View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15555_low_15 (Length: 335)

Name: NF15555_low_15
Description: NF15555
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15555_low_15
NF15555_low_15
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (16-320)||(30748643-30748947)
chr5 (16-320)||(30677967-30678274)
chr5 (16-291)||(29871215-29871490)
chr5 (16-320)||(30243171-30243475)
chr5 (17-320)||(30059357-30059660)
chr5 (16-320)||(30339324-30339628)
chr5 (16-320)||(30434822-30435126)
chr5 (17-320)||(4380658-4380961)
chr5 (17-320)||(30399065-30399368)
chr5 (16-320)||(30482404-30482708)
chr5 (10-291)||(30714227-30714508)
chr5 (16-320)||(29852299-29852603)
chr5 (75-317)||(30205513-30205758)
chr5 (245-320)||(30474375-30474450)
chr5 (18-107)||(17418970-17419059)
chr5 (172-320)||(29709864-29710012)
chr5 (18-104)||(29709731-29709817)
chr5 (86-229)||(17982011-17982152)
chr5 (190-226)||(30203244-30203280)
chr5 (99-151)||(30203320-30203372)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (16-282)||(20297402-20297668)
chr4 (86-213)||(13615711-13615838)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-320)||(26706332-26706635)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (86-290)||(7582597-7582801)
chr1 (86-279)||(7098456-7098649)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 30748947 - 30748643
Alignment:
Q  16 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |      
T  30748947 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactaagattatatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagt 30748848  T
Q  116 atggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgtt 215  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30748847 atggtatggaggtgagcgttttcccatctctagaggaactcaacttaaaatccctaccaaacatagagggattattgaaagtggaaagaggggagatgtt 30748748  T
Q  216 tccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgag 315  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||  | ||| || |||||||||||||    
T  30748747 tccttgtctttctaagttggatatctgggattgccctgaacttggactgccatgtcttccatctcttaaatccctccatttatgggaatgtaacaatgag 30748648  T
Q  316 ttact 320  Q
    |||||    
T  30748647 ttact 30748643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Original strand, 30677967 - 30678274
Alignment:
Q  16 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatg 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  30677967 attgtgcggcttccgttacgtggtaaactaccatctctaaaaagactgagattatctcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagg 30678066  T
Q  116 atggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgtt 215  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30678067 atggtatgaaggtgagggttttcccatctctggagaaactcttattagattctctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtt 30678166  T
Q  216 tccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaa---cttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaat 312  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    ||| |||||||||||||    
T  30678167 tccttgtctttctaggttggatatctggaattgccctaaactgcttggactgccatgtcttccatctcttaaagaactcgagatatggggatgtaacaat 30678266  T
Q  313 gagttact 320  Q
    ||||||||    
T  30678267 gagttact 30678274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 29871490 - 29871215
Alignment:
Q  16 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29871490 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcagg 29871391  T
Q  116 atggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgtt 215  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |  |  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29871390 atggtatggaggtgaggattttcccatctctggaggaactcgtattatataagttaccaaacatagagggtttattgaaagttgaaagaggggagatgtt 29871291  T
Q  216 tccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctc 291  Q
    ||||||||||||||  ||| |||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29871290 tccttgtctttctagtttggatatttggaaatgccctaaaattggactgccatgtcttccatctcttaaagacctc 29871215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Original strand, 30243171 - 30243475
Alignment:
Q  16 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  30243171 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatatctaaaaaaactggaattattcgaaatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagg 30243270  T
Q  116 atggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgtt 215  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||||  ||||   |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30243271 atggtatggaggtgagggttttcccatctctagaggtactccaattatcttgtctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtt 30243370  T
Q  216 tccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgag 315  Q
    ||||||||||||||  ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| || |||||||||||||    
T  30243371 tccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctttgtatgggaatgtaacaatgag 30243470  T
Q  316 ttact 320  Q
    |||||    
T  30243471 ttact 30243475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 30059660 - 30059357
Alignment:
Q  17 ttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatga 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||  |||  ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  30059660 ttgtgcggcttcagttacttggtatactaccatctttaaaaaacctggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 30059561  T
Q  117 tggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgttt 216  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |  |  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30059560 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggaactcgtattatatcagttaccaaacatagagggtttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 30059461  T
