View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15566_low_1 (Length: 803)

Name: NF15566_low_1
Description: NF15566
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15566_low_1
NF15566_low_1
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (13-486)||(39824598-39825070)
chr2 (17-486)||(39804560-39805029)
chr2 (12-486)||(39813089-39813562)
chr2 (484-779)||(39824284-39824575)
chr2 (484-779)||(39812771-39813066)
chr2 (17-436)||(39920914-39921334)
chr2 (17-436)||(39909595-39910015)
chr2 (545-779)||(39920216-39920450)
chr2 (31-436)||(39882226-39882632)
chr2 (563-779)||(39908714-39908930)
chr2 (564-779)||(39881379-39881594)
chr2 (563-779)||(39804100-39804316)
chr2 (480-543)||(39804480-39804543)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 39825070 - 39824598
Alignment:
Q  13 cacagacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtactgacagtggggctccac 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39825070 cacagacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaggtactgacagtggggctccac 39824971  T
Q  113 ctccaatatagaatgactacaacatataaacaagccatattaatttattagaaagattaatcatattatatatgaaagtatggattgattatacaaatgc 212  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39824970 ctccaatatagaaagactacaacatataaacaagctatattaatttattagaaagattaatcatattatatatgaaagtatggattgattatacaaatgc 39824871  T
Q  213 atatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccttagtattcaacaaatagaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  39824870 atatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaa 39824771  T
Q  313 tgcagaaccagctggaatttgataaacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaatcccacctttgcttctcctgaaatc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39824770 tgcagaaccagctggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaatcccacctttgcttatcctgaaatc 39824671  T
Q  413 cgttttcaagttaactcataaattttcaaaatacatttatatctgggaattacatctttcacaagtcatcttaa 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  39824670 cgttttcaagttaactcataaattttcaaaatacatttatatctgggaatt-catctttcacaagtgatcttaa 39824598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 39805029 - 39804560
Alignment:
Q  17 gacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtactgacagtggggctccacctcc 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39805029 gacacgtagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtaccgacagtggggctccacctcc 39804930  T
Q  117 aatatagaatgactacaacatataaacaagccatattaatttattagaaagattaatcatattatatatgaaagtatggattgattatacaaatgcatat 216  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  39804929 aatatagaaagactacaacatataaacaagccatattaatttattagaaagattgatcgtattatatataaaggtattgattgattatacaaatgcatat 39804830  T
Q  217 atatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccttagtattcaacaaatagaatgca 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  39804829 atatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaatagaatgca 39804730  T
Q  317 gaaccagctggaatttgataaacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaatcccacctttgcttctcctgaaatccgtt 416  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  39804729 gaaccagcaggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacgaatcccacctttgcttctcctgaaattcatt 39804630  T
Q  417 ttcaagttaactcataaattttcaaaatacatttatatctgggaattacatctttcacaagtcatcttaa 486  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  39804629 tacaagttaactcataaattttcaaaatacatttatagctgggaattacatctttcacaagggatcttaa 39804560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 39813562 - 39813089
Alignment:
Q  12 gcacagacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtactgacagtggggctcca 111  Q
    |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||     
T  39813562 gcactgacacatagtaaaattgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtaccgacactggagctcct 39813463  T
Q  112 cctccaatatagaatgactacaacatataaacaagccatattaatttattagaaagattaatcatattatatatgaaagtatggattgattatacaaatg 211  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  39813462 cctccaatatagaaagactacaacatataaacaagccatattaattcattcgaaagattaatcgtattatatataaaggtattgattgattatacaaatg 39813363  T
Q  212 catatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccttagtattcaacaaataga 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  39813362 catatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcaatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccccagtattcaacaaataga 39813263  T
Q  312 atgcagaaccagctggaatttgataaacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaatcccacctttgcttctcctgaaat 411  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  39813262 atgcagaaccagcaggaatttgatacacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatcctcatttacaaatcccacctttgcttctcctgaaat 39813163  T
Q  412 ccgttttcaagttaactcataaattttcaaaatacatttatatctgggaattacatctttcacaagtcatcttaa 486  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||  |||||||    
T  39813162 ccattttcaagttcactcataaattttcaaattacatttatagctgagaa-tacatctttcacaagcgatcttaa 39813089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 484 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 39824575 - 39824284
Alignment:
