View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15567_high_33 (Length: 252)

Name: NF15567_high_33
Description: NF15567
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15567_high_33
NF15567_high_33
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-245)||(37428339-37428582)
chr5 (21-245)||(37382975-37383199)
chr5 (21-245)||(37434997-37435221)
chr5 (40-244)||(37593492-37593696)
chr5 (40-244)||(37695883-37696087)
chr5 (40-245)||(37532387-37532592)
chr5 (35-244)||(37823192-37823401)
chr5 (35-244)||(37401661-37401870)
chr5 (35-244)||(37639034-37639243)
chr5 (21-225)||(37393526-37393730)
chr5 (35-190)||(37710846-37711001)
chr5 (21-190)||(37702025-37702194)
chr5 (21-106)||(37413814-37413899)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (21-245)||(16843645-16843869)
chr4 (21-245)||(16846313-16846536)
chr4 (21-245)||(24218380-24218604)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (61-236)||(14552668-14552843)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 37428582 - 37428339
Alignment:
1 cttcatgcatcaaatactttttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
37428582 cttcatgcatcaaatactttttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaaacatccatt-cccaagtt 37428484  T
101 gagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaatt 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37428483 gagaattttcgacatctataataaaatttttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaatt 37428384  T
201 ggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataatgattctgtg 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37428383 ggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataatgattctgtg 37428339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 37382975 - 37383199
Alignment:
21 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 120  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||| || ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||    
37382975 ttacaggtgctcagtttaagatcaaataaacttcatggcgcaatcacatgctctagcaccaaacatccatttcccaagttgagaatttttgatgtctcta 37383074  T
121 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 220  Q
    | |||||||||| ||| |||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   | | ||||||||| |||||||||||    
37383075 acaacaattttattgggcccttgccaacatcgtgcatcaagaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacatgggtaa 37383174  T
221 ggccaattactataatgattctgtg 245  Q
    | |||||||||||||||||||||||    
37383175 gtccaattactataatgattctgtg 37383199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 37435221 - 37434997
Alignment:
21 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 120  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||  ||||| ||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||       
37435221 ttacaggtactcagtttaagatcaaataaacttaatggttcaatcacctgttctaacaccaaccatcctttttctaagttaagaatttttgacatcttcg 37435122  T
121 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 220  Q
     |||||||||||||||  ||||||| ||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
37435121 gtaacaattttagtggatccttgccaacatcatgtatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccagattggtttgcaatacatgggtaa 37435022  T
221 ggccaattactataatgattctgtg 245  Q
    |  ||||||||||||||||||||||    
37435021 gaacaattactataatgattctgtg 37434997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 40 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 37593696 - 37593492
Alignment:
40 gatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcc 139  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  | ||||  |||||||||||||| ||    
37593696 gatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcc 37593597  T
140 cttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataatgat 239  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||  ||   ||||||||||||||    
37593596 cttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacaagggtgtgggttattactataatgat 37593497  T
240 tctgt 244  Q
    |||||    
37593496 tctgt 37593492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 40 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 37696087 - 37695883
Alignment:
40 gatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcc 139  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  | ||||  |||||||||||||| ||    
37696087 gatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctatcaacaattttagtgggcc 37695988  T
140 cttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataatgat 239  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| | |   ||||||||||||||    
37695987 cttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacaagggtgacggttattactataatgat 37695888  T
240 tctgt 244  Q
    |||||    
37695887 tctgt 37695883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 40 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 37532592 - 37532387
Alignment:
40 gatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcc 139  Q
    |||||||||| || |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  | ||||| |||||||||||||| ||    
37532592 gatcaaataatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtttctaacaacaattttagtgggcc 37532493  T
140 cttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataatgat 239  Q
    |||||| | | ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||  ||   ||||||||||||||    
37532492 cttgccaatatcatgcatcaagaactttaaaggaatgatgaatgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacaagggtgcgggttattactataatgat 37532393  T
240 tctgtg 245  Q
    ||||||    
37532392 tctgtg 37532387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 35 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 37823401 - 37823192
Alignment:
35 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagt 134  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
37823401 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 37823302  T
135 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactata 234  Q
    || |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||| ||||||||| |  |  ||||||| |    
37823301 gggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgagtgacgaccaaattggtttgcaatacatgggtgactcttattactaca 37823202  T
235 atgattctgt 244  Q
    ||||||||||    
37823201 atgattctgt 37823192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 35 - 244
Target Start/End: Original strand, 37401661 - 37401870
Alignment:
35 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagt 134  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
37401661 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 37401760  T
135 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactata 234  Q
    || |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |   | | ||||||||| ||||||||| |  |  ||||||| |    
