View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1556-INSERTION-1 (Length: 1023)

Name: NF1556-INSERTION-1
Description: NF1556
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1556-INSERTION-1
NF1556-INSERTION-1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (63-998)||(244309-245250)
chr7 (7-78)||(245383-245454)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 813; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 813; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 63 - 998
Target Start/End: Complemental strand, 245250 - 244309
Alignment:
Q  63 aagtgacaacccaatgaaagatactaaaact--acatggattcatattaggagaagtaaacgcataattaaatagccatcattattgatggatcaaatgc 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  245250 aagtgacaacccaatgaaagatactaaaactctacatggattcatattaggagaagtaaacgcataattaaatagccatcattattgatggatcaaatgc 245151  T
Q  161 tcaaccgtccatgacatcaaaacagcccaaccaacttaaaaatagtgaccaattgatatggttttgttcattaattaagattatcatatggatacataga 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  245150 tcaaccgtccatgacatcaaaacagcccaaccaacttaaaaatagtgaccaattgatatggttttgttcattaattaagattatcatatggatacataga 245051  T
Q  261 catatatttgttttactggatgaagtaaagtcaacccaaaattatcattattgttttaaactatatattgcagaaaattacaaacaaatgaggccatatt 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  245050 catatatttgttttactggatgaagtaaagtcaacccaaaattatcattattgttttaaactatatattgcagaaaattacaaacaaatgaggccatatt 244951  T
Q  361 tgcggttatgatgtgattaattggcaatttaaaataatgatttttggtgttggtggaattgaaaaatgtatttgtggataagaagtaataggacagagca 460  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  244950 tgcggttatgatgtgattaattggcaatttaaaataatgatttttggtgttggtggaattgaaaaatgtatttgtggataagaagtaataggacagagca 244851  T
Q  461 ctacatacacaaataagaaaagaggatcaaaatttgaatagagcaaaccatggatcacacattttattaatttcaacatttgatcattatacttgatgat 560  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  244850 ctacatacacaaataagaaaagaggatcaaaatttgaatagagcaaaccatggatcacacattttattaatttcaacatttgatcattatacttgatgat 244751  T
Q  561 gatcactacatgcgatggaaagaacttaatacagcactaattgaacttgctagacattaatata-nnnnnnnnnacaagattgctagacattaatatgta 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||    
T  244750 gatcactacatgcgatggaaagaacttaatacagcactaattgaacttgctagacattaatatatatattttttacaagattgctagacattaatatgta 244651  T
Q  660 ccctagtaatgagaaattaataaaacattaccatatccatatatatagctagttatttatgaagtttacgttaattttgatagagataatcagatgcaag 759  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  244650 ccctagtaatgagaaattaataaaacattaccatatcc----atatagctagctatttatgaagtttacgttaattttgatagagataatcagatgcaag 244555  T
Q  760 attcagacgaacttcagattatcagaacaccttttctcttt-aaaaaagataattaaaagttgtttaagacaatcattctggaagggctaagaagatgat 858  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  244554 attcagacgaacttcagattatcagaacaccttttctctttaaaaaaagataattaaaagttgtttaagacaatcattctagaagggctaagaagatgat 244455  T
Q  859 aagaag-atgagaacgacc-aaagtacaaccttggagaggagcttcattatccatttccatcaacac-ttgtaaaagacatcaacattacaaggaaragc 955  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  244454 aagaagaacgagaacgaccaaaagtacaaccttggagaggagcttcattatccatttccatcaacactttgtaaaagacatcaacattacaaggaagagc 244355  T
Q  956 c-aaggtccttggcagctat-accata-tctgattcagcttcttca 998  Q
    | |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  244354 caaaggtccttggcagctataaccatattctgattcagcttcttca 244309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 7 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 245454 - 245383
Alignment:
Q  7 aaatagaactagatcaaatcaaataaatatatttatgtaatttctaactatatattaagtgacaacccaatg 78  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  245454 aaatagaactagatcaaatcaaataaatatatttatgtaatttctaactatatattaagtgacaacccaatg 245383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University