Q  484 taaattttaaatatctagccatgttactcgtaagttattttgtcatgcagatcgtacattggaaaacctatatggatcgatgatatgatacctgtaagga 583  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39824575 taaattttaaatatctagccatgttactcgtaa----ttttgtcatgcagatcgtacattggaaaacctatatggatcgatgatatgatacctgtaagga 39824480  T
Q  584 caaatatgatgagagtggaatcaagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaagtgtctttcaaatattctacc 683  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39824479 caaatatgatgagagtggaatcaagatattgaggaacaaaaagtgggcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaagcgtctttcaaatattctacc 39824380  T
Q  684 accatgactctccaacactctcatctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttttgtctggcgttgaagg 779  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39824379 accatgactctccaacactctcatctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttttgtctggcgttgaagg 39824284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 484 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 39813066 - 39812771
Alignment:
Q  484 taaattttaaatatctagccatgttactcgtaagttattttgtcatgcagatcgtacattggaaaacctatatggatcgatgatatgatacctgtaagga 583  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||| |||    
T  39813066 taaattttaaatatctacccatgttactcctaagttatttagtcatgcaaatcgtacattggaaaatctaaatggattaatgatatgatacctgtatgga 39812967  T
Q  584 caaatatgatgagagtggaatcaagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaagtgtctttcaaatattctacc 683  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  39812966 caaatacgatgagagtagaatcaagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaatgaaaccaacgtgcaagcgtctttcagatattctacc 39812867  T
Q  684 accatgactctccaacactctcatctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttttgtctggcgttgaagg 779  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39812866 accatgactctccaacactctcatctctcctgcatcagtcttcaccacaagctttgagttttgcaacaagaacaatttgttgtctggcgttgaagg 39812771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 17 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 39921334 - 39920914
Alignment:
Q  17 gacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtactgacagtggggctccacctcc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||| |||||    
T  39921334 gacacatagtgaagttgtttgtttgtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaaataccgacactggagctcctcctcc 39921235  T
Q  117 aatatagaatgactacaa-catataaacaagccatatta----atttattagaaagattaatcatattatatatgaaagtatggattgattatacaaatg 211  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |    ||  ||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||    || |||||||||||    
T  39921234 aatatagaaagactacaaacatataaacaaaccatatcattaaatggattagcaagattaatcaaattatatataaaggtat----tgcttatacaaatg 39921139  T
Q  212 catatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccttagtattcaacaaataga 311  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||| ||||||| |    
T  39921138 cttgtatatacctggaaaataccaattcccaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctccccaatattcgacaaataaa 39921039  T
Q  312 atgcagaaccagctggaatttgataaacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaatcccacctttgcttctcctgaaat 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||  ||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  39921038 atgcagaaccagctggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcattctcatacatgaatccaacctttgcttcccctgaaat 39920939  T
Q  412 ccgttttcaagttaactcataaatt 436  Q
    || ||||||| ||||||| ||||||    
T  39920938 ccattttcaacttaactcctaaatt 39920914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 17 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 39910015 - 39909595
Alignment:
Q  17 gacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtactgacagtggggctccacctcc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||| |||||    
T  39910015 gacacatagtgaagttgtttgttagtttccttacattaaatgcggattcaaggatttgaggctcgaatccggaaaataccgacactggagctcctcctcc 39909916  T
Q  117 aatatagaatgactacaa-catataaacaagccatatta----atttattagaaagattaatcatattatatatgaaagtatggattgattatacaaatg 211  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| |    ||  ||||| || |||||||| ||||||||| || ||||    ||||||||||||||    
T  39909915 aatatagaatgactacaaacatgtaaaccaaccatatcattaaatggattagcaacattaatcaaattatatataaaggtat----tgattatacaaatg 39909820  T
Q  212 catatatatacctggaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccttagtattcaacaaataga 311  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||||  | ||||  ||||||| |    
T  39909819 cttgtatatacctggaaaataccaattcccaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctccccaatatttgacaaataaa 39909720  T
Q  312 atgcagaaccagctggaatttgataaacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaatcccacctttgcttctcctgaaat 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||  ||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  39909719 atgcagaaccagctggaatttgatacacatcccccttcttcaattcactctcctccaattcattctcatacatgaatccaacctttgcttcccctgaaat 39909620  T
Q  412 ccgttttcaagttaactcataaatt 436  Q
    || ||||||| ||||||| ||||||    
T  39909619 ccattttcaacttaactcctaaatt 39909595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 545 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 39920450 - 39920216
Alignment:
