View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15554_low_17 (Length: 462)

Name: NF15554_low_17
Description: NF15554
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15554_low_17
NF15554_low_17
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (16-448)||(5455206-5455640)
chr3 (16-444)||(5446644-5447074)
chr3 (16-444)||(5503196-5503626)
chr3 (16-444)||(5490383-5490813)
chr3 (16-441)||(5853647-5854074)
chr3 (16-446)||(5526033-5526468)
chr3 (116-444)||(5485062-5485392)
chr3 (74-437)||(5848350-5848715)
chr3 (73-446)||(5827612-5827987)
chr3 (16-444)||(5801940-5802376)
chr3 (16-309)||(20343826-20344119)
chr3 (16-82)||(5484989-5485055)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (16-444)||(25808738-25809168)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 412; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 448
Target Start/End: Original strand, 5455206 - 5455640
Alignment:
Q  16 gtttgtgtacggtaaaaatccatctacatggagacaatttcaatgtgttttccttacacacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455206 gtttgtgtacggtaaaaatccatctccatggagacaatttaaatgtgttttccttacacacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaat 5455305  T
Q  116 tttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcag 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455306 tttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcag 5455405  T
Q  216 gacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtgataatccatttgggtctagcaccactctagtaataattgaact 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5455406 gacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtgataatccatttgggtctagtaccactctagtaataattgaact 5455505  T
Q  316 gttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaattcaagactc--tgcattctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455506 gttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaattcaagactctatgcattctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 5455605  T
Q  414 aatccattccatgaccctgctctatacagaattat 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455606 aatccattccatgaccctgctctatacagaattat 5455640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 16 - 444
Target Start/End: Original strand, 5446644 - 5447074
Alignment:
Q  16 gtttgtgtacggtaaaaatccatctacatggagacaatttcaatgtgttttccttacacacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  5446644 gtttgtgtacggtaaaaatccatctccatggagacaatttaaatgtgttttccttacgcacccaccagaccaatctgatgcctcccacttcagttgaaat 5446743  T
Q  116 tttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcag 215  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5446744 tttggcctgaaaccttccaaacatacacatattggaaagtcattcatattgcagttagaattgataccacaaaaggtataagcatcacactggtctgcag 5446843  T
Q  216 gacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtgataatccatttgggtctagcaccactctagtaataattgaact 315  Q
    |||| || ||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5446844 gacgtttggctaaagccgcccaatcctgtgtcttatctgtccattgtaagcgttgtgatattccatttgggtctagcacgactctagtaataattgaact 5446943  T
Q  316 gttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaattcaagactc--tgcattctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 413  Q
    | |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5446944 gctcaaagtttcatattggtaagagatttctttgtcagtgaatattacagagaaattcatgactctatgcactctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 5447043  T
Q  414 aatccattccatgaccctgctctatacagaa 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5447044 aatccattccatgaccctgctctatacagaa 5447074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 16 - 444
Target Start/End: Original strand, 5503196 - 5503626
Alignment:
Q  16 gtttgtgtacggtaaaaatccatctacatggagacaatttcaatgtgttttccttacacacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||    
T  5503196 gtttgtgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgtgttttccttatgcacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgagat 5503295  T
Q  116 tttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcag 215  Q
    ||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||  || |  |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5503296 tttggcacgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcaccattgcagttagaattgttaccacacaagtcataagcatcacactggtctgcag 5503395  T
Q  216 gacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtgataatccatttgggtctagcaccactctagtaataattgaact 315  Q
    || ||     || ||| |||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||   ||||| ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  5503396 gaagagcatatatagcctcccaaatctgtgtcctatctgaccattgaaaacgttgtgaagttccatatggatctagcaccaatctagtattaattgaact 5503495  T
Q  316 gttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaattcaagactct--gcattctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 413  Q