Q  217 ccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgagt 316  Q
    |||||||||||||||||| ||||||   | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  30059460 ccttgtctttctaagttggatatctctgaatgccgtaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaatccctcactgtatcggaatgtaacaatgagt 30059361  T
Q  317 tact 320  Q
    ||||    
T  30059360 tact 30059357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Original strand, 30339324 - 30339628
Alignment:
Q  16 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatg 115  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  30339324 attgtgctgcttcagttacttggtaaactaccatctctaaaaaatcttagagtatatcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagg 30339423  T
Q  116 atggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgtt 215  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||   ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30339424 atggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttacaacgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtt 30339523  T
Q  216 tccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgag 315  Q
    ||||||||||||||| |||   ||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||   ||||||||||||||||    
T  30339524 tccttgtctttctaacttgacaatctcctattgccctaaaattggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgttgagggatgtaacaatgag 30339623  T
Q  316 ttact 320  Q
    |||||    
T  30339624 ttact 30339628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 30435126 - 30434822
Alignment:
Q  16 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatg 115  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  30435126 attgtgcggcttccgttatttggtaaactaccatctctaaaaaaacttagagtatatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagg 30435027  T
Q  116 atggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgtt 215  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||| |||||| ||||  |||| |     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30435026 atggtatggaggtgagggctttcccatctttggaggtactcgaattacatgggttaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtt 30434927  T
Q  216 tccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgag 315  Q
    ||||||||||||||  ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||    ||| |||||||||||    
T  30434926 tccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcggtgtcgatggacgtaacaatgag 30434827  T
Q  316 ttact 320  Q
    |||||    
T  30434826 ttact 30434822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 4380961 - 4380658
Alignment:
Q  17 ttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatga 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||  |||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||    
T  4380961 ttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaacatctctaaaaaaattggaattatttcgtacggataatctgaaatacttggatgatgatgaatttgagga 4380862  T
Q  117 tggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgttt 216  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||  |||| | |  |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  4380861 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcgaattatattgtctaccaaacataaaggggttattgaaagtggaaagaggggagttgttt 4380762  T
Q  217 ccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgagt 316  Q
    |||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||  |||   |||||||||||||||||    
T  4380761 ccttgtctttctaacttggatatctagaattgccctaaacttggactgccatgtcatccatctcttaaacacctcgttgttgagggatgtaacaatgagt 4380662  T
Q  317 tact 320  Q
    ||||    
T  4380661 tact 4380658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 30399368 - 30399065
Alignment:
Q  17 ttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatga 116  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30399368 ttgtgcgacttcagttaattggtaaactaccgtctctaaaaaaactggaattatctgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcagga 30399269  T
Q  117 tggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgttt 216  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||   |||  || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30399268 tggtgtggaggtgagggttttcccatctctggaggaactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 30399169  T
Q  217 ccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgagt 316  Q
    |||||||||||| |||||   |||     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||  |||||||||||||||||||||||    
T  30399168 ccttgtctttctgagttgagaatcacagcttgccctaaacttggagtgccatgtcttccatctcttaaatccctctatgtattgggatgtaacaatgagt 30399069  T
Q  317 tact 320  Q
    ||||    
T  30399068 tact 30399065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 30482708 - 30482404
Alignment:
Q  16 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30482708 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcagg 30482609  T
Q  116 atggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgtt 215  Q
    ||||| |||||||||   |||||| |||||||  ||| |||   |||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30482608 atggtgtggaggtgatggttttccgatctctgatggatctccatttacgatacctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtt 30482509  T
Q  216 tccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgag 315  Q
    ||||||||||||| | ||| | ||||   |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||    |||||||||||||||    
T  30482508 tccttgtctttcttacttggaaatctcatattgccataaacttggactgccatctcttccatctcttgaaggcctctatgtggatggatgtaacaatgag 30482409  T
Q  316 ttact 320  Q
    |||||    
T  30482408 ttact 30482404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 10 - 291
