View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1556R-Insertion-3 (Length: 920)

Name: NF1556R-Insertion-3
Description: NF1556R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1556R-Insertion-3
NF1556R-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-919)||(36707186-36708105)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 743; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 743; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 919
Target Start/End: Complemental strand, 36708105 - 36707186
Alignment:
Q  8 accttaccctatatatgaagtacaaactatatttatgtgccatctcaacataaatcttgatgnnnnnnnnnntataaaacatgaaaaattaacaannnnn 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||         
T  36708105 accttaccctatatatgaagtacaaactatatttatgtgccatctcaacataaatcttgatgaaaaaaaaa-tataaaacatgaaaaattaacaattttt 36708007  T
Q  108 nnnngttgtaatataacattaccttcacaatgaaagcattacacgaagatacctcttcaatgtatttatgttccactgcatctagaaaaagcacatcgga 207  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36708006 ttt-gttgtaatataacattaccttcacaatgaaagcattacacgaagatacctcttcaatgtatttatgttccactgcatctagaaaaagcacatcgga 36707908  T
Q  208 aaatcctttggcttttgcttcttttacaacttggaaaacctatttaggagataaaaatttcaaccaaatacttatagttatagataaattctattatttt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36707907 aaatcctttggcttttgcttcttttacaacttggaaaacctatttaggagataaaaatttcaaccaaatgcttatagttatagataacttctattatttt 36707808  T
Q  308 attttaatttgcagatttaaataacttacaagtggataattaccaatactttttactccaccagttccaccaggatatgcacgaggaaagttttcattaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36707807 attttaatttgcagatttaaataacttacaagtggataattactaatactttttactccaccagttccaccaggatatgcacgaggaaagttttcattaa 36707708  T
Q  408 tcaacaaactcaaggctgatgtttgtccctgtccatgtttacactttggttattagtcctcaattgttttgacataataaattctaattgaaaattagat 507  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36707707 tcaacaaattcaaggctgatgtttgtccctgtccatgtttacactttggttattagtcctcaattgttttgacataataaattctaattgaaaattagat 36707608  T
Q  508 actgtaccttgtaaatgttgctaattggattagtgaatattaagagggtgcattgaggtgctggtccaatacccagaacaggtccgcttccaaatagtaa 607  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36707607 accgtaccttgtaaatgttgctaattggattagtgaatattaagagggtgcattgaggtgctggtccaatacccagaacaggtccgcttccaaatagtaa 36707508  T
Q  608 aggcctaatgtacaatgttccttttccccaaggaggcacctacaattccaattacaaatttgaaataatcaaactcgaactcattagtgcatactccaac 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  36707507 aggcctaatgtacaatgttccttttccccaaggaggcacctacaattccaattacaaatttgaaataatcaaactcgaactcattagtgcatactcgaac 36707408  T
Q  708 ttactaa----ctacatgtttggtatcacaatgtattttgtctgaaccatagtgactcattatgattctgacaaatacatcgtaataccagacatgcact 803  Q
    |||||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36707407 ttactaactagctacatgtttggtatcacaatgaattttgtctgaaccatagtcacttattatgattctgacaaatacatcgtaatatcagacatgcact 36707308  T
Q  804 aaaattaaaaac-aaacaaggc-aagagataaa--gaaattagagcaataagtatacccaacgtttatttgcttgaac-acttgttttacagcatcaatg 898  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  36707307 aaaattaaaaacaaaacaaggcaaagagataaaagaaaattagagcaataagtatacccaacgtttatttgcatgaacaacttgttttacagcatcaatg 36707208  T
Q  899 tactgctc-acagaaagtgatg 919  Q
    |||||||| |||||| ||||||    
T  36707207 tactgctcaacagaaggtgatg 36707186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University