacggaacggacacggatatcatactatacgcatccatggatatccatttacatccctag 36583267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 249 - 381
Target Start/End: Original strand, 8226917 - 8227049
Alignment:
Q  249 gcattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgct 348  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||  |||    
T  8226917 gcatccgtggatatccgcggataaaatccgtcacgggcacggagtggataccttaatggatatacatggataaaataaacggatcttttaactacccgct 8227016  T
Q  349 aattaatggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  8227017 aattaatagatacggatgcggatttaatggtat 8227049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 266 - 388
Target Start/End: Original strand, 7986896 - 7987018
Alignment:
Q  266 cggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggat 365  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||||| |||||||||||||||||||||    
T  7986896 cggataaaatccgctacggacatggagcggataccttaatggatatccatggataaaataaacggatttgtcaactacctgctaattaatggatacggat 7986995  T
Q  366 gcggatttaacggtattcgcacc 388  Q
    |||||||||| ||||||| ||||    
T  7986996 gcggatttaatggtattcacacc 7987018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 254 - 375
Target Start/End: Original strand, 36582613 - 36582734
Alignment:
Q  254 cgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaatta 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||    |||||||    
T  36582613 cgtggatatccgcggataaaatccgccacgaacacggagcggatatcttaatggatatccatgaataaaataaacggattttttaactatccactaatta 36582712  T
Q  354 atggatacggatgcggatttaa 375  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  36582713 atggatacggatgcggatttaa 36582734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 847 - 963
Target Start/End: Complemental strand, 20807261 - 20807143
Alignment:
Q  847 gttgcattcatcccttaatcactctgaatctcttacttctccggtatccacataaaaagtgtcgttcaac-atatcggagtactccgtcataatcataac 945  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  20807261 gttgcaatcatcccttaatcaccctgaatctcttacttctccggtatccacataaaaagtgtcgttcaacaacatcggagtactctgtcttaatcttaac 20807162  T
Q  946 attt-ccttatggccttga 963  Q
    |||| ||||||| ||||||    
T  20807161 atttcccttatgtccttga 20807143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 256 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 31006479 - 31006354
Alignment:
Q  256 tggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaat 355  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||    
T  31006479 tggatatctgtggataaaatccgccacggacatggagcggatatcttaatggatatccatggataaaataaacggatattttaactatccgctaattaat 31006380  T
Q  356 ggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||| ||| |  |||||||||||||||    
T  31006379 ggacacgaacacggatttaacggtat 31006354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 263 - 375
Target Start/End: Original strand, 28211605 - 28211717
Alignment:
Q  263 ccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacg 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  28211605 ccgcggataaaatccgccacggacacagagcagatactttaatggatatctatggataaaataaacggatattttaactacccactaattaatggatacg 28211704  T
Q  363 gatgcggatttaa 375  Q
     ||||||||||||    
T  28211705 aatgcggatttaa 28211717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 274 - 388
Target Start/End: Original strand, 7968163 - 7968277
Alignment:
Q  274 atccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaatggatacggatgcggattt 373  Q
    |||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7968163 atccgctacggatacgtagcggataccttaatggatatccatggataaaataaacggatttttcaactacccgctaattaatggatacgcatgcggattt 7968262  T
Q  374 aacggtattcgcacc 388  Q
    || ||||||| ||||    
T  7968263 aatggtattcacacc 7968277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 671 - 843
Target Start/End: Complemental strand, 11481359 - 11481187
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||    |||  | |||||||  |||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  11481359 ttataaatgttatccatgaatatctgtataaacccacatatatctaaaaatccgcggattattggctaaatgaatatccgcacggatatggataggatac 11481260  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcc 843  Q
    | ||||||||||||||||  |||| ||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  11481259 gaatttcatatttatctattggagcggacacaaatatcacactatccgcatctatggatatccatttacatcc 11481187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 259 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 11481862 - 11481739
Alignment:
Q  259 atatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatatttt-aactacttgctaattaatgg 357  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||||||| || ||| |||||||  ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  11481862 atatccgtggataaaatctgccacgggtacggagcggatactttgatgaatatccatcgataaaataaacggatttttttaactacttgctaattaatgg 11481763  T
Q  358 atacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||    
T  11481762 atatggatgtggatttaacggtat 11481739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 13355923 - 13355812
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtga-actttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgat 591  Q
    ||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||| ||| |||    
T  13355923 ttttgttaaatcaaataactttatttttattaaatgta-tgagactttatttatgtttttgttaagtcaatgatctttgttgttgttctaatgtatggat 13355825  T
Q  592 attatgttttgct 604  Q
    |||||||||||||    
T  13355824 attatgttttgct 13355812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 8227254 - 8227365
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| || |||| |||  |||    