37401761 gggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacatgggtgactcttattactaca 37401860  T
235 atgattctgt 244  Q
    ||||||||||    
37401861 atgattctgt 37401870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 35 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 37639243 - 37639034
Alignment:
35 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagt 134  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
37639243 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 37639144  T
135 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactata 234  Q
    || |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |   | | ||||||||| ||||||||| |  |  ||||||| |    
37639143 gggcccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaatgtgaatgacaataacactggtttgcaatacatgggtgactcttattactaca 37639044  T
235 atgattctgt 244  Q
    ||||||||||    
37639043 atgattctgt 37639034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 21 - 225
Target Start/End: Original strand, 37393526 - 37393730
Alignment:
21 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 120  Q
    |||||||| || | |||| |||||||| | || |||||  ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||  ||||||    
37393526 ttacaggtgctaagtttacgatcaaatcatcttcatgggtcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttatgatgtctcta 37393625  T
121 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 220  Q
     ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
37393626 gtaacaattttagtggccccttgccaacatcatgcttcaagaactttcaaggaatgatggatgtgaataacagccaaattggtttgcaatacatgggtaa 37393725  T
221 ggcca 225  Q
     ||||    
37393726 agcca 37393730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 35 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 37711001 - 37710846
Alignment:
35 tttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagt 134  Q
    |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||    
37711001 tttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcaccaagcatacatttcccaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagt 37710902  T
135 ggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatga 190  Q
    || ||||||||  || ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
37710901 gggcccttgccagcatcatgcatcaagaactttcaaggaatgatgaaggtgaatga 37710846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 21 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 37702194 - 37702025
Alignment:
21 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 120  Q
    |||||||| || | |||| |||||||| | || |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||   |||||    
37702194 ttacaggtgctgagtttacgatcaaatcatcttcatggtgcaatcacttgttctagcaccaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgcctcta 37702095  T
121 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatga 190  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| |||||    
37702094 acaacaattttagtggccccttgccaacatcatgcatcaagaactttcaaggaatgattaatgtaaatga 37702025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 106
Target Start/End: Original strand, 37413814 - 37413899
Alignment:
21 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaat 106  Q
    |||||||| || | |||| |||||||||| || |||||| ||||||| |||||||  || |||||| |||||||||||||||||||    
37413814 ttacaggtgctaagtttacgatcaaataatcttcatggtgcaatcacctgttctagcacaaagcatacatttcccaagttgagaat 37413899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 16843645 - 16843869
Alignment:
21 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 120  Q
    |||||||| ||| ||||| |||| ||||| || |||||   ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||    
16843645 ttacaggtactcgttttacgatctaataatcttcatggagtaatcacttgttctagcaccaagcatccatttcctaagttgagaatttttgatgtctcta 16843744  T
121 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 220  Q
    | ||||||||||||||  ||||||| ||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| |     
16843745 acaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatccagaactttcaaggaatgatgaatgtggatgatagccagattggtttgcaatacatgggcac 16843844  T
221 ggccaattactataatgattctgtg 245  Q
    || ||||||||| || |||||||||    
16843845 ggacaattactacaacgattctgtg 16843869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 16846313 - 16846536
Alignment:
21 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 120  Q
    ||||| || |||| |||||| |||||||||||  ||||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||       
16846313 ttacatgtactcagtttaaggtcaaataaactttatggttcaatcacatgttctagcaccaagcatccatttccaaa-ttgagaattttggacatcttcg 16846411  T
121 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 220  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||   ||| |||||||||||||||||| ||    
16846412 ataacaaattcagtggaccgttgccaacatcatgtatcaagaattttcaaggaatgatgaacgcgaatgataataaaactggtttgcagtacatgggaaa 16846511  T
221 ggccaattactataatgattctgtg 245  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
16846512 ggtcaattactataatgattctgtg 16846536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 21 - 245
Target Start/End: Original strand, 24218380 - 24218604
Alignment:
21 ttacaggttctcattttaagatcaaataaactgcatggtacaatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctcta 120  Q
    |||||||| |||| |||| |||||||| | || ||||||  ||||||||||||||  ||||| ||  ||||||| ||| ||||||||| |||  |||||     
24218380 ttacaggtactcagtttacgatcaaatcatcttcatggtggaatcacttgttctagcaccaaacaatcatttccgaagatgagaatttacgatgtctctg 24218479  T
121 ataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcaggaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaa 220  Q
     ||| |||||  |||| ||| |||| ||| | ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |   ||  ||||||||| |||||||||||    
24218480 gtaataatttccgtggccccgtgccaacatcttgcctcaagaattttcaaggaatgattaatgtgaatgtcaataaatctggtttgcaatacatgggtaa 24218579  T
221 ggccaattactataatgattctgtg 245  Q
    ||||||||| |||||||||||||||    
24218580 ggccaattattataatgattctgtg 24218604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 61 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 14552843 - 14552668
Alignment:
61 caatcacttgttctatgaccaagcatccatttcccaagttgagaattttcgacatctctaataacaattttagtggtcccttgccgacaacatgcatcag 160  Q
    ||||||| |||||||  | ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||     
14552843 caatcacctgttctagcatcaagcattcatttcctaagttgagaatttttgatgtctctaacaacaattttagtggcaccttgccaacatcatgcatcaa 14552744  T
161 gaattttcaaggaatgatgaatgtgaatgatagccaaattggtttgcagtacatgggtaaggccaattactataat 236  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||    
14552743 gaactttcaaggaatgatgaacgtgaatgacagccaaattggtttgcaatacatgggtaaagccagctactataat 14552668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University