    ||| || ||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5503496 gtttaaagtttcatattgataagagaattctttgtcggtgactactactgagaaattcaagactctacgcagtctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 5503595  T
Q  414 aatccattccatgaccctgctctatacagaa 444  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5503596 aatccattccatgaccctcctctatacagaa 5503626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 16 - 444
Target Start/End: Original strand, 5490383 - 5490813
Alignment:
Q  16 gtttgtgtacggtaaaaatccatctacatggagacaatttcaatgtgttttccttacacacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||    
T  5490383 gtttgtgtacggtaaaaatccatcgccatggagacaatttaaacgtgtttttcttagacatccaccagaccaatttgatgaatcccactctagttgaaat 5490482  T
Q  116 tttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcag 215  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  || |  |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5490483 tttggcatgaaaccttctaagcattcacatattggaaagatatcaccattgcagttagaattgttaccacacaagtcataagcatcacactggtctgcag 5490582  T
Q  216 gacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtgataatccatttgggtctagcaccactctagtaataattgaact 315  Q
    || ||     || ||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||| ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  5490583 gaagagaatatatagcctcccaaatctgtgtcctatctgaccattgtaaacgttgtgaagttccatatggatctagcaccaatctagtattaattgaact 5490682  T
Q  316 gttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaattcaagactc--tgcattctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 413  Q
    ||| || ||||||||||  ||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||| |||||||||    
T  5490683 gtttaaagtttcatattgataagagaattctttgtcagtgaccactaccgagaaattcaagactctatgcagtcttagccaagaaacaccggtgaaaaga 5490782  T
Q  414 aatccattccatgaccctgctctatacagaa 444  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5490783 aatccattccatgaccctcctctatacagaa 5490813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 16 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 5854074 - 5853647
Alignment:
Q  16 gtttgtgtacggtaaaaatccatctacatggagacaatttcaatgtgttttccttacacacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaat 115  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||| ||| || ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  5854074 gtttgcgtatggtaaaaacccatctccatagacacaatttaaacttgttttccttacacacccaccagaccaatttgatgactcccactctggttgaaat 5853975  T
Q  116 tttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcag 215  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||  |||||| ||||||||||    
T  5853974 tttggcatgaaaccttccaagcattcacatgttggaaagttattactattgcagttagagttgataccgcacaaggcataattatcacattggtctgcag 5853875  T
Q  216 gacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtgataatccatttgggtctagcaccactctagtaataattgaact 315  Q
    |||||   | || ||| |||||| | |||||| |||||| |||| | | |||||||||   |||   ||| |||||| ||| |||||||||||||||||     
T  5853874 gacgagaagatatagcctcccaaatttgtgtcgtatctgaccatagaagacgttgtgaatttccggatggatctagctccattctagtaataattgaacg 5853775  T
Q  316 gttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaattcaagactc--tgcattctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 413  Q
    |||||  ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5853774 gttcatagtttcatattgataagagaattctttgtcagtgaacattactgagaaattcaagactctgtgcattctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 5853675  T
Q  414 aatccattccatgaccctgctctataca 441  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||    
T  5853674 aatccattccatgaccctcctctataca 5853647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 16 - 446
Target Start/End: Original strand, 5526033 - 5526468
Alignment:
Q  16 gtttgtgtacggtaaaaatccatctacatgg---agacaatttcaatgtgttttccttacacacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| |   ||||||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||| |||  ||| ||||| |||||||    
T  5526033 gtttgtgtacggtaaaaatccatccccatcgtcgagacaatttaaaggtgttttccttacacacccactagcccaatttgacaactgccactctggttga 5526132  T
Q  113 aattttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  || || |||||| ||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||     
T  5526133 aattttggcatgaaaccttccaagcatttacatattggaaagatatcaacattgcaattagaattgataccacaagtgtcataaggatcacactggtcta 5526232  T
Q  213 caggacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtgataatccatttgggtctagcaccactctagtaataattga 312  Q
    ||||||||   | || ||| |||||| | ||||||||||||| |||||| | ||||||||| | ||| ||||  |||||||||| ||||||| |||||||    
T  5526233 caggacgagaagatatagcctcccaagtttgtgtcctatctgaccattgaagacgttgtgaaattccgtttgaatctagcaccagtctagtattaattga 5526332  T