Q  545 gaaaacctatatggatcgatgatatgatacctgtaaggacaaatatgatgagagtggaatcaagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagt 644  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39920450 gaaaatctaaatggatcaatgatatgatacctgtaaggacaaatatgatgagagtagaatcaagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagt 39920351  T
Q  645 aataaaaccaacgtgcaagtgtctttcaaatattctaccaccatgactctccaacactctcatctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttt 744  Q
    ||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39920350 aatgaaaccaacgtgtaagcgtctttccaatattctaccaccacgactctctaacactctcatctctcctgcatcagtcttcaccacacgctttgagttt 39920251  T
Q  745 tgcaacaagaacaattttttgtctggcgttgaagg 779  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  39920250 tgcaacaagaacaattttttgtcttgcattgaagg 39920216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 31 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 39882632 - 39882226
Alignment:
Q  31 ttgtttgttagtttccttacattaaatgcagattcaaggattcgaggctcgaatccggaaagtactgacagtggggctccacctccaatatagaatgact 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  39882632 ttgtttgttagtttccttacattaaatgccgattcaaggattcgatgctcgaatccggaaagtactgataatggagctcctcctccaatatagaaagact 39882533  T
Q  131 acaa-catataaacaagccatat----taatttattagaaagattaatcatattatatatgaaagtatggattgattatacaaatgcatatatatacctg 225  Q
    |||| ||| ||||  |  |||||    ||||  ||||| ||||||||||| | ||||||| || ||||    || |||| ||||||| | ||||||||||    
T  39882532 acaaacatgtaaagcaaacatatcatttaatggattagcaagattaatcaaactatatataaaggtat----tggttatgcaaatgcttgtatatacctg 39882437  T
Q  226 gaaaataccaattctcaaactctcggatgggtcgatgctacaaataatgtgaagcttttgagcctccttagtattcaacaaatagaatgcagaaccagct 325  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||   | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39882436 gaaaataccaattctcaaactctctgaggggtcaatgctgcaaataatgtgaagtttttgaccctcaccaatattcgacaaatagaatgcagaaccagct 39882337  T
Q  326 ggaatttgataaacatctcccttcttcaaatccctctctgccaattcatccttatatatgaatcccacctttgcttctcctgaaatccgttttcaagtta 425  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||    
T  39882336 ggaatttgatatacatcccccttcttcaattcgctctcctccaattcatcctcatacatgattccaacctttgcttcccctgaaatccattttcaactta 39882237  T
Q  426 actcataaatt 436  Q
    |||| ||||||    
T  39882236 actcctaaatt 39882226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 563 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 39908930 - 39908714
Alignment:
Q  563 atgatatgatacctgtaaggacaaatatgatgagagtggaatcaagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaa 662  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  39908930 atgatatgatacctgtaaggacaaatatgatgagagtagaatcaagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaatgaaaccaacgtgtaa 39908831  T
Q  663 gtgtctttcaaatattctaccaccatgactctccaacactctcatctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaatttt 762  Q
    | ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39908830 gcgtctttccaatattctaccaccacgactctctaacactctcatctctcctgcatcagtcttcaccacacgctttgagttttgcaacaagaacaatttt 39908731  T
Q  763 ttgtctggcgttgaagg 779  Q
    ||||||  |||||||||    
T  39908730 ttgtctttcgttgaagg 39908714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 564 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 39881594 - 39881379
Alignment:
Q  564 tgatatgatacctgtaaggacaaatatgatgagagtggaatcaagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaag 663  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39881594 tgatatgatacctgtaaggacaaatatgattagagtggaatccagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaag 39881495  T
Q  664 tgtctttcaaatattctaccaccatgactctccaacactctcatctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttt 763  Q
     ||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39881494 cgtctttccaatattcttccaccacgactctctaacattctcatctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaattttc 39881395  T
Q  764 tgtctggcgttgaagg 779  Q
    | ||||||||||||||    
T  39881394 tatctggcgttgaagg 39881379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 165; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 563 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 39804316 - 39804100
Alignment:
Q  563 atgatatgatacctgtaaggacaaatatgatgagagtggaatcaagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaataaaaccaacgtgcaa 662  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  39804316 atgatatgatacctgtaaggacaaatatgatgagagtagaatcaagatattgaggaacaaaaagtgagcttggttccatagtaatgaaaccaacgtgtaa 39804217  T
Q  663 gtgtctttcaaatattctaccaccatgactctccaacactctcatctctcctgcatcagtcttcaccacacgcttggagttttgcaacaagaacaatttt 762  Q
      |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39804216 acgtctttcagatattctaccaccatgactctttaacactctcatctctcctgcatcagtcttcactacaagctttgagttttgcaacaagaacaatttt 39804117  T
Q  763 ttgtctggcgttgaagg 779  Q
    |||| ||| ||||||||    
T  39804116 ttgtttggagttgaagg 39804100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 480 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 39804543 - 39804480
Alignment:
Q  480 atcttaaattttaaatatctagccatgttactcgtaagttattttgtcatgcagatcgtacatt 543  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| || |||||||    
T  39804543 atcttaaattttaagtatctagccatgttactcctaagttttttagtcatgcaaattgtacatt 39804480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University