Target Start/End: Original strand, 30714227 - 30714508
Alignment:
Q  10 aagaatattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaat 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714227 aagaaaattgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactgagattatatggtatcaataatctgaaatacttggatgatgatgaat 30714326  T
Q  110 ctcatgatggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagagggga 209  Q
    || | |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||  ||||  ||||   |  |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  30714327 ctgaggatggtatggaggtgagggttttcccctctctggagatactcgaattatcttgtctacgaaacatagtggggttattgaaagtggaaagagggga 30714426  T
Q  210 gatgtttccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctc 291  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||   |||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30714427 gatgtttccttctctttctaaattggtaatcgattgttgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctc 30714508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 29852603 - 29852299
Alignment:
Q  16 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatg 115  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||   ||  ||||||    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |    
T  29852603 attgtgcggcttccgttactttgtaaactaccatatctaaaaaagttggtattattcaaaatggataatctgaaatacttagatgatgatgaatctgagg 29852504  T
Q  116 atggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgtt 215  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||  ||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||    
T  29852503 atggtatggaggtgagggttttcccatctctggagatacttctattacaacgcctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagagggaagatatt 29852404  T
Q  216 tccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgag 315  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||   |||  ||||||||||||||||||||||    
T  29852403 tccttgtctttctaatttgaaaatctcatattgccctgaacttggactgccatgtcttccatctctgaaactgctccatgtattgggatgtaacaatgag 29852304  T
Q  316 ttact 320  Q
    |||||    
T  29852303 ttact 29852299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 75 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 30205758 - 30205513
Alignment:
Q  75 tatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaa---tctcatgatggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaataccta 171  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| | || |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||    
T  30205758 tatgaatgatttgaaatacttggatgatgatgaagaatctcaagatggtattgtggcgaggattttcccatctctggaggtactcatattagaaatccta 30205659  T
Q  172 ccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtc 271  Q
    |||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   ||    ||||    ||||||||||||||||||||||||||    
T  30205658 ccaaacttagaagggttattgaaagtggaaagaggtgagatgtttccttgtctttctcgtttaaccatctccttttgccctaaacttggactgccatgtc 30205559  T
Q  272 ttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgagtt 317  Q
    ||  ||||||| || ||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  30205558 ttgtatctcttaaaaacctagatgtattgggatgtaacaatgagtt 30205513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 245 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 30474450 - 30474375
Alignment:
Q  245 attgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgagttact 320  Q
    |||||||||||||||   ||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  30474450 attgccctaaacttgtgttgccatgccttccatcccttaaagacctcattgtatttggatgtaacaatgagttact 30474375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 18 - 107
Target Start/End: Original strand, 17418970 - 17419059
Alignment:
Q  18 tgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatga 107  Q
    |||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||  ||||  ||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17418970 tgtgcggctttcgtcatttggtaaactacaatctctaaaattactggaattatcttacatgaaaaatctgaaatacttggatgatgatga 17419059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 320
Target Start/End: Original strand, 29709864 - 29710012
Alignment:
Q  172 ccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttgcatatctggcat-tgccctaaacttggactgccatgt 270  Q
    |||||| ||||||||||| |||| || ||||||| |||| |||||||||||| |||||  ||| | || || | | | | ||||||||| |||| |||||    
T  29709864 ccaaacttagaggggttagtgaatgtggaaagagaggaggtgtttccttgtccttctattttgaaaat-tgccctcttcactaaacttgaactgtcatgt 29709962  T
Q  271 cttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgagttact 320  Q
    ||||| ||||||  |||||||  ||| | |||||||||||||||||||||    
T  29709963 cttccgtctcttatagacctcgatgtttcgggatgtaacaatgagttact 29710012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 104
Target Start/End: Original strand, 29709731 - 29709817
Alignment:
Q  18 tgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatga 104  Q
    |||||| ||||| | | |||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||    ||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  29709731 tgtgcgccttccttcatttggtaaactactatctctaaaaaaactggaattatacagtatgcgtaatctgaaatacttggatgatga 29709817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 86 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 17982152 - 17982011
Alignment:
Q  86 tgaaatacttggatgatgatgaatctcatgatggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggg 185  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |  ||||| ||||| |||    ||||||||||||||||  ||||| |||| |  |  || ||||| |||||||    
T  17982152 tgaaatacttggatgatgatgaatttgaaaatggtgtggagatgataaatttcccatctctggagatactcacattaaataatttatcaaacttagaggg 17982053  T
