View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1553R-Insertion-3 (Length: 890)

Name: NF1553R-Insertion-3
Description: NF1553R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1553R-Insertion-3
NF1553R-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-890)||(45285151-45286032)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 829; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 829; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 890
Target Start/End: Complemental strand, 45286032 - 45285151
Alignment:
Q  9 atatccacaactactataccatacaacttctggcgggatccaaacacctccatttgctaatgaaacacataagttatctataagctgtggtaacaaagat 108  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45286032 atatccacaactgctataccatacaacttctgtcgggatccaaacacctccatttgctaatgaaacacataagttatctataagctgtggtaacaaagat 45285933  T
Q  109 ccaaaccagcttatgttacagggccacagtcatcattcagccatcatggtctatcccattcatgatttttctcaaacatttaccgtcttcatataagata 208  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45285932 ccagaccagcttatgttacagggccacagtcatcattcagccatcatggtctatcccattcatgatttttctcaaacatttaccgtcttcatataatata 45285833  T
Q  209 cacatatacattgcagtacaaagtagacaaccggtgttcctattgctagatactatcaaatattgcaacaataccaaaactaattgcaattgacaactaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45285832 cacatatacattgcagtacaaagtagacaaccggtgttcctattgctagatactatcaaatattgcaacaataccaaaactaattgcaattgacaagtaa 45285733  T
Q  309 caactcacatatattagtcacactaaataatagagtacaaaatagcagtacaaa-ttttacaactttatattgagaactttacttaatggctggtacata 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45285732 caactcacatatattagtcacactaaataataaagtacaaaatagcagtacaaacttttacaactttatattgagaactttacttaatggctggtacata 45285633  T
Q  408 cttggtgttccatatgatgttgaaggggtaaatggtttaggcgtagattcctcccgaagcgcggttagagcagccttctttctcagcctatgttcgcggt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45285632 cttggtgttccatatgatgttgaaggggtaaatggtttaggcgtagattcctcccgaagcgcggttagagcagccttctttctcagcctatgttcgcggt 45285533  T
Q  508 gtctccttattttgtcctccaatgccgctttaccattctcagctaactcagctctgctgatagcctgttcggcacgagtcctcatctctgaaatcttcaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45285532 gtctccttattttgtcctccaatgctgctttaccattctcagctaactcagctctgctgatagcctgttcggcacgagtcctcatctctgaaatcttcaa 45285433  T
Q  608 tgatgcattttcaagctcctttttcatcaatgctaactctatctggtttccttttttatttcctttctggacttctttaatcatgtagttgtaatcttcc 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45285432 tgatgcattttcaagctcctttttcatcaatgctaactctatctggtttccttttttatttcctttctggacttctttaatcatgtagttgtaatcttcc 45285333  T
Q  708 aaagagattgtgatgctgtcattgttttcttcagcttcaccctttgagtgatcagtgatatatccatccttwwtaagccaacctatattcttgaagatga 807  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  45285332 aaagagattgtgatactgtcattgttttcttcagcttcaccctttgagtgatcagtgatatatccatcctt-ataagccaacctatattcttgaagatga 45285234  T
Q  808 gatttcagcaatgcaatctctacctgtgcatcaatgtctctctcctcattcgtcttcaactcttctttggtcctgtgtaactc 890  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45285233 gatttcagcaatgcaatctctacctgtgcatcaatgtctctctccttattcgtcttcaactcttctttggtcctgtgtaactc 45285151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University