View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15573_low_9 (Length: 369)

Name: NF15573_low_9
Description: NF15573
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15573_low_9
NF15573_low_9
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (13-302)||(25895769-25896054)
chr8 (60-283)||(24525327-24525550)
chr8 (13-349)||(30078399-30078735)
chr8 (25-281)||(26034345-26034601)
chr8 (47-288)||(24489427-24489667)
chr8 (65-310)||(20506977-20507222)
chr8 (114-235)||(25031127-25031248)
chr8 (32-284)||(25923728-25923981)
chr8 (23-200)||(24942490-24942663)
chr8 (30-256)||(26038254-26038478)
chr8 (313-355)||(25896050-25896093)
chr8 (319-355)||(24525245-24525281)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (75-234)||(17772773-17772932)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (60-256)||(36162400-36162596)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (95-212)||(45793561-45793678)
chr3 (95-212)||(45794829-45794946)
chr3 (79-196)||(45794482-45794599)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 13 - 302
Target Start/End: Original strand, 25895769 - 25896054
Alignment:
Q  13 aatatatttttgtgtatagatagatacatacatgcatacatacatgaacaggccaaaaattgatttaattaaacttgagaactcaacaaaccttcttgct 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25895769 aatatatttttgtgtatagatagatacatacatgcata----catgaacataccaaaaattgatttaattaaacttgagaactcaacaaaccttcttgct 25895864  T
Q  113 ttgaattatgagaacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaactttagatgaagtaaattg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25895865 ttgaattatgagaacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaactttagatgaagtaaattg 25895964  T
Q  213 cgaaactctggatagtttagaacagtggcatgaagtggcgactggttgtacgtgataacaacaagtgatggagcaaaattagtgcaatac 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25895965 cgaaactctggatagtttagaacagtggcatgaagtggcgactggttgtacgtgataacaacaagtgatggagcaaaattagtacaatac 25896054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 60 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 24525550 - 24525327
Alignment:
Q  60 acaggccaaaaattgatttaattaaacttgagaactcaacaaaccttcttgctttgaattatgagaacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttga 159  Q
    |||| ||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24525550 acagaccaaagattgattaaattaaacttaagaagtcaacaaaccttgctgctttggattatgagaactttaagcatatggcatttctcaagcacgttga 24525451  T
Q  160 ccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaactttagatgaagtaaattgcgaaactctggatagtttagaacagtggcatgaagtggcgactggtt 259  Q
     ||  | ||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||||    
T  24525450 gcagaagatttgagttaaagcagggaagaatgaactttagacgatctaatttgcgaaactctggatagtttagaacatgggaatgaagtggccactggtt 24525351  T
Q  260 gtacgtgataacaacaagtgatgg 283  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  24525350 gtacatgataacaacaagtgatgg 24525327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 30078735 - 30078399
Alignment:
Q  13 aatatatttttgtgtatagatagatacatacatgcatacatacatgaacaggccaaaaattgatttaattaaacttgagaactcaacaaaccttcttgct 112  Q
    ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||  ||| ||  |||  ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||    
T  30078735 aatatatttttatgtacagatagattcatacatgcatgtatatatagacataccaaagattgattaaattaaacttgagaagtcaacgaaccttgctgct 30078636  T
Q  113 ttgaattatgagaacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaactttagatgaagtaaattg 212  Q
     | ||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||  ||| |||||  | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30078635 cttaattatgagaactcgaagcacgtggcatttttcaagagcgtcgaccagaagattcgagttgaagcagggaagaatgaactttagatgaaataaattg 30078536  T
Q  213 cgaaactctggatagtttagaacagtggcatgaagtggcgactggttgtacgtgataacaacaagtgatggagcaaaattagtgc--aatac-tatatat 309  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||  |||   |||||||||||| |||  |||||| |  | ||| ||||||     
T  30078535 cgaaattctggataatttagaacaggggcatgaagtggcaactgcatgtacacgat---aacaagtgatggcgcagtattagtaccaactacatatataa 30078439  T
Q  310 acaaatacaaaccataaaaataaaacttcaccttagatgt 349  Q
    | | |||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  30078438 aaacatacaaacgataaaaacaaaacttcacctttgatgt 30078399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 25 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 26034601 - 26034345
Alignment:
Q  25 tgtatagatagatacatacatgcatacatacatgaacaggccaaaaattgatttaattaaacttgagaactcaacaaaccttcttgctttgaattatgag 124  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  ||| ||  |||||||||| |||| || |||||||||| |||| | |||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  26034601 tgtacagatagatacatacatgcatgtatatatagacaggccaaagattgtttgaattaaacttaagaaattaacataccttgttgctctgaattatgag 26034502  T
Q  125 aacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaactttagatgaagtaaattgcgaaactctgga 224  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||  | ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| | |||| || |||    