T  8227254 ttttgttaaatcaaagaactttatttttattaaatgtaagggactttatttatgtttttgtttagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaata 8227353  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  8227354 ttatgttttgct 8227365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 861 - 963
Target Start/End: Complemental strand, 3163658 - 3163555
Alignment:
Q  861 ttaatcactctgaatctcttacttctccggtatccacataaaaagtgtcgttcaac-atatcggagtactccgtcataatcataacattt-ccttatggc 958  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||| |||||||| ||||||| |    
T  3163658 ttaatcaccctgaatctattacttctctggtatccacataaaaagtgtcgttcaacaatatcagagtactccgtc-ttatcttaacatttcccttatgtc 3163560  T
Q  959 cttga 963  Q
    |||||    
T  3163559 cttga 3163555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 717 - 813
Target Start/End: Original strand, 9765250 - 9765346
Alignment:
Q  717 aaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacact 813  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||  ||||||||||    
T  9765250 aaaatccacggattacccgctaaatggatatccacgcggatatggatagggtacggatttaatatttatctaacgaagcggacacatatatcacact 9765346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 671 - 811
Target Start/End: Complemental strand, 13355728 - 13355588
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtac 770  Q
    |||| |||||||||  | |||||| ||||||| ||  |||||| |||||||||| |||||| | |||||| |||||||| || | |||| ||||||||||    
T  13355728 ttataaatgttatctttcgatatctgtataaacccacggatacctcaaaatccacggattacctgctaaacggatatccacacgaatatagatagggtac 13355629  T
Q  771 ggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcaca 811  Q
    | ||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||||    
T  13355628 gtatttcatatttatctaatggaacggatatggatatcaca 13355588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 9762937 - 9763048
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| || |||| |||  |||    
T  9762937 ttttgttaaattaaagaactttatttttattaaatgtaagggactttatttatgtttttgttgagtcaatgatttttgttgttattgtaatgtatgaata 9763036  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  9763037 ttatgttttgct 9763048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 7968441 - 7968552
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||    ||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||| || |||| ||| ||||    
T  7968441 ttttgttaaatgaaagaactttatttttattaaatgtaagagactttatttatgtttttgtttagccaatgatctttgttgttattgtaatgtatggata 7968540  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  7968541 ttatgttttgct 7968552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 496 - 604
Target Start/End: Original strand, 36582901 - 36583009
Alignment:
Q  496 tgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgatatta 595  Q
    |||| |||||||||| ||||||| || ||||||||    ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| || |||| |||  ||||||    
T  36582901 tgttaaatcaaagaactttatttttaataaatgtaagacactttatttatgtttttgtggagtcaatgatctttgttgttattgtaatgtatgaatatta 36583000  T
Q  596 tgttttgct 604  Q
    |||||||||    
T  36583001 tgttttgct 36583009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 250 - 387
Target Start/End: Original strand, 6870278 - 6870415
Alignment:
Q  250 cattcgtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgcta 349  Q
    ||||||||||||| |  |||||||||||  || ||| || || |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||   ||| |||||||||  | ||    
T  6870278 cattcgtggatatgcatggataaaatccttcaaggatacagaacggatatcttaatggatatccatggataaaataaacatataatttaactacccgtta 6870377  T
Q  350 attaatggatacggatgcggatttaacggtattcgcac 387  Q
    |||||| |||||  |||| ||||||| ||||| |||||    
T  6870378 attaattgatacatatgcagatttaatggtatccgcac 6870415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 11481537 - 11481426
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||  | | ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| | || || |||| | |  |||    
T  11481537 ttttgttaaatcaaagaactttatttttattaaatgtaagggagtttatttatgtttttgttgagtcaatgatttttgctattattgtaatgtgtgaata 11481438  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  11481437 ttatgttttgct 11481426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 43 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 20807427 - 20807378
Alignment:
Q  43 ttcttacgtactctacatccactgagagcttatgaattccattgttcgtt 92  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  20807427 ttcttacatactctacatccactaagagtttatgaattccattgttcgtt 20807378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 493 - 600
Target Start/End: Original strand, 6870639 - 6870746
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| ||||||| ||  |||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||  ||||| ||||||||||||  || |||| |||  |||    
T  6870639 ttttgttaaatcaaaaaacattatttttattaaatgtaaggaactttatttatatttttgtttggtcaatgatctttgttgtaattgtaatgtatgaata 6870738  T
Q  593 ttatgttt 600  Q
    ||||||||    
T  6870739 ttatgttt 6870746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 773 - 847
Target Start/End: Original strand, 6870791 - 6870865
Alignment:
Q  773 atttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccctag 847  Q
    |||||||||||||| |||  ||  || |||||||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  6870791 atttcatatttatccaacatagcagacacggatattacattatccgcatccatggatatatatttacatccctag 6870865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 51 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 3163817 - 3163777
Alignment:
Q  51 tactctacatccactgagagcttatgaattccattgttcgt 91  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  3163817 tactctacatccactgagattttatgaattccattgttcgt 3163777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #30