Q  313 actgttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaattcaagactct--gcattctttgccaagaaacaccagtgaaa 410  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||   ||  |||||||| | |  |||| |||||    
T  5526333 actgttcaaagtttcatattgataagagacttctttgtcactgaaaactactgagaaattcaagactctagacaaactttgccagggagaaccactgaaa 5526432  T
Q  411 agaaatccattccatgaccctgctctatacagaatt 446  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||    
T  5526433 agaaatccattccatggtcctcctctatacagaatt 5526468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 116 - 444
Target Start/End: Original strand, 5485062 - 5485392
Alignment:
Q  116 tttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcag 215  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5485062 tttgacatgaaaccttccaagcattcacatattggaaagctttcgccattgcagttagaattgataccacacaagtcataagcatcacactggtctgcag 5485161  T
Q  216 gacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtgataatccatttgggtctagcaccactctagtaataattgaact 315  Q
    |||||   | || ||| |||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||| ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  5485162 gacgagaagatatagcctcccaaatttgtgtcctatctgaccattgaaaacgttgtgacattccatatggatctagcaccaatctagtattaattgaact 5485261  T
Q  316 gttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaattcaagactct--gcattctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 413  Q
    |||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5485262 gttcaaagtttcatattgataagagaattctttgtcggtgactactactgagaaattcaagactctacgcagtctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 5485361  T
Q  414 aatccattccatgaccctgctctatacagaa 444  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  5485362 aatccattccatgaccctcctctatatagaa 5485392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 74 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 5848715 - 5848350
Alignment:
Q  74 cacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaattttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagttag 173  Q
    ||||||||||||||||   |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5848715 cacccaccagaccaattcaatgacttccattttggttgaaattttggcatgaaaccttccaagcattcacatattggaaagttattaatattgcagttag 5848616  T
Q  174 aattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcaggacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtga 273  Q
    | |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| |  | |   |||||||| ||||||  ||| | |||||| | |||||||||    
T  5848615 agttgataccgcacaaggcataatcatcacactggtctgcaggagcattagtaataatctcccaattttgtgtctgatccgaccattgaagacgttgtga 5848516  T
Q  274 taatccatttgggtctagcaccactctagtaataattgaactgttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaattc 373  Q
       ||||| ||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||   ||| || |||||||||||| ||||  | |||| |||||    
T  5848515 agttccatatggatttagcacaactctagtaataattaaactgtttaaagtttcatattgaaaagtgacttctttgtcagttaacacaaatgagtaattc 5848416  T
Q  374 a--agactctgcattctttgccaagaaacaccagtgaaaagaaatccattccatgaccctgctcta 437  Q
    |  | | | |   |||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  5848415 aatatattataatttctttgccaagtagctccagtgaaaagatatccattccacgaccctcctcta 5848350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 73 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 5827987 - 5827612
Alignment:
Q  73 acacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaattttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagtta 172  Q
    |||||||||||||||||  || |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||     
T  5827987 acacccaccagaccaattcgacgacttccattttgtttgaaattttggcatgaaaccttccaagcattcacatactggaaaatcattaatattgcaattt 5827888  T
Q  173 gaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcaggacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtg 272  Q
    || || |||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||| | | || |||  ||||||| ||| ||  ||||| ||||   ||||| | ||    
T  5827887 gagttaatactacaaaaggcataatcttcacactggtctacagcacgactagatatagccacccaattttgtttctgatctgaccatataaaacggtttg 5827788  T
Q  273 ataatccatttgggtctagcaccactctagtaataattgaactgttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaatt 372  Q
      | ||||| ||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||  ||||  | |||||| ||||| ||||| | |||| ||||    
T  5827787 gaattccatatggatctagcacaaatctagtaatcattgaactgttaaacgttgcatattgataagtaacttctttatcagttaacatgaatgagtaatt 5827688  T
Q  373 caagactc--tgcattctttgccaagaaacaccagtgaaaagaaatccattccatgaccctgctctatacagaatt 446  Q
    ||||||||  || | | ||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  5827687 caagactctatgaactatttgccaagaaactccattgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaatt 5827612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 16 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 5802376 - 5801940