T  26034501 aacttgaagcatgcggcatttctcaagcacgtggaccagaagatttgagttgaaacatggaagaatgaacttcagatgatgtaaatcgtgaaattcagga 26034402  T
Q  225 tagtttagaacagtggcatgaagtggcgactggttgtacgtgataacaacaagtgat 281  Q
    || ||||||||||  ||||||| ||   |||| |||||   ||||||||||||||||    
T  26034401 taatttagaacaggagcatgaattgaacactgcttgtagacgataacaacaagtgat 26034345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 47 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 24489667 - 24489427
Alignment:
Q  47 catacatacatgaacaggccaaaaattgatttaattaaacttgagaactcaacaaaccttcttgctttgaattatgagaacttgaagcatctggcatttc 146  Q
    |||||||||||  | || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  24489667 catacatacatagatagaccaaaaattgatttaattgaacttgagaactcaacaaaccttgctactctgaattatgagaacttgaagcagatggcatttc 24489568  T
Q  147 tcaagcacgttgaccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaactttagatgaagtaaattgcgaaactctggatagtttagaacagtggcatgaa 246  Q
    | |||||| |||| ||  | ||| ||||||||  | || |||||||||||||||||| |||||||||| || | || ||  |||| ||||| ||||||||    
T  24489567 tgaagcactttgagcagaagatttgagttgaagaaagggagaatgaactttagatgatgtaaattgcggaattttgaattatttataacaggggcatgaa 24489468  T
Q  247 gtggcgactggttgtacgtgataacaacaagtgatggagcaa 288  Q
    | ||| |||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  24489467 gcggccactgcttgtacatgataacaac-agtgatggtgcaa 24489427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 65 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 20507222 - 20506977
Alignment:
Q  65 ccaaaaattgatttaattaaacttgagaactcaacaaaccttcttgctttgaattatgagaacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaag 164  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||  | || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||      
T  20507222 ccaaaaattgatttaatttaacctgagaactctacaaaccttgctactctgaattatgagaactttaagcatatggcatttctcaagcacgttgagcaga 20507123  T
Q  165 acattcgagttgaaacagggaagaatgaactttagatgaagtaaattgcgaaactctggatagtttagaacagtggcatgaagtggcgactggttgtacg 264  Q
    | ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||  | ||||||| ||| |||||||| |||||||  | |    |||| |||  ||| ||||||     
T  20507122 agattcgtgttgaagcagggaataatgaactttagatggtgcaaattgcaaaattctggataatttagaatggggctgcgaagcggcttctgcttgtaca 20507023  T
Q  265 tgataacaacaagtgatggagcaaaattagtgcaatactatatata 310  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||| |||| |||||    
T  20507022 tgataacaacaagtgatggcccaatattagtacaaaactacatata 20506977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 114 - 235
Target Start/End: Original strand, 25031127 - 25031248
Alignment:
Q  114 tgaattatgagaacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaactttagatgaagtaaattgc 213  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||  | | ||  |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25031127 tgaattaagagaacttgaagcatatggcatttctcaagcacgttgagcagaagactcatgttgaagcagggaagaatgaactttagatgatgtaaattgc 25031226  T
Q  214 gaaactctggatagtttagaac 235  Q
     ||| |||||||| ||||||||    
T  25031227 aaaattctggataatttagaac 25031248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 25923981 - 25923728
Alignment:
Q  32 atagatacatacatgcatacatacatgaacaggccaaaaatt-gatttaattaaacttgagaactcaacaaaccttcttgctttgaattatgagaacttg 130  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  |||  ||||| ||| |||| ||||||| |||| || |||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||     
T  25923981 atagataaatacatgcatacatacatagacaaaccaaatatttgattcaattaaagttgaaaagtcaacaaaccttgtcgctctgaattatgagaaattt 25923882  T
Q  131 aagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaactttagatgaagtaaattgcgaaactctggatagttt 230  Q
    |||||| |  ||||| |  |||||  |||| |  | |||||||||||| || || ||||||||||||| ||||  ||| | |||||| |||||||| | |    
T  25923881 aagcatatcacatttatggagcacagtgacaagaagattcgagttgaagcaagggagaatgaactttatatgatttaattggcgaaattctggataatct 25923782  T
Q  231 agaacagtggcatgaagtggcgactggttgtacgtgataacaacaagtgatgga 284  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||| |||||| |||||| ||||||| |||||    
T  25923781 agaacaggggcatgaagtgtccactgcttgtacatgataaaaacaagtaatgga 25923728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 23 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 24942663 - 24942490
Alignment:
Q  23 tgtgtatagatagatacatacatgcatacatacatgaacaggccaaaaattgatttaattaaacttgagaactcaacaaaccttcttgctttgaattatg 122  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| |||||||      ||| ||||| ||||||| |||||||||  | ||||  ||||||||| ||||| ||||||||     
T  24942663 tgtgtttagatagataaatacatggatacatagg----cagaccaaagattgattcaattaaactcaaaaactagacaaaccttattgctctgaattata 24942568  T
Q  123 agaacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaactttaga 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | ||| | ||||||||| || ||||| ||||| |||||||||    
T  24942567 agaacttgaagcatatggcatttctcaagcatgtttagcaaaagattcgagttaaagcagggtagaatcaactttaga 24942490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 30 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 26038478 - 26038254