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 808 - 848
Target Start/End: Original strand, 9766107 - 9766147
Alignment:
Q  808 cacactatccgcatccatggatattcatttacatccctagt 848  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  9766107 cacactatccgcatccatgaatatccatttacatccctagt 9766147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 490 - 551
Target Start/End: Original strand, 7987280 - 7987341
Alignment:
Q  490 atgttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgttttt 551  Q
    |||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||    |||||||||||||||||    
T  7987280 atgttttgttaaatgaaagaactttatttttattaaatgtaagagactttatttatgttttt 7987341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0158 (Bit Score: 68; Significance: 7e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0158
Description:

Target: scaffold0158; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 854 - 963
Target Start/End: Complemental strand, 711 - 600
Alignment:
Q  854 tcatcccttaatcactctgaatctcttacttctccggtatccacataaaaagtgtcgttcaac-atatcggagtactccgtcataatcataacattt-cc 951  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||  | |||||||||||||| ||    
T  711 tcatcctttaatcaccctgaatctcttacttctccggtatccacataaaaagtgtcgttcaacaatatcagagtattccaccttaatcataacatttccc 612  T
Q  952 ttatggccttga 963  Q
    ||||||||||||    
T  611 ttatggccttga 600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 64; Significance: 2e-27; HSPs: 3)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 681 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 66513 - 66350
Alignment:
Q  681 tatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcata 780  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||| |||||| |||||||||||| |||| |||||||||  |||| ||||  |||||||||||||  | |||||||||    
T  66513 tatccatggatatctgtataatcccgcggatacctcaaaatccatgaattacccgctaaataaatattcgcacagatatggatagggctcagatttcata 66414  T
Q  781 tttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatccc 844  Q
    ||| || || ||||  || ||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  66413 tttgtccaatggagctgacacaaatatcacactatccgcatccatggacatccatttacatccc 66350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 258 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 66983 - 66898
Alignment:
Q  258 gatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactac 343  Q
    |||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||    
T  66983 gatatccgtggataaaatctgtcacagacacggagcggataccttaatggatatccatggataaaataaacggatattttatctac 66898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 533 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 66621 - 66580
Alignment:
Q  533 gaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgt 574  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  66621 gaactttatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgt 66580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155 (Bit Score: 63; Significance: 7e-27; HSPs: 4)
Name: scaffold0155
Description:

Target: scaffold0155; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 748 - 846
Target Start/End: Original strand, 7156 - 7253
Alignment:
Q  748 ccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaacggagtggatacggatatcacactatccgcatccatggatattcatttacatcccta 846  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  7156 ccgcatggatatagatagggtacgaatttcatatttatctaac-gagcggatacagatatcacactatctgcatccatggatatccatttacataccta 7253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 255 - 381
Target Start/End: Original strand, 6628 - 6754
Alignment:
Q  255 gtggatatccgcggataaaatccgccacggacacggagcggataccttaatggatatccacggataaaataaatggatattttaactacttgctaattaa 354  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||     |||||||    
T  6628 gtggatattcgcggataaaatccgtcacgggcacggaacgaatatcttaatgaatatccatggataaaataaatggattttctaactaaccattaattaa 6727  T
Q  355 tggatacggatgcggatttaacggtat 381  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  6728 tggatacagatgcggatttaatggtat 6754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 493 - 604
Target Start/End: Original strand, 6898 - 7009
Alignment:
Q  493 ttttgtttaatcaaagaattttatttctattaaatgtagtgaactttatttatgtttttattgagtcaaggatctttgttgttgttataatctatcgata 592  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| || || | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||  |||  |||    
T  6898 ttttgttaaatcaaagaattttatttttattatatgtaatggacctcatttatgtttttgttgagtcaatgatctttgttgttattgtaaaatatgaata 6997  T
Q  593 ttatgttttgct 604  Q
    ||||||||||||    
T  6998 ttatgttttgct 7009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0155; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 671 - 722
Target Start/End: Original strand, 7094 - 7145
Alignment:
Q  671 ttatgaatgttatccatggatatccgtataaatccgtggatacgtcaaaatc 722  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||    
T  7094 ttataaatgttatccatggatatctgtataaatccgtgaatacctaaaaatc 7145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0246 (Bit Score: 53; Significance: 7e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0246
Description:

Target: scaffold0246; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 718 - 790
Target Start/End: Original strand, 10768 - 10840
Alignment:
Q  718 aaatccatggattatccgctaaatggatatccgcatggatatggatagggtacggatttcatatttatctaac 790  Q
    |||| ||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10768 aaatacatggattacccgctaaacggatatccgcgtggatatgaatagggtacggatttcatatttatctaac 10840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University