Q  186 gttattgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtctttcta 229  Q
      | |||||||| |||||||| || |||  ||||||||||||||    
T  17982052 tctgttgaaagtggaaagaggagaaatg--tccttgtctttcta 17982011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 190 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30203280 - 30203244
Alignment:
Q  190 ttgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtcttt 226  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30203280 ttgaaagtggaaagagaggagatgtttccttgtcttt 30203244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 99 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 30203372 - 30203320
Alignment:
Q  99 tgatgatgaatctcatgatggtatggaggtgagccttttcccatctctggagg 151  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||    
T  30203372 tgatgatgaatctcacaatggtatggaggtgaggattttcccatatttggagg 30203320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 282
Target Start/End: Original strand, 20297402 - 20297668
Alignment:
Q  16 attgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatg 115  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  20297402 attgtgcagcttccgttaattggtaaactaccatctctaaaaaaactgacaatatctggtatgtataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcggg 20297501  T
Q  116 atggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgtt 215  Q
    |||||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||||   |||   |  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20297502 atggtagggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcgacttattttgtctacaaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtt 20297601  T
Q  216 tccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctctt 282  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||   | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20297602 tccttgtctttctaagttgaaaatctccaaatgccctaaacttggaatgccatgtcttccatctctt 20297668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 13615838 - 13615711
Alignment:
Q  86 tgaaatacttggatgatgatgaatctcatgatggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggg 185  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||| | |  ||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||| ||||  |    
T  13615838 tgaaacacttgaatgaggatgaatttgaaaatggtgtggagatgagaattttcccatctctggaggaactaataatagaagacttaccaaacttagatag 13615739  T
Q  186 gttattgaaagttgaaagaggggagatg 213  Q
    ||| || ||||| ||||||| |||||||    
T  13615738 gttgttaaaagtggaaagagaggagatg 13615711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 26706635 - 26706332
Alignment:
Q  17 ttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaagactgagattattttttatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcatga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26706635 ttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctagaaaaactggaattatcttctatggttaatctgaaatacttggatgatgatgaatctcagga 26706536  T
Q  117 tggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggggttattgaaagttgaaagaggggagatgttt 216  Q
    ||| |||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||   ||| |  |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |||||    
T  26706535 tggcatggaggtgagggttttcccatctctgaaggtactccacttatatgagttaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggaaaggtgttt 26706436  T
Q  217 ccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaagacctcactgtattgggatgtaacaatgagt 316  Q
    ||||||||||||   |||   || |   |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  26706435 ccttgtctttctcgtttgacaatatactattgccctaagctaggactgccatgtcttccatctcttaaatccctcaatgtttcgggatgtaacaatgagt 26706336  T
Q  317 tact 320  Q
    ||||    
T  26706335 tact 26706332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 69; Significance: 6e-31; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 86 - 290
Target Start/End: Original strand, 7582597 - 7582801
Alignment:
Q  86 tgaaatacttggatgatgatgaatctcatgatggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggg 185  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||| |||||  ||||||||||||| |||| ||| ||| | ||  || |||||||| |||||||    
T  7582597 tgaaatacttggatgatgatgaatttcacaatggtttggaagtgagaattttcccatctcttgaggtacttataattgatgacttaccaaacttagaggg 7582696  T
Q  186 gttattgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttgaa 285  Q
    ||| |||||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||  ||| | |||    ||||||||||||||| ||| || |||||||||||| || ||    
T  7582697 gttgttgaaagtggaaaaaaaggagatgtttccttgtctttctattttgaacatcaacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatctgttaaa 7582796  T
Q  286 gacct 290  Q
    |||||    
T  7582797 gacct 7582801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 86 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 7098649 - 7098456
Alignment:
Q  86 tgaaatacttggatgatgatgaatctcatgatggtatggaggtgagccttttcccatctctggaggaactcatattagaatacctaccaaacatagaggg 185  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||  ||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||  |||| | |||       | |||||| |||||||    
T  7098649 tgaaatacttggatgataatgaatttcacaatggtatggaggtaaggattttcccatctctagagacactcttgttacgcgggatgccaaacttagaggg 7098550  T
Q  186 gttattgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttgcatatctggcattgccctaaacttggactgccatgtcttccatct 279  Q
      | |||||||| |||||||  |||| |||||||||||||||||  ||| | |||    ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  7098549 actgttgaaagtggaaagagatgagacgtttccttgtctttctattttggaaatcgacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatct 7098456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University