Alignment:
Q  30 agatagatacatacatgcatacatacatgaacaggccaaaaattgatttaattaaacttgagaactc--aacaaaccttcttgctttgaattatgagaac 127  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |    ||| ||||| ||||||| || |||||||||||| |   |||||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  26038478 agattgatacatacatgcatacataga----cagaccaaagattgattcaagtaaacttgagaagtgtgaacaaaccttgtcgctatgaattatgagaac 26038383  T
Q  128 ttgaagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaactttagatgaagtaaattgcgaaactctggatag 227  Q
    |  |||    || ||||||||||||||||||||||  | | | ||||| |||||||||||| |||||||||||||   ||||  |||||| ||||||||     
T  26038382 tataaggtcatgacatttctcaagcacgttgaccagaatagttgagttaaaacagggaagagtgaactttagatgttctaaagagcgaaattctggataa 26038283  T
Q  228 tttagaacagtggcatgaagtggcgactg 256  Q
    || | ||||| | | ||||||||| ||||    
T  26038282 ttaataacagggacttgaagtggccactg 26038254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 313 - 355
Target Start/End: Original strand, 25896050 - 25896093
Alignment:
Q  313 aatacaaaccataaaaataaaa-cttcaccttagatgttgaatg 355  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25896050 aatacaaaccatacaaataaaaacttcaccttagatgttgaatg 25896093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 319 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 24525281 - 24525245
Alignment:
Q  319 aaccataaaaataaaacttcaccttagatgttgaatg 355  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24525281 aaccgtaaaaataaaacttcacctttgatgttgaatg 24525245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 75 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 17772932 - 17772773
Alignment:
Q  75 atttaattaaacttgagaactcaacaaaccttcttgctttgaattatgagaacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaagacattcgagt 174  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||||||||    || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | ||  | ||||||||    
T  17772932 atttgattgaactcgagaactcaacaaaccttgcaactctgaattaggagaacttgaagcatgtggcatttctcaagcacgcccagcagaagattcgagt 17772833  T
Q  175 tgaaacagggaagaatgaactttagatgaagtaaattgcgaaactctggatagtttagaa 234  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||    
T  17772832 tgaagcagggaagaatgaactttagatgatttaaattgcgaaattctggataatttagaa 17772773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 60 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 36162596 - 36162400
Alignment:
Q  60 acaggccaaaaattgatttaattaaacttgagaactcaacaaaccttcttgctttgaattatgagaacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttga 159  Q
    |||| ||||| |||| || ||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || | |     
T  36162596 acagaccaaagattgtttgaattaaacttgagaagtaaacaaaccttgttgctctgaattatgagaacttgaagcatgtggcattgctcaagaacatggc 36162497  T
Q  160 ccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaactttagatgaagtaaattgcgaaactctggatagtttagaacagtggcatgaagtggcgactg 256  Q
    |||  | ||| ||||| |||||  ||||||| ||||| | |||| |||||| |||||| || ||||| | |||||||| |||||||| |||| ||||    
T  36162496 ccagcagatttgagttaaaacatagaagaattaacttcaaatgatgtaaatggcgaaattcaggataatctagaacaggggcatgaattggccactg 36162400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 95 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 45793678 - 45793561
Alignment:
Q  95 tcaacaaaccttcttgctttgaattatgagaacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaac 194  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||| ||| || |||||||||| ||| | |||||| | ||| ||||| ||||| |||| |||||||    
T  45793678 tcaacaaaacttgttgctctgaattatgagaacctgaatcatgtgtcatttctcaatcacatggaccaaaagatttgagttaaaacatggaaaaatgaac 45793579  T
Q  195 tttagatgaagtaaattg 212  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  45793578 tttagatgatgtaaattg 45793561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 95 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 45794946 - 45794829
Alignment:
Q  95 tcaacaaaccttcttgctttgaattatgagaacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaagacattcgagttgaaacagggaagaatgaac 194  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||| | |||||| | ||| ||||| |||||  ||| |||||||    
T  45794946 tcaacaaaacttgttgctttgaattatgagaatttgaatcatgtgtcatttctcaagcacatggaccaaaatatttgagttaaaacattgaaaaatgaac 45794847  T
Q  195 tttagatgaagtaaattg 212  Q
    |||||||||  |||||||    
T  45794846 tttagatgatataaattg 45794829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 196
Target Start/End: Original strand, 45794482 - 45794599
Alignment:
Q  79 aattaaacttgagaactcaacaaaccttcttgctttgaattatgagaacttgaagcatctggcatttctcaagcacgttgaccaagacattcgagttgaa 178  Q
    |||||||||||| || | |||||||| | |||||  |||||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||| | ||| |  | ||||||||||||    
T  45794482 aattaaacttgaaaagttaacaaaccctattgctcagaattatgagaacttgaaacatatgacatttctcaaacacatggactagaagattcgagttgaa 45794581  T
Q  179 acagggaagaatgaactt 196  Q
    |||   ||||||||||||    
T  45794582 acataaaagaatgaactt 45794599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University