Alignment:
Q  16 gtttgtgtacggtaaaaatccatctacatggagacaatttcaatgtgttttccttacacacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaat 115  Q
    ||||||||||   ||||| |||||  ||| |||||||||  | | |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||    
T  5802376 gtttgtgtacttcaaaaagccatcaccattgagacaattcaattttgttctcctcagacacccaccagaccaatctgatgactcccactgtagttcaaat 5802277  T
Q  116 tttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcag 215  Q
    || ||||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||| || || |||||||| || |||| |||| |||||||||||||||| |    
T  5802276 ttcggcatgaaaccttccacgcattcacatactggaaattcattaatattgcaatttgagttgataccgcataaggaataatcatcacactggtctgccg 5802177  T
Q  216 gacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtgataatccatttgggtctagcaccactctagtaataattgaact 315  Q
    |||||   | || ||| | |||| | ||||| ||||||| |||| | |||||||||||   ||| | ||| ||||| | || ||| | |||||||||  |    
T  5802176 gacgagaagatatagccttccaaatttgtgtgctatctgaccatagaaaacgttgtgaatttccgtatggatctagtatcattcttgcaataattgactt 5802077  T
Q  316 gttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaattcaagactctgcatt-----ctt-----tgccaagaaacaccag 405  Q
    ||||| |||||  ||||| ||||||| |||||||||| |||| | ||||| |||||||| |||| |  |||     |||     ||||| ||||||| |     
T  5802076 gttcacggtttggtattcataagagaattctttgtcattgaagactactgtgaaattcatgacttt--atttgttacttgccaatgccaggaaacactac 5801979  T
Q  406 tgaaaagaaatccattccatgaccctgctctatacagaa 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5801978 tgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaa 5801940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 309
Target Start/End: Original strand, 20343826 - 20344119
Alignment:
Q  16 gtttgtgtacggtaaaaatccatctacatggagacaatttcaatgtgttttccttacacacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaat 115  Q
    ||||||||||   |||||||||||| ||| |||||||||  | | |||| |||| | |||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||| |||||||    
T  20343826 gtttgtgtacttcaaaaatccatctccattgagacaattcaattttgttctcctcagacacccgccagaccaatccgatgacttccattttgattgaaat 20343925  T
Q  116 tttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcag 215  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||  | ||||||||||||  ||    
T  20343926 tttggcgtgaaaccttccaagcattcacaaattggagattcattaatattgcagttagagttgatcccacaacaggcatactcttcacactggtctatag 20344025  T
Q  216 gacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtgataatccatttgggtctagcaccactctagtaataat 309  Q
    ||||| | |||  ||| |||||||| ||||||| ||| | ||||   ||||||||||    ||||| ||  |||||||| | ||||||||||||    
T  20344026 gacgagtagctgtagcctcccaattttgtgtccaatccgaccatataaaacgttgtggagttccatatgtatctagcacaaatctagtaataat 20344119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 16 - 82
Target Start/End: Original strand, 5484989 - 5485055
Alignment:
Q  16 gtttgtgtacggtaaaaatccatctacatggagacaatttcaatgtgttttccttacacacccacca 82  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  5484989 gtttgtgtacggtaaaaatccatctccatcgggacaatttaaatgcgttttccttacacacccacca 5485055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 16 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 25809168 - 25808738
Alignment:
Q  16 gtttgtgtacggtaaaaatccatctacatggagacaatttcaatgtgttttccttacacacccaccagaccaatctgatgactcccactttggttgaaat 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  25809168 gtttgtgtacggtaaaaatccatctccatggagacaatttaaatgtgttttccttacgcacccaccagaccaatctgatgcctcccacttcagttgaaat 25809069  T
Q  116 tttggcatgaaaccttccaaacattcacatattggaaagtcattaatattgcagttagaattgataccacaaaaggcataagcatcacactggtctgcag 215  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25809068 tttggcctgaaaccttccaaacatacacatattggaaagtcattcatattgcagttagaattgataccacaaaaggtataagcatcacactggtctgcag 25808969  T
Q  216 gacgattcgctaaagcttcccaattctgtgtcctatctgtccattgtaaacgttgtgataatccatttgggtctagcaccactctagtaataattgaact 315  Q
    |||| || ||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25808968 gacgtttggctaaagccgcccaatcctgtgtcttatctgtccattgtaagcgttgtgatattccatttgggtctagcacgactctagtaataattgaact 25808869  T
Q  316 gttcaaggtttcatattcgtaagagatttctttgtcagtgaacattactgagaaattcaagactc--tgcattctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 413  Q
    | |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25808868 gctcaaagtttcatattggtaagagatttctttgtcagtgaatattacagagaaattcatgactctatgcactctttgccaagaaacaccagtgaaaaga 25808769  T
Q  414 aatccattccatgaccctgctctatacagaa 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25808768 aatccattccatgaccctgctctatacagaa